Reconstructing Genetic History of Siberian and Northeastern European Populations

[Шад]

Просьба двух Q обработать...

Есть два Q-Z780, т.е. с той же ветви, что и древний Anzick-1.

[Srkz]

Просьба двух Q обработать...

Есть два Q-Z780, т.е. с той же ветви, что и древний Anzick-1.

Q это андские индейцы, их здесь не выложили

[Nimissin]

Спасибо, уважаемый Srkz, за полезную информацию. А насколько хорошо работает утилита BAM Analysis Kit из y-str.org по определению снипов игрек-хромосомы?

[Srkz]

А насколько хорошо работает утилита BAM Analysis Kit из y-str.org по определению снипов игрек-хромосомы?

Уважаемый Nimissin, я пользовался ей почти исключительно для выделения аутосом с целью их анализа. Знаю, что ранее были заметные нарекания на работу входящей в комплект утилиты LobSTR, служащей для определения STR. По снипам выдается файл с известными по номенклатуре ISOGG на момент создания комплекта вариантами и файл с Y-снипами вида rs... позиция значение. Качество вроде бы хорошее (если не ждать уровня YFull). Возможно, в последних версиях еще что-то добавили.

[Semargl]

Уважаемый Srkz, прошу Вас, если это возможно, создать BAM файлы
 SRR1822287 SAMN03317425 Evenki,
 SRR1822619 SAMN03317424 Even, 
 SRR1868041 SAMN03317429 Kalmyk.
Из этой же работы.
Сам не справился.

До них не скоро дойдет дело, если будут, я вам напишу по готовности. Можете попробовать той же утилитой http://www.y-str.org/2015/08/srafastq-to-bam-kit.html , нужна 64-х битная версия Windows. В каталог утилиты помещаете распакованный fastq файл, создаете файл .cmd с содержанием fq2bam (имя файла), например:
fq2bam SRR2040179.fastq
, запускаете и ждете несколько дней. Итоговый бам по объему примерно 1/3 от fastq. Аутосомные результаты вполне адекватные, в области Y я не могу судить.

Несколько образцов уже давно на дереве YFull, но есть некоторая странность в исходных данных, которые не полностью соответствуют принятым стандартам. В некоторых ридах отсутствуют параметры с указанием качества, поэтому добавлены пока не все образцы.
Что касается скачивания, то все гораздо проще и быстрее. Зачем качать FASTQ и преобразовывать ее в BAM, с затратой траффика и многих дней на один образец? Можно сразу скачать данные в нужном вам формате - FASTA, FASTQ, SAM, BAM, CRAM, SFF, SRA. Причем скачать только нужную вам часть - одну хромосому или регион хромосомы. 

[Nimissin]

Уважаемый Srkz, прошу Вас, если это возможно, создать BAM файлы
 SRR1822287 SAMN03317425 Evenki,
 SRR1822619 SAMN03317424 Even, 
 SRR1868041 SAMN03317429 Kalmyk.
Из этой же работы.
Сам не справился.

До них не скоро дойдет дело, если будут, я вам напишу по готовности. Можете попробовать той же утилитой http://www.y-str.org/2015/08/srafastq-to-bam-kit.html , нужна 64-х битная версия Windows. В каталог утилиты помещаете распакованный fastq файл, создаете файл .cmd с содержанием fq2bam (имя файла), например:
fq2bam SRR2040179.fastq
, запускаете и ждете несколько дней. Итоговый бам по объему примерно 1/3 от fastq. Аутосомные результаты вполне адекватные, в области Y я не могу судить.

Несколько образцов уже давно на дереве YFull, но есть некоторая странность в исходных данных, которые не полностью соответствуют принятым стандартам. В некоторых ридах отсутствуют параметры с указанием качества, поэтому добавлены пока не все образцы.
Что касается скачивания, то все гораздо проще и быстрее. Зачем качать FASTQ и преобразовывать ее в BAM, с затратой траффика и многих дней на один образец? Можно сразу скачать данные в нужном вам формате - FASTA, FASTQ, SAM, BAM, CRAM, SFF, SRA. Причем скачать только нужную вам часть - одну хромосому или регион хромосомы. 

Спасибо, уважаемый Semargl!

[Semargl]

Бурят SRR1813866 образовал новый субклад ниже N-Y16220 с турком GRC13187499.

[Шад]

Просьба двух Q обработать...

Есть два Q-Z780, т.е. с той же ветви, что и древний Anzick-1.

Q это андские индейцы, их здесь не выложили

А по двум андским индейцам Q-Z780 ситуация не прояснилась?

[Semargl]

Эвенк SRR1822287 разделил много новых снипов с якутом ERR1347705

[Semargl]

Просьба двух Q обработать...

Есть два Q-Z780, т.е. с той же ветви, что и древний Anzick-1.

Q это андские индейцы, их здесь не выложили

А по двум андским индейцам Q-Z780 ситуация не прояснилась?

Их и не будет, так как они из другой работы.

[Nimissin]

Эвенк SRR1822287 разделил много новых снипов с якутом ERR1347705

Предполагаю, что они образуют ветвь с предковым аллелем в M1988 и с производным аллелем в M1991. У большинства якутских образцов ветви N-M1991 мутация в позиции M1988 есть. Так вырисовывается внутренняя структура одной из якутских ветвей (N-M1991).

[Semargl]

Эвенк SRR1822287 разделил много новых снипов с якутом ERR1347705

Предполагаю, что они образуют ветвь с предковым аллелем в M1988 и с производным аллелем в M1991. У большинства якутских образцов ветви N-M1991 мутация в позиции M1988 есть. Так вырисовывается внутренняя структура одной из якутских ветвей (N-M1991).

Да, под M1991 две параллельных ветви - M1988 и новая, в которой эвенк и якут.

[Nimissin]

Уважаемый Semargl, а Y-STR локусы сможете вытащить?

[guanchzhou]

Начал преобразовывать fastq в бамы при помощи утилиты Чандракумара. Если у кого есть, куда загрузить бамы примерно по 40 гигабайт (такой объем из-за аутосом), могу отдать. Сейчас готовы или почти готовы

SRR2032171 Komi_Obyachevo

Я с сыном да один дедуля из Гётеборга в Швеции образуем вместе с этим семплом веточку N-Y32732.

[Srkz]

Я с сыном да один дедуля из Гётеборга в Швеции образуем вместе с этим семплом веточку N-Y32732.

Интересное TMRCA с гётеборгским дедулей Вроде бы два сэмпла из этой работы аутосомно не выбиваются из общего коми-зырянского кластера. А в целом зыряне аутосомно сближаются с северными русскими и далее с финнами, но с влиянием удмуртского компонента (носители которого, наверное, пермский язык туда и принесли).