АвторТема: Reconstructing Genetic History of Siberian and Northeastern European Populations  (Прочитано 7882 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн ArthwrАвтор темы

  • Сообщений: 1331
  • Страна: ua
  • Рейтинг +787/-6
    • http://r1b-pf7562.blogspot.com/
  • Y-ДНК: R1b-PF7563
  • мтДНК: K1c1e
Reconstructing Genetic History of Siberian and Northeastern European Populations

Anton Valouev, Emily HM Wong, Andrey Khrunin, Larissa Nichols, Dmitry Pushkarev, Denis Khokhrin, Dmitry Verbenko, Oleg Evgrafov, James Knowles, John Novembre, Svetlana Limborska

Posted October 18, 2015.

Abstract

Siberia and Western Russia are home to over 40 culturally and linguistically diverse indigenous ethnic groups. Yet, genetic variation of peoples from this region is largely uncharacterized. We present whole-genome sequencing data from 28 individuals belonging to 14 distinct indigenous populations from that region. We combine these datasets with additional 32 modern-day and 15 ancient human genomes to build and compare autosomal, Y-DNA and mtDNA trees. Our results provide new links between modern and ancient inhabitants of Eurasia. Siberians share 38% of ancestry with descendants of the 45,000-year-old Ust-Ishim people, who were previously believed to have no modern-day descendants. Western Siberians trace 57% of their ancestry to the Ancient North Eurasians, represented by the 24,000-year-old Siberian Malta boy. In addition, Siberians admixtures are present in lineages represented by Eastern European hunter-gatherers from Samara, Karelia, Hungary and Sweden (from 8,000-6,600 years ago), as well as Yamnaya culture people (5,300-4,700 years ago) and modern-day northeastern Europeans. These results provide new evidence of ancient gene flow from Siberia into Europe.

http://biorxiv.org/content/early/2015/10/18/029421

http://biorxiv.org/content/biorxiv/early/2015/10/18/029421.full.pdf

Supplementary Information:
http://biorxiv.org/content/biorxiv/suppl/2015/10/18/029421.DC1/029421-1.pdf

Supplementary Figures and Tables:
http://biorxiv.org/content/biorxiv/suppl/2015/10/18/029421.DC1/029421-2.pdf
« Последнее редактирование: 19 Октябрь 2015, 02:25:48 от Arthwr »

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2403
  • Рейтинг +759/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: Reconstructing Genetic History of Siberian and Northeastern European Populations
« Ответ #1 : 19 Октябрь 2015, 11:50:04 »
Кто-нибудь из форумчан знает, как скопировать BAM или VCF файлы из этой работы?

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6335
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1333/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Reconstructing Genetic History of Siberian and Northeastern European Populations
« Ответ #2 : 19 Октябрь 2015, 13:01:38 »
Кто-нибудь из форумчан знает, как скопировать BAM или VCF файлы из этой работы?

Хороший вопрос. Хотя интересных Q я там в списке не увидел.

Оффлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6500
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2721/-13
  • мтДНК: H1b
Re: Reconstructing Genetic History of Siberian and Northeastern European Populations
« Ответ #3 : 19 Октябрь 2015, 13:14:10 »
Кто-нибудь из форумчан знает, как скопировать BAM или VCF файлы из этой работы?
Так ведь это препринт, наверное, исходные данные еще не выложены... ::)

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2403
  • Рейтинг +759/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: Reconstructing Genetic History of Siberian and Northeastern European Populations
« Ответ #4 : 19 Октябрь 2015, 13:14:54 »
Хороший вопрос. Хотя интересных Q я там в списке не увидел.
Есть два Q-Z780, т.е. с той же ветви, что и древний Anzick-1.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9548
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Re: Reconstructing Genetic History of Siberian and Northeastern European Populations
« Ответ #5 : 19 Октябрь 2015, 13:16:11 »

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2403
  • Рейтинг +759/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a

Оффлайн Людмила

  • Сообщений: 1007
  • Рейтинг +151/-1
Re: Reconstructing Genetic History of Siberian and Northeastern European Populations
« Ответ #7 : 20 Октябрь 2015, 07:06:36 »
Ваm файлы могут  и не появиться в открытом доступе. В начале года была статья с гаплотипами из Эстонского биоцентра,  bam файлы были б очень полезны для уточнения филогении j2a L24 в частности, но, насколько я знаю, они недоступны.  Или появились где-то? Если кто в курсе, сообщите, пожалуйста.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9548
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
появились сырые данные в Fastq
http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJNA267856

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6335
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1333/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
появились сырые данные в Fastq
http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJNA267856

Цитировать
This project contains paired-end whole-genome sequencing data of 28 modern-day humans from Siberia and Western Russia. The genomes were sequenced in high coverage (>30x, mean coverage = 39x) using Illumina HiSeq platform.

Обрабатывать в YFull будете? Качество вроде годное

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9548
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Обрабатывать в YFull будете? Качество вроде годное
нет времени и ресурсов конвертировать фастку

если будут бамы только

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6335
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1333/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Обрабатывать в YFull будете? Качество вроде годное
нет времени и ресурсов конвертировать фастку

если будут бамы только

Попробую сам разобраться. Будут результаты - сообщу

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8537
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4874/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Начал преобразовывать fastq в бамы при помощи утилиты Чандракумара. Если у кого есть, куда загрузить бамы примерно по 40 гигабайт (такой объем из-за аутосом), могу отдать. Сейчас готовы или почти готовы

SRR2005863 Veps male
SRR2028246 Komi Izhma male
SRR2032171 Komi_Obyachevo
SRR2032172 Komi Obyachevo female
SRR2017616 Komi_Izhma_1
SRR2012750 Veps female
SRR1957290 Russian_Mezen_1
SRR2003775 Russian_Mezen_2
SRR2040179 Russian Ustyuzhna male

и планирую еще как минимум хантов и манси сделать

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2403
  • Рейтинг +759/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Уважаемый Srkz, прошу Вас, если это возможно, создать BAM файлы
 SRR1822287 SAMN03317425 Evenki,
 SRR1822619 SAMN03317424 Even, 
 SRR1868041 SAMN03317429 Kalmyk.
Из этой же работы.
Сам не справился.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8537
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4874/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Уважаемый Srkz, прошу Вас, если это возможно, создать BAM файлы
 SRR1822287 SAMN03317425 Evenki,
 SRR1822619 SAMN03317424 Even, 
 SRR1868041 SAMN03317429 Kalmyk.
Из этой же работы.
Сам не справился.
До них не скоро дойдет дело, если будут, я вам напишу по готовности. Можете попробовать той же утилитой http://www.y-str.org/2015/08/srafastq-to-bam-kit.html , нужна 64-х битная версия Windows. В каталог утилиты помещаете распакованный fastq файл, создаете файл .cmd с содержанием fq2bam (имя файла), например:
fq2bam SRR2040179.fastq
, запускаете и ждете несколько дней. Итоговый бам по объему примерно 1/3 от fastq. Аутосомные результаты вполне адекватные, в области Y я не могу судить.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.