АвторТема: Ancient Ethiopian genome reveals extensive Eurasian admixture in Africa  (Прочитано 3205 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Онлайн Srkz

  • Сообщений: 5473
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2255/-2
  • Y-ДНК: N-L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Ancient Ethiopian genome reveals extensive Eurasian admixture in Africa
« Ответ #15 : 10 Октябрь 2015, 11:20:54 »
Интересно, сардинцы как источник западноевразийской примеси выглядят заметно лучше, чем образец Штуттгарт/LBK (по сути, он на уровне большинства европейцев). В чем различие между сардинцами и неолитическими земледельцами Германии?

Близость Mota1 к современным ари на PCA выглядит натяжкой с учетом того, что им насчитали немалую долю "западноевразийского" компонента. Может, без этого положение ари заметно бы отличалось. Это как усть-ишимец на PCA получается среднеазиатом.

Оффлайн Asmat headhunter

  • Биохимическая субстанция
  • Сообщений: 9805
  • Страна: id
  • Рейтинг +511/-34
  • И того казака те тунгусы пальмами тут искололи
Re: Ancient Ethiopian genome reveals extensive Eurasian admixture in Africa
« Ответ #16 : 10 Октябрь 2015, 11:29:48 »
ари
Южноомотская семья, надо думать. http://glottolog.org/resource/languoid/id/sout2845
Глоттолог чудит - омотские мало того, что выведены из афразийских, но и поделены на 4 семьи - та-не-омотскую, южноомотскую, мао и дизоидную. Интересно, что бы это значило...

Оффлайн dima75

  • Сообщений: 524
  • Страна: il
  • Рейтинг +78/-1
    • Tartakovsky surname project
  • Y-ДНК: E1b1b1-PF1975 (E-Z830-A)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Ancient Ethiopian genome reveals extensive Eurasian admixture in Africa
« Ответ #17 : 11 Октябрь 2015, 00:38:25 »
Цитировать
чтобы понять есть ли евразийская примесь у Mota 1, нужны ещё более древние ДНК из Африки.
Видимо, я плохо врубаюсь в матчасть. Разве недостаточно сравнить его аутосомы с современными евразийскими и посмотреть, есть ли там общие снипы?
Авторы статьи очевидно взяли Моту за эталон африканца. По сравнению с ним у всех современных протестированных африканцев нашли евразийскую примесь. Я так понимаю.

Онлайн rozenblattАвтор темы

  • Сообщений: 1165
  • Страна: kg
  • Рейтинг +1314/-0
  • Y-ДНК: C-F5481
  • мтДНК: M8a
Re: Ancient Ethiopian genome reveals extensive Eurasian admixture in Africa
« Ответ #18 : 27 Октябрь 2015, 07:29:39 »
Касательно Y-ДНК: на yfull пишут, что у Моты E1b1a2. Судя по википедии, она распространена и в современной Эфиопии.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10074
  • Страна: ru
  • Рейтинг +567/-2
Re: Ancient Ethiopian genome reveals extensive Eurasian admixture in Africa
« Ответ #19 : 27 Октябрь 2015, 11:59:41 »
Касательно Y-ДНК: на yfull пишут, что у Моты E1b1a2. Судя по википедии, она распространена и в современной Эфиопии.
и еще нашли около ста снипов уровня Е-M329. общие YF03894 с Mota

Оффлайн Arame

  • Сообщений: 692
  • Страна: am
  • Рейтинг +251/-1
  • J1-Z1842
Re: Ancient Ethiopian genome reveals extensive Eurasian admixture in Africa
« Ответ #20 : 28 Октябрь 2015, 08:38:55 »
По моему вся линейка E1b1b1-M243 родом из Ближнего Востока либо же на стыке с Африкой.
В древней Африке он думаю не найдется.

Так что Мота E1b1a без Евразийских примесей это вполне разумно.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Ancient Ethiopian genome reveals extensive Eurasian admixture in Africa
« Ответ #21 : 28 Октябрь 2015, 09:00:38 »
Был бы признателен за ссылку на sra или bam файл древнего эфиопа

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Ancient Ethiopian genome reveals extensive Eurasian admixture in Africa
« Ответ #22 : 28 Октябрь 2015, 10:12:44 »
Эта ссылка ftp://biodisk.org/Store/Genome/African/ не открывается

Онлайн Srkz

  • Сообщений: 5473
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2255/-2
  • Y-ДНК: N-L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Ancient Ethiopian genome reveals extensive Eurasian admixture in Africa
« Ответ #23 : 28 Октябрь 2015, 10:24:41 »
Эта ссылка ftp://biodisk.org/Store/Genome/African/ не открывается
У меня сейчас открылась, поставил на скачивание 18 ГБ  GB20_sort_merge_dedup_l30_IR_q30_mapDamage_Entire.vcf.gz Попробуйте?

Оффлайн Arame

  • Сообщений: 692
  • Страна: am
  • Рейтинг +251/-1
  • J1-Z1842
Re: Ancient Ethiopian genome reveals extensive Eurasian admixture in Africa
« Ответ #24 : 28 Октябрь 2015, 10:59:36 »
В Эфиопии думаю не так уж много осталось E1b1a. Согласно вики 3.4 процентов. А вот среди семитоязычных Амхара ( основной язык Эфиопии ) его вообще нету. 0%.

Думаю нашествие семитских, кушитских и прочих афро-азиатских племен с севера резко снизило количество E1b1a и повысилo E1b1b, J1-P58 и Т в северо-восточной Африке.

Вот карта E1b1a-V38




« Последнее редактирование: 28 Октябрь 2015, 11:19:02 от Arame »

Онлайн Srkz

  • Сообщений: 5473
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2255/-2
  • Y-ДНК: N-L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Ancient Ethiopian genome reveals extensive Eurasian admixture in Africa
« Ответ #25 : 05 Ноябрь 2015, 12:41:13 »
Mota1 на Gedmatch: M284914

Онлайн Srkz

  • Сообщений: 5473
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2255/-2
  • Y-ДНК: N-L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Ancient Ethiopian genome reveals extensive Eurasian admixture in Africa
« Ответ #26 : 07 Ноябрь 2015, 10:45:35 »
Поляко провел некоторые эксперименты с полученным геномом Mota1. Картинки Treemix в целом подтверждают выводы статьи:

У пигмеев Biaka и Mbuti обнаруживается на уровне нескольких процентов очень архаическая примесь, еще до времени расхождения с неандертальцами и денисовцами. Однако в комментариях указывается, что это может быть артефактом методики выбора снипов для набора Human Origins dataset. Mota1, как житель северо-востока Африки, оказывается близко к корню всех неафриканцев, но примерно четверть его генома не укладывается в эту схему - она выглядит более архаичной, чем у всех наших современников, включая пигмеев и койсанцев Ju'Hoan. Либо все нынешние африканцы действительно несут в себе евразийскую примесь, либо сам Mota1 был результатом смешивания с какими-то вымершими суперизолятами? Современные сомалийцы выглядят, как Mota1 без "прикорневой архаики" плюс 29% от неолитических земледельцев.

На глобальном PCA Mota1 отклоняется в сторону от африканской ветки в том же направлении, что и реликтовые охотники-собиратели Hadza, но еще сильнее. Выглядит более логично, чем его кластеризация с Ari. На внутриафриканском PCA он опять рядом с Hadza в варианте Human Origins (нет большинства эфиопских выборок) и формирует собственный полюс на "северо-восточном" PCA, здесь Ari действительно сдвинуты в сторону Mota1 по сравнению с другими эфиопами.
« Последнее редактирование: 08 Ноябрь 2015, 09:18:29 от Srkz »

Оффлайн Asmat headhunter

  • Биохимическая субстанция
  • Сообщений: 9805
  • Страна: id
  • Рейтинг +511/-34
  • И того казака те тунгусы пальмами тут искололи
Re: Ancient Ethiopian genome reveals extensive Eurasian admixture in Africa
« Ответ #27 : 07 Ноябрь 2015, 12:31:05 »
Думаю нашествие семитских, кушитских и прочих афро-азиатских племен с севера резко снизило количество E1b1a и повысилo E1b1b, J1-P58 и Т в северо-восточной Африке.

Вот карта E1b1a-V38

А с чего взяли, что на северо-востоке их было много? Больше похоже по карте на относительную связь с макросемьёй нигер-конго...

Оффлайн Arame

  • Сообщений: 692
  • Страна: am
  • Рейтинг +251/-1
  • J1-Z1842
Re: Ancient Ethiopian genome reveals extensive Eurasian admixture in Africa
« Ответ #28 : 07 Ноябрь 2015, 12:45:07 »
Asmat

У Рамзеса III была такая же гаплогруппа как у Моты. E1b1a. Видимо его было много раз уж стали фараонами. Хотя конечно это слабый аргумент, нужно побольше дДНК.

Оффлайн Asmat headhunter

  • Биохимическая субстанция
  • Сообщений: 9805
  • Страна: id
  • Рейтинг +511/-34
  • И того казака те тунгусы пальмами тут искололи
Re: Ancient Ethiopian genome reveals extensive Eurasian admixture in Africa
« Ответ #29 : 07 Ноябрь 2015, 12:53:23 »
У Рамзеса III была такая же гаплогруппа как у Моты. E1b1a. Видимо его было много раз уж стали фараонами. Хотя конечно это слабый аргумент, нужно побольше дДНК.
Одна династия не настолько показательна...

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100