АвторТема: Лаборатории по анализу сложных биоматериалов (кровь, зубы, волосы, ногти)  (Прочитано 14330 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12266
  • Страна: az
  • Рейтинг +2509/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Евгений, Ваш вопрос понятен. Могу поделиться своим опытом:
http://forum.molgen.org/index.php/topic,12488.0.html

15 тыс. руб. - это стоимость извлечения ДНК, без амплификации. Этого количества гарантированно ни на что не хватит. С амплификацией (ПЦР, т. е. размножением ДНК) стоимость поднимется раза эдак в три.

Оффлайн kardes

  • Сообщений: 593
  • Страна: ru
  • Рейтинг +663/-7
  • Y-ДНК: G2a1

Оффлайн Evgeny Kolchugin

  • Сообщений: 404
  • Страна: ru
  • Рейтинг +126/-0
  • Y-ДНК: R1a-YP5814; R1a-YP1698; R1a-YP578; R1a-Y16755
  • мтДНК: K1a1b; Т2
Евгений, Ваш вопрос понятен. Могу поделиться своим опытом:
http://forum.molgen.org/index.php/topic,12488.0.html

15 тыс. руб. - это стоимость извлечения ДНК, без амплификации. Этого количества гарантированно ни на что не хватит. С амплификацией (ПЦР, т. е. размножением ДНК) стоимость поднимется раза эдак в три.

Благодарю, всё очень хорошо изложено! Тогда не могу понять, почему же наши официальные, государственные лаборатории оценивают анализ останков в ту же сумму, что и тестирование живых людей, если изначально ясно, что без амплификации не обойтись?

??? 40 тыс.евро у датчан?
http://forum.molgen.org/index.php/topic,70.msg382003.html#msg382003

Вероятно, это анализ не единственного образца?

Оффлайн kardes

  • Сообщений: 593
  • Страна: ru
  • Рейтинг +663/-7
  • Y-ДНК: G2a1
Возможно
http://forum.molgen.org/index.php/topic,70.msg458208.html#msg458208
"Отсеквенировать человеческий геном стоит примерно 1000 долларов. А для того, чтобы  секвенировать древний геном, нужно в несколько раз больше, 5–10 тысяч долларов."

Оффлайн Evgeny Kolchugin

  • Сообщений: 404
  • Страна: ru
  • Рейтинг +126/-0
  • Y-ДНК: R1a-YP5814; R1a-YP1698; R1a-YP578; R1a-Y16755
  • мтДНК: K1a1b; Т2
15 тыс. руб. - это стоимость извлечения ДНК, без амплификации. Этого количества гарантированно ни на что не хватит. С амплификацией (ПЦР, т. е. размножением ДНК) стоимость поднимется раза эдак в три.

Мне кажется, амплификация не так сильно поднимает цену. В заявке на грант, подготовленной в 2017 году сотрудниками одного научно-исследовательского центра в Москве, общая стоимость выделения ДНК из останков и амплификации СТР-фрагментов для группы из 79 человек оценивалась в 600 тысяч рублей. Такая же сумма планировалась на анализ родственников погибших (образцы слюны, тоже с амплификацией).

Для амплификации планировалось использовать следующие коммерческие наборы (цены взял из интернета):
для аутосом: AmpFLSTR™ NGM™ PCR Amplification Kit - 1,000 reactions - 31 450,00 евро
для Y-хромосомы: AmpFLSTR™ Yfiler™ PCR Amplification Kit - 100 reactions - 5,000.00 евро

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12266
  • Страна: az
  • Рейтинг +2509/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Евгений, если  всё действительно настолько радужно (т. е. извлечение ДНК из твёрдых биоматериалов и впрямь подешевело до менее чем 250$), то рискните.
Тут либо неведомый нам прогресс, либо неведомые подводные камни.

Уточните у них следующее:
1) исходный материал - кость или зуб (это архиважно!)
2) подтверждение половой принадлежности субъекта
3) собственно сам тест (игрек, мито и др.)
4) форма выдачи результата
5) возможность сравнения с тестами живых людей (конвертируемы ли выдаваемые результаты в другие форматы)

Это только первичный перечень вопросов. Будем надеяться, что Вам будут отвечать быстро и чётко. По ответам станет ясно, имеет ли смысл дальнейшее общение.

)Рекомендую dnk-nasledie.ru как уже проверенный вариант(
« Последнее редактирование: 08 Февраль 2020, 08:47:03 от Farroukh »

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12266
  • Страна: az
  • Рейтинг +2509/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Когда мы тестируем живого в какой-нибудь ФТДНА, то нас интересует будут ли совпаденцы и хватит ли денег на бесконечные апгрейды и прочую бню. Вопрос том, что из материала что-то там может не извлечься или он будет битым или загаженным даже не возникает.

Когда тестируешь мёртвое, то ситуация совсем другая. Апгрейды нереальны, совпаденцы гипотетичны. Само извлечение - это успех 95% дела. Игры с маркёрами, как ни странно, станлвятся вторичными.

Оффлайн Evgeny Kolchugin

  • Сообщений: 404
  • Страна: ru
  • Рейтинг +126/-0
  • Y-ДНК: R1a-YP5814; R1a-YP1698; R1a-YP578; R1a-Y16755
  • мтДНК: K1a1b; Т2
Farroukh, спасибо! Всё чётко и по делу. С ДНК-Наследием я уже связался, жду от них предложения. Насчёт конвертации выдаваемых результатов в другие форматы, есть какие-то стандартные определения форматов? Насколько я понимаю, для аутосом желательным стандартом является "Build 37 (GRCh37/hg19)", который принимается Гедматчем. Для 27 маркеров Y-хромосомы - возможно ли размещение этого результата (после нормализации) в какой-либо существующей базе?

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12266
  • Страна: az
  • Рейтинг +2509/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
По аутосомам вопрос сложный. Поясню в чём суть. Формат, который выдают лаборатории не идентичен ФФ. Что именно это за формат и как его конвертировать в ФФ - не могу сказать. Это надо спросить у самой лаборатории.

С игреком выход только один - сравниваться с базой ФТДНА

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 5809
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2555/-2
  • Y-ДНК: N-L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Если они делают аутосомные СТР-маркеры, оттуда вообще никак не получить FF, это разные данные.

Оффлайн Evgeny Kolchugin

  • Сообщений: 404
  • Страна: ru
  • Рейтинг +126/-0
  • Y-ДНК: R1a-YP5814; R1a-YP1698; R1a-YP578; R1a-Y16755
  • мтДНК: K1a1b; Т2
Если они делают аутосомные СТР-маркеры, оттуда вообще никак не получить FF, это разные данные.

Благодарю, я уловил разницу. Но пока общая ситуация выглядит очень странно и непонятно. ФФ покрывает тысячи снипов и стоит 50 долларов. Бюро судебно-медицинских экспертиз анализирует 40 маркеров (тоже у живых) и берёт за это 250 долларов. Бой в Крыму, всё в дыму...

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12266
  • Страна: az
  • Рейтинг +2509/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Евгений, ФФ извлекается из слюны, в которой тонны готовой ДНКи.
С твёрдым материалом возни на порядки больше. Эта ДНК вообще может не извлечься по причине деструкции.
« Последнее редактирование: 09 Февраль 2020, 08:19:07 от Farroukh »

Оффлайн mdn

  • Сообщений: 264
  • Страна: fi
  • Рейтинг +142/-0
  • Y-ДНК: R-FGC56440
  • мтДНК: R1a1a1
totheletterdna, делавшие ДНК с конвертов, временно прекратили принимать новые заказы. Временно - до разработки лучших методов.
https://www.totheletterdna.com/news/2020/5/18/batch-11-outcomes

В последних анализах 5 из 17 материалов - совсем не найдена ДНК, и во всех случаях невозможен "дешевый" вариант (дешевый - это, кажется, около 500$, точную цену не помню), возможен только полный WGS (около 3000$ - тоже не помню точно) с шансом ничего не получить.

Надеются, что до конца года разработают более эффективный вариант.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12266
  • Страна: az
  • Рейтинг +2509/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Если кому интересно, то есть специальная тема:
ДНК из отпечатков пальцев

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100