АвторТема: Y Elite 2.0 от Full Genomes  (Прочитано 4180 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн warwick

  • Сообщений: 227
  • Рейтинг +59/-0
  • Y-ДНК: R1b U106
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Y Elite 2.0 от Full Genomes
« Ответ #30 : 19 Апрель 2016, 23:35:54 »
FGC has delivered 196 Y Elite results since August 1, 2015.

Batches 9004,9005,9006,and 9007 have been delivered (Y Elite 2.0)
Pilot Batch 8002 (Y Elite 2.1 has been delivered)

132 samples are sequencing now.

ФСК поставила 196 результаты Y Elite с 1 августа 2015 года.

Порции 9004,9005,9006 и 9007 были доставлены (Y Elite 2.0)
Опытная партия 8002 (Y Elite 2.1 было доставлено)

132 образцов секвенирования в настоящее время.

Оффлайн kannelur

  • Сообщений: 75
  • Страна: ru
  • Рейтинг +9/-1
  • Y-ДНК: R1a-Z280
  • мтДНК: H
Re: Y Elite 2.0 от Full Genomes
« Ответ #31 : 20 Апрель 2016, 13:06:22 »
Добрый день, warwick!

скажите, а батч 8006 когда приблизительно будет готов?

Оффлайн warwick

  • Сообщений: 227
  • Рейтинг +59/-0
  • Y-ДНК: R1b U106
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Y Elite 2.0 от Full Genomes
« Ответ #32 : 20 Апрель 2016, 21:34:37 »
Добрый день, warwick!

скажите, а батч 8006 когда приблизительно будет готов?

30-40 days

30-40 дней

Оффлайн warwick

  • Сообщений: 227
  • Рейтинг +59/-0
  • Y-ДНК: R1b U106
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Y Elite 2.0 от Full Genomes
« Ответ #33 : 10 Май 2016, 05:30:37 »
Batch 8007 is Y Elite 2.1. We made an adjustment in 2.1 to increase throughput, and that required ordering the new design from the manufacturer, which adds to the time, precisely by the time specified.

The other reason for this move is so that we can avoid reliance on Roche by using a different manufacturer (i.e. sole supplier issue). Last year we encountered a manufacturing delay at Roche. By having this design in place we can avoid that situation in the future. There are other technical reasons to believe that the alternative design will be the best approach in the future as well.

We did R&D over the course of the development of Y Elite 2.1 which involved refining the design to cover difficult regions, such as near the centromere, as well as refine the sequencing process at the supplier based upon our technical suggestions.

One problem that BGI had was that their design also relied on Roche, which uses a technically more challenging sequencing technology, while the other manufacturer is more advanced.

This has been an evolutionary process from Y Prime to Y Elite 2.0 to Y Elite 2.1. Each step involved pilot runs, R&D for the revised design, and providing feedback to the suppliers.

I also took a similar approach with the whole genome offerings. We did pilot runs on 2x, 4x, 10x, 15x, 20x, and 30x samples. I did some R&D and literature review of SNP calling in WGS samples. When we had consistent results I posted the coverage statistics.

Essentially, my approach from the beginning is to have multiple approaches in place, which we have achieved for Y chromosome sequencing:
1. Y Elite 2.1
2. WGS: 30x, 20x, 15x (in place)

Пакетная 8007 является Y Elite 2.1. Мы сделали корректировку в 2.1 для увеличения пропускной способности, и что требуется заказать новый дизайн от производителя, который добавляет к тому времени, как раз к тому времени, указанного.

Другая причина для этого движения так, что мы можем избежать зависимость от Roche с использованием другого производителя (т.е. единственным поставщиком выпуск). В прошлом году мы столкнулись с задержкой на производство Roche. Имея эту конструкцию на месте, мы можем избежать этой ситуации в будущем. Есть и другие технические причины полагать, что альтернативный дизайн будет наилучшим подходом в будущем.

Мы сделали R & D в течение развития Y Elite 2.1, которая участвует уточнение конструкции для покрытия сложных областей, таких как вблизи центромеры, а также совершенствовать процесс секвенирования у поставщика на основе наших технических предложений.

Одна из проблем, что BGI было то, что их конструкция также полагались на Roche, которая использует технически более сложную технологию секвенирования, в то время как другой производитель является более продвинутой.

Это был эволюционный процесс от Y Prime к Y Elite 2.0 для Y Elite 2.1. Каждый шаг участвует пилот работает, R & D для пересмотренного дизайна и обеспечения обратной связи с поставщиками.

Я также принял аналогичный подход с весь геном предложений. Мы сделали пилот работает на 2x, 4x, 10x, 15x, 20x и 30x образцов. Я сделал некоторые R & D и обзор литературы по SNP, призывающую в образцах WGS. Когда мы имели стабильные результаты я опубликовал статистику покрытия.

По сути, мой подход с самого начала, чтобы иметь несколько подходов на месте, что мы добились для Y-хромосомы последовательности:
1. Y Elite 2.1
2. WGS: 30x, 20x, 15x (на месте)

Оффлайн warwick

  • Сообщений: 227
  • Рейтинг +59/-0
  • Y-ДНК: R1b U106
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Y Elite 2.0 от Full Genomes
« Ответ #34 : 20 Май 2016, 20:33:12 »
Update:

Batch 8001 sequenced; data has been delivered to FGC; analysis should be completed by June 5 - June 15
Batch 8006 sequenced; data delivery pending; analysis should be completed by June 15 - June 25

Обновить:

Пакетная 8001 секвенировали ; данные были доставлены в ФСК ; анализ должен быть завершен к 5 июня - 15 июня
Пакетная 8006 секвенировали ; доставки данных в ожидании ; анализ должен быть завершен к 15 июня - 25 июня

Оффлайн warwick

  • Сообщений: 227
  • Рейтинг +59/-0
  • Y-ДНК: R1b U106
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Y Elite 2.0 от Full Genomes
« Ответ #35 : 15 Июнь 2016, 23:12:18 »
Batch 8001 results have been delivered to customers.

Пакетные 8001 результаты были доставлены клиентам.


Оффлайн napobo3Автор темы

  • Сообщений: 1308
  • Страна: il
  • Рейтинг +308/-1
  • קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק
    • HIR Search
  • Y-ДНК: J-FGC5206
  • мтДНК: N1b2
Re: Y Elite 2.0 от Full Genomes
« Ответ #36 : 16 Июнь 2016, 09:57:03 »
Результаты батчей 8001 и 8003 готовы.

Оффлайн kannelur

  • Сообщений: 75
  • Страна: ru
  • Рейтинг +9/-1
  • Y-ДНК: R1a-Z280
  • мтДНК: H
Re: Y Elite 2.0 от Full Genomes
« Ответ #37 : 28 Июнь 2016, 08:29:42 »
Добрый день, warwick!

скажите, а батч 8006 когда приблизительно будет готов?

30-40 days

30-40 дней

Цитировать
Batch 8001 sequenced; data has been delivered to FGC; analysis should be completed by June 5 - June 15
Batch 8006 sequenced; data delivery pending; analysis should be completed by June 15 - June 25

Обновить:

Пакетная 8001 секвенировали ; данные были доставлены в ФСК ; анализ должен быть завершен к 5 июня - 15 июня
Пакетная 8006 секвенировали ; доставки данных в ожидании ; анализ должен быть завершен к 15 июня - 25 июня

Подскажите пожалуйста когда всётаки можно ожидать результаты батча 8006? А то ведь все обещанные сроки уже вышли.

Оффлайн napobo3Автор темы

  • Сообщений: 1308
  • Страна: il
  • Рейтинг +308/-1
  • קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק
    • HIR Search
  • Y-ДНК: J-FGC5206
  • мтДНК: N1b2
Re: Y Elite 2.0 от Full Genomes
« Ответ #38 : 28 Июнь 2016, 13:50:21 »
В течение недели.

Оффлайн warwick

  • Сообщений: 227
  • Рейтинг +59/-0
  • Y-ДНК: R1b U106
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Y Elite 2.0 от Full Genomes
« Ответ #39 : 11 Январь 2017, 00:23:31 »

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 1409
  • Страна: ru
  • Рейтинг +232/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: Y Elite 2.0 от Full Genomes
« Ответ #40 : 20 Январь 2017, 18:33:17 »
Жаркие дискуссии разгорелись на форуме: что лучше бигУ от FTDNA или Елит от FGC. Почитал немного про Elite 2.1. За 775$ ( надеюсь и скидка 100$ для форумчан еще действует) продукт от FGC очень конкурентоспособен, учитывая что он содержит информацию по мито ДНК (можно вытащить полный митосиквенс) и, если не ошибаюсь даже аутосомы. Насколько я знаю, результаты Elite 2.1 даже можно загрузить в Promethease и получить риски по здоровью.
Вопрос: а можно ли в Gedmatch.com результат загрузить? Если такая возможность есть то это - бомба :).

Оффлайн smal

  • Сообщений: 991
  • Страна: by
  • Рейтинг +324/-3
  • Y-ДНК: R-CTS9219
  • мтДНК: U4a
Re: Y Elite 2.0 от Full Genomes
« Ответ #41 : 20 Январь 2017, 19:27:15 »
Вопрос: а можно ли в Gedmatch.com результат загрузить? Если такая возможность есть то это - бомба :).
ankr21, чтобы загрузить в Gedmatch надо секвенировать и аутосомы, т.е. полный геном (Whole Genome Sequencing). В Elite 2.1 тесте аутосом не будет. Сейчас полный геном (GenomeGuide 15x Whole Genome) со скидкой продается за $795.

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1063
  • Страна: ru
  • Рейтинг +147/-0
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: Y Elite 2.0 от Full Genomes
« Ответ #42 : 20 Январь 2017, 19:30:31 »
Жаркие дискуссии разгорелись на форуме: что лучше бигУ от FTDNA или Елит от FGC. Почитал немного про Elite 2.1. За 775$ ( надеюсь и скидка 100$ для форумчан еще действует)

Скидка была $200 - то есть в период её действия ценник получался ровно те же $575 что и у BigY. Но тут FTDNA объявили сезон скидок, базовую цену снизили до $525 да еще и ввели купоны - так что про YElite все забыли ...

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 1409
  • Страна: ru
  • Рейтинг +232/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: Y Elite 2.0 от Full Genomes
« Ответ #43 : 20 Январь 2017, 20:09:46 »
Вопрос: а можно ли в Gedmatch.com результат загрузить? Если такая возможность есть то это - бомба :).
ankr21, чтобы загрузить в Gedmatch надо секвенировать и аутосомы, т.е. полный геном (Whole Genome Sequencing). В Elite 2.1 тесте аутосом не будет. Сейчас полный геном (GenomeGuide 15x Whole Genome) со скидкой продается за $795.
Да, точно. Elite 2.1 не включает аутосомы. Информацию по крупицам собирать приходится. А результаты GenomeGuide 15x Whole Genome $795 и Whole Genome Sequencing 10x $725 в gedmatch заливаются?
http://isogg.org/wiki/User:ChrisR/current_NextGenSeq_testing
Судя по этой таблички FMS вытащить можно.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 4005
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1200/-1
  • Y-ДНК: N1c1 L1025*
  • мтДНК: U4a1a
Re: Y Elite 2.0 от Full Genomes
« Ответ #44 : 21 Январь 2017, 06:21:29 »
http://isogg.org/wiki/User:ChrisR/current_NextGenSeq_testing
Судя по этой таблички FMS вытащить можно.
Хорошая статья. И оценки качества соответствуют получавшемуся у меня при обработке древних геномов (там как раз все варианты покрытия попадаются - от 0.01x до 50x)
Цитировать
SNP call accuracy according to a 2014 study on single nucleotide variant detection and genotype calling (for chr20)[24]

    5×: 90-97%
    10×: 96-98%
    15×: 98% (Minimum for rare variants)
    ≥20×: 99%
Точность 98% означает, что довольно большое количество снипов прочтется не полностью (только один результат из двух) и например, вместо сегмента с "кузеном" в 9 сМ получится несколько 4+2+3 сМ. Хотя если снипы с малым количеством прочтений заменять на no call, наверное, на Gedmatch будет все Ок. Но идеально все же иметь покрытие в районе 50x и более.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100