Genomic study of the Ket

[Srkz]

Прочитал на выходных статью - на мой взгляд, ничего нового и интересного. Постулируется наивысший в регионе уровень ANE у кетов и северо-восточных селькупов (известно со времен открытия ANE), наличие "Кетско-уральского" компонента Admixture (тоже несколько лет, как известно. Например, есть у В.Веренича в MDLP K27), отсутствие четкой аутосомной связи между кетами и На-Дене (где-то тоже было) и несколько большая связь с популяциями Берингии (вероятно, через тот же палеосибирский ANE). Через это и некоторая связь с народом палеоэскимоса Саккака (ничем не выделяющаяся на фоне соседей). Рассуждения, что ANE разнесли по тайге енисейцы вообще всерьез воспринимать трудно - а до них там кто жил, марсиане?

PS У более восточных сибирских народов выше доля ANE в их "западной геномной компоненте", но сама эта компонента относительно ниже из-за высокой доли Восточной Азии. У более западных ниже Восточная Азия, но ниже и доля ANE по отношению к WHG. Вот и получается локальный пик у кетов. Если бы не вторжение восточноазиатов, чемпионы по ANE могли бы жить восточнее.

[rozenblatt]

Среди авторов данной статьи есть Михаил Гельфанд. Он косвенно намекал на неё в своих недавних публичных лекциях:

http://karlfuks.ru/science/gelfand/

Сейчас одна моя ученица вместе с китайской лабораторией Филиппа Хайтовича как раз занимается этими вопросами. Как я уже сказал, есть 2% неандертальских аллелей, а где сидят эти аллели? Оказалось, что у азиатов они равномерны разбросаны по всему геному, а у европейцев сидят в гене метаболизма липидов. А дальше у нас случился научный спор. Я говорил про особенности диеты, потому что у китайцев (их геномы секвенировали в качестве представителей азиатов) она в основном растительная. А предки европейцев ели много мяса. Я говорю, что причина в диете, а Хайтович говорит, что дело в том, что у нас нервные оболочки по-разному устроены. Скоро поймём, кто прав. Сейчас коллеги секвенировали геном кетов (коренной малочисленный народ Сибири. – Прим. КФ) – они, с одной стороны, азиаты, а с другой стороны, северные. И если прав я, то у них будет как у европейцев, а если прав Хайтович, то у них будет как у китайцев. Сама по себе идея, что можно задавать такие вопросы, – это полная, просто полная абсолютная фантастика.

Но про это в статье - буквально пару строчек. Возможно будет ещё статья?

[Srkz]

Среди авторов данной статьи есть Михаил Гельфанд. Он косвенно намекал на неё в своих недавних публичных лекциях:

http://karlfuks.ru/science/gelfand/

Сейчас одна моя ученица вместе с китайской лабораторией Филиппа Хайтовича как раз занимается этими вопросами. Как я уже сказал, есть 2% неандертальских аллелей, а где сидят эти аллели? Оказалось, что у азиатов они равномерны разбросаны по всему геному, а у европейцев сидят в гене метаболизма липидов. А дальше у нас случился научный спор. Я говорил про особенности диеты, потому что у китайцев (их геномы секвенировали в качестве представителей азиатов) она в основном растительная. А предки европейцев ели много мяса. Я говорю, что причина в диете, а Хайтович говорит, что дело в том, что у нас нервные оболочки по-разному устроены. Скоро поймём, кто прав. Сейчас коллеги секвенировали геном кетов (коренной малочисленный народ Сибири. – Прим. КФ) – они, с одной стороны, азиаты, а с другой стороны, северные. И если прав я, то у них будет как у европейцев, а если прав Хайтович, то у них будет как у китайцев. Сама по себе идея, что можно задавать такие вопросы, – это полная, просто полная абсолютная фантастика.

Но про это в статье - буквально пару строчек. Возможно будет ещё статья?

А где писали про равномерность неандертальских участков у азиатов? Называть кетов типичными азиатами это, конечно, ужас.

[I2a1a]

ANE и ANI - это in grosso modo один и тоже компонент, но он значительно отличается от ANE Polako (он сильно перекручен в сторону восточной Европы). Это не единственный перекрученный компонент калькуляторов Eurogenes - WHG также очевидно намерено завышен (что понятно, так как это важнейший компонент северо-востока Европы, резко выделяющий тамошних жителей от других евразийцев).
Первоначально я был противоположенного мнения, но затем мои эксперименты показали что по сути одно и то же (при параллельном запуске в supervised режиме Admixture 2 искусственных популяций  на 100% состоящих из ANE и соответственно из ANI, их проценты практически во всех популяциях оказались равными друг другу.

А потом появилась статья Chaubey в которой это утверждение постулировалось как аксиома т.е без доказательств.

[rozenblatt]

Обновлённая версия статьи: http://biorxiv.org/content/early/2015/12/14/024554

Я пробежался, из изменений заметил только то, что теперь они добавили сравнение с древними геномами из статьи Аллентофта, вроде бы карасукцы похожи на кетов.