Genomic study of the Ket

[Nimissin]

Genomic study of the Ket: a Paleo-Eskimo-related ethnic group with significant ancient North Eurasian ancestry

Abstract

The Kets, an ethnic group in the Yenisei River basin, Russia, are considered the last nomadic hunter-gatherers of Siberia, and Ket language has no transparent affiliation with any language family. We investigated connections between the Kets and Siberian and North American populations, with emphasis on the Mal'ta and Paleo-Eskimo ancient genomes, using original data from 46 unrelated samples of Kets and 42 samples of their neighboring ethnic groups (Uralic-speaking Nganasans, Enets, and Selkups). We genotyped over 130,000 autosomal SNPs, determined mitochondrial and Y-chromosomal haplogroups, and performed high-coverage genome sequencing of two Ket individuals. We established that the Kets belong to the cluster of Siberian populations related to Paleo-Eskimos. Unlike other members of this cluster (Nganasans, Ulchi, Yukaghirs, and Evens), Kets and closely related Selkups have a high degree of Mal'ta ancestry. Implications of these findings for the linguistic hypothesis uniting Ket and Na-Dene languages into a language macrofamily are discussed.

http://biorxiv.org/content/early/2015/08/13/024554

[Шад]

Некоторые комментарии:

High level of Ancient North Eurasian (ANE) ancestry among Kets

There's an interesting and very thorough preprint at bioRxiv looking at the genomic structure of Kets, the last nomadic hunter-gatherers of Siberia. From the paper: Based on all analyses, we can tentatively model Kets as a two-way mixture of East Asians and ANE. Therefore, ANE ancestry in Kets can be estimated using various f4-ratios from 27% to 62% (depending on the dataset and reference

http://eurogenes.blogspot.ru/2015/08/high-level-of-ancient-north-eurasian.html

Valikhan Dumshebayev Буквально сегодня я общался с одним из членов команды Еске Виллерслев и он сообщил мне, что они пересмотрели один из моментов относительно общего компонента между северными европейцами, индейцами и человеком из Мальты. Так вот, по новым данным этот общий компонент не является принадлежащим какой-то метапопуляции, общей для европейцев и индейцев. Он был привнесен в Европу вместе с ямниками не ранее бронзового века.

[Константинъ]

Он был привнесен в Европу вместе с ямниками не ранее бронзового века.

Разве?
Откуда такие данные?
Где кто утверждал, что до ямников его не было в восточной Европе?
И что ямники они не из восточной Европы?
Да и распространение ямников не подтверждается археологией и антропологией, а вот шнуровиков подтверждается. Однако шнуровики не ямники.
 

Мальтинец получается не имеет ничего общего с обитателями Европы эпохи палеолита - но всё таки наличие мтдна U5a и 60% WHG аутосом у самарца свидетельствует о проникновение с мезолита, когда собственно для этого появилось возможность..

Разве?
Почему не имеет, он сам имеет смешанное происхождение.
А разве у него не мтДНК U?
А разве у него нет влияния WHG?

[Srkz]

Ну да, видимо, под Европой простодушно подразумевали Западную Европу, поскольку в Восточной Европе и Скандинавии компонент ANE присутствовал и ранее.

Его мужская ветвь отошла от западников порядка 45000 лет назад, особых пересечений по видимому не было. Мтдна U слишком древняя - U* мальтинца ни как не связана с европейскими U5 которым за 30000 лет     /// влияния WHG судя по всему - заброкавали у палеолитчиков Сибири

Навряд ли будет опровергнуто происхождение WHG и ANE от одного корня (а скорее всего, там целый куст перетекающих друг в друга североевразийских компонентов, где ANE - крайний северо-восточный вариант).

[Константинъ]

Недавно попалось инфо, что изначально R1 в основном ANI и лишь по мере смещения на север они преобразовались аутосомно в ANE.

Источник?
Скорее просто выдумка, учитывая того же мальтинца.

[Srkz]

А на чём основано утверждение что WHG и ANE от одного корня ?  Разве что родство на уровне 45000 лет ещё в Ближневосточном Эдеме. Затем разошлись и вновь встретились в восточной Европе 8-9 тысяч лет назад.

Все-таки попозже, 45 тысяч лет назад это времена усть-ишимца, который всем евразийцам равный родственник, а мальтинец ближе европейцам, чем восточноазиатам.

Недавно попалось инфо, что изначально R1 в основном ANI и лишь по мере смещения на север они преобразовались аутосомно в ANE.

Что такое ANI это отдельный вопрос, нынешний ANI это во многом ANE и есть (статью пока не читал).

[rozenblatt]

Касательно взаимоотношений WHG и ANE:

Если я правильно понимаю(поправьте меня если я ошибаюсь), эталонным представителем ANE считается мальтинец, древностью 24 000 лет назад, а WHG выделены на основании образцов из Лошбура и Ла Браны, древностью порядка 8 000 лет назад. Разумно ли сравнивать образцы между которыми 16 000 лет разницы?

Насколько я понимаю в период между 37 000 лет назад(Костёнки) и 8 000 лет назад(Ла Брана, Лошбур, Самара, Карелия) полногеномных образцов из Европы и Западной Азии вообще нету, так что восстановить динамику сложно.

[Srkz]

Если я правильно понимаю(поправьте меня если я ошибаюсь), эталонным представителем ANE считается мальтинец, древностью 24 000 лет назад, а WHG выделены на основании образцов из Лошбура и Ла Браны, древностью порядка 8 000 лет назад. Разумно ли сравнивать образцы между которыми 16 000 лет разницы?

Угу, поэтому при выделении ANE из современных популяций компонент получается заметно другим
Eurogenes ANE K7
Усть-Ишим (44 тлн)
 13.41%  ANE                 
 20.70%  ASE                 
  9.84%  WHG-UHG             
 17.95%  East_Eurasian       
  2.90%  West_African       
 15.39%  East_African       
 19.81%  ENF

Костенки (37 тлн)
 15.69%  ANE                 
  9.46%  ASE                 
 37.90%  WHG-UHG             
  7.54%  East_Eurasian       
  2.09%  West_African       
  7.84%  East_African       
 19.48%  ENF

Мальта (24 тлн)
 49.25%  ANE                 
 11.14%  ASE                 
 33.20%  WHG-UHG             
  1.93%  East_Eurasian       
  0.01%  West_African       
  4.46%  East_African       
  0.00%  ENF

Лошбур (8 тлн)
  7.43%  ANE                 
  0.36%  ASE                 
 88.81%  WHG-UHG             
  3.20%  East_Eurasian       
  0.05%  West_African       
  0.14%  East_African       
  0.00%  ENF

Обратите внимание, как падает при приближении к нашему времени доля архаики (отображается, как африканские компоненты) и расклад по компонентам приобретает более привычный вид. Усть-ишимец это вообще полная мешанина - компоненты еще не сформировались в нынешнем виде.

[Vernyj]

Если я правильно понимаю(поправьте меня если я ошибаюсь), эталонным представителем ANE считается мальтинец,

Он не считается, его принимают за эталон. Аутосомные компоненты это искусственные образования, которые выделяет исследователь на свой вкус, в отличии от гаплогрупп.

Угу, поэтому при выделении ANE из современных популяций компонент получается заметно другим
Eurogenes ANE K7
Усть-Ишим (44 тлн)
 13.41%  ANE                 
 20.70%  ASE                 
  9.84%  WHG-UHG             
 17.95%  East_Eurasian       
  2.90%  West_African       
 15.39%  East_African       
 19.81%  ENF

Костенки (37 тлн)
 15.69%  ANE                 
  9.46%  ASE                 
 37.90%  WHG-UHG             
  7.54%  East_Eurasian       
  2.09%  West_African       
  7.84%  East_African       
 19.48%  ENF

Мальта (24 тлн)
 49.25%  ANE                 
 11.14%  ASE                 
 33.20%  WHG-UHG             
  1.93%  East_Eurasian       
  0.01%  West_African       
  4.46%  East_African       
  0.00%  ENF

Лошбур (8 тлн)
  7.43%  ANE                 
  0.36%  ASE                 
 88.81%  WHG-UHG             
  3.20%  East_Eurasian       
  0.05%  West_African       
  0.14%  East_African       
  0.00%  ENF

Обратите внимание, как падает при приближении к нашему времени доля архаики (отображается, как африканские компоненты) и расклад по компонентам приобретает более привычный вид. Усть-ишимец это вообще полная мешанина - компоненты еще не сформировались в нынешнем виде.

Так и должно быть. Это же расхождение из единого корня. Компоненты не могут формироваться, поскольку они достаточно искусственны. Они могут просто приниматься такими или другими на основе тех или иных данных, при этом та или иная родственность никуда не денется.

[Константинъ]

Цитата: falcon16 от Сегодня в 15:31:25

    Недавно попалось инфо, что изначально R1 в основном ANI и лишь по мере смещения на север они преобразовались аутосомно в ANE.

Источник?
Скорее просто выдумка, учитывая того же мальтинца.

When, and how exactly, did ANI become ANE? I didn't get the memo.  http://eurogenes.blogspot.ru/2015/08/comic-relief.html

Четко вижу, что там ровным счетом не написано того что утверждали вы. Даже наоборот написано.

[Srkz]

Обратите внимание, как падает при приближении к нашему времени доля архаики (отображается, как африканские компоненты) и расклад по компонентам приобретает более привычный вид. Усть-ишимец это вообще полная мешанина - компоненты еще не сформировались в нынешнем виде.

Уточню, что я имел в виду. ANE Поляко в данном калькуляторе - это то, во что превратился в результате многотысячелетнего дрейфа (причем последние тысяч десять-пятнадцать лет - совершенно изолированно на американском континенте) "исходный" ANE, который можно условно принять близким к мальтинскому. Если мы найдем исходную популяцию, от которой произошли и WHG, и ANE, то она будет выглядеть, как смесь этих компонентов. Мы попросту взяли за WHG конечный результат дрейфа одной из групп потомков, а за ANE- другой. Мальтинец находится где-то в середине процесса дрейфа, поэтому у него ANE уже преобладает, но и WHG приличная доля. Лошбур близко к конечному результату и почти чистый WHG. "Карельский" EHG выглядит, как смесь, хотя вполне может частично являться результатом дрейфа куда-то в третьем направлении:
 37.69%  ANE                 
  3.22%  ASE                 
 54.60%  WHG-UHG             
  4.48%  East_Eurasian       
  0.01%  West_African       
  0.00%  East_African       
  0.00%  ENF

Для иллюстрации и был приведен пример с уменьшением "африканских" компонентов со временем - чем дальше уходил дрейф от исходной точки развилки с современными африканцами, тем их становилось меньше. Абсолютно так же мог протекать процесс с расщеплением ANE и WHG, но с "евразийскими" ANE, в отличие от "американских", он не завершился.

[Константинъ]

Четко вижу, что там ровным счетом не написано того что утверждали вы. Даже наоборот написано.

Если исходить из того что P1, R*, R1, R2, Q продвигались с юга то естественно можно придти к выводу что ANE проистекает из источника в Северном Индостане а там она в форме ANI

Исходить можно из чего угодно, хоть что они из Америки, но вы заявили что видели доказательства вашего утверждения, и привели ссылку в которой ничего подобного нет.
Это как называется?
Картинки может рисовать каждый, они ничего не доказывают, поскольку выдумка все это.

[Константинъ]

Это как называется?
Картинки может рисовать каждый, они ничего не доказывают, поскольку выдумка все это.

1. Разумные допущения на счёт прошлого 
2. Картинки на основе ---
Refined structure in haplogroup K-M526 (Karafet et al. 2014) - http://dienekes.blogspot.ru/2014/06/refined-structure-in-haplogroup-k-m526.html

1.То есть - вы сами выдумали инфу и сами на себя ссылаетесь как на авторитет?
2.То есть - вы взяли чужие картинки и перерисовали к  ним названия и выдаете их за авторитетное мнение?
Знаете, все это называется обманом.
Если это ваше мнение, то так и пишите, и нечего придумывать еще кого-то чтобы меня и окружающих обманывать.

[Eugene]

Аутосомные компоненты это искусственные образования, которые выделяет исследователь на свой вкус, в отличии от гаплогрупп.

Так и должно быть. Это же расхождение из единого корня. Компоненты не могут формироваться, поскольку они достаточно искусственны. Они могут просто приниматься такими или другими на основе тех или иных данных, при этом та или иная родственность никуда не денется.

Это не совсем так. Точнее и гаплогруппы - условны и искуственно ссылаются на определенный уровень.
Снипы, из которых состоят аутосомные компоненты - это реальные мутации, имеющие реальное распространение и за каждым из их стоят реальные предки.

[Vernyj]

Аутосомные компоненты это искусственные образования, которые выделяет исследователь на свой вкус, в отличии от гаплогрупп.

Так и должно быть. Это же расхождение из единого корня. Компоненты не могут формироваться, поскольку они достаточно искусственны. Они могут просто приниматься такими или другими на основе тех или иных данных, при этом та или иная родственность никуда не денется.

Это не совсем так. Точнее и гаплогруппы - условны и искуственно ссылаются на определенный уровень.
Снипы, из которых состоят аутосомные компоненты - это реальные мутации, имеющие реальное распространение и за каждым из их стоят реальные предки.

Однако снипы это не компоненты. И в этом смысле они достаточно искусственное образование. Пиша слово гаплогруппы я и подразумевал снипы.