Говорить об "исходной башкирской популяции" некорректно, поскольку башкиры сложились через развитие союза племен
Это не имеет значения. Возьмите сами за исходную единицу то, что Вам кажется правильным - "род", "племя", "общину", "клан" и т. д.
современные родоплеменные таксоны обладают тенденцией к корреляции с филогенией Y-ДНК
И вот нужно доказать, что эта корреляция (если она действительно имеет место быть) не является следствием генетико-автоматических и популяционных эффектов.
Аутосомный же фон менялся при каждом успешном похищении сабинянок.
А какая разница, почему он меняется? Причины могут быть какие-угодно - это не важно. Важно, что вместе с аутосомами меняются сами люди. Были одни люди, а стали - другие. Это, собственно, единственное, что по-настоящему важно. А то, что язык тот же самый, предположим, сохранился, или гаплогруппы - это совершеннейшие пустяки.