Так генетический статус алтайской семьи как раз и отрицается многими тюркологами.
Хотя те же, например, тюркские и монгольские очень близки и очень сложно понять кто что у кого и когда заимствовал.
Если копнуть глубже, то полагаю на каком то уровне вполне можно будет если не разрушить, то по меньшей мере отринуть простую древовидную модель и для тюркских языков.
Да и с точки зрения историографии вопроса, насколько я понимаю, индоевропеистика развивалась поступательно путем добавления все новых языков, расширения общего словаря и т.д.
Но осуществлялась ли тщательная критическая проверка? Будучи не специалистом мне на глаза до сих пор попалась лишь теория Ф. Кортландта, но и она на первый взгляд выглядит более обоснованной, нежели ностратическая теория в плане объяснения связей индоевропейских языков с кавказскими, уральскими и алтайскими.