Полагаю, что это можно экспериментально продемонстрировать на матрицах от разных групп исследователей, показав что расстояния Робинсона-Фолдса между реконструкциями всякий раз, когда матрица дает четкий сигнал, значительно больше зависят от самой матрицы, чем от метода.
Но лет 7-8 назад, когда мы это много обсуждали с Лешей, он как раз сомневался в подобной инвариантности метода. Однако он использовал тогда чаще upgma/nei, тогда как ml, байес и парсимония дают более сходный друг с другом результат, отличающийся от такового у дистантных методов. Я до сих пор не считаю дистантные методы адекватными, поэтому игнорирую результат их применения полностью.
Но следует заметить, что покойный Старостин работал исключительно дистантными методами.