АвторТема: MDLP K12 Beta  (Прочитано 1579 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн SSlavaАвтор темы

  • Сообщений: 952
  • Страна: 00
  • Рейтинг +60/-107
  • Y-ДНК: J-CTS6804
MDLP K12 Beta
« : 29 Июнь 2015, 17:40:05 »
https://drive.google.com/file/d/0B6n7iMc2P-yQdEpGNWVmbHRlU1U/view?pli=1
Вот новый калькулятор, если я не ошибаюсь. Не нашел тут темы с ним. Интересно, у кого какие результаты будут?

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 5275
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2015/-2
  • Y-ДНК: N1c L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: MDLP K12 Beta
« Ответ #1 : 29 Июнь 2015, 17:54:37 »
Пост автора в Фэйсбуке:
Цитировать
Здесь http://www.anthrogenica.com/showthread.php?4771-MDLP-K10-Ancient_Roots-%28beta%29 громят мою новую бета-версию этно-популяционного калькулятора в котором каждый испытуемый может смоделировать собственный геном (вернее точечные снипы определяемые в 22andme и FTDNA) как смесь различных (190) геномов древних людей.

А здесь тоже самое - но только другой версии K12. http://www.anthrogenica.com/showthread.php?4762-MDLP-K12-beta%2Fpage15

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 1944
  • Страна: 00
  • Рейтинг +486/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: MDLP K12 Beta
« Ответ #2 : 29 Июнь 2015, 17:55:58 »
        12 ancestral populations
     91042 total SNPs
         0 flipped SNPs
     27738 heterozygous SNPs
       340 no-calls
       258 absent SNPs
  0.993432 genotype rate
      mode genomewide

   598 SNPs missing (no-call or absent)

  1670  dQ:  1.009E-07  goal:  1.000E-07

      1673 total iterations
 9.986E-08 final dQ

 ----------------------------
 FINAL ADMIXTURE PROPORTIONS:
 ----------------------------

 14.77%  Early-Neolithic
 10.63%  Middle-Neolithic
 14.78%  WHG
 18.98%  Basal-Eurasian
  4.65%  ANE-Siberian
  4.75%  East-Aasian
  2.92%  Native-American
  0.43%  Arhaic-Man
  2.02%  African
  1.04%  Oceanian
  1.61%  ASI
 23.44%  ANE-Yamnaya

     CPU time =   22.51 sec


Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 5275
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2015/-2
  • Y-ДНК: N1c L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: MDLP K12 Beta
« Ответ #3 : 29 Июнь 2015, 18:05:44 »
 13.33%  Early-Neolithic     
  9.67%  Middle-Neolithic   
 13.12%  WHG                 
 19.25%  Basal-Eurasian     
  5.51%  ANE-Siberian       
  7.15%  East-Aasian         
  3.44%  Native-American     
  0.82%  Arhaic-Man         
  1.10%  African             
  2.03%  Oceanian           
  0.75%  ASI                 
 23.82%  ANE-Yamnaya

Команда ModOracle
[1,] "Pole"                  "5.0335"
 [2,] "Icelandic"             "5.0971"
 [3,] "Norwegian"             "5.2515"
 [4,] "Swede"                 "5.502" 
 [5,] "Latvian"               "5.5484"
 [6,] "Lithuanians"           "5.6243"
 [7,] "Lithuanian"            "5.7425"
 [8,] "Estonian"              "5.8381"
 [9,] "Polish"                "5.8404"
[10,] "English_Cornwall_GBR"  "5.9316"
[11,] "Orcadian"              "6.089" 
[12,] "Belarusian"            "6.111" 
[13,] "Russians"              "6.115" 
[14,] "British"               "6.1664"
[15,] "South-Russian"         "6.1788"
[16,] "Ukrainian"             "6.272" 
[17,] "Center-Russian"        "6.4957"
[18,] "Estonians"             "6.5365"
[19,] "Welsh"                 "6.6499"
[20,] "Ukranians"             "6.9595"
[21,] "Czech"                 "7.0157"
[22,] "German"                "7.0472"
[23,] "CEU"                   "7.0692"
[24,] "Don_cossack"           "7.4777"
[25,] "Finn"                  "7.632" 
[26,] "Slovak"                "7.8839"
[27,] "English_Kent_GBR"      "7.9957"
[28,] "Slovenian"             "8.137" 
[29,] "Hungarian_Coriell"     "8.2062"
[30,] "Hungarians"            "8.2147"
[31,] "Mordovians"            "8.4833"
[32,] "Russian"               "8.7083"
[33,] "Finnish_FIN"           "8.7878"
[34,] "Croat"                 "8.8443"
[35,] "Karelian"              "8.9608"
[36,] "Hungarian_Metspalu"    "9.1161"
[37,] "Croatian"              "9.12"   
[38,] "North-Russian"         "9.2562"
[39,] "Vepsa"                 "9.2665"
[40,] "Bosnian"               "9.5093"
[41,] "French"                "9.6005"
[42,] "Croat_BH"              "9.9526"
[43,] "Serb_BH"               "10.0736"
[44,] "Occitan"               "10.4476"
[45,] "Inkeri-Finn"           "10.6491"
[46,] "Serb_Serbia"           "11.0259"
[47,] "Basque_Spanish"        "11.268"
[48,] "Spanish_Valencia_IBS"  "11.3164"
[49,] "French_Basque"         "11.5708"
[50,] "Spanish_Cantabria_IBS" "11.5718"

  [1,] "86.6% Pole + 13.4% Bell_Beaker_LN"                        "2.9252"
 [2,] "84.2% Lithuanian + 15.8% Bell_Beaker_LN"                  "2.9336"
 [3,] "91% Icelandic + 9% Samara_HG"                             "2.9447"
 [4,] "87.9% Norwegian + 12.1% BenzigerodeHeimburg_LN"           "2.9822"
 [5,] "82.7% Ukrainian + 17.3% Bell_Beaker_LN"                   "3.0037"
 [6,] "83.4% Czech + 16.6% BenzigerodeHeimburg_LN"               "3.1136"
 [7,] "93.4% Swede + 6.6% Yamnaya"                               "3.1627"
 [8,] "87.6% Swede + 12.4% BenzigerodeHeimburg_LN"               "3.223"
 [9,] "85.8% Czech + 14.2% Unetice_EBA"                          "3.2533"
[10,] "91.9% Icelandic + 8.1% Karelia_HG"                        "3.2537"
[11,] "82.4% Center-Russian + 17.6% Bell_Beaker_LN"              "3.263"
[12,] "93.5% Swede + 6.5% Unetice_EBA_relative_of_I0117"         "3.2658"
[13,] "84.5% Polish + 15.5% Bell_Beaker_LN"                      "3.2734"
[14,] "89% Icelandic + 11% BenzigerodeHeimburg_LN"               "3.3003"
[15,] "86.8% Polish + 13.2% BenzigerodeHeimburg_LN"              "3.3246"
[16,] "86.6% Norwegian + 13.4% Bell_Beaker_LN"                   "3.3291"
[17,] "89.3% Pole + 10.7% BenzigerodeHeimburg_LN"                "3.3427"
[18,] "92.2% Swede + 7.8% Corded_Ware_LN"                        "3.3452"
[19,] "85.8% Swede + 14.2% Bell_Beaker_LN"                       "3.3627"
[20,] "83.8% Belarusian + 16.2% Bell_Beaker_LN"                  "3.3795"
[21,] "83.6% South-Russian + 16.4% Bell_Beaker_LN"               "3.3865"
[22,] "91.3% Norwegian + 8.7% Samara_HG"                         "3.3889"
[23,] "85.9% South-Russian + 14.1% BenzigerodeHeimburg_LN"       "3.3963"
[24,] "91.2% Czech + 8.8% Unetice_EBA_relative_of_I0117"         "3.4416"
[25,] "91.3% Czech + 8.7% Yamnaya"                               "3.4535"
[26,] "94.6% Pole + 5.4% Yamnaya"                                "3.4816"
[27,] "89.5% Czech + 10.5% Corded_Ware_LN"                       "3.4893"
[28,] "85.9% Latvian + 14.1% Bell_Beaker_LN"                     "3.4893"
[29,] "90.6% Norwegian + 9.4% Unetice_EBA"                       "3.5051"
[30,] "81.4% Ukranians + 18.6% Bell_Beaker_LN"                   "3.5052"
[31,] "92.7% South-Russian + 7.3% Yamnaya"                       "3.512"
[32,] "80.6% Lithuanian + 19.4% HungaryGamba_IA"                 "3.5169"
[33,] "81.4% Latvian + 18.6% HungaryGamba_IA"                    "3.5196"
[34,] "94.7% Pole + 5.3% Unetice_EBA_relative_of_I0117"          "3.5363"
[35,] "84% Ukranians + 16% BenzigerodeHeimburg_LN"               "3.5604"
[36,] "85.9% Ukrainian + 14.1% BenzigerodeHeimburg_LN"           "3.5783"
[37,] "76.7% Gagauz + 23.3% Samara_HG"                           "3.5789"
[38,] "92.7% South-Russian + 7.3% Unetice_EBA_relative_of_I0117" "3.5886"
[39,] "91.2% Icelandic + 8.8% Unetice_EBA"                       "3.5911"
[40,] "86.4% Belarusian + 13.6% BenzigerodeHeimburg_LN"          "3.5992"
[41,] "85.2% Estonian + 14.8% Bell_Beaker_LN"                    "3.6119"
[42,] "93.7% Pole + 6.3% Corded_Ware_LN"                         "3.6157"
[43,] "92.1% Norwegian + 7.9% Karelia_HG"                        "3.6245"
[44,] "94.4% Norwegian + 5.6% Yamnaya"                           "3.6423"
[45,] "94.7% Icelandic + 5.3% Yamnaya"                           "3.6509"
[46,] "94.4% Norwegian + 5.6% Unetice_EBA_relative_of_I0117"     "3.6576"
[47,] "93.2% Norwegian + 6.8% Corded_Ware_LN"                    "3.6658"
[48,] "93.6% Icelandic + 6.4% Corded_Ware_LN"                    "3.6882"
[49,] "94.8% Icelandic + 5.2% Unetice_EBA_relative_of_I0117"     "3.6883"
[50,] "91.3% South-Russian + 8.7% Corded_Ware_LN"                "3.703"

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 5275
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2015/-2
  • Y-ДНК: N1c L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: MDLP K12 Beta
« Ответ #4 : 29 Июнь 2015, 18:09:46 »
 18.21%  ENF                 
 15.89%  MHG                 
 23.17%  OOA-Basal           
  7.92%  East-Eurasian       
  3.86%  Amerindian         
  0.72%  Archaic-Man         
  1.11%  Human_root         
  2.26%  Oceanian           
  0.93%  ASA                 
 25.93%  ANE

[1,] "Karsdorf_LN"                   "10.2008"
 [2,] "Nordic-IA"                     "10.4922"
 [3,] "Sintashta"                     "13.4298"
 [4,] "HungaryGamba_IA"               "15.6115"
 [5,] "Andronovo"                     "15.8353"
 [6,] "Bell_Beaker_LN"                "18.3163"
 [7,] "Hungary-Vatya"                 "19.3005"
 [8,] "BenzigerodeHeimburg_LN"        "21.1079"
 [9,] "AG2"                           "21.7805"
[10,] "Esperstedt_MN"                 "22.5901"
[11,] "Nordic-BattleAxe"              "23.045"
[12,] "Karasuk"                       "26.1115"
[13,] "Baalberge_MN"                  "26.8705"
[14,] "EuropeanIronAge"               "28.3433"
[15,] "Spain_MN"                      "29.4398"
[16,] "SwedenSkoglund_MN_lessThan20K" "29.5121"
[17,] "Russia-Yamnaya"                "29.6397"
[18,] "Unetice_Poland"                "30.2043"
[19,] "Bell_Beaker_Nordic"            "30.5273"
[20,] "HungaryGamba_BA"               "30.8924"
[21,] "Alberstedt_LN"                 "32.7816"
[22,] "Unetice_EBA"                   "33.2515"
[23,] "Ust_Ishim"                     "33.8311"
[24,] "Corded_Ware_EastEurope"        "34.6632"
[25,] "Stuttgart"                     "35.2932"
[26,] "Nordic-LN"                     "35.4832"
[27,] "Aleutian"                      "35.8532"
[28,] "LBK_EN"                        "38.4014"
[29,] "Hixton"                        "39.5839"
[30,] "Basal_Eurasian"                "39.7479"
[31,] "Halberstadt_LBA"               "40.2878"
[32,] "Starcevo_EN"                   "43.427"
[33,] "Samara_HG"                     "43.9166"
[34,] "Karelia_HG"                    "44.2318"
[35,] "Corded_Ware_LN"                "44.7016"
[36,] "MA1"                           "50.8217"
[37,] "Nordic-BA"                     "52.4485"
[38,] "AusAboriginal"                 "53.9354"
[39,] "Yamnaya"                       "55.0986"
[40,] "SwedenSkoglund_MHG"            "57.1376"
[41,] "HungaryGamba_EN"               "58.1714"
[42,] "Loschbour"                     "58.4255"
[43,] "Spain_EN"                      "63.0917"
[44,] "Unetice_EBA_relative_of_I0117" "64.9013"
[45,] "SwedenSkoglund_MN"             "73.3873"
[46,] "Botocudo"                      "76.2869"
[47,] "SwedenSkoglund_NHG"            "76.9328"
[48,] "MiddleDorset"                  "78.4384"
[49,] "HungaryGamba_CA"               "79.7241"
[50,] "LateDorset"                    "80.0739"

[1,] "91% Karsdorf_LN + 9% LBKT_EN"                                 "4.886"
 [2,] "91% Karsdorf_LN + 9% Spain_EN_relative_of_I0410"              "4.886"
 [3,] "9.4% Iceman + 90.6% Karsdorf_LN"                              "4.8897"
 [4,] "22.7% HungaryGamba_BA + 77.3% Karsdorf_LN"                    "4.8973"
 [5,] "10.1% HungaryGamba_CA + 89.9% Karsdorf_LN"                    "4.9919"
 [6,] "87.8% Karsdorf_LN + 12.2% Spain_EN"                           "5.2178"
 [7,] "89.4% Karsdorf_LN + 10.6% SwedenSkoglund_MN"                  "5.3785"
 [8,] "12.9% HungaryGamba_EN + 87.1% Karsdorf_LN"                    "5.51" 
 [9,] "21.9% Bell_Beaker_Nordic + 78.1% Karsdorf_LN"                 "5.7992"
[10,] "59.4% Karsdorf_LN + 40.6% Sintashta"                          "6.0709"
[11,] "78.3% Karsdorf_LN + 21.7% Unetice_Poland"                     "6.075"
[12,] "79.8% Nordic-IA + 20.2% Ust_Ishim"                            "6.2412"
[13,] "51.1% Karsdorf_LN + 48.9% Nordic-IA"                          "6.3688"
[14,] "31.6% Bell_Beaker_LN + 68.4% Karsdorf_LN"                     "6.4221"
[15,] "30.2% Hungary-Vatya + 69.8% Karsdorf_LN"                      "6.4888"
[16,] "35.3% Andronovo + 64.7% Karsdorf_LN"                          "6.4951"
[17,] "78.7% Karsdorf_LN + 21.3% Spain_MN"                           "6.6132"
[18,] "7.3% East-Eurasian + 92.7% Nordic-IA"                         "6.7775"
[19,] "83.3% Karsdorf_LN + 16.7% LBK_EN"                             "6.8235"
[20,] "18.2% Corded_Ware_EastEurope + 81.8% Karsdorf_LN"             "6.8746"
[21,] "25.9% Esperstedt_MN + 74.1% Karsdorf_LN"                      "6.9148"
[22,] "9.3% Botocudo + 90.7% Nordic-IA"                              "7.0152"
[23,] "74.9% Karsdorf_LN + 25.1% Nordic-BattleAxe"                   "7.0571"
[24,] "23.4% Karasuk + 76.6% Nordic-IA"                              "7.1335"
[25,] "85.6% Karsdorf_LN + 14.4% Starcevo_EN"                        "7.2349"
[26,] "15.4% Hixton + 84.6% Karsdorf_LN"                             "7.3346"
[27,] "33.8% HungaryGamba_IA + 66.2% Karsdorf_LN"                    "7.4103"
[28,] "83.6% Karsdorf_LN + 16.4% Stuttgart"                          "7.6197"
[29,] "75.2% Sintashta + 24.8% Ust_Ishim"                            "7.9164"
[30,] "85.1% HungaryGamba_IA + 14.9% SwedenSkoglund_NHG"             "7.9726"
[31,] "82% Karsdorf_LN + 18% Russia-Yamnaya"                         "8.044"
[32,] "85.6% Andronovo + 14.4% Near_East"                            "8.055"
[33,] "85.1% Karsdorf_LN + 14.9% Nordic-LN"                          "8.2009"
[34,] "19% Baalberge_MN + 81% Karsdorf_LN"                           "8.2406"
[35,] "68.2% HungaryGamba_IA + 31.8% SwedenSkoglund_MN_lessThan20K"  "8.3661"
[36,] "13.2% HungaryGamba_HG + 86.8% HungaryGamba_IA"                "8.4198"
[37,] "74.4% Andronovo + 25.6% Basal_Eurasian"                       "8.5316"
[38,] "87.7% HungaryGamba_IA + 12.3% LaBrana1"                       "8.5344"
[39,] "87.7% HungaryGamba_IA + 12.3% Motala_HG"                      "8.5344"
[40,] "87.7% HungaryGamba_IA + 12.3% SwedenSkoglund_NHG_lessThan20K" "8.5344"
[41,] "22.3% BenzigerodeHeimburg_LN + 77.7% Karsdorf_LN"             "8.5641"
[42,] "67% Andronovo + 33% EuropeanIronAge"                          "8.6024"
[43,] "18% Karasuk + 82% Karsdorf_LN"                                "8.6541"
[44,] "58.4% BenzigerodeHeimburg_LN + 41.6% EuropeanIronAge"         "8.7065"
[45,] "12.5% Basal_Eurasian + 87.5% Nordic-IA"                       "8.9055"
[46,] "81.9% HungaryGamba_IA + 18.1% Loschbour"                      "8.9374"
[47,] "6.3% Near_East + 93.7% Nordic-IA"                             "8.9705"
[48,] "85.3% Karsdorf_LN + 14.7% SwedenSkoglund_MN_lessThan20K"      "8.9757"
[49,] "39.1% AG2 + 60.9% HungaryGamba_IA"                            "9.0005"
[50,] "13% Aleutian + 87% Nordic-IA"                                 "9.1261"

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 5275
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2015/-2
  • Y-ДНК: N1c L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: MDLP K12 Beta
« Ответ #5 : 29 Июнь 2015, 18:19:08 »
Early-Neolithic
 [1,] "LBKT_EN"                        "0"     
 [2,] "Spain_EN_relative_of_I0410"     "0"
Middle-Neolithic
 [1,] "Esperstedt_MN"                  "0"
WHG
 [1,] "LaBrana1"                       "0"     
 [2,] "Motala_HG"                      "0"     
 [3,] "SwedenSkoglund_NHG"             "0"     
 [4,] "SwedenSkoglund_NHG_lessThan20K" "0"
Basal-Eurasian
 [1,] "BedouinB"       "3.4547"
 [2,] "Bedouin"        "6.6418"
ANE-Siberian
 [1,] "Karsdorf_LN"          "32.0013"
 [2,] "AG2"                  "38.2767"
East-Aasian
 [1,] "Nivkh"          "0"     
 [2,] "Ulchi"          "0.5367"
Native-American
 [1,] "Athabascan"   "0"     
 [2,] "Birnirk"      "0"     
 [3,] "Clovis"       "0"     
 [4,] "Thule"        "0"
Arhaic-Man (Оу, неандертальцы ;D )
 [1,] "Altai"         "0"       
 [2,] "RR"            "0"       
 [3,] "Vindija"       "0"
African
 [1,] "MbutiPygmy"             "0"
Oceanian
 [1,] "Bougainville"     "0"
ASI (почему ASI?)
[1,] "Kostenki14"         "0"
ANE-Yamnaya
 [1,] "Unetice_EBA_relative_of_I0117" "27.0549"
 [2,] "Yamnaya"                       "29.221"
 [3,] "Corded_Ware_LN"                "35.8424"

Оффлайн Yaroslav

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 11614
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2132/-9
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: MDLP K12 Beta
« Ответ #6 : 20 Август 2015, 21:27:59 »
К12 Beta не нашёл, есть просто К12, но, вроде как это другой калькулятор.

Нашёл вот этот: MDLP K23b

This program is based on 4-Ancestors Oracle Version 0.96 by Alexandr Burnashev.
Questions about results should be sent to him at: Alexandr.Burnashev@gmail.com
Original concept proposed by Sergey Kozlov.
Many thanks to Alexandr for helping us get this web version developed.

MDLP K23b Oracle Rev 2014 Sep 16

Admix Results (sorted):

#   Population   Percent
1   European_Hunters_Gatherers   53.13
2   Caucasian   25.54
3   European_Early_Farmers   10.49
4   Ancestral_Altaic   2.84
5   East_Siberian   2.61
6   Australoid   1.27
7   East_African   1.05

Finished reading population data. 620 populations found.
23 components mode.

--------------------------------

Least-squares method.

Using 1 population approximation:
1 Russian-North-West @ 4.011077
2 Russian-West @ 4.317825
3 Sorb @ 4.413561
4 Kashub @ 4.899096
5 Russian_North @ 5.088225
6 Belarusian-East @ 5.186023
7 Russian-Upper-Volga @ 5.543849
8 Belarusian_West @ 5.639800
9 Russian_South @ 5.643616
10 Russian_Meshtchyora @ 5.867427
11 Ukrainian_East @ 5.937398
12 Ukrainian_Center @ 6.013093
13 Don_cossack @ 6.657373
14 Ukrainian @ 6.769853
15 Ukrainian_West @ 7.301747
16 Erzya @ 8.209677
17 Russian-North @ 8.304277
18 Finnish_FIN @ 8.396415
19 Slovak @ 8.414014
20 Balt @ 8.570374

Using 2 populations approximation:
1 50% Finn_West +50% Pole @ 3.162040

Using 3 populations approximation:
1 50% Pole +25% Russian-North +25% Swede @ 2.785100
« Последнее редактирование: 20 Август 2015, 21:35:55 от Yaroslav »

Оффлайн Yaroslav

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 11614
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2132/-9
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: MDLP K12 Beta
« Ответ #7 : 20 Август 2015, 22:21:31 »
Интересны лужичане на третьем месте и кашубы на четвёртом.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100