АвторТема: 101 ancient genomes from Bronze/Iron Age Europe, Caucasus, Armenia and Kazakhstan  (Прочитано 37249 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн smal

  • Сообщений: 1060
  • Страна: by
  • Рейтинг +407/-3
  • Y-ДНК: R-CTS9219
  • мтДНК: U4a
Есть же описание образцов
Первый - Corded Ware Эстония
Шестой - Nordic MN B Дания

Оффлайн Arsen

  • Сообщений: 837
  • Страна: 00
  • Рейтинг +111/-53
  • Y-ДНК: R1b - L23
  • мтДНК: H13a1a1
Уважаемый smal, направьте пожалуйста, где они приведены (самостоятельно не смог найти)?

Очень интересно, какие были использованы степные образцы.

Оффлайн smal

  • Сообщений: 1060
  • Страна: by
  • Рейтинг +407/-3
  • Y-ДНК: R-CTS9219
  • мтДНК: U4a
там же где и bam файлы смотрите Sample accession > Attributes

Оффлайн FenriRАвтор темы

  • Сообщений: 1958
  • Страна: 00
  • Рейтинг +503/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
там же где и bam файлы смотрите Sample accession > Attributes
спс, забыл уже, что есть)

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • ...
  • Сообщений: 8730
  • Страна: gt
  • Рейтинг +675/-6
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Есть даже файлы в формате BAM
http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB9021
что радует - не надо опять лезть в линукс и обрабатывать данные 3-4 инструментами)
запустил первого (2.6 гига), ув. Srkz - шестого (1.2 гига)

Y там есть?

Оффлайн FenriRАвтор темы

  • Сообщений: 1958
  • Страна: 00
  • Рейтинг +503/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Y там есть?
вытащим все, что есть в BAM-файлах, используем этот инструмент:
http://www.y-str.org/2014/04/bam-analysis-kit.html
там ничего сложного нет,
благо не нужно переводить файлы в BAM.

Оффлайн FenriRАвтор темы

  • Сообщений: 1958
  • Страна: 00
  • Рейтинг +503/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
А сколько по времени занимает определение гаплогруппы из Bam файла ? Может статья выйдет раньше в случае трудоемкости процесса.. Надеюсь что все 101 геном будут мужскими так как с женскими и так всё ясно..
     
не знаю точно, но не очень долго)


я просмотрел 51 образец, пока что, там 50-50 мужских и женских сэмплов
« Последнее редактирование: 10 Июнь 2015, 21:13:06 от пенелопа »

Онлайн Srkz

  • Сообщений: 5473
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2255/-2
  • Y-ДНК: N-L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
там же где и bam файлы смотрите Sample accession > Attributes
Занес информацию по всем образцам в таблицу

Оффлайн FenriRАвтор темы

  • Сообщений: 1958
  • Страна: 00
  • Рейтинг +503/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
жаль, что среди андроновцев только один мужской сэмпл, зато добавили ямников из ростовской области

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 8267
  • Страна: kz
  • Рейтинг +751/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
вытащим все, что есть в BAM-файлах, используем этот инструмент: http://www.y-str.org/2014/04/bam-analysis-kit.html
там ничего сложного нет, благо не нужно переводить файлы в BAM.
А сколько по времени занимает определение гаплогруппы из Bam файла ? Может статья выйдет раньше в случае трудоемкости процесса.. Надеюсь что все 101 геном будут мужскими так как с женскими и так всё ясно..

- Late Neolithic, Bronze and Iron Age remains from Germany, Poland and/or Scandinavia
- Copper, Bronze and Iron Age remains from Bulgaria
- Bronze and/or Iron Age remains from Hungary
- Sintashta from Kazakhstan
- Maikop from Russia
- Yamnaya from Russia
- Afanasevo from Russia         

Allentoft 2015 samples - https://docs.google.com/spreadsheets/d/1HuNPykGuq2PbHkUOL5dCiwrveIy-OGO2qOklwfsayW8/edit?pli=1#gid=0   
Интересно, а определят гаплогруппу или субклад тоже?

Оффлайн FenriRАвтор темы

  • Сообщений: 1958
  • Страна: 00
  • Рейтинг +503/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
ЗЫ Майкопа я, что-то, не заметил...

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • ...
  • Сообщений: 8730
  • Страна: gt
  • Рейтинг +675/-6
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Y там есть?
вытащим все, что есть в BAM-файлах, используем этот инструмент:
http://www.y-str.org/2014/04/bam-analysis-kit.html
там ничего сложного нет,
благо не нужно переводить файлы в BAM.
Пожалуйста, дайте точную ссылку на БАМы

Оффлайн FenriRАвтор темы

  • Сообщений: 1958
  • Страна: 00
  • Рейтинг +503/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Пожалуйста, дайте точную ссылку на БАМы

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB9021
вкладка "read files"; потом столбец "Submitted files (ftp)";    
BAM File 1 (названия в столбце идентичны для каждого образца)

ЗЫ если кто-нибудь захочет самостоятельно обработать файлы, напишите какие сэмплы берете, чтобы не дублировать работу.
« Последнее редактирование: 10 Июнь 2015, 19:41:22 от FenriR »

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • ...
  • Сообщений: 8730
  • Страна: gt
  • Рейтинг +675/-6
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Пожалуйста, дайте точную ссылку на БАМы

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB9021
вкладка "read files"; потом столбец "Submitted files (ftp)";    
BAM File 1 (названия в столбце идентичны для каждого образца)

ЗЫ если кто-нибудь захочет самостоятельно обработать файлы, напишите какие сэмплы берете, чтобы не дублировать работу.
Спасибо огромное

Онлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1165
  • Страна: kg
  • Рейтинг +1314/-0
  • Y-ДНК: C-F5481
  • мтДНК: M8a

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100