АвторТема: Tracing the Route of Modern Humans out of Africa by Using 225 Human Genome...  (Прочитано 1448 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн пенелопаАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5862
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2092/-12
  • мтДНК: H1b
Tracing the Route of Modern Humans out of Africa by Using 225 Human Genome Sequences from Ethiopians and Egyptians

Luca Pagani, Stephan Schiffels, Deepti Gurdasani, Petr Danecek, Aylwyn Scally, Yuan Chen, Yali Xue, Marc Нaber, Rosemary Ekong, Tamiru Oljira, Ephrem Mekonnen, Donata Luiselli, Neil Bradman, Endashaw Bekele, Pierre Zalloua, Richard Durbin, Toomas Kivisild, Chris Tyler-Smith.

Цитировать
The predominantly African origin of all modern human populations is well established, but the route taken out of Africa is still unclear. Two alternative routes, via Egypt and Sinai or across the Bab el Mandeb strait into Arabia, have traditionally been proposed as feasible gateways in light of geographic, paleoclimatic, archaeological, and genetic evidence. Distinguishing among these alternatives has been difficult. We generated 225 whole-genome sequences (225 at 8× depth, of which 8 were increased to 30×; Illumina HiSeq 2000) from six modern Northeast African populations (100 Egyptians and five Ethiopian populations each represented by 25 individuals). West Eurasian components were masked out, and the remaining African haplotypes were compared with a panel of sub-Saharan African and non-African genomes. We showed that masked Northeast African haplotypes overall were more similar to non-African haplotypes and more frequently present outside Africa than were any sets of haplotypes derived from a West African population. Furthermore, the masked Egyptian haplotypes showed these properties more markedly than the masked Ethiopian haplotypes, pointing to Egypt as the more likely gateway in the exodus to the rest of the world. Using five Ethiopian and three Egyptian high-coverage masked genomes and the multiple sequentially Markovian coalescent (MSMC) approach, we estimated the genetic split times of Egyptians and Ethiopians from non-African populations at 55,000 and 65,000 years ago, respectively, whereas that of West Africans was estimated to be 75,000 years ago. Both the haplotype and MSMC analyses thus suggest a predominant northern route out of Africa via Egypt.

http://www.cell.com/ajhg/abstract/S0002-9297%2815%2900156-1

Оффлайн Teresh

  • Сообщений: 391
  • Страна: ru
  • Рейтинг +156/-0
  • Y-ДНК: R1a [YP237+ YP578+]
  • мтДНК: U5a1f
Египтяне, помимо всего прочего, еще выделяются наличием гаплогруппы R1a.
.bed, .bim, .fam и .vcf-файлы выдает первый автор по запросу.
Хорошо бы на YFull закачать что-нибудь интересное.
« Последнее редактирование: 01 Июнь 2015, 05:50:32 от Teresh »

Оффлайн Asmat headhunter

  • Биохимическая субстанция
  • Сообщений: 11852
  • Страна: id
  • Рейтинг +753/-34
  • И того казака те тунгусы пальмами тут искололи
В Египет же проникало население с юга. Может, именно это удревняет разделение с неафриканцами? ???

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6301
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1221/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Египтяне, помимо всего прочего, еще выделяются наличием гаплогруппы R1a.
BAM-файлы выдает первый автор по запросу.
Хорошо бы на YFull закачать что-нибудь интересное.

А есть какой-то расклад по Y-гаплогруппам использованных образцов? Там же анализ был по аутосомам...

Оффлайн Teresh

  • Сообщений: 391
  • Страна: ru
  • Рейтинг +156/-0
  • Y-ДНК: R1a [YP237+ YP578+]
  • мтДНК: U5a1f
А есть какой-то расклад по Y-гаплогруппам использованных образцов? Там же анализ был по аутосомам...
В Extended PDF есть расклад по Y-гаплогруппам.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6301
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1221/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
А есть какой-то расклад по Y-гаплогруппам использованных образцов? Там же анализ был по аутосомам...
В Extended PDF есть расклад по Y-гаплогруппам.

Да, увидел - Figure S2. Только там R1b

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2003
  • Страна: 00
  • Рейтинг +526/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
блогеры уже отписались по поводу работы:

http://eurogenes.blogspot.de/2015/05/another-strange-paper-from-wellcome.html
Цитировать
Another strange paper from the Wellcome Trust

I often don't agree with what Greg Cochran has to say (for instance, see here). However, his last post, a damning critique of the recent Pagani et al. paper on the Out of Africa exodus, was simply awesome:

I’ve been complaining about researchers being too narrow. This article is a spectacular example. But it’s not just the lead author: everyone whose name is on the paper must be assumed to be equally ignorant and incurious – as well as the reviewers, and editors, and for that matter anyone who doesn’t stay up all night laughing at them.

Very well put. But this is actually the second paper in only a matter of weeks from Wellcome Trust scientists that defies reason. Last month Ayub et al. claimed that the Kalash people of the Hindu Kush were an ancient north Eurasian population isolated from their neighbors for ~12,000 years. Check out my befuddlement here.

Поляко цитирует этот пост:
https://westhunt.wordpress.com/2015/05/29/out-of-africa/


Оффлайн Teresh

  • Сообщений: 391
  • Страна: ru
  • Рейтинг +156/-0
  • Y-ДНК: R1a [YP237+ YP578+]
  • мтДНК: U5a1f
Да, увидел - Figure S2. Только там R1b
R-Z93  - R1a,  R-M269 - R1b

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6301
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1221/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Да, увидел - Figure S2. Только там R1b
R-Z93  - R1a,  R-M269 - R1b

Да, точно - Z нечётко читалось. Согласен. Тогда выходит, что R1a тоже есть.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100