АвторТема: A comment on the paper: Extended Y chromosome haplotypes resolve multiple and un  (Прочитано 19218 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Каржавин

  • ...
  • Сообщений: 1928
  • Рейтинг +144/-2
Re: A comment on the paper: Extended Y chromosome haplotypes resolve multiple and un
« Ответ #60 : 28 Октябрь 2009, 16:53:29 »
Сергей, Вы же прекрасно знаете о чём речь? Зачем же прикидываетесь? Уже в зубах навязло - обсуждали сто раз.
Уважаемый Овод, мне нет никакого интереса валять дурака. Я действительно не до конца понимаю, о чем были споры, поскольку было и раньше и сейчас совершенно непонятно, какое значение имеет эволюция популяции на некую среднюю (как оказалось, ЭФФЕКТИВНУЮ скорость мутаций).
 
Общеизвестные причины - генный дрейф, бутылочные горлышки и "эффект основателя". Эффективная скорость - скорость накопления мутаций в популяциях, в силу вышеуказанных причин, сниженная по сравнению с трансмиссионной на некоторую неопределённую величину (возможно, и многократно). Животовский полагает, что в среднем, трёхкратно. Что и показал с своей известной работе 2004 года, путем моделирования, что в среднем для истории человечества эта цифра именно такая.
Я написал длинный ответ, и весь его решил выкинуть, а вместо этого предлагаю рассмотреть забавную ситуацию:
Пусть имеется некая "чистая" популяция, состоящая из единственной галпогруппы Г1, и начавшаяся с единого отца-основателя. В процессе эволюции популяции в нее массово внедрилась иная гаплогруппа Г2 с отцом-основателем для совокупности пришельцев (не для всей галпогруппы!) более молодым. В результате для того же интервала времени мы поимеем МЕНЬШЕЕ в среднем количество мутаций, а интервал времени останется ПРЕЖНИМ, т.е., интенсивность мутаций будет НИЖЕ реальной. Если в популяцию наоборот внедрится группа пришельцев от отца-основателя Г2 более старшего, то основателем всей популяции станет он, и время начала популяции будет его, а "коренные" Г1 будут рассматриваться как чужаки, и опять среднее количество мутаций будет НИЖЕ, чем если бы популяция состояла только из Г2. Ведь все равно, какая гаплогруппа в какую внедрялась.
Очевидно, что любой современный этнос состоит из многих галпогрупп, то, таким образом, мы  подсчитываем не матожидание (среднюю скорость мутаций), а фактически уровень ОТРИЦАТЕЛЬНЫХ выбросов случайного процесса. Вот он примерно раза в 3 ниже истинного (среднего) значения.
ОПРОВЕРГАЙТЕ! ;D

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19613
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1483/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: A comment on the paper: Extended Y chromosome haplotypes resolve multiple and un
« Ответ #61 : 28 Октябрь 2009, 17:00:08 »
АнТюр, спасибо! В очередной раз.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: A comment on the paper: Extended Y chromosome haplotypes resolve multiple and un
« Ответ #62 : 28 Октябрь 2009, 17:11:01 »
АнТюр, спасибо! В очередной раз.

В хранилище мудрости уже есть? :)

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: A comment on the paper: Extended Y chromosome haplotypes resolve multiple and un
« Ответ #63 : 28 Октябрь 2009, 17:13:29 »
Цитировать
Since 2004, this approach
has been employed by other researchers and critically
evaluated in the scientific literature (e.g., Arredi et al.
2004; Di Giacomo et al. 2004; Gayden et al. 2007;
Sengupta et al. 2006; Xue et al. 2005; Zhivotovsky and
Underhill 2005). Subsequently, Zhivotovsky et al. (2006)
demonstrated that the evolutionarily effective mutation rate
strongly depends on population dynamics; in particular,
stochastic variation in the size of a SNP-lineage may lead
to the observed threefold difference. Therefore, under some
conditions estimating the time of ancient population events
represents a complex problem, depending upon unknown
ancient demographic parameters and uncertainty in mutation
rates. Given these challenges we tried to be clear about
the approaches that we used, and to avoid over-stating the
conclusions in our paper.
Dr. Klyosov’s Comment makes the erroneous claim thatthe haplotypes found in a population (and representing asample) form a genealogy, and that ‘‘familial’’ rates aretherefore appropriate. For mutation rate estimates,
Dr. Klyosov (Comment, p. 13) refers to Chandler (2006);
however, this author suggests a method of estimating
relative mutation rates at Y-chromosomal STRs based on
haplotypic distributions in populations. For estimating
absolute mutation rates, Chandler (2006) used estimates of
overall Y-STR mutation rate from data on father-son pairs
obtained by Gusma?o et al. (2005). Dr. Klyosov’s kineticsequation (Comment, p. 12) operates on infinite-size populationsand does not take into account the effects of geneticdrift, or any specific feature of microsatellite mutation. We
were not further informed on the relevance of this approach
when going through Dr. Klyosov’s self-cited previouswork, so far as we could gain access to it. Finally,regarding the detailed ‘‘haplotype trees’’ offered by the
Comment, these are indeed interesting and can be very
instructive. However, it is critical to treat these trees withgreat caution. We only observe extant samples, andreconstruction is an algorithmic process subject to uncertainty.Without a careful consideration and quantificationof this uncertainty, it is inappropriate to over-interpret suchtrees.

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19613
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1483/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: A comment on the paper: Extended Y chromosome haplotypes resolve multiple and un
« Ответ #64 : 28 Октябрь 2009, 17:16:49 »
АнТюр, спасибо! В очередной раз.

В хранилище мудрости уже есть? :)

А то.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: A comment on the paper: Extended Y chromosome haplotypes resolve multiple and un
« Ответ #65 : 28 Октябрь 2009, 17:19:37 »
И заметьте, что даже в этом ответе на ответ больше ссылок на серьезную литературу, чем в работе Клесова, которая является по замыслу автора аналитической.

Оффлайн zastrug

  • ...
  • Сообщений: 10300
  • Страна: tt
  • Рейтинг +1730/-45
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
Re: A comment on the paper: Extended Y chromosome haplotypes resolve multiple an
« Ответ #66 : 28 Октябрь 2009, 17:40:33 »
А где плюсы АнТюру? Заслуживает ведь

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2158
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: A comment on the paper: Extended Y chromosome haplotypes resolve multiple and un
« Ответ #67 : 28 Октябрь 2009, 17:52:25 »
Сергей, мы с Вами позже можем в трёхсотый раз обсудить этот вопрос в строгих терминах, но не здесь, а в другой теме. Как Вы знаете, я сам не поклонник "эффективной скорости" ЛЖ, но не потому, что его озабоченность влиянием демографических эффектов на вычисление ВБОП не разделяю, а потому, что в его подходе имеет место "средняя температура по инфекционной больнице" в которой есть и покойники в морге и полно высокотемпературных больных, так что в целом получается 36.7. Нормально, Константин.  :)
 
Но он прав в том, что поток мутаций, попадая в популяцию (а она рассматривается как относительно изолированный сосуд), частично теряется, "расплёскиваясь" через край (генный дрейф), если сосуд мал или "утекает" через дыры бутылочных горлышек в мёртвые ветви. Никакого дополнительного генного притока в популяцию не предполагается. Если же он налицо, обычно говорят о создании новой популяции с иным генным составом и всё начинают сначала.
 
Так вот, эти потери, посчитанные в среднем по больнице-Ойкумене за всё время от Адама, вводят нас в заблуждение. Уж лучше их вообще не считать, тем более, что Ойкумена в исторические времена её существования больше напоминает раздувающийся воздушный шар, нежели дырявый и маленький сосуд. И в этом шаре потерь гораздо меньше, чем в первобытном сосуде.
 
Простите, что прибегнул к аналогиям. Они всегда однобоки. Но могу и в строгих терминах. Только боюсь, Животовскому потребуется адвокат, раз он сам к нам не ходок. Трудно спорить самому с собой. Может Вы, Сергей, возьмётесь?
« Последнее редактирование: 28 Октябрь 2009, 17:59:08 от Овод »

Оффлайн Denis B.

  • Сообщений: 298
  • Страна: 00
  • Рейтинг +37/-4
Re: A comment on the paper: Extended Y chromosome haplotypes resolve multiple and un
« Ответ #68 : 28 Октябрь 2009, 17:57:09 »
АнТюр, спасибо! В очередной раз.

В хранилище мудрости уже есть? :)

где это?  ???

Оффлайн CenturionАвтор темы

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10074
  • Страна: ru
  • Рейтинг +567/-2
Re: A comment on the paper: Extended Y chromosome haplotypes resolve multiple an
« Ответ #69 : 28 Октябрь 2009, 18:10:46 »
Быстро проглядел ответ Хамера и коллег.  :)
Грамотно они АК "откритиковали". Самоцитирование и ссылки на свои же статьи в своем домашнем Вестнике, недостоверные деревья и тп.

Оффлайн Каржавин

  • ...
  • Сообщений: 1928
  • Рейтинг +144/-2
Re: A comment on the paper: Extended Y chromosome haplotypes resolve multiple and un
« Ответ #70 : 28 Октябрь 2009, 19:31:32 »
Но он прав в том, что поток мутаций, попадая в популяцию (а она рассматривается как относительно изолированный сосуд), частично теряется, "расплёскиваясь" через край (генный дрейф), если сосуд мал или "утекает" через дыры бутылочных горлышек в мёртвые ветви. Никакого дополнительного генного притока в популяцию не предполагается. Если же он налицо, обычно говорят о создании новой популяции с иным генным составом и всё начинают сначала.
 
Простите, что прибегнул к аналогиям. Они всегда однобоки. Но могу и в строгих терминах. Только боюсь, Животовскому потребуется адвокат, раз он сам к нам не ходок. Трудно спорить самому с собой. Может Вы, Сергей, возьмётесь?
Уважаемый Овод, ни генный дрейф, ни бутылочные горлышка не влияют, и вот почему: представим себе, что количество повторов в каком-либо маркере у каждого индивида это как одно из измерений дискретного случайного процесса (имею в виду, не размерность пространства а банальное количество отсчетов как в радиотехнике). Случайное прореживание выборки  влияет только на дисперсию оценки параметров этого процесса, в частности, на дисперсию оценки матожидания (интенсивности потока мутаций) и прочих параметров. Ясно, что если имеем 100 случайных значений какого-либо процесса, и мы случайно выкидываем 98, то по двум оставшимся среднее значение оценки, скажем, матожидания всей совокупности случайных величин останется тем же.
Хитрость в том, что для оценки количества мутаций нам так или иначе нужен РАЗБРОС в количестве повторов у разных индивидов, т.е., минимальное количество измерений - 2 штуки (вот почему в НЕСМЕЩЕННОЙ МП-оценке дисперсии перед суммой стоит не 1/N, а 1/(N-1) ). Большинство методов оценки количества мутаций так или иначе опираются на вычисление дисперсии именно по этой фундаментальной причине. Поэтому если остается после бутыл. горлышка ТОЛЬКО ОДИН, то все, хана, вся предыстория отрезана, но если хотя бы двое, то оценка среднего (т.е., интенсивности мутаций) будет той же самой, что и в случае множества, только, повторяю, ДИСПЕРСИЯ ОЦЕНКИ будет ужасной. А хотя бы два индивида уж точно остаются.
Так что, виноват в уменьшении оценки среднего количества мутаций только тот эффект, который я указал в предыдущем посте.
Взяться за адвокатуру уважаемого Животовского не могу, поскольку он мне на это санкции не давал. Вот, вроде бы Tau эту роль одно время выполнял. Если он этот пост прочтет, может быть, откликнется?
« Последнее редактирование: 28 Октябрь 2009, 19:45:13 от Каржавин »

Оффлайн АнТюр

  • Сообщений: 595
  • Рейтинг +50/-121
Re: A comment on the paper: Extended Y chromosome haplotypes resolve multiple an
« Ответ #71 : 28 Октябрь 2009, 20:04:13 »
А где плюсы АнТюру? Заслуживает ведь

На этот раз я ни при чем.

У меня Стрингер перестал отрываться.

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2158
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: A comment on the paper: Extended Y chromosome haplotypes resolve multiple and un
« Ответ #72 : 28 Октябрь 2009, 20:09:59 »
Каржавин, все Ваши рассуждения годны только для случая, если линии потомков в популяции не ветвятся и у каждого его члена есть своя независимая линия (или ветвь, если популяция растёт). В ветвящихся процессах всё значительно сложнее. Не даром для их анализа сейчас интенсивно используют цепи Маркова.
 
Постепенно одна из ветвей становится доминирующей. Малые же вымываются. Затем в доминирующей ветви возникает всё более и более поздний общий предок. Но и от него клад идёт вовсе не "звёздный", а такой же кривой по числу потомков в разных его ветвях.
 
А вся Ваша теория строится именно на "звездном", или, как минимум симметричном по числу потомков в ветвях виде дерева.
 
При этом заметьте, я говорю даже не о дрейфе, обусловленном "бутылочным горлышком" популяциив в один-два человека сечением (а и такое случается), а о вполне благополучном её развитии. Я это сам проверял моделированием (помните тему с деревьями на родстве?). То, что коэф-т увеличения дисперсии меньше скорости (точнее - интенсивности потока) мутаций - безусловно проверено. Вопрос - в каких случаях насколько.

А по поводу смещённой и несмещённой оценок дисперсии Вы лучше Адамову с Клёсовым скажите. Был у нас когда то спор какую лучше использовать для анализа ASD для двух человек. Они на два делили, а я - нет. Ну и в два раза разница в результате. Они тогда меня во всех смертных грехах обвинили. А я просто именно несмещённую оценку использовал, в отличие от них. То есть - был прав.
 
P.S. Кандидатура Тау на роль адвоката не принимается - он не математик, просто верит шефу на слово. Ну хорошо, я попытаюсь, без подсуживания себе. Но не здесь и не сейчас.
 
« Последнее редактирование: 28 Октябрь 2009, 20:42:54 от Овод »

Оффлайн АнТюр

  • Сообщений: 595
  • Рейтинг +50/-121
Re: A comment on the paper: Extended Y chromosome haplotypes resolve
« Ответ #73 : 28 Октябрь 2009, 20:35:04 »
Завтра с рабочего ПК попробую.

И мне, и мне кусочек, пожалуйста.
 
И вообще - ЛЖ надо травить исключительно АнТюром. :D АК явно не преуспел.
 
Антюр, я прочитал Ваш анонс к публикации в "новохронологии" по поводу скоростей ЛЖ. Оглавление впечатляет. Одно плохо - ЛЖ, как доказано, нечувствителен к уколам через "непрофильные" издания.  Возможно, стоит подключить Вашу жену с её возможностями к публикациям в профильной литературе?
 
Но за инициативу +1.


Во-первых извиняюсь. С Тирреной была шутка. Вобще ТИРРЕНы - это другой этноним ЭТРУСКов. Отсюда ТИРРЕНСКОЕ море.

Один из неявных смыслов моей статьи - ЛЖ находится вне поля чувствительности и нечувствительности. Это Другой мир. И с этим миром опасно конфликтовать. Вернее, опасно вступать с ним в прямой контакт "по его правилам". Это легко понять. Мой прямой контакт с Другим миром может быть только с одной целью - разрушить его. Поэтому Другой мир будет "разрушать" меня.

Поступок А. Клёсова я не могу идентифицировать. Я не вижу его последствий даже в легком трансе. Но ясно одно. А. Клёсова я недооценил.


Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2134
  • Рейтинг +588/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Re: A comment on the paper: Extended Y chromosome haplotypes resolve multiple and un
« Ответ #74 : 29 Октябрь 2009, 14:40:10 »
Каржавин, все Ваши рассуждения годны только для случая, если линии потомков в популяции не ветвятся и у каждого его члена есть своя независимая линия (или ветвь, если популяция растёт). В ветвящихся процессах всё значительно сложнее. Не даром для их анализа сейчас интенсивно используют цепи Маркова.
 
Постепенно одна из ветвей становится доминирующей. Малые же вымываются. Затем в доминирующей ветви возникает всё более и более поздний общий предок. Но и от него клад идёт вовсе не "звёздный", а такой же кривой по числу потомков в разных его ветвях.
 
А вся Ваша теория строится именно на "звездном", или, как минимум симметричном по числу потомков в ветвях виде дерева.
 
При этом заметьте, я говорю даже не о дрейфе, обусловленном "бутылочным горлышком" популяциив в один-два человека сечением (а и такое случается), а о вполне благополучном её развитии. Я это сам проверял моделированием (помните тему с деревьями на родстве?). То, что коэф-т увеличения дисперсии меньше скорости (точнее - интенсивности потока) мутаций - безусловно проверено. Вопрос - в каких случаях насколько.

Уважаемый Овод, на интуитивном уровне полагаю, что Вы правы (я уже не первый
раз об этом говорю). Было бы хорошо, если Вы или кто-то другой смогли оценить влияние
популяционных эффектов на среднее число наблюдаемых отклонений от предкового
гаплотипа и дисперсию выборки путем компьютерного моделирования. Наши с уважаемым
Каржавиным методы основываются на предположении о независимости мутаций. То есть в
начальный момент имеется N идентичных гаплотипов. Каждый гаплотип порождает ровно
один гаплотип, в котором проявляются мутации с заданной скоростью. Через Т поколений
мы рассматриваем N потомков, гаплотипы которых уже различаются вследствие мутаций.
Ветвление гаплотипов не учитывается.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100