АвторТема: A recent bottleneck of Y chromosome diversity  (Прочитано 4145 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн NimissinАвтор темы

  • Сообщений: 2400
  • Рейтинг +759/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
A recent bottleneck of Y chromosome diversity
« : 15 Март 2015, 02:29:09 »
Вышла давно ожидаемая статья по полному секвенированию Y-хромосомы, в которой содержатся обсуждаемые нами 307 образцов, выложенные на сайте Эстонского биоцентра.

A recent bottleneck of Y chromosome diversity coincides with a global change in culture

Abstract

It is commonly thought that human genetic diversity in non-African populations was shaped primarily by an out-of-Africa dispersal 50–100 thousand yr ago (kya). Here, we present a study of 456 geographically diverse high-coverage Y chromosome sequences, including 299 newly reported samples. Applying ancient DNA calibration, we date the Y-chromosomal most recent common ancestor (MRCA) in Africa at 254 (95% CI 192–307) kya and detect a cluster of major non-African founder haplogroups in a narrow time interval at 47–52 kya, consistent with a rapid initial colonization model of Eurasia and Oceania after the out-of-Africa bottleneck. In contrast to demographic reconstructions based on mtDNA, we infer a second strong bottleneck in Y-chromosome lineages dating to the last 10 ky. We hypothesize that this bottleneck is caused by cultural changes affecting variance of reproductive success among males.

Скорость SNP мутаций авторы оценивают в 0.74 х 10^(-9) в год на п.н.о. Это значение на 10 % отличается от калибровки Adamov et al. (2015).
В работе есть и Y-STR гаплотипы. Наконец, ученые убедились в непригодности "эволюционной скорости" STR мутаций 0.00069 на локус на поколение.

Отмечу, что один из авторов - Жаксылык Сабитов.

Ссылка
« Последнее редактирование: 15 Март 2015, 10:01:00 от Шад »

Оффлайн Ashat

  • Сообщений: 24
  • Рейтинг +5/-0
Re: A recent bottleneck of Y chromosome diversity
« Ответ #1 : 15 Март 2015, 06:41:10 »
а на русском языке есть это сатья?если есть то где можно будет ее прочитать.

Оффлайн NimissinАвтор темы

  • Сообщений: 2400
  • Рейтинг +759/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: A recent bottleneck of Y chromosome diversity
« Ответ #2 : 15 Март 2015, 07:40:24 »
Полагаю, что текст есть только на английском. Коллектив авторов интернациональный.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: A recent bottleneck of Y chromosome diversity
« Ответ #3 : 15 Март 2015, 07:54:42 »
Статья очень интересная и уникальная по объему обобщенной информации.
Только вызывает вопрос целесообразность использования собственных названий гаплогрупп и субкладов. А также снипов серии B (?) там где уже существуют ранее определенные синонимы.
Кстати, не нашел в материалах список снипов с позициями и заменами... Кто-нибудь их обнаружил?

Оффлайн NimissinАвтор темы

  • Сообщений: 2400
  • Рейтинг +759/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: A recent bottleneck of Y chromosome diversity
« Ответ #4 : 15 Март 2015, 08:07:16 »
Снипы в TableS8.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9548
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Re: A recent bottleneck of Y chromosome diversity
« Ответ #5 : 15 Март 2015, 13:31:01 »
А также снипов серии B (?) там где уже существуют ранее определенные синонимы.
вроде все грамотно. они дали имена только новым снипам, а синонимы, которые  у них были в базе (достаточно полная) остались неименованными

Оффлайн Людмила

  • Сообщений: 1007
  • Рейтинг +151/-1
Re: A recent bottleneck of Y chromosome diversity
« Ответ #6 : 15 Март 2015, 16:07:36 »
Цитировать
Отмечу, что один из авторов - Жаксылык Сабитов.
А кто это, наш форумчанин?

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: A recent bottleneck of Y chromosome diversity
« Ответ #7 : 15 Март 2015, 17:27:45 »
Цитировать
Отмечу, что один из авторов - Жаксылык Сабитов.
А кто это, наш форумчанин?

Да.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: A recent bottleneck of Y chromosome diversity
« Ответ #8 : 15 Март 2015, 17:46:53 »
А также снипов серии B (?) там где уже существуют ранее определенные синонимы.
вроде все грамотно. они дали имена только новым снипам, а синонимы, которые  у них были в базе (достаточно полная) остались неименованными

Я уже даже не считаю свои труды с новыми снипами YP за последение две недели:)
Но они проигнорировали много снипов Y-серии, которые были опубликованы задолго до публикации raw data Эстонского биоцентра.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: A recent bottleneck of Y chromosome diversity
« Ответ #9 : 15 Март 2015, 20:24:38 »
Анонимный образец Q3 (по-нормальному это Q1b) оказался хорошо знакомым PGP130 из Марокко. Который у нас Q-YP1236. К сожалению, все снипы серии YP не аннотированы и помечены как Q-M378 эквиваленты.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9548
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Re: A recent bottleneck of Y chromosome diversity
« Ответ #10 : 15 Март 2015, 21:20:50 »
А также снипов серии B (?) там где уже существуют ранее определенные синонимы.
вроде все грамотно. они дали имена только новым снипам, а синонимы, которые  у них были в базе (достаточно полная) остались неименованными

Я уже даже не считаю свои труды с новыми снипами YP за последение две недели:)
Но они проигнорировали много снипов Y-серии, которые были опубликованы задолго до публикации raw data Эстонского биоцентра.
обычно подают статью задолго до публикации, может даже за полгода

Оффлайн smal

  • Сообщений: 1042
  • Страна: by
  • Рейтинг +409/-3
  • Y-ДНК: R-CTS9219
  • мтДНК: U4a
Re: A recent bottleneck of Y chromosome diversity
« Ответ #11 : 16 Март 2015, 15:15:02 »
В статье ошибка в R1b. Показана такая структура дерева

R1b-L11 ---- U106
            |
            ----- Z1904-------- P312
                          |
                          --------- S1194, CTS4528, S1203 (образцы PGP45, PGP124)
Проверил PGP45, PGP124, а также HG00128, который в статье не описан. Все три образца негативны для Z1904.

Должно быть
             ---- U106
            |
R1b-L11 ----- Z1904, P312
            |
            --------- S1194, CTS4528, S1203 (образцы PGP45, PGP124)

Так что дерево YFull и мое в проекте R1b-M269/ht35 правильны.

Оффлайн rLin

  • Сообщений: 769
  • Страна: ru
  • Рейтинг +269/-0
  • Калуга
  • Y-ДНК: R1a1a-Z92 (Y569+)
  • мтДНК: T2b2-С16304T!
Re: A recent bottleneck of Y chromosome diversity
« Ответ #12 : 16 Март 2015, 18:57:57 »
А kya это, получается, килоЛетНазад? Просто интересно, это часто используемая единица измерения в статьях по теме?

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: A recent bottleneck of Y chromosome diversity
« Ответ #13 : 16 Март 2015, 19:29:44 »
А kya это, получается, килоЛетНазад? Просто интересно, это часто используемая единица измерения в статьях по теме?

Да. Общеупотребительная:)
Есть ещё ybp - years before present.

Оффлайн NimissinАвтор темы

  • Сообщений: 2400
  • Рейтинг +759/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: A recent bottleneck of Y chromosome diversity
« Ответ #14 : 23 Март 2015, 14:35:11 »
Использование авторами Karmin et al (2015) скорости мутаций 0.74 х 10(-9) несколько завышает возраст ветвей.
Пример 1. Ветвь 75, образованная образцами двух индейцев Colla, (Salta San-Antonio-de-los-Cobres, Argentina) - в составе гаплогруппы R1b. Логично предположить, что эти индейцы - потомки одного и того же европейца. Возраст ветви 75 оценен в 538 лет. Многовато. Пересчет на скорость 0.82 х 10(-9) снижает возраст до 490 лет. Все равно много, но уже лучше.
Пример 2. Ветвь 268. В ней 9 бурят с гаплогруппой C3d-M407. Опубликованная оценка - 1058 лет. После пересчета возраст генеалогии снижается до 960 лет. С точки зрения экспансии монгольских родов в эпоху Чингис-хана последняя оценка более логична.
Понятно, что погрешность в обоих примерах велика. Но сравнение с деревом YFull показывает систематическое завышение возрастов, связанное с разницей в используемых константах скоростей мутаций.
Есть и противоположный пример. Ветвь 42 в гаплогруппе R1a. В статье возраст общего предка двух образцов - 649 лет. Пересчет снижает возраст до 590 лет. Первый образец принадлежит черкесу с Северного Кавказа, второй - памирскому таджику (Рушан-Ванч). Я думаю, что такую степень родства (600 лет) между ними очень трудно объяснить.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.