ДНК от Estonian biocentre

[Шад]

307 high coverage human Y chromosome sequences

Статьи еще нет, даже препринта. А данные от Estonian biocentre размещены в открытом доступе: http://evolbio.ut.ee/chrY/.

Возникла идея относительно данных Эстонского биоцентра из известной статьи Karmin et al., 2015
Но не хватает квалификации:)

Данные в формате tsv выложены по ссылке выше.
Есть вот такая программа tsv2bam - http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/
Реально ли из tsv собрать bam и закинуть результат на YFull? Может кто-то из заинтересованных лиц соберется?

[kirroid]

Понять бы ху из ху. Если найдется среди них M227 - с удовольствием оплачу интерпретацию.

[Шад]

Понять бы ху из ху. Если найдется среди них M227 - с удовольствием оплачу интерпретацию.

Вот все I:

118 GS000015176-ASM hu6C733E US I1g 119 GS000016442-ASM hu032C04 US I1g
120
GS00253-DNA_E01_200_37ASM hu9385BA NA I1e 121 GS000015888-ASM hu88A079 NA I1f 122 GS000016104-ASM BelaR2 Belarusians I1b 123 NA12891-200-37-ASM CEPH_15 NW-Europeans I1c 124 GS000013698-ASM Mord3 Mordvins I1c 125 GS000014328-ASM Komi1 Komis I1c 126 GS000011808-ASM huAEADC0 NA I1a 127 GS000010435-ASM huB4940E NA I1a 128 NA06994-200-37-ASM CEU_2 NW-Europeans I1a 129 GS000015272-ASM hu553620 NA I1a 130 GS000035226-ASM Aus1 Australian I1a 131 GS000010320-ASM huB1FD55 NA I1a 132 GS000016901-ASM Hun2 Hungarians I1a 133 NA20511-200-37-ASM TSI_4 Italians I1a 134 GS000035150-ASM Georg1 Georgians I3 135 GS000014557-ASM hu448C4B US I2e 136 GS000011817-ASM hu775356 NA I2d 137 GS000016450-ASM hu82E689 US I2d 138 GS000015709-ASM hu939B7C US I2d 139 GS000016446-ASM huDBF9DD NA I2d 140 GS000013164-ASM hu0CF2EE NA I2d 141 GS000016337-ASM huC434ED NA I2d 142 GS000010438-ASM hu040C0A NA I2b 143 GS000014560-ASM huD10E53 NA I2a 144 GS000014570-ASM huB4D223 US I2a 145 GS000013764-ASM Chuv1 Chuvashes I2a 146 GS000015225-ASM Ukr9 Ukrainians I2a 147 GS000013754-ASM croat12 Croats I2a 148 GS000015873-ASM croat13 Croats I2a 149 GS000017632-ASM Veps3 Vepsas I2a 150 GS000016904-ASM Lit2 Lithuanians I2a 151 GS000014324-ASM BelaR1 Belarusians I2a 152 GS000014351-ASM BelaR3 Belarusians I2a 153

[Шад]

с удовольствием оплачу интерпретацию.

Подтверждаю запрос котировок:)

[kirroid]

с удовольствием оплачу интерпретацию.

Подтверждаю запрос котировок:)

Дык нету интересующих активов Там просто какая-то мутная нотация. Тот беларус, что типа I1b, совсем не M227.
см. https://genome.cshlp.org/content/suppl/2015/02/18/gr.186684.114.DC1/Supplemental_Figures.pdf страницу 24.

[Semargl]

с удовольствием оплачу интерпретацию.

Подтверждаю запрос котировок:)

Дык нету интересующих активов Там просто какая-то мутная нотация. Тот беларус, что типа I1b, совсем не M227.
см. https://genome.cshlp.org/content/suppl/2015/02/18/gr.186684.114.DC1/Supplemental_Figures.pdf страницу 24.

Проблема в том, что эти образцы секвенированы по другой методике, отличной от общепринятой. В основе лежат экстракороткие чтения, сцепляемые на основании внутренних алгоритмов и имеющие ровно половину с "ненужной" информацией.
Собираются в BAM специальной программой от изготовителя оборудования. После выхода в одном из западных журналов статьи о том, как "лобстером" вытащили некоторые STR из научного образца и нашли родственников донора и его место жительства, из программы убрали возможность собрать из исходных данных полноценный бам файл. Теперь можно собрать только урезанный вариант, в котором оставлены риды только вокруг мутаций. Таким образом практически невозможно проверить минусы и отличить их от n/a. Самое противное, что были удалены или изменены библиотеки в исходниках, которые помогали собрать полный бам.
Я достаточно много потратил времени на разбор их документации по алгоритмам. Написал некоторую софтину, которая собирала бы полный бам, но так и не смог очистить полученный результат от мусора. Для YFull они однозначно не подходят. К сожалению(

[MCB]

Может и не самое подходящее место, но где-то надо отметить постер Hallast, Xue, Tyler-Smith из Кембриджа (Human Evolution 2019, poster P-10). Что все гаплогруппы Y-DNA в Евразии происходят 50-55 тысяч лет назад из Восточной и Юго-Восточной Азии, и начисто вытеснили Y-гаплогруппы Западной Евразии той эпохи.

[Srkz]

Может и не самое подходящее место, но где-то надо отметить постер Hallast, Xue, Tyler-Smith из Кембриджа (Human Evolution 2019, poster P-10). Что все гаплогруппы Y-DNA в Евразии происходят 50-55 тысяч лет назад из Восточной и Юго-Восточной Азии, и начисто вытеснили Y-гаплогруппы Западной Евразии той эпохи.

Тут ведь главное, на каких основаниях они делают такой вывод? Есть ли новые древние ДНК? Или опять всё доказывается только реликтовыми субкладами в ЮВА? Почему не из Южной Азии, например? Европа-то, насколько понимаю, на тот момент считается населённой неандертальцами.

[MCB]

Может и не самое подходящее место, но где-то надо отметить постер Hallast, Xue, Tyler-Smith из Кембриджа (Human Evolution 2019, poster P-10). Что все гаплогруппы Y-DNA в Евразии происходят 50-55 тысяч лет назад из Восточной и Юго-Восточной Азии, и начисто вытеснили Y-гаплогруппы Западной Евразии той эпохи.

Тут ведь главное, на каких основаниях они делают такой вывод? Есть ли новые древние ДНК? Или опять всё доказывается только реликтовыми субкладами в ЮВА? Почему не из Южной Азии, например? Европа-то, насколько понимаю, на тот момент считается населённой неандертальцами.

Это филогенетика-филогеография современной и уже известной древней ДНК на D, C, FT и да, с редкими реликтовыми субкладами. Все, что могу сказать по одному абзацу ))

[скучающий]

Может и не самое подходящее место, но где-то надо отметить постер Hallast, Xue, Tyler-Smith из Кембриджа (Human Evolution 2019, poster P-10). Что все гаплогруппы Y-DNA в Евразии происходят 50-55 тысяч лет назад из Восточной и Юго-Восточной Азии, и начисто вытеснили Y-гаплогруппы Западной Евразии той эпохи.

Скорее из Южной Азии, точнее с Аравийского полуострова. Как раз на время out of Africa приходится. А если серьезно, та же C-V20 вместе с вымершими Сунгирьскими родичами ну никак азиатской не выглядит

[Srkz]

А если серьезно, та же C-V20 вместе с вымершими Сунгирьскими родичами ну никак азиатской не выглядит

Так у неё TMRCA с ветвями из восточной, южной Азии и Австралазии около 45-47 тлн. А где жил их предок за 5-10 тысяч лет до этого?

[скучающий]

А если серьезно, та же C-V20 вместе с вымершими Сунгирьскими родичами ну никак азиатской не выглядит

Так у неё TMRCA с ветвями из восточной, южной Азии и Австралазии около 45-47 тлн. А где жил их предок за 5-10 тысяч лет до этого?

Да где угодно. Шел от Аравийского полуострова кто на восток по берегу Индийского океана, кто на север в Европу. А учитывая возраст братской ветки С-М8 (Китай и Корея) в 5000 лет - скорее поверю что они в Китай из Европы попали, а не наоборот.

[Srkz]

Шел от Аравийского полуострова кто на восток по берегу Индийского океана, кто на север в Европу.

Как старик Хоттабыч - разбежался на четыре стороны, потом вновь собрался в одного человека 47 тысяч лет назад, породил современных C и опять разбежался по местам постоянного проживания?

[скучающий]

Шел от Аравийского полуострова кто на восток по берегу Индийского океана, кто на север в Европу.

Как старик Хоттабыч - разбежался на четыре стороны, потом вновь собрался в одного человека 47 тысяч лет назад, породил современных C и опять разбежался по местам постоянного проживания?

нет, один C-Y11591 отделился и ушел на север, а остальные толпой пошли дальше на восток. Вы же не будете утверждать, что даты в Y-Full даны с точностью до года. 49 тысяч лет назад тоже в доверительный интервал попадают

[Srkz]

Вы же не будете утверждать, что даты в Y-Full даны с точностью до года. 49 тысяч лет назад тоже в доверительный интервал попадают

Не буду )) Но в исходном-то сообщении была речь о 50-55 тлн, то есть по возрасту ветка укладывается как в их версию прародины, так и в любую другую. Я тоже к восточноазиатской теории отношусь со скепсисом.