АвторТема: Филогенетическое дерево гаплогруппы I2b и ее субкладов  (Прочитано 14246 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Цитата: wertner 6.3.2009, 2:00
Сделал дерево I2b1:
http://picasaweb.google.ru/UrasinVadim/I2b1100#5309853725617402274
http://picasaweb.google.ru/UrasinVadim/I2b1100#5309854200774474514
http://picasaweb.google.ru/UrasinVadim/I2b1100#5309854246971054338

Оцениваю возраст I2b1 примерно в 6 тыс. лет.

Кстати, дерево построено из гаплотипов разной длины: 67, 37, 25, 17. И в оценке возраста участвовало значение каждого маркера каждого гаплотипа.
Для оценки возраста предка дерева понадобились скорости мутаций 11 различных наборов маркеров (отдельно 25, отдельно 37, отдельно 67, отдельно 17, отдельно те 16 общих между 17 и 67, те 13 общих между 17 и 25 и т.д.).
Учтены вероятности RecLOH и делеций.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Цитата:  Vadim Verenich 6.3.2009, 10:14
Спасибо Вадим, датировка возраста крайне интересна, хотя и поставила в тупик.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Цитата: zastrug 4.4.2009, 22:51
Цитата: wertner @ 6.3.2009, 22:05

Те 12 гаплотипов I2a, которые я добавлял на дерево (для правильного определения корня I2b1) слишком непредставительная выборка для определения возраста I2a.
Ой, а меня очень даже интересует! Скажите а для моего гаплотипа найдется место на этом древе?

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Цитата: wertner 12.4.2009, 23:17
Цитата: zastrug @ 5.4.2009, 0:51
Ой, а меня очень даже интересует! Скажите а для моего гаплотипа найдется место на этом древе?
Мои способы построения деревьев пока не стабилизировались. С тех пор, как построил дерево I2b1 уже реализовал одно усовершенствование (автоперебор вариантов - давно хотел сделать, но откладывал). Теперь сначала хочу свое родное дерево E1b1b1a2 через него провести. Поэтому ничего не обещаю.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Цитата: wertner 16.4.2009, 22:51
Цитата: zastrug @ 4.4.2009, 23:51
Ой, а меня очень даже интересует! Скажите а для моего гаплотипа найдется место на этом древе?
У Вас субклад I2b1c-P78
Сделал небольшое дерево из 10 гаплотипов этого субклада, в том числе Вашего.
http://picasaweb.google.ru/UrasinVadim/I2b1110?feat=directlink#5325393531393431730

Ну, а как этот субклад относится с остальными субкладами I2b1 я уже выкладывал.
http://picasaweb.google.ru/lh/photo/1M5ypnSapqfowYbR6sPQuw?feat=directlink

Updated: Прочитал Ваще сообщение в другой теме  :) Предиктор Вам сказал тоже самое   :)


Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Цитата: Vadim Verenich 16.4.2009, 23:32
Цитата: wertner @ 16.4.2009, 22:51

У Вас субклад I2b1c-P78
Сделал небольшое дерево из 10 гаплотипов этого субклада, в том числе Вашего.
http://picasaweb.google.ru/UrasinVadim/I2b1110?feat=directlink#5325393531393431730

Ну, а как этот субклад относится с остальными субкладами I2b1 я уже выкладывал.
http://picasaweb.google.ru/lh/photo/1M5ypnSapqfowYbR6sPQuw?feat=directlink

Updated: Прочитал Ваще сообщение в другой теме  Предиктор Вам сказал тоже самое

Поздравляю zastruga c обретением континентального Urheimat.


Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Цитата: zastrug 17.4.2009, 0:23
Цитата: wertner @ 16.4.2009, 23:51

У Вас субклад I2b1c-P78
Wertner, большое спасибо и за потраченное время и за ссылки, сейчас цейтнот, чуть подразберусь, отпишу в личку.

Цитировать
Поздравляю zastruga c обретением континентального Urheimat.

И вам спасибо, Вадим.
Кстати Майка сегодня прислал письмо, НОрдтведт тоже смотрел мой гаплотип и пришел к тем же выводам. Интересно - методы вроде разные, а результаты одинаковы.


Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Цитата: mouglley 17.4.2009, 8:03
Цитата: zastrug @ 17.4.2009, 2:23

Кстати Майка сегодня прислал письмо, НОрдтведт тоже смотрел мой гаплотип и пришел к тем же выводам.
Интересно - методы вроде разные, а результаты одинаковы.Вот и разные методы начинают притираться.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Цитата: wertner 17.4.2009, 22:33
Цитата: Вадим Веренич @ 17.4.2009, 1:34

Очень интересно, Вадим. Не подскажите, каким образом Вы задавали в Мурке RecLOHи и делеции.
Это не Мурка. Я использовал свою программу. В лоб анализировал родительские маркеры и маркеры потомка, и проверял на условия RecLOH. Так отдельно для каждого отрезка дерева.
Цитата: zastrug @ 17.4.2009, 2:23

Wertner, большое спасибо и за потраченное время и за ссылки, сейчас цейтнот, чуть подразберусь, отпишу в личку.
Пожалуйста.
Цитата: mouglley @ 17.4.2009, 10:03

Вот и разные методы начинают притираться.
К сожалению, пока речь идет только об отнесении гаплотипа к определенному субкладу. В этом и раньше не было особых расхождений.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Цитата: Vadim Verenich 17.4.2009, 22:42
Цитата: wertner @ 17.4.2009, 23:33
Это не Мурка. Я использовал свою программу. В лоб анализировал родительские маркеры и маркеры потомка, и проверял на условия RecLOH. Так отдельно для каждого отрезка дерева.
Мощно. Я бы многое дал за то, чтобы поработать с ней.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Цитата:  wertner 18.4.2009, 0:09
Цитата: Вадим Веренич @ 18.4.2009, 0:42

Мощно. Я бы многое дал за то, чтобы поработать с ней.
Ловлю на слове  :) Если все же решу делать пользовательский вариант, то через полгодика позову в бета-тестеры 

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
!NB. Трансфер темы завершен. Можете задавать вопросы.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Ув. Заструг, я построил в TNT 6  деревьев по выборке из 30*67 маркерных наиболее близких к Вашему гаплотипов (122 бинарных признаки) оптимальной стоимостью 222. Веса при бинаризации не использовал.
 Однако всвязи с проблемами сервера решил их пока суда не вывешивать.
« Последнее редактирование: 06 Октябрь 2009, 01:38:27 от Vadim Verenich »

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Обещанные деревья и файлы
В формате YCH
393,390,19,391,385a,385b,426,388,439,389a,392,389a,458,459a,459b,455,454,447,437,448,449,464a,464b,464c,464d,460,GATA4,YCAa,YCAb,456,607,576,570,CDYa,CDYb,442,438,531,578,395S1a,395S1b,590,537,641,472,406S1,511,425,413a,413b,557,594,436,490,534,450,444,481,520,446,617,568,487,572,640,492,565

9580115,23,15,10,15,15,11,13,11,13,12,31,15,8,10,11,11,25,14,21,27,11,13,13,15,12,11,19,21,16,13,19,20,36,40,12,10,11,8,15,16,8,11,10,8,10,9,12,21,21,15,11,12,12,14,9,15,28,20,11,13,12,12,11,12,12,11114462815,23,15,10,15,15,11,13,11,13,12,31,16,8,10,11,11,25,14,20,27,11,14,14,15,11,9,18,21,14,13,17,20,35,38,12,10,11,8,15,16,8,11,10,8,10,9,12,20,22,15,11,12,12,13,9,12,27,19,11,13,12,12,13,12,12,111625415,23,15,10,15,15,11,13,11,13,12,32,15,8,10,11,11,24,14,20,30,11,14,14,15,11,9,19,21,14,14,17,19,34,39,12,10,11,8,15,16,8,11,10,8,10,9,12,21,22,15,11,12,12,13,9,13,26,20,11,13,12,12,10,12,12,1116258215,23,15,10,15,15,11,13,11,13,12,32,16,8,10,11,11,25,14,20,29,11,14,14,16,12,10,19,21,16,14,18,18,35,39,12,10,11,8,15,16,8,11,10,8,11,9,12,21,22,15,11,12,12,14,8,14,24,20,11,13,12,13,11,11,11,111555915,23,15,10,15,15,11,13,11,14,12,31,14,8,10,11,11,25,14,19,27,11,13,14,15,11,9,19,21,14,14,18,20,35,40,12,10,11,8,15,16,8,11,10,8,10,9,12,21,22,15,11,12,12,13,9,13,27,20,11,13,12,12,11,12,12,1117232815,23,15,10,15,15,11,13,11,14,12,31,14,8,9,11,11,27,14,20,27,11,14,14,15,11,10,19,20,15,14,17,19,35,36,11,10,11,8,15,16,8,11,10,8,10,9,12,22,22,15,11,12,12,14,9,13,29,20,9,13,12,12,11,12,12,11113039115,23,15,10,15,15,11,13,11,14,12,31,14,8,9,11,11,27,14,20,27,11,14,14,15,11,10,19,21,15,14,17,19,35,36,11,10,11,8,15,16,8,11,10,8,10,9,12,22,22,15,11,12,12,14,9,13,29,20,9,13,12,12,11,12,12,11114578315,23,15,10,15,15,11,13,11,14,12,31,15,8,8,11,11,24,14,21,27,14,14,14,14,11,10,19,21,15,14,18,20,37,37,12,10,11,8,15,16,8,11,10,8,10,9,12,21,21,15,11,12,12,14,9,14,27,20,11,13,12,12,11,12,12,1116485815,23,15,10,15,15,11,13,11,14,12,31,15,8,9,11,11,25,14,20,26,11,14,14,15,11,9,19,21,14,14,16,19,33,39,12,10,11,8,15,16,8,11,10,8,10,9,12,21,22,15,11,12,12,13,9,15,25,20,11,13,12,12,10,12,12,1117940515,23,15,10,15,15,11,13,11,14,12,31,15,8,9,11,11,27,14,20,27,11,14,14,15,11,10,19,21,15,14,17,19,34,37,11,10,11,8,15,16,8,11,10,8,10,9,12,22,22,15,11,12,12,14,9,13,29,20,11,13,12,12,11,12,12,1117211015,23,15,10,15,15,11,13,11,14,12,31,15,8,9,11,11,27,14,20,27,11,14,14,15,11,10,19,21,15,14,18,19,34,37,11,10,11,8,15,16,8,11,10,8,10,9,12,22,22,15,11,12,12,14,9,13,29,20,11,13,12,12,11,12,12,1117081615,23,15,10,15,15,11,13,11,14,12,31,16,8,9,11,11,25,14,20,27,11,14,14,15,11,9,19,21,14,14,18,18,32,40,12,10,11,8,15,16,8,11,10,8,10,10,12,21,21,16,11,12,12,13,9,13,27,20,11,13,12,12,11,12,12,1112115,23,15,10,15,15,11,13,11,14,12,32,14,8,9,11,11,25,14,19,28,11,14,14,15,10,10,19,21,15,14,17,20,34,37,12,10,11,8,15,16,8,11,10,8,10,9,12,21,22,15,11,12,12,14,9,14,26,21,11,13,12,12,11,12,12,1116795515,23,15,10,15,15,11,13,11,14,12,32,15,10,10,11,11,25,14,20,26,11,11,15,15,11,9,19,21,14,14,18,20,38,38,12,10,11,8,15,16,8,11,10,8,10,9,12,21,22,15,11,12,12,13,9,13,28,20,11,13,12,12,11,12,12,11110495715,23,15,10,15,15,11,13,11,14,12,32,15,8,10,11,11,25,14,20,28,11,14,14,15,11,10,19,21,16,14,16,18,32,37,12,10,11,8,15,16,8,11,10,8,10,9,0,20,22,15,11,12,12,14,9,14,26,20,11,12,12,12,11,12,12,1111747915,23,15,10,15,15,11,13,11,14,12,32,15,8,10,11,11,25,14,20,28,11,14,14,15,11,10,19,21,16,14,16,18,32,37,12,10,11,8,15,16,8,11,10,8,10,9,0,20,22,15,11,12,12,14,9,14,27,20,11,12,12,12,11,12,12,1114447315,23,15,10,15,15,11,13,11,14,12,32,15,8,10,11,11,25,14,20,28,11,14,14,15,11,10,19,21,17,14,16,17,32,37,12,10,11,8,15,16,8,11,10,8,10,9,0,20,22,15,11,12,12,14,9,14,27,20,11,12,12,12,11,12,12,11114643215,23,15,10,15,15,11,13,11,14,12,32,15,8,10,11,11,25,14,20,28,11,14,14,15,11,10,19,21,17,14,16,17,32,37,13,10,11,8,15,16,8,11,10,8,10,9,0,20,22,15,11,12,12,14,9,14,27,20,11,12,12,12,11,12,12,1111060215,23,15,10,15,15,11,13,11,14,12,32,15,8,10,11,11,25,14,20,28,11,14,14,15,11,10,19,21,17,14,16,18,32,37,12,10,11,8,15,16,8,11,10,8,10,9,0,20,22,15,11,12,12,14,9,14,27,20,11,12,12,12,11,12,12,1114638615,23,15,10,15,15,11,13,11,14,12,32,15,8,10,11,11,25,14,20,29,11,14,15,15,11,10,19,21,15,14,18,19,36,37,11,10,11,8,15,16,8,11,10,8,11,9,12,21,23,15,11,12,12,15,9,14,27,20,14,13,12,12,11,12,12,11112825515,23,15,10,15,15,11,13,11,14,12,32,15,8,10,11,11,25,14,21,27,11,14,14,15,10,10,19,21,15,15,17,18,35,42,12,10,12,8,15,16,8,12,10,8,10,9,12,21,21,15,11,12,12,13,9,14,27,20,11,13,12,12,11,12,12,1116315,23,15,10,15,15,11,13,11,14,12,32,15,8,10,11,12,26,14,20,27,11,14,14,15,11,10,19,21,15,14,18,21,36,40,12,10,11,8,15,16,8,11,10,8,10,9,12,22,22,15,11,12,12,14,9,13,28,20,11,13,12,12,11,12,12,1117317115,23,15,10,15,15,11,13,11,14,12,32,15,8,9,11,11,25,14,20,27,11,14,14,15,11,9,19,21,14,14,16,20,33,39,12,10,11,8,15,16,8,11,10,8,10,9,12,21,22,15,11,12,12,13,9,14,25,20,11,13,12,12,10,12,12,111N3854715,23,15,10,15,15,11,13,11,14,12,32,15,8,9,11,11,25,14,20,27,11,14,14,15,12,9,19,21,14,14,16,19,33,39,12,10,11,8,15,16,8,11,10,8,10,9,12,21,22,15,11,12,12,13,9,13,25,20,11,13,12,12,10,12,12,11113635915,23,15,10,15,15,11,13,11,14,12,32,18,8,10,11,11,25,14,20,27,11,14,14,15,12,10,19,21,15,14,18,18,34,41,12,10,11,8,16,16,8,11,10,8,11,9,12,21,21,15,11,12,12,15,10,14,26,21,11,13,12,12,11,12,12,111N2085015,23,15,10,15,15,11,13,11,14,12,33,14,8,9,11,11,25,14,20,28,11,14,14,15,11,10,19,21,15,14,17,20,34,38,12,10,11,8,15,16,8,11,11,8,10,9,12,21,22,15,11,12,12,15,9,13,28,21,11,13,12,12,11,12,12,111N5718215,23,15,10,15,15,11,13,11,14,12,33,14,8,9,11,11,25,14,20,28,14,14,14,15,11,10,19,21,15,14,18,17,34,38,12,10,11,8,15,16,8,11,10,8,10,9,12,21,22,15,11,12,12,14,9,14,26,22,13,13,12,12,11,12,12,1118387315,23,15,10,15,15,11,13,11,14,12,33,16,8,10,11,11,26,14,20,27,11,14,14,15,11,10,19,21,15,16,17,19,35,38,12,10,11,8,16,16,8,11,10,8,10,9,12,22,22,15,11,12,12,14,9,13,28,20,11,12,12,12,11,12,12,11114607215,23,15,10,15,15,11,13,11,15,12,33,18,8,10,11,11,25,14,20,27,11,14,14,14,12,10,19,21,15,14,17,18,34,41,13,10,11,8,16,16,8,11,10,8,11,9,12,21,21,15,11,12,12,15,10,14,26,22,11,13,12,12,11,12,12,11114373315,23,15,10,15,15,11,13,12,13,12,29,15,9,9,11,11,24,14,20,28,14,14,15,15,12,10,19,21,14,15,18,19,33,34,12,10,11,8,15,15,8,11,10,8,11,9,12,21,22,15,12,12,12,13,9,12,25,20,10,13,12,13,11,12,12,111

В формате NEXUS #NEXUSbegin data;dimensions ntax=30 nchar=122;format missing=? symbols="0~1";matrix95801            11111111000110010000111010011110000100010111111110000111111011110011111001010101100100110000011101011111110100110011010111144628           111111110001100110001110100110100001110101000010000001001110111000111000010101011001001001000110010000111000001100110111116254             1111111100011101000011100001101111011101010001100010010011001100001111000101010110010011010001100101001100010011001100011162582            111111110001110110001110100110111001110111110111101001101000111000111100010101011001101101000111000110000001001100111100015559             1111111101011000000011101001001000010101010001100010011011101110001111100101010110010011010001100101001110010011001101011172328            11111111010110000000101011111010000111010101010100100100110011100010000000010101100100111100011101010011111100000011010111130391           11111111010110000000101011111010000111010101011100100100110011100010000000010101100100111100011101010011111100000011010111145783           1111111101011001000000100001111000111100010101110010011011101111101100000101010110010011000001110101101110010011001101011164858            1111111101011001000010101001100000011101010001100010000011001000001111000101010110010011010001100101111000010011001100011179405            1111111101011001000010101111101000011101010101110010010011001100001100000001010110010011110001110101001111110011001101011172110            1111111101011001000010101111101000011101010101110010011011001100001100000001010110010011110001110101001111110011001101011170816            1111111101011001100010101001101000011101010001100010011010000000001111100101010110010111000101100101001110010011001101011121               1111111101011100000010101001001100011101000101110010010011101100001100000101010110010011010001110101101100011011001101011167955            11111111010111010011111010011000000001110100011000100110111011111111100001010101100100110100011001010011110100110011010111104957           1111111101011101000011101001101100011101010101111010000010000000001100000101010110010000010001110101101100010011000101011117479            1111111101011101000011101001101100011101010101111010000010000000001100000101010110010000010001110101101110010011000101011144473            11111111010111010000111010011011000111010101011111100000000000000011000001010101100100000100011101011011100100110001010111146432           1111111101011101000011101001101100011101010101111110000000000000001100000111010110010000010001110101101110010011000101011110602            1111111101011101000011101001101100011101010101111110000010000000001100000101010110010000010001110101101110010011000101011146386            11111111010111010000111010011011100111110101011100100110110011110011000000010101100110110110011111011011100100111111010111128255           1111111101011101000011101001111000011101000101110011010010001110001111111101110111010011000001100101101110010011001101011163               1111111101011101000011111101101000011101010101110010011011111111001111100101010110010011110001110101001111010011001101011173171            11111111010111010000101010011010000111010100011000100000111010000011110001010101100100110100011001011010000100110011000111N38547           11111111010111010000101010011010000111010110011000100000110010000011110001010101100100110100011001010010000100110011000111136359           11111111010111011100111010011010000111010111011100100110100011000011111101010111100110110000011111111011000110110011010111N20850           11111111010111100000101010011011000111010101011100100100111011000011100001010101101100110100011111010011110110110011010111N57182           1111111101011110000010101001101100111101010101110010011000001100001110000101010110010011010001110101101100011111101101011183873            11111111010111111000111011011010000111010101011100111100110011100011100001010111100100111100011101010011110100110001010111146072           11111111011111111100111010011010000111000111011100100100100011000011111101110111100110110000011111111011000111110011010111143733           11111111100100010010101000011011001111110111011000110110110010000000000001010100100110110100111001000010000100100011110111;end;
begin trees ; tree tnt_1 = [&U] (1,(8,(((14,(2,(5,(12,(30,(3,(24,(9,23)))))))),(22,(28,((6,7),(10,11))))),(20,(4,((27,(13,26)),((15,(16,(19,(17,18)))),(21,(25,29)))))))));tree tnt_2 = [&U] (1,(21,(8,(((14,(2,(5,(12,((3,30),(9,(23,24))))))),(22,(28,((6,7),(10,11))))),(20,(((4,(25,29)),(15,(16,(19,(17,18))))),(27,(13,26))))))));tree tnt_3 = [&U] (1,((8,(((14,(2,(5,(12,(3,(24,(9,23))))))),(22,(28,((6,7),(10,11))))),(20,((4,30),((13,(26,27)),(15,(16,(19,(17,18))))))))),(21,(25,29))));tree tnt_4 = [&U] (1,(8,((((2,((3,(24,(9,23))),(12,(21,(25,29))))),(5,14)),(22,(28,((6,7),(10,11))))),((20,(4,30)),((13,(26,27)),(15,(16,(19,(17,18)))))))));tree tnt_5 = [&U] (1,((8,(((14,(2,(5,(12,(30,(3,(24,(9,23)))))))),(22,(28,((6,7),(10,11))))),(20,((13,(26,27)),(15,(16,(19,(17,18)))))))),(21,(4,(25,29)))));tree tnt_6 = [&U] (1,(21,(8,(((14,(2,(5,(12,(30,(3,(24,(9,23)))))))),(22,(28,((6,7),(10,11))))),(20,(((4,(25,29)),(15,(16,(19,(17,18))))),(27,(13,26))))))));
end ;







Оффлайн zastrug

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10119
  • Страна: tt
  • Рейтинг +1536/-45
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
Интересно... Эка меня на последнем дереве забросило!
Причем ирландец, с которым я в паре был,остался на месте. а меня унесло.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100