АвторТема: Филогенетическое дерево гаплогруппы I2b и ее субкладов  (Прочитано 14366 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Да, на поколение принималось 25 лет.
Я просчитал возраст заново по полной выборке -705 67 маркерных гаплотипов всех кладов I2b.
Возраст составляет 10792+-750 лет.
« Последнее редактирование: 22 Октябрь 2009, 21:51:41 от Vadim Verenich »

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Мурка не справилась с 702 67 маркерными гаплотипами, TNT нашел пять оптимальных деревьев.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Мурка не справилась с 702 67 маркерными гаплотипами, TNT нашел пять оптимальных деревьев.


700 это уже много. Даже с eps 0 уходит время.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Деревья  из TNT извлечь удалось только в формате Nexus.
 После обработки файла в Мескито и Мr.Bayes получилась кладограмма на которой видно 4 устойчивые ветви.

http://image-upload.de/file/hRVxeK/358f8b8042.jpg

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Для любителей Меги филипповский Nexus:

(1,(WQ5TP,3,10,11,22,27,N57085,119349,R8MDZ,112835,E5922,4TE3F,93,11383,N51199,101033,48610,N51582,N9738,130427,9WCJF,74864,N19494,N45391,2108,1,148535,80812,122753,25199,134,86391,50127,65183,7,Q8FGD,70017,37937,4723,N63023,143388,75870,N15980,77830,22066,133723,N50530,86529,113996,135611,201,PBB2F,65645,47719,81013,77050,69631,27217,J3BF2,147295,95145,MdI2b,18,N72434,86023,126800,N69127,42558,N10656,94454,36891,38523,AS7TY,115375,172,107214,39905,103621,78378,18972,NDHHY,141465,4P6TM,115393,79359,8YMEK,2676,E1968,90461,15931,72028,86151,112649,99398,N18172,131749,32065,141096,95801,62582,5559,46386,128255,63,83873,143733,452,463,N32240,8,WXVDH,142830,117138,53701,43901,86247,95511,124693,61780,112931,KDQ5R,80927,(FTN3358,N57991,133132,FT55374,FT,4BRM9,113095,60,RQS47,GFCJX,121696,P2894,53868,QHMNK,8FQME,97U68,uej3e,57392,((FT72089,RPGYZ),(88037,(FT61743,140263))),(70501,123921),(NMZK6,FT58687),(FT61148,(H9GUC,6D9UQ)),(FDYGZ,124739,KU79A,(VBT8X,17218)),(115875,FT76445),(X5F8D,62,96XQ2),(BKVDK,(68367,PEU8S)),(W3MJW,E2623),(61086,129114)),(24276,(5,6)),(((12,137785,145132),(58578,((35502,41141),(128422,(33275,33354,35399,31860,(64218,31781)))))),(41614,N23983,84523),(5KF8V,G9USF)),(74964,(15,16)),(109196,108960,101560,(17,134329)),(18,114880),(20,N58769),(N19514,48274,(21,60568)),(33244,((N57732,N57732,N57377),(136359,146072))),((111195,50972),(86145,YEC2F)),(56652,(70459,21127)),(47348,47890,95338,25107,5JSEH,N32995,27192,(80535,111831),(69972,60358),(101196,20650,(22630,73491,14542,16602,5489,117197,(20025,(5481,106982)))),(77885,(72145,95019,95345)),(9DJAF,546)),(83084,81246,(90,(84860,())),(13854,79657)),(58200,(46040,(148617,((41449,(104096,30586,30595,30610,36047,63599,35593,30609,65603,30726,(42629,32477))),(30856,30676,30789)),(85161,76004)))),(N16652,N2053),(116403,102501,83340,96501,101857,11118,55891,98616,102502,72985,(93713,7071,118289,120055),(29451,17236)),(141201,67245),(N22636,(N64108,114019,24262,(25781,(79327,74575,27183,119959,31157,109219,95931,(59801,76516))))),(((83360,(44481,(146143,66469,49201,494,26952,40490,38767,(N62266,79261),(57937,),(58341,(107646,ZKN6M)),(82375,D3P5M),(51979,115711),(95777,111141)))),((41010,24794,148351,142077,122832,149047,148383,70865,46766,N37170,76076,55006,77777,64340,N8683,47134,N19462,32081,119288,129523,28870,15497,N37041,96468,75180,74732,40964,76417,62631,N59003,137045,119679,N62317,115825,53925,132085,27805,103726,28266,112852,49931,111502,63553,129452,116184,97216,884,81324,46482,65401,50257,106250,70693,85216,(84968,(15187,113655),(75126,108417)),(33133,95190),(4481,2741m),((73614,(89820,N20424))),(2Y2CY,128489),(662AH,36406,108667,110016),(137346,95398),(130536,(29359,92532)),(1,KB622),(141021,66473),(86132,143222),(N51448,(39026,N53273,116977,87893,45658)),(12835,43970,G46A4,23544),(23396,N73451,86190),(94983,82865),(24559,86757),(55344,77562,35189,39658),(N17887),(75669,15412),(N41041,(114672,(121055,42373))),(50076,(6706,5830,10016,14577,14556)),(HUCAA,123418),(34410,13479)),(118026,((127642,(132106,130537)),(97115,49051))),(4Q2MB,143186),(9433,116681,(138413,87591)),(82221,48128)),(93841,65267)),(83563,(47623,44708,99768,80704,102253,(61543,(N50188,142584)),(50735,N32112),(110015,68045,51126)))),(85639,31754),(116429,(88624,76508,20856,71918,23995,444K8)),(15736,67955,71102),(42033,(131455,(115233,115430))),(58808,32319,75004),(101013,109630),((N63202,(104056,15025,(15184,43808,(72721,12725)))),(67571,143528,(62261,8141))),((35845,123274,N24016,143430,21175,113471,137514,133297,139566,142194,17795,78450,35020,15823,18237,N1821,119165,N20763,19048,20045,120079,42921,(143129,N57652)),(89347,(H4xjb,118186))),(145309,(86799,136970)),(3E2XX,70816),(60608,69687),(144628,(106261,(14954,125199,88789))),(92752,56891),(132897,133384),(200,79405,72110,(72328,130391)),(145901,9899),(107147,60671),(N17386,RWDNC),(N47317,W3P45),(72543,146307,147305),(28482,N9060),(85751,(14236,90794,2503,())),(61840,(47521)),(84978,132430,114933,),(N62121,N20850,N57182,(70912,(15344,101336,43439,(99158,111052)))),(48991,13133,121148,8478,96887,5A767),(120663,(107771,83425)),(116271,96051),(66742,V6KZM),(143455,17133,135630,82746,(129015,98060),(52197,143441),((135300,(143926,123398)),(12971,(53771,7466,7637)))),(2983,58168),(71342,145783),(63600,(77169,127052)),(6254,1),((64858,73171,115911,(N38547,N52116)),(72451,40459,(124467,20203,57850))),(104957,17479,(10602,149038,(44473,146432))),(99868,107793),(113111,(117482,82141)),(114032,(76514,(76513,109226))),(XEHWF,88363),(1,76253),(74042,69260,90878,97758,66865,71269,65855,123887,65627,86992,(94244,77495,(63722,69340))),()));

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Файл ych, rdf и tnt настолько большие, что их здесь разместить не удастся

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Мурка не справилась с 702 67 маркерными гаплотипами, TNT нашел пять оптимальных деревьев.


700 это уже много. Даже с eps 0 уходит время.

Программа бросила ошибку исключения: проблемы с аллокацией памяти.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Мурка не справилась с 702 67 маркерными гаплотипами, TNT нашел пять оптимальных деревьев.


700 это уже много. Даже с eps 0 уходит время.

Программа бросила ошибку исключения: проблемы с аллокацией памяти.


странно. Я запускал и 2000, это аццки долго но ошибки с выделением памяти не было. Наверное Мурка запросила на этот раз слишком много.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Параметры запуска

Цитировать

murka -T "MJ"  -S "VB|RSW" -V "VP|VL" -I 1 -F 20.0 -H "N" -P "1;1.4;2.25;5000;1;1.4;2.25;5000;0;0.75;500;50;1;" -C "0;50;0;" -M "0; 0; 0; 0; FASTUNION|MORETREES|RESCHECK; 1; 0; 0; SEP1|NTT|NT1|NT2|NTD|LEUC|PS|SL|NV|LE|PT|PTE|DA|NTDX|EXTV|EXTVDA|EXTVDAP|ASCPRN|EXPV|CUTRDA; 0; LBDA|UBRSPH|KEEPBND|BNDREPEATS2|BNDPERC2|EXTTEST2|EXTTESTP3|REDREP2|PROCMSG1|NWPERFMON|REDPMLEV2|PRUNE3|COMPLTRAVERSAL; " -J 0 -X 0 -Y 0 -U 0 -W 0 -Z 0 -d 1 -n 2 -s "BCACHE|DCACHE|THASH" -j "CONSTSPLITS|EQSPLITS|PARTITIONING|POSTPROC|ROOTING|CONTRACTNT2|ALLOWTERMROOT|MIDPOINTROOT|MPSTAT|NWAGE|FORCEQMSN|OBSCHECK|WPHEUR|DECOMPOSE" -e 0 -x 0 -b 55 -f "NOFU" -m 0.1 -g 2 -t "RDF" -i "data\seq\I2b2.rdf" -r "data\metric\states_7" -o "SEQTABLE|TAXATABLE|CHARTABLE|CHARCHNGTABLE|NW|NWEXT|STAT|STP|CMATRIX|SCMATRIX|MPWTDMATRIX|MPCOMPTABLE|MPPARTTABLE|MPRFTDMATRIX|MPTOPOTABLE|CHARSTTABLE" -c "cs_" -p "nw" -q "stat" -u "nwlinktbl#" -O "seq.rdf" -w "distmx" -y "compmx" -z "taxatbl#" -a "chartbl#" -k "charchngtbl#" -Q "tdistmx" -B "mpbootbl" -K "rftdistmx" -R "tcmptbl" -L "mptopotbl" -A "CONVERT" -N 176 -G "GraphViz; 1; ROOTPREFERRED|DIST|CHNAMES|CHCHNG|TXNAMES|AGE|MPVERT|MPEDGE|NOPOOL|MPPART|TXFR|TXFRSZ|TXCD|CALL|ROOTONLY|TREEONLY; 1.8; 1.1; 0.2; 2.0; 96.0; png; C:\gv\bin\dot.exe; C:\gv\bin\neato.exe; viz\I2b2#.dot; viz\I2b2#.png; viz\tpl\nwtpl.txt; "

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Даже с DECOMPOSE? Жутко любопытно. А можно выгрузить куда-нить RDF?

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Даже с DECOMPOSE? Жутко любопытно. А можно выгрузить куда-нить RDF?


Slil.ru  ;D устроит?

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
вполне

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Здесь все

файлы Nexus, rdf,tnt,ych,phy, а также результаты прогона в Mr.Bayes

http://slil.ru/28112114

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Вадим, у вас -g 2, то есть резать будет примерно на 700/2 компонент :) Я ставлю где-то 100-200. Здесь палка о двух концах: чем больше -g (размер компоненты) тем меньше потерь точности при разрезании. но тем хуже результат с каждой компонентой.

Но если честно, в этом алгоритме главное узкое место - это выбор приближенного дерева по которому производится само разрезание. Оно пока далеко от оптимальности.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Что-то с конвертером.. В РДФ признаков 307 а в нексусе 313

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100