Так... Понять бы, что такое "предок-мутант" и "референс-мутант" И ещё не понял: так значит перечисленные мною снипы (Y105, PF5867, CTS2229/PF6254) - уровня R1b и P?
да, я так и написал "уровня R1b и P", но указаны они у вас как "приватные" для вашего уровня, ведь много снипов, которые не ограничены одной гг, а возникают и в других
по поводу терминов. возьмем ваш пример
У меня: Y105 (6225427 A->G)
У него: 6225427 G->A
У меня: PF5867 (7996768 G->A)
У него: 7996768 A->G
У меня: CTS2229/PF6254 (14226692 T->A)
У него: 14226692 A->T
если мы читаем как с позиции снипов, то получается
У вас: Y105 (6225427 аллель
G) у референса G
У него: 6225427 аллель
AУ вас: PF5867 (7996768 аллель
A) у референса A
У него: 7996768 аллель
GУ вас: CTS2229/PF6254 (14226692 аллель
A) у референса A
У него: 14226692 аллель
TС ридами, если честно, не густо: Y105 - 1 read (3 звезды), PF5867 - 1 read (4 звезды), CTS2229/PF6254 - 1 read (4 звезды).
вот это и есть ключевой момент... у вас в позициях этих снипов всего один рид, и скорее всего это ошибка сиквенирования или в меньшей степени выравнивания, иными словами, можно не обращать внимание на эти снипы совсем, они кроме всего прочего и показаны блеклым серым цветом, как бы говоря о том, что они вторичны и имеют одно прочтение
зы звезды указываются для снипа в общем контексте, по всем образцам, но не конкретно для вашего