АвторТема: ZS3114  (Прочитано 70686 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн VictorV.

  • Сообщений: 4678
  • Страна: ru
  • Рейтинг +324/-16
    • Дворянский род Безручко-Высоцких и другие фамилии.
  • Y-ДНК: J-ZS3128
  • мтДНК: V16
Re: ZS3114
« Ответ #60 : 16 Февраль 2015, 20:26:00 »
Да уж, Ярослав. Далековато конечно. Я уж думал, что у меня далеко (1600).

Таковы "прелести" редких ветвей, особенно, когда отдельные их представители мигрировали в далёкие земли :)

Да, уж... Если взять того же Алексея Смиринова, то у него очень похожая ситуация. Такой же изолированный тип имеет, кстати,  и Марагудакис на L136.

Оффлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 13282
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2652/-10
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084 > Y39893, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a-FT40739
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: ZS3114
« Ответ #61 : 16 Февраль 2015, 22:58:35 »
Если взять того же Алексея Смиринова


Сидоров! ;D

Вспомнилась сразу известная в своё время реклама моей юности :) Надеюсь, Алексей Сидоров на меня не обидится ;)

Цитировать
у него очень похожая ситуация. Такой же изолированный тип имеет, кстати,  и Марагудакис на L136.

У Алексея с Джемалем Гогитидзе, согласно YFULL, общий предок около 4700 лет назад (интервал погрешности 6000-3500). У него немного поближе.

Правда, Бечуркаев по STR выглядит не самым ближним ко мне, да и Семаргл в последнем дереве развёл наши линии почти сразу же. Интересно было бы посмотреть на результаты д'Анны, Мелик-Карамяна и Мохаммадзая.

Оффлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 13282
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2652/-10
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084 > Y39893, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a-FT40739
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: ZS3114
« Ответ #62 : 11 Март 2015, 23:00:07 »
Сегодня уважаемый G-Man принёс мне обалденнейшую новость:

Yaroslav

В базе [Эстонского биоцентра] есть лезгин GS000018398-DID
Y11643+ Y11645+

Можете проверить на нем свои приватные снипы.

Y11643 и Y11645 - это снипы моего общего узла Y10734 с Бечуркаевым.

Учитывая раритетность моей ветви, событие экстраординарное!

Открыл настежь свои личные кабинеты в FTDNA и YFULL, буду сравнивать снипы. :)
« Последнее редактирование: 11 Март 2015, 23:16:10 от Yaroslav »

Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 8897
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2160/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK01/VK03+)
Re: ZS3114
« Ответ #63 : 11 Март 2015, 23:21:21 »
Поздравляю, Ярослав!

Оффлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 13282
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2652/-10
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084 > Y39893, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a-FT40739
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: ZS3114
« Ответ #64 : 12 Март 2015, 01:23:34 »
Поздравляю, Ярослав!
Спасибо, Вячеслав!

Сравнил свои приватные снипы с несколькими звёздочками. Пока что общих снипов с лезгином не нашёл. Есть только наоборот:

У меня: Y105 (6225427 A->G)      
У него: 6225427 G->A

У меня: PF5867 (7996768 G->A)   
У него: 7996768 A->G

У меня: CTS2229/PF6254 (14226692 T->A)
У него: 14226692 A->T

Снип Y10734, давший название моему субкладу в YFULL: у меня Y10734 (7816766 A->G), у него: 7816766 sub GA CG.

Возможно, у Бечуркаева больше совпадений в приватных с лезгином будет.

Такая мысль пришла: если Y10734 у меня с лезгином не является общим, а Y11643 и Y11645 из того же узла у меня с ним общие, то может быть Y10734 является нижестоящим к Y11643 и Y11645?

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10074
  • Страна: ru
  • Рейтинг +567/-2
Re: ZS3114
« Ответ #65 : 12 Март 2015, 01:24:52 »
У меня: Y105 (6225427 A->G)      
У него: 6225427 G->A

У меня: PF5867 (7996768 G->A)   
У него: 7996768 A->G

У меня: CTS2229/PF6254 (14226692 T->A)
У него: 14226692 A->T
эти снипы записаны в виде предок-мутант (один уровня R1b, другой P и тд, а референс гг R1b), а в ваших примерах "У него" референс-мутант

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10074
  • Страна: ru
  • Рейтинг +567/-2
Re: ZS3114
« Ответ #66 : 12 Март 2015, 01:27:09 »
вы еще посмотрите сколько у вас прочтений (ридов) в этих "приватных" снипах

Оффлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 13282
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2652/-10
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084 > Y39893, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a-FT40739
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: ZS3114
« Ответ #67 : 12 Март 2015, 01:37:06 »
эти снипы записаны в виде предок-мутант (один уровня R1b, другой P и тд, а референс гг R1b), а в ваших примерах "У него" референс-мутант
Так... Понять бы, что такое "предок-мутант" и "референс-мутант" ??? И ещё не понял: так значит перечисленные мною снипы (Y105, PF5867, CTS2229/PF6254) - уровня R1b и P?

UPD: "Предок-мутант", в принципе, понимаю: предковый нуклеотид -> нуклеотид,  сменивший предковый в результате мутации.

вы еще посмотрите сколько у вас прочтений (ридов) в этих "приватных" снипах
С ридами, если честно, не густо: Y105 - 1 read (3 звезды), PF5867 - 1 read (4 звезды), CTS2229/PF6254 - 1 read (4 звезды).
« Последнее редактирование: 12 Март 2015, 01:56:23 от Yaroslav »

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10074
  • Страна: ru
  • Рейтинг +567/-2
Re: ZS3114
« Ответ #68 : 12 Март 2015, 02:31:03 »
Так... Понять бы, что такое "предок-мутант" и "референс-мутант" ??? И ещё не понял: так значит перечисленные мною снипы (Y105, PF5867, CTS2229/PF6254) - уровня R1b и P?
да, я так и написал "уровня R1b и P", но указаны они у вас как "приватные" для вашего уровня, ведь много снипов, которые не ограничены одной гг, а возникают и в других

по поводу терминов. возьмем ваш пример
Цитировать
У меня: Y105 (6225427 A->G)     
У него: 6225427 G->A

У меня: PF5867 (7996768 G->A)   
У него: 7996768 A->G

У меня: CTS2229/PF6254 (14226692 T->A)
У него: 14226692 A->T

если мы читаем как с позиции снипов, то получается

У вас: Y105 (6225427 аллель G)  у референса G
У него: 6225427 аллель A

У вас: PF5867 (7996768 аллель A)  у референса A
У него: 7996768 аллель G

У вас: CTS2229/PF6254 (14226692 аллель A) у референса A
У него: 14226692 аллель T

С ридами, если честно, не густо: Y105 - 1 read (3 звезды), PF5867 - 1 read (4 звезды), CTS2229/PF6254 - 1 read (4 звезды).

вот это и есть ключевой момент... у вас в позициях этих снипов всего один рид, и скорее всего это ошибка сиквенирования или в меньшей степени выравнивания, иными словами, можно не обращать внимание на эти снипы совсем, они кроме всего прочего и показаны блеклым серым цветом, как бы говоря о том, что они вторичны и имеют одно прочтение

зы звезды указываются для снипа в общем контексте, по всем образцам, но не конкретно для вашего

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10074
  • Страна: ru
  • Рейтинг +567/-2
Re: ZS3114
« Ответ #69 : 12 Март 2015, 02:39:10 »
Цитировать
7816766 sub GA CG
а что это за тип записи?

Оффлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 13282
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2652/-10
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084 > Y39893, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a-FT40739
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: ZS3114
« Ответ #70 : 12 Март 2015, 08:30:53 »
Centurion, огромное Вам спасибо за информацию и за ликбез!

вот это и есть ключевой момент... у вас в позициях этих снипов всего один рид, и скорее всего это ошибка сиквенирования или в меньшей степени выравнивания, иными словами, можно не обращать внимание на эти снипы совсем, они кроме всего прочего и показаны блеклым серым цветом, как бы говоря о том, что они вторичны и имеют одно прочтение
Тогда у меня такая картина получается: 45 приватных снипов, из них 12 с одним ридом, которые, насколько я понял, можно отбросить.

Итого, остаются 33 моих приватных снипа с несколькими ридами.

зы звезды указываются для снипа в общем контексте, по всем образцам, но не конкретно для вашего
Понятно. А я как раз раньше, как оказалось, ошибочно думал, что это маркировка качества каждого моего снипа.

Две звёздочки, три звёздочки, четыре звёздочки. Лучше всего, конечно, пять звёздочек (с) :)

а что это за тип записи?
Так указано в программе UltraEdit, в которой я смотрел снипы лезгина:

« Последнее редактирование: 12 Март 2015, 08:52:02 от Yaroslav »

Оффлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 13282
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2652/-10
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084 > Y39893, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a-FT40739
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: ZS3114
« Ответ #71 : 12 Март 2015, 23:07:26 »
Проверил все свои 34 привата с несколькими прочтениями, в 33 из них вообще таких позиций у лезгина GS000018398-DID нет. Только одна позиция 10025067 у него нашлась, но там у него no-call, в то время как у меня там снип PF435 (10025067 A->G).

Возможно, что этот лезгин, хоть и из моего субклада Y10734, но моя линия разошлась с его либо приблизительно в одно и то же время, либо ещё раньше, чем моя с Бечуркаевым (где-то в период 6800-6500 лет назад, между возрастом образования нашей ветви Y10734 и ВБОПом, моим и Бечуркаева). Интересно бы приваты Бечуркаева с ним сравнить.

Кто может подсказать, как определить позиции по названию снипов? Названия приватов Бечуркаева на дереве Виктара Дж Маса: с ZS5644 по ZS5698 и A7816766G (всего 55 SNP).
« Последнее редактирование: 13 Март 2015, 02:21:00 от Yaroslav »

Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 8897
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2160/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK01/VK03+)
Re: ZS3114
« Ответ #72 : 12 Март 2015, 23:17:23 »
Кто может подсказать, как определить позиции по названию снипов?
Ярослав, так в личном кабинете в YFull, в "Check SNPs".

Оффлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 13282
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2652/-10
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084 > Y39893, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a-FT40739
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: ZS3114
« Ответ #73 : 12 Март 2015, 23:24:37 »
Ярослав, так в личном кабинете в YFull, в "Check SNPs".
Да, я так и сверял свои. Но там названия, данные снипам командой YFULL, а приваты Бечуркаева для меня в YFULL закрыты. На дереве Маса приваты Бечуркаева указаны, но с названиями, данными им самим Масом. Semargl и Centurion как-то умеют по снипам с названиями Маса определять их позиции. Вот и я хотел бы узнать этот секрет. :)

Оффлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 13282
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2652/-10
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084 > Y39893, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a-FT40739
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: ZS3114
« Ответ #74 : 13 Март 2015, 00:29:50 »
Кто может подсказать, как определить позиции по названию снипов? Названия приватов Бечуркаева на дереве Виктара Дж Маса: с ZS5644 по ZS5698 и A7816766G (всего 55 SNP).

В названии последнего из перечисленных приватного снипа Бечуркаева (A7816766G) как раз позиция и указана: 7816766 A->G.

Батюшки! Так это ж и есть Y10734, давший название нашей ветви в YFULL. Только на дереве Маса он почему-то показан как приват Бечуркаева, причём якобы плохого качества (красного цвета) :-\

« Последнее редактирование: 13 Март 2015, 01:08:02 от Yaroslav »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100