АвторТема: Программа TNT.  (Прочитано 72233 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн wbull

  • Сообщений: 422
  • Страна: ru
  • Рейтинг +44/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: Программа TNT.
« Ответ #435 : 28 Май 2012, 22:16:45 »
Попытался построить древо E1b1b1. Взял с гаплозоны все гаплотипы с подтвержденными снипами субкладыми. Их оказалось 662. Укоренение сделал не гаплотип постороннего из E1a. Получилось большое древо. Однако вместо деления на большие первичные ветви M78, L19, M123 итд, получилось, что все расходится от V22 (дочернего от M78). Хотя все субклады в основном кластеризуются. Однако некоторые таксоны V12 (дочерней M78) попадают на ветви субкладов и идущих от L19 и M123.
К сожалению, не знаю как такое большое древо показать.

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 669
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: J2b
Re: Программа TNT.
« Ответ #436 : 29 Май 2012, 14:59:05 »
Укоренение сделал не гаплотип постороннего из E1a...К сожалению, не знаю как такое большое древо показать.
Насколько мне известно, сейчас по ТНТ авторитет Semargl в отпуске, не знаю, сможет ли он прокомментировать.
С моей же т.зр.,тут важен выбор укоренения. лучше брать более старший корень (чтобы не слишком удаляться от предкового субклада). При более молодом корне - расстояние сильно увеличивается, и появляются "волчки" - серия гаплотипов, торчащих у корня вне всяких ветвей.
Что старше, Е1а или Е1в, достоверно неизвестно (хотя некоторые количественные оценки возраста субкладов Е даны в Вестнике 2011, №7). Может быть, целесообразно проверить укоренение на Е1 или даже Е... (это только лишь мои соображения).
Что до показа, то всё дерево, конечно, тут ни к чему. А вот, узловые точки были бы интересны на предмет, кто от кого раньше ответвился. Если узел расхождения будет снабжен ещё и возрастами по Ро-от скрипта Овода, было бы совсем чудесно...

Оффлайн wbull

  • Сообщений: 422
  • Страна: ru
  • Рейтинг +44/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: Программа TNT.
« Ответ #437 : 29 Май 2012, 16:25:02 »
Я сейчас нашел проект E1b1a1, те прямо сестринский нашему E1b1b1. Хочу построить на основе гаплотипов этого проекта модальный гаплотип E1b1a1 и попытаться укоренить на него. Мне кажется, что это лучше чем укоренять на единичный гаплотип из E1a.
 А с графикой проблема в том, что я вообще не знаю как это дерево перевести в графический формат. TNT пишет, что экспорт в нексус формат для данных больше чем 10 state невозможен, а у меня 32 state.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5167
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2419/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Программа TNT.
« Ответ #438 : 29 Май 2012, 18:34:43 »
А с графикой проблема в том, что я вообще не знаю как это дерево перевести в графический формат. TNT пишет, что экспорт в нексус формат для данных больше чем 10 state невозможен, а у меня 32 state.
Чуть выше, в этой теме, есть мой скрипт на питоне, для конвертации из tntree в newick формат. Полученный файл легко открывается во множестве программ, например в FigTree или DendroScope.

Оффлайн wbull

  • Сообщений: 422
  • Страна: ru
  • Рейтинг +44/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: Программа TNT.
« Ответ #439 : 29 Май 2012, 20:04:08 »
А с графикой проблема в том, что я вообще не знаю как это дерево перевести в графический формат. TNT пишет, что экспорт в нексус формат для данных больше чем 10 state невозможен, а у меня 32 state.
Чуть выше, в этой теме, есть мой скрипт на питоне, для конвертации из tntree в newick формат. Полученный файл легко открывается во множестве программ, например в FigTree или DendroScope.
Спасибо. Попробую.

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 669
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: J2b
Re: Программа TNT.
« Ответ #440 : 30 Май 2012, 11:25:49 »
А с графикой проблема в том, что я вообще не знаю как это дерево перевести в графический формат. TNT пишет, что экспорт в нексус формат для данных больше чем 10 state невозможен, а у меня 32 state.
Не обязательно показывать графическими способами. проще всего сохранить и показать в текстовых вариантах (см., например, ТУТ и постом ниже ТУТ. А если очень хочется графически - сделать PrintScreen, вставить в Фотошоп, сделать красиво и сохранить в .jpg

Оффлайн wbull

  • Сообщений: 422
  • Страна: ru
  • Рейтинг +44/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: Программа TNT.
« Ответ #441 : 30 Май 2012, 11:56:20 »
А с графикой проблема в том, что я вообще не знаю как это дерево перевести в графический формат. TNT пишет, что экспорт в нексус формат для данных больше чем 10 state невозможен, а у меня 32 state.
Не обязательно показывать графическими способами. проще всего сохранить и показать в текстовых вариантах (см., например, ТУТ и постом ниже ТУТ. А если очень хочется графически - сделать PrintScreen, вставить в Фотошоп, сделать красиво и сохранить в .jpg
А так можно сохранить отдельные ветви?

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 669
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: J2b
Re: Программа TNT.
« Ответ #442 : 30 Май 2012, 19:59:51 »
А так можно сохранить отдельные ветви?
Про отдельные не скажу. Но во Ворде всегда можно выделить желаемое, надписать в нужных местах нужный текст, выделить цветами (фон или текст), а остальное удалить.
Пример (правда, рамочка - из фотошопа):

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7909
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Программа TNT.
« Ответ #443 : 28 Январь 2013, 15:22:30 »
Кто-нибудь сталкивался с проблемой:
Дано 1275 141-но маркерных гаплотипов,
Деревья считаются, но скрипт rho.run перестал работать.

Выдаёт:

Цитировать
Macro language is OFF
5 loops and 8938 user variables
Macros will use floating point operations
Allocation failure: not enough RAM available
5 ((ntax*7)+20) ;  macfloat=;  macro= ;  report-;  naked ];  quote --------
                                    ^

Оффлайн kaa76

  • Сообщений: 663
  • Страна: ru
  • Рейтинг +213/-0
  • Y-ДНК: R-L1029
  • мтДНК: U5a2a2
Re: Программа TNT.
« Ответ #444 : 28 Январь 2013, 15:57:20 »
Кто-нибудь сталкивался с проблемой:
Дано 1275 141-но маркерных гаплотипов,
Деревья считаются, но скрипт rho.run перестал работать.

Выдаёт:

Цитировать
Macro language is OFF
5 loops and 8938 user variables
Macros will use floating point operations
Allocation failure: not enough RAM available
5 ((ntax*7)+20) ;  macfloat=;  macro= ;  report-;  naked ];  quote --------
                                    ^
Проверьте настройки (Setting-Memory) в самой программе TNT.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7909
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Программа TNT.
« Ответ #445 : 28 Январь 2013, 17:12:49 »
Проверьте настройки (Setting-Memory) в самой программе TNT.
Max. trees 100
Macros 1 10 8938
General RAM 256
Display buffer  100

Оффлайн kaa76

  • Сообщений: 663
  • Страна: ru
  • Рейтинг +213/-0
  • Y-ДНК: R-L1029
  • мтДНК: U5a2a2
Re: Программа TNT.
« Ответ #446 : 28 Январь 2013, 23:02:34 »
Проверьте настройки (Setting-Memory) в самой программе TNT.
Max. trees 100
Macros 1 10 8938
General RAM 256
Display buffer  100
Я скачал последнюю версию от 04.01.2013 и выставил
Max. trees 100
Macros 10000 10 8192
General RAM 1000
Display buffer  1024



Ничего не слетает

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7909
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Программа TNT.
« Ответ #447 : 29 Январь 2013, 11:38:13 »
"General RAM 1000"
Не выставляется, не хватает.
Ставлю 700

Всё равно слетает.
Пишет ту же ошибку.

В настройках памяти возвращает в
Macros 1 10 8938

PS: Винда хр, 3Гб оперативы.

Оффлайн Alexei Kassian

  • Сообщений: 90
  • Страна: ru
  • Рейтинг +26/-0
Re: Программа TNT.
« Ответ #448 : 17 Июль 2013, 15:32:39 »
Подскажите, пожалуйста.

1) Есть ли возможность получить дерево в формате NEWICK вместе с ярлыками узлов или ветвей? Скажем, я использую бутстреп или вывожу на экран длины ветвей (команда blength *N;). В формат ASCII или emf ярлыки сохраняются. А через Data | Export nexus format ярлыки теряются.

2) Можно ли получить не кладограмму, а филограмму с разными длинами ветвей? Желательно в формате NEWICK.

Использую последнюю версию TNT 08 May 2013, Windows, GUI.

Оффлайн Alexei Kassian

  • Сообщений: 90
  • Страна: ru
  • Рейтинг +26/-0
Re: Программа TNT.
« Ответ #449 : 26 Июль 2013, 18:47:36 »
И еще один вопрос -- на этот раз имеющий ответ.

3) Как задать разную стоимость переходов? Читал хелп, но там очень кратко: 1, 2.

У меня на вход подается бинарная матрица с состояниями "1, 0, ?".

Я хочу задать стоимость 1>0 = 1, 0>1 = 5.

Как я понимаю, это делается следующим образом: Data | Character settings | Stem-matrix, of costs, edit.
Далее в таблице я меняю 0to1 = 5, остальные значения оставляю 1. Кроме того, в диалоге Select CHARS надо задать признаки, к которым эта step-matrix будет применяться.

Правильно ли я действую? Смущает, что step-matrix всего 10x10, а TNT ведь работает и с 16-, и с 32-state файлами.

P.S. Эксперимент показал, что по описанному выше алгоритму с 1>0 = 1, 0>1 = 5 дерево строится другое, чем при дефолтовых настройках без степ-матрицы. А если в степ-матрице задать 1>0 = 5, 0>1 = 5, то дерево такое же, как при дефолтовых настройках.


 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100