АвторТема: Программа TNT.  (Прочитано 72556 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн wbull

  • Сообщений: 422
  • Страна: ru
  • Рейтинг +44/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: Программа TNT.
« Ответ #420 : 20 Апрель 2012, 13:12:41 »
Уже упоминал в теме - попробуйте программу Dendroscope.
"Кушает" теже файлы, что и FigTree, но более настраиваемая, имеющая больший функционал, но чуть более сложная в обращении.
У меня эта программа не хочет открывать файлы с nexus-форматом экспортированным TNT.
Говорит-  Execute failed:Line 35: any of "begin beginblock" expected.
Line 35-это конечный оператор в исходном файле.
Его конец выглядит так:

V13_L241_        0221440122012000050143221010000530110
;
end;

ctype ord: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 ;

weights 54: 1 , 50: 2 , 51: 3 , 53: 4 , 49: 5 , 46: 6 , 73: 7 , 56: 8 , 48: 9 , 51: 10 , 60: 11 , 45: 12 , 44: 13 , 59: 14 , 56: 15 , 67: 16 , 63: 17 , 47: 18 , 58: 19 , 53: 20 , 41: 21 , 50: 22 , 48: 23 , 48: 24 , 48: 25 , 49: 26 , 51: 27 , 56: 28 , 53: 29 , 46: 30 , 49: 31 , 42: 32 , 42: 33 , 41: 34 , 39: 35 , 48: 36 , 59: 37 ;

begin trees ;
tree tnt_1 = [&U]
(Modal ,((((M35_* ,(M78_V12_ ,(M35_V257_ ,M81_M183_ ))),(M34_M84 ,(M123_* ,M123_M34_ ))),(V12_V32_ ,M78_*Vneg )),((M78_V65_ ,(V13_L241_ ,(M78_ ,(M78_V13_ ,(V13_L17_ ,V13_L143_ ))))),(M78_V22_ ,220004 ))));

end ; 

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5189
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2445/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Программа TNT.
« Ответ #421 : 20 Апрель 2012, 13:29:52 »
(Modal ,((((M35_* ,(M78_V12_ ,(M35_V257_ ,M81_M183_ ))),(M34_M84 ,(M123_* ,M123_M34_ ))),(V12_V32_ ,M78_*Vneg )),((M78_V65_ ,(V13_L241_ ,(M78_ ,(M78_V13_ ,(V13_L17_ ,V13_L143_ ))))),(M78_V22_ ,220004 ))));

Возьмите за правило, в именах таксонов, никаких лишних символов, кроме букв латиницы, цифр, символа подчеркивания не должно быть.
« Последнее редактирование: 20 Апрель 2012, 13:55:16 от Semargl »

Оффлайн wbull

  • Сообщений: 422
  • Страна: ru
  • Рейтинг +44/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: Программа TNT.
« Ответ #422 : 20 Апрель 2012, 15:48:09 »
(Modal ,((((M35_* ,(M78_V12_ ,(M35_V257_ ,M81_M183_ ))),(M34_M84 ,(M123_* ,M123_M34_ ))),(V12_V32_ ,M78_*Vneg )),((M78_V65_ ,(V13_L241_ ,(M78_ ,(M78_V13_ ,(V13_L17_ ,V13_L143_ ))))),(M78_V22_ ,220004 ))));

Возьмите за правило, в именах таксонов, никаких лишних символов, кроме букв латиницы, цифр, символа подчеркивания не должно быть.
Все звездочки убрал. Но она все равно пишет:
Execute failed:Line 35: any of "begin beginblock" expected.

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 669
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: J2b
Re: Программа TNT.
« Ответ #423 : 20 Апрель 2012, 19:02:22 »
...можно сказать следующее: оптимальным для "чужого" является восстановленный предковый гаплотип. При отсутствии такового, можно пробовать для "чужого" разнообразные "соседские" гаплотипы. Считать дерево. Смотреть результат. Делать выводы. И искать, искать, искать наиболее оптимальное решение))))
Да, Вы, Semargl, оказались правы. Размер выборки, в данном случае (искусственной выборки) оказался ни при чём. Нужно было понять принцип реконструкции haplotype outgroup ("постороннего"). С известным предковым оказалось проще простого. Нужно было проследить тенденцию динамики всех аллелей. Построил модальный, среднеарифметический и медианный гаплотипы выборки (average). Рядом поставил известный предковый (20, 20, ...20). Если тренд от ancestral к average  нарастал, то данный аллель "постороннего" уменьшал на 1. Если тенденция шла на уменьшение, то увеличивал на 1. Таковых динамичных аллелей набралось всего 10 (из общего числа 67). Дерево выросло безо всяких ёлочек, первозданно чистое. Даже, после того, как оставил в нём всего пару веток (27+28=55 гаплотипов). То же самое, без ёлки, получилось 400-гаплотипное дерево. 
И главное, что возраст предкового узла дерева не изменяется по сравнению с укоренениями на модал или чисто предковый (возраст же узла "постороннего", конечно удревняется на десяток поколений).
Предполагаю, что подобным образом можно настраивать искусственного постороннего для реальных выборок, если предположительно известен предковый - выявить динамичные аллели и предсказать из значение аппроксимацией в "прошлое".
« Последнее редактирование: 21 Апрель 2012, 11:10:33 от Alexander »

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 669
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: J2b
Re: Программа TNT.
« Ответ #424 : 21 Апрель 2012, 22:49:52 »
В дополнение к написанному.
Интересно, что уже некоторое удаление "постороннего" в прошлое приводит к зачаткам ёлочки. Так, если эти 10 динамичных маркеров удалить не на 1 ед., а на 2 ед, в прошлое, то уже 1 неустойчивый гаплотип сползает к корню. И елка набегает гирляндой при ещё большем удалении. Если число динамичных маркеров наоборот сокращать, то ситуация стабилизируется, а возраст узла "постороннего" становится ближе к возрасту предка.
Например, 10 динамичных маркеров получаются, когда имеем хоть одно отличие от предка у троицы (модал, среднее, медиана). Если брать эту троицу поодиночке, то получается соответственно 7, 6, и снова 7 отличий. В любом из этих случаев дерево без ёлки и стабильно.
Наименьшая стоимость дерева получается в случае привязки к истинному предку. При "постороннем", возраст его узла удревняется тем больше, чем дальше этот "посторонний" от предка.
Полагаю, что удаление "постороннего" от предка на 6-10 ед. и является рациональной величиной. (В моём случае пары веток на 55 гаплотипов с числом поколений=200 - оказалось и удревнение корневого узла почти такое же =6-12 поколений). Больше - появляется ёлка, оттягивающая гаплотипы из выборки, меньше - появляется шанс принять такого "постороннего" за действующего члена выборки.

Оффлайн wbull

  • Сообщений: 422
  • Страна: ru
  • Рейтинг +44/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: Программа TNT.
« Ответ #425 : 22 Апрель 2012, 10:11:36 »
Решил проблему, Оказалось, что если убрать выделенные строчки, ошибка исчезает и файл открывается.
Звездочки не мешают.

V13_L241_        0221440122012000050143221010000530110
;
end;

ctype ord: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 ;

weights 54: 1 , 50: 2 , 51: 3 , 53: 4 , 49: 5 , 46: 6 , 73: 7 , 56: 8 , 48: 9 , 51: 10 , 60: 11 , 45: 12 , 44: 13 , 59: 14 , 56: 15 , 67: 16 , 63: 17 , 47: 18 , 58: 19 , 53: 20 , 41: 21 , 50: 22 , 48: 23 , 48: 24 , 48: 25 , 49: 26 , 51: 27 , 56: 28 , 53: 29 , 46: 30 , 49: 31 , 42: 32 , 42: 33 , 41: 34 , 39: 35 , 48: 36 , 59: 37 ;

begin trees ;
tree tnt_1 = [&U]
(Modal ,((((M35_* ,(M78_V12_ ,(M35_V257_ ,M81_M183_ ))),(M34_M84 ,(M123_* ,M123_M34_ ))),(V12_V32_ ,M78_*Vneg )),((M78_V65_ ,(V13_L241_ ,(M78_ ,(M78_V13_ ,(V13_L17_ ,V13_L143_ ))))),(M78_V22_ ,220004 ))));

end ; 

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5189
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2445/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Программа TNT.
« Ответ #426 : 22 Апрель 2012, 12:33:30 »
Звездочки не мешают.
Звездочки не мешают, только в случае, если имена таксонов взяты в двойные кавычки.
Значит Ваша версия программы, при открытии, автоматически комментирует(берет в кавычки) имена таксонов.
Выше я показал, что как только я убрал звездочки - дерево отрисовалось. Я привел его скрин.
Вот окошко валидатора синтаксиса деревьев:

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 669
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: J2b
Re: Программа TNT.
« Ответ #427 : 22 Апрель 2012, 17:41:45 »
Уже упоминал в теме - попробуйте программу Dendroscope.
"Кушает" теже файлы, что и FigTree, но более настраиваемая, имеющая больший функционал, но чуть более сложная в обращении.
Ребята, приведите, пожалуйста, пример картинки из Дендроскопа. Смотрится ли она приятней, чем у FigTree?

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5189
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2445/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Программа TNT.
« Ответ #428 : 22 Апрель 2012, 17:45:52 »
Уже упоминал в теме - попробуйте программу Dendroscope.
"Кушает" теже файлы, что и FigTree, но более настраиваемая, имеющая больший функционал, но чуть более сложная в обращении.
Ребята, приведите, пожалуйста, пример картинки из Дендроскопа. Смотрится ли она приятней, чем у FigTree?
Так пройдите по ссылке, которую Вы привели.
Там, на странице, есть примеры деревьев.

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 669
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: J2b
Re: Программа TNT.
« Ответ #429 : 22 Апрель 2012, 21:29:16 »
Так пройдите по ссылке, которую Вы привели.Там, на странице, есть примеры деревьев.
Да,спасибо, по виду практически та же FigTree.
Однако, не понял в каком виде пойдёт "Large trees with hundreds of thousands of taxa can be easily displayed, browsed and edited" - на большом поле? А если вставить картину в текст А4, то пойдёт на нескольких листах? Это я к примеру, если в текст статьи нужно вставить картинку большого дерева. Будет наглядней, чем FigTree?
Не нашёл ещё можно ли вручную помечать узлы, ставить им возраст, и то же с длинами ветвей. И ещё - для экспорта возрастов из ТНТ или просто длин ветвей, опять нужен newick?
Преимущество - возможность работы with multiple trees simultaneously, плюс we hope to develop Dendroscope into a plattform for computing and working with rooted phylogenetic networks (но это в будущем). Вопрос ещё какие выборки FigTree переваривает, намного ли меньше?

Оффлайн wbull

  • Сообщений: 422
  • Страна: ru
  • Рейтинг +44/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: Программа TNT.
« Ответ #430 : 23 Апрель 2012, 11:55:49 »
Звездочки не мешают.
Звездочки не мешают, только в случае, если имена таксонов взяты в двойные кавычки.
Значит Ваша версия программы, при открытии, автоматически комментирует(берет в кавычки) имена таксонов.
Выше я показал, что как только я убрал звездочки - дерево отрисовалось. Я привел его скрин.
Вот окошко валидатора синтаксиса деревьев:

У меня когда я убрал звездочки, программа все равно ругалась по прежнему, Перестала ругаться, только когда я убрал выделенные строчки. Что ей не нравилось, не понимаю.
Версия 3.1.0 от 30 марта 2012

Оффлайн wbull

  • Сообщений: 422
  • Страна: ru
  • Рейтинг +44/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: Программа TNT.
« Ответ #431 : 28 Май 2012, 13:40:03 »
Как использовать скрипт?
1) скрипт должен лежать в том же каталоге, где находится файл csv, который надо преобразовать для работы с TNT
2) Допустим, наш рабочий каталог, тот в котором находятся скрипт и csv-файл, находится по адресу C:\blablabla
в этом случае, переходим в рабочий каталог с помощью команды: cd C:\blablabla
3) Запускаем сам скрипт:
python csv2tnt.py myfile.csv 67

Когда делаю эту операцию получаю сообщение:
"python" не является внутренней или внешней командой,исполняемой командой или пакетным файлом.
Что делать?
ОС Windows XP

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5189
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2445/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Программа TNT.
« Ответ #432 : 28 Май 2012, 15:40:34 »
Как использовать скрипт?
1) скрипт должен лежать в том же каталоге, где находится файл csv, который надо преобразовать для работы с TNT
2) Допустим, наш рабочий каталог, тот в котором находятся скрипт и csv-файл, находится по адресу C:\blablabla
в этом случае, переходим в рабочий каталог с помощью команды: cd C:\blablabla
3) Запускаем сам скрипт:
python csv2tnt.py myfile.csv 67

Когда делаю эту операцию получаю сообщение:
"python" не является внутренней или внешней командой,исполняемой командой или пакетным файлом.
Что делать?
ОС Windows XP
Установите python. Дистрибутив можно скачать с "хомяка" - python.org

Оффлайн wbull

  • Сообщений: 422
  • Страна: ru
  • Рейтинг +44/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: Программа TNT.
« Ответ #433 : 28 Май 2012, 16:19:59 »
Как использовать скрипт?
1) скрипт должен лежать в том же каталоге, где находится файл csv, который надо преобразовать для работы с TNT
2) Допустим, наш рабочий каталог, тот в котором находятся скрипт и csv-файл, находится по адресу C:\blablabla
в этом случае, переходим в рабочий каталог с помощью команды: cd C:\blablabla
3) Запускаем сам скрипт:
python csv2tnt.py myfile.csv 67

Когда делаю эту операцию получаю сообщение:
"python" не является внутренней или внешней командой,исполняемой командой или пакетным файлом.
Что делать?
ОС Windows XP
Установите python. Дистрибутив можно скачать с "хомяка" - python.org

Он у меня установлен и работает.
Я его запускал из C:\python27\python.exe.
Но когда я пытаюсь запустить скрипт из корневой директории С:\conv\python csv2tnt.py myfile.csv 67, то и получаю это сообщение.

Оффлайн wbull

  • Сообщений: 422
  • Страна: ru
  • Рейтинг +44/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: Программа TNT.
« Ответ #434 : 28 Май 2012, 19:05:19 »
Методом проб и ошибок нашел решение.
Оказалось, что запускаешь команду выполнить.
Открывается окно и там запускаешь C:\conv\csv2tnt.py E35.csv 37
Те та же команда, но без python.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100