АвторТема: Программа TNT.  (Прочитано 72480 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн wbull

  • Сообщений: 422
  • Страна: ru
  • Рейтинг +44/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: Программа TNT.
« Ответ #405 : 12 Апрель 2012, 15:43:22 »
Уважаемый Semargl.
Спасибо. Все получилось.
В виндовой версии этой команде соответствует меню Format-Use Taxon Names.
А что такое Bremer Supports?

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 669
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: J2b
Re: Программа TNT.
« Ответ #406 : 13 Апрель 2012, 10:38:34 »
А что такое Bremer Supports?
Про это и прочие фишки ТНТ можно прочитать ТУТ
Bremer supports are calculated from the trees in memory: it is up to the user to find suboptimal trees. - то есть, это один из вариантов получения субоптимального дерева.

Оффлайн wbull

  • Сообщений: 422
  • Страна: ru
  • Рейтинг +44/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: Программа TNT.
« Ответ #407 : 13 Апрель 2012, 17:03:50 »
А что такое Bremer Supports?
Про это и прочие фишки ТНТ можно прочитать ТУТ
Bremer supports are calculated from the trees in memory: it is up to the user to find suboptimal trees. - то есть, это один из вариантов получения субоптимального дерева.
Спасибо.
Встретился с некоторыми затруднениями в программе FigTre.
При больших деревьях очень мелкие названия таксонов. Как не меняю размер шрифта в Tips label, ничего не меняется.
При экспорте древа в jpg почему то получается древо на желтом фоне.

Оффлайн wbull

  • Сообщений: 422
  • Страна: ru
  • Рейтинг +44/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: Программа TNT.
« Ответ #408 : 14 Апрель 2012, 15:45:30 »
С фоном разобрался. File - Export Graphic открывается табличка Export view as, нажимаем Options и выбираем цвет Background.
С величиной шрифта ничего не получается пока.

Оффлайн kaa76

  • Сообщений: 663
  • Страна: ru
  • Рейтинг +214/-0
  • Y-ДНК: R-L1029
  • мтДНК: U5a2a2
Re: Программа TNT.
« Ответ #409 : 14 Апрель 2012, 16:07:35 »
С фоном разобрался. File - Export Graphic открывается табличка Export view as, нажимаем Options и выбираем цвет Background.
С величиной шрифта ничего не получается пока.
Попробуйте шрифт сменить на Verdana и побегать бегунками Zoom и Expansion в разделе Layout (самый первый).

Оффлайн wbull

  • Сообщений: 422
  • Страна: ru
  • Рейтинг +44/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: Программа TNT.
« Ответ #410 : 15 Апрель 2012, 12:43:28 »
С фоном разобрался. File - Export Graphic открывается табличка Export view as, нажимаем Options и выбираем цвет Background.
С величиной шрифта ничего не получается пока.
Попробуйте шрифт сменить на Verdana и побегать бегунками Zoom и Expansion в разделе Layout (самый первый).
К сожалению, это не работает. Но заметил, что если установить размер шрифта перед открытием файла, то он с этим размером и откроется. В уже открытом файле размер шрифта не меняется.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5181
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2430/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Программа TNT.
« Ответ #411 : 15 Апрель 2012, 12:51:27 »
Уже упоминал в теме - попробуйте программу Dendroscope.
"Кушает" теже файлы, что и FigTree, но более настраиваемая, имеющая больший функционал, но чуть более сложная в обращении. В ней, проблем со шрифтами, на больших выборках - нет.
Правда, у меня и в FigTree проблем со шрифтами нет, думаю эти проблемы возникают при открытии файлов, с nexus-форматом экспортированным TNT.

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 669
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: J2b
Re: Программа TNT.
« Ответ #412 : 15 Апрель 2012, 16:35:31 »
Правда, у меня и в FigTree проблем со шрифтами нет, думаю эти проблемы возникают при открытии файлов, с nexus-форматом экспортированным TNT.
Нет. У меня тоже нормально и с ТНТ-экспортом и с Питоном. Опция Tip labels-Set Font-Size-OK работает с любым из набора шрифтов (проверил три самых привычных). Тут что-то от компа зависит. У меня был вариант, когда сама ТНТ не работала с Tred-ом - родным шрифтом, чтобы я ни делал, а на других компах, с той же версией - не было проблем. В результате приходилось переходить на Terminal. Причём последний никак не хотел устанавливаться по умолчанию, а только в ручном режиме после манипуляций. Попробуйте на другом компе.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5181
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2430/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Программа TNT.
« Ответ #413 : 15 Апрель 2012, 16:45:01 »
Я думаю что может зависеть и от колличества таксонов - гаплотипов и/или способа экспорта(формата nexus). Мне присылали файл на 3500-4500 гаплотипов. С ним тоже были проблемы в отображении шрифтов.
В дендроскопе он открывался без проблем со шрифтами.

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 669
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: J2b
Re: Программа TNT.
« Ответ #414 : 16 Апрель 2012, 19:15:59 »
Трудность с укоренением.
Имею искусственное дерево из 4-х ветвей (около 30 гаплотипов каждая по 67 маркеров, всего 111 гаплотипов), возрастом в 200 поколений (сгенерировано симулятором Каржавина). Ветви обозначены, как 7100-7400. Итого возраст дерева составляет 50-60 веков.
Рисую в ТНТ с укоренением на модал (см. первую картинку - кусок дерева). Считаю скриптом Овода, получаю в корне 54 века (то есть примерно то, что и должно быть). От корня получается всего пара ветвей (а не 4, как бы хотелось), но это издержки бифуркационности ТНТ. Важно, что примерно имеем то, что нужно - далее вниз по картинке ветви раскладываются близко к ожидаемому.
Укореняю на "постороннего", тоже искусственного - отстоит от предкового дерева на 12 мутаций (3 в трёх быстрых и 6 в шести средних маркерах).
Картинка с деревом меняется кардинально (см. второй рисунок). Корень-"посторонний" отттягивает на себя часть веток (около 20 шт.), расположенных в виде "ёлочки", задавая им большие, чем нужно возрасты (под 100 веков). Ниже по рисунку дерево приобретает божеский вид, с нужными возрастами. Хотя и ошибок в отнесении ветвей несколько побольше, но терпимо.

Вопрос - обычное ли это свойство "постороннего"?
Пробовал подбирать его, генерируя разных "посторонних", кое-что меняется, но суть - "ёлочка" - остаётся, оттягивая из дерева часть полезных гаплотипов.
Или всё-таки можно его  в данном случае подобрать?

Оффлайн wbull

  • Сообщений: 422
  • Страна: ru
  • Рейтинг +44/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: Программа TNT.
« Ответ #415 : 17 Апрель 2012, 12:41:13 »
Правда, у меня и в FigTree проблем со шрифтами нет, думаю эти проблемы возникают при открытии файлов, с nexus-форматом экспортированным TNT.
Нет. У меня тоже нормально и с ТНТ-экспортом и с Питоном. Опция Tip labels-Set Font-Size-OK работает с любым из набора шрифтов (проверил три самых привычных). Тут что-то от компа зависит. У меня был вариант, когда сама ТНТ не работала с Tred-ом - родным шрифтом, чтобы я ни делал, а на других компах, с той же версией - не было проблем. В результате приходилось переходить на Terminal. Причём последний никак не хотел устанавливаться по умолчанию, а только в ручном режиме после манипуляций. Попробуйте на другом компе.
Уже упоминал в теме - попробуйте программу Dendroscope.
"Кушает" теже файлы, что и FigTree, но более настраиваемая, имеющая больший функционал, но чуть более сложная в обращении. В ней, проблем со шрифтами, на больших выборках - нет.
Правда, у меня и в FigTree проблем со шрифтами нет, думаю эти проблемы возникают при открытии файлов, с nexus-форматом экспортированным TNT.
Спасибо. Dendroscope скачал, буду осваивать.
Заметил, что FigTree дописывает в исходный nexus файл текущие установки (может я нажимал на Save). Ecли эти записи удалить, то можно шрифт изменить.

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 669
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: J2b
Re: Программа TNT.
« Ответ #416 : 17 Апрель 2012, 21:02:06 »
Трудность с укоренением...Вопрос - ёлочка у корня - обычное ли это свойство "постороннего"?
Пробовал подбирать его, генерируя разных "посторонних", кое-что меняется, но суть - "ёлочка" - остаётся, оттягивая из дерева часть полезных гаплотипов.
Или всё-таки можно его  в данном случае подобрать?
Так, как советов пока нет, прихожу к выводу, что мало гаплотипов (хоть и 67-маркерных). Похоже укоренение на постороннего начинает работать при выборках от 200 шт. и выше. Для меньших размеров dataset (<200), приемлемо действует только укоренение на модал (или среднеарифметический гаплотип, что в большинстве случаев почти одно и тоже, в смысле структуры дерева).

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5181
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2430/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Программа TNT.
« Ответ #417 : 18 Апрель 2012, 10:33:14 »
Мне кажется, что причина в неправильно подобранном "постороннем" гаплотипе. У меня "елочка" получается в том случае, когда программа не может найти оптимальный путь построения дерева и начинает "халтурить" - скидывает все сложные гаплотипы в корень, в одну ветку, которую зачастую выстраивает "елочкой". Так же бывает, когда попадается сложная подветвь и программа не может найти место, куда укоренить эту ветвь (на примере R1a - всякие арабские миниветви и Z93*, Z283*), то в таком случае может укоренять на первое более-менее подходящее место, а несостыковку "гасит" "елочкой". Можно привести кучу примеров. Поэтому хорошо помогает включение снипов в построение. Они не дают расползаться структуре дерева.

Все это касается реальной ситуации, что же до искуственной генерации гаплотипов и "оутгрупп", то может проблема именно в алгоритме генерации "постороннего" гаплотипа?

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 669
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: J2b
Re: Программа TNT.
« Ответ #418 : 18 Апрель 2012, 12:16:29 »
Мне кажется, что причина в неправильно подобранном "постороннем" гаплотипе. У меня "елочка" получается в том случае, когда программа не может найти оптимальный путь построения дерева и начинает "халтурить" - скидывает все сложные гаплотипы в корень, в одну ветку, которую зачастую выстраивает "елочкой". Так же бывает, когда попадается сложная подветвь и программа не может найти место, куда укоренить эту ветвь (на примере R1a - всякие арабские миниветви и Z93*, Z283*), то в таком случае может укоренять на первое более-менее подходящее место, а несостыковку "гасит" "елочкой". Можно привести кучу примеров. Поэтому хорошо помогает включение снипов в построение. Они не дают расползаться структуре дерева.

Все это касается реальной ситуации, что же до искуственной генерации гаплотипов и "оутгрупп", то может проблема именно в алгоритме генерации "постороннего" гаплотипа?
Спасибо, Semargl, за соучастие. Логично. Со снипами понятно, они своими весами держат дерево. Но в данной ситуации речь шла о непроснипованной выборке. Да, наиболее вероятной причиной в этом случае является "неправильно подобранный "посторонний" гаплотип". И действительно, результат укоренения не должен так сильно зависеть от численности выборки. На реальных гаплотипах, кстати у меня, ёлочка была ещё более ершистой (да, как раз у арабов, но там тоже выборка недотягивала до 200 шт.). Это значит, что должно быть правило выбора постороннего. Каким бы оно могло бы быть?
Пример. Для данной симуляции предковый гаплотип для дерева состоит из 67 одинаковых аллелей (20, 20,... 20), ветвление веток от ствола начинается сразу после 1-го поколения. Частоты мутаций в локусах соответствуют парам "отец-сын". Предкового для чужого я брал такого, что в большинстве локусов - те же 20 ед., а в 12 локусах по 19. Такой чужой по расчётам должен удревлять возраст дерева примерно на 50 поколений (у исходного дерева - 200 поколений). Генерирование наугад дело трудоёмкое, несколько вариантов у меня выдали всё ту же ёлочку. Хотелось бы максимально укоротить процесс за счёт предварительного умствования. На Ваш взгляд, каким логично бы выглядел оптимальный чужой?

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5181
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2430/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Программа TNT.
« Ответ #419 : 18 Апрель 2012, 12:57:29 »
На Ваш взгляд, каким логично бы выглядел оптимальный чужой?
Среднеарифметические и модальные, чувствительны к выборке. То есть, нерепрезентативность выборки приведет к неправильному модалу, и как следствие к искажению дерева.

Чужие тоже могут быть разные. Например, один маркер в выборке может принимать значения 22, 23, 24. Если у "чужого" этот маркёр будет 23, то TNT построит дерево, в котором ближе к корню будут гаплотипы со значением маркера 23, а далее будут два отдельных ответвления, с мутациями 23-->22 и 23->24.
Представим что у "чужого", значение этого маркера 24, следовательно TNT, по максимальной парсимонии, построит дерево, с расположенной ближе к корню группой гаплотипов со значением нашего маркера 24, от которой отходит ветвь с мут 24->23, а затем от новой ветви ответвится еще одна ветвь с 23->22.
Это конечно упрощенный пример, с одним маркером). В реальности, чем больше маркеров и гаплотипов в выборке, тем менее заметен эффект ошибочного значения маркера у "чужого". Причина я думаю ясна? TNT считает по всем значениям присутствующих в выборке маркеров, а не по одному.
Хотя есть зависимость и от других значений (веса, снипы и тд)

Например, у меня, при построении дерева R1a (~2500 67ми маркерных гаплотипа) смена "чужого" проходит незаметно для структуры всего дерева.

Встречается только одна проблема, если в выборке присутствуют гаплотипы, сильно удаленные от всех других гаплотипов, то TNT может путать места укоренения. Но это к данному случаю не имеет отношения)

Резюмируя, можно сказать следующее: оптимальным для "чужого" является восстановленный предковый гаплотип. При отсутствии такового, можно пробовать для "чужого" разнообразные "соседские" гаплотипы. Считать дерево. Смотреть результат. Делать выводы. И искать, искать, искать наиболее оптимальное решение))))

Все вышесказанное - сугубо мое мнение, основанное на личном опыте. Я никаким боком не математик. Поэтому готов выслушать мнения, отличные от моего.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100