При запуске скрипта первым аргументом передаем ему путь к файлу с tnt-деревом, которое мы хотим переконвертировать в nexus-дерево.
После того как скрипт сконвертирует tnt-дерево в nexsus-дерево, надо открыть полученное дерево в текстовом редакторе (блокноте), и проконтролировать чтоб после каждого полученного дерева (строки) шла точка с запятой. В зависимости от некоторых данных, скрипт иногда ставит в конец строки просто запятую.
Спасибо. Но так как я не настолько продвинут, то просьба немного прояснить. - Понял так: мы сохраняем ТНТ дерево где-то в файле. Потом нужно скрипт запустить - это как? Или мы даём ему имя и впиываем имя в комстроку ТНТ? Где первый аргумент, в котором нужно указать путь к файлу? И где получаем нексус-результат - в отдельном файле или где-то в буфере ТНТ?
В результате действий, описанных уважаемым
Kaa76, мы получаем файл, с названием
my_tree_file.tree, содержащий дерево в формате TNT, включающее в себя теги, содержащие возраст и количество мутаций, расчитанные скриптом Овода.
Замечание.
Расширение файла для TNT дерева лучше сменить на
.tntree. Так будет правильнее, и начинающие не будут путаться.
Дело в том, что получаемый ньюик, для программы FigTree, так же должен иметь расширение
.tree.
Поэтому согласимся что файл TNT-дерева будет иметь расширение .TNTREE
а файл ньюик-дерева, для программы FigTree будет иметь расширение .TREE
После того как в результате описанных действий мы получили файл
my_tree_file.tntree,
нам надо открыть командную строку.
Перейти в каталог, в котором находится файл
my_tree_file.tntree. (В виндовс, это вроде команда DIR C:\path\to\dir)
В том же каталоге должен уже лежать мой скрипт для конвертации. (назовем его tnt2newick.py)
Запускаем скрипт конвертации на выполнение:
python tnt2newick.py my_tree_file.tntree (Питон должен быть установлен.)
В результате работы скрипта конвертации, в директории с файлом my_tree_file.tntree появится файл my_tree_file.tntree.tree - это готовый файл для FigTree.
С учетом написанного, отвечаю:
1) "Потом нужно скрипт запустить - это как?"
в командной строке выполнить
python tnt2newick.py my_tree_file.tntree2) "Где первый аргумент, в котором нужно указать путь к файлу?"
Выделил красным
python tnt2newick.py my_tree_file.tntree3) "И где получаем нексус-результат - в отдельном файле или где-то в буфере ТНТ?"
В отдельном файле.
В результате работы скрипта конвертации, в директории с файлом my_tree_file.tntree появится файл my_tree_file.tntree.tree - это готовый файл для FigTree.
Будут вопросы - спрашивайте.