Попробую написать небольшую инструкцию, по получению на выходе из программы TNT, деревьев в Nexus формате, или вернее в расширенном ньюике.
Инструкция будет ориентирована на пользователей консольной версии TNT (Mac, Linux).
Для пользователей Windows, можно установить
cygwin, и пользоваться линуксовой версией TNT.
Или, если мне не изменяет память, в виндовой, оконной верии TNT, можно вводить команды внизу окна, в командную строку.
1) Запускаем TNT, с одновременной загрузкой нашего входного файла:
./tnt proc my_input_file.tnt;2) Включаем отображение названий таксонов:
taxname=;3) Открываем файл для записи вывода текстового буфера:
log my_log_file.log;4) Открываем файл, в который будем сохранять наши деревья. Обратите внимание на звездочку перед названием файла, она обязательна:
tsave *my_tree_file.tree;5) Запускаем обработку нашего файла. В простейшем случае так:
xmult;6) Включаем хранение тегов:
ttags=;7) Запускаем на выполнение, скрипт уважаемого Овода, слегка модифицированный мною:
rho 0;Цифра в конце команды - порядковый номер дерева, полученный при расчете. Нумерация начинается с нуля.
8) После того как скрипт закончит выполняться, сохраняем полученные возраста узлов, вместе с нашим деревом:
save *;9) Если при расчете xmult мы получили несколько деревьев, то обрабатываем и сохраняем их все по очереди. То есть, повторяем команды: rho 1; (1-следующее по счету дерево) и save *; и тд.
10) После того, как закончили все расчеты и обработали и сохранили все деревья, закрываем лог файл:
log /;11) И закрываем файл, содержащий полученные деревья:
tsave /;12) Заканчиваем работу с программой:
quit;В результате нашей работы мы получили два файла:
my_log_file.log - содержит вывод текстового буфера,
my_tree_file.tree - содержит деревья, полученные нами.
Оба файла текстовые, и их можно просмотреть в любом текстовом редакторе.
Теперь осталось перегнать тнтшный выходной файл в формат ньюик.
Запускаем мой скрипт конвертер форматов, передав ему в качестве аргумента путь к полученному файлу с деревьями:
python tnt2newick.py my_tree_file.treeВсе. В рабочей директории появился файл с названием
my_tree_file.tree.treeЭтот файл можно свободно открыть в любой программе просмотровщике деревьев, например в
FigTree.
Результат: получили красивые деревья (с расчитанным возрастом каждого таксона и узла), с возможностью разной визуализации и разбивки по цветам и тд, а также возможность экспорта в другие форматы и многое другое.
PS Необходимые скрипты могу выслать почтой.
PPS
Подробное описание всех команд для TNT.