АвторТема: Программа TNT.  (Прочитано 73000 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 669
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: J2b
Re: Программа TNT.
« Ответ #330 : 08 Декабрь 2011, 12:59:02 »
Давно заметил, но только недавно обнаружил, что это не очень удобно.
При первом запуске ТНТ рисуется дерево вполне нормального вида, с пропорционально-разумными ветвями. Но если очистить буфер (в меню - значок веника) и загрузить другую выборку, то её дерево сплющивается (по горизонтали) в худосочный вид. Чтобы получить вид, аналогичный первой выборке, приходится закрыть программу и перезапустить её снова. Как обеспечить единый масштаб рисунка дерева при последовательной загрузке-стирании выборок?

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2158
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: Программа TNT.
« Ответ #331 : 08 Декабрь 2011, 13:35:49 »
Возможно, очистка буфера командой из меню меняет некоторые параметры вида и размера шрифтов, устанавливаемые при первом запуске программы.
 
Вы можете попытаться восстановить желаемый вид распечатки командами изменения размера и вида шрифта.
 
Кстати, у меня такого эффекта не наблюдается. Вероятно, у нас в системе установлены разные шрифты. Авторы ТНТ для стандартизации вывода рекомендуют установить в системе и использовать в программе их фирменный  вариант шрифта TRED, который есть в дистрибутиве ТНТ.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5239
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2506/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Программа TNT.
« Ответ #332 : 15 Декабрь 2011, 16:46:54 »
Как и обещал, вот новая версия скрипта, для конвертации сохраненных деревьев из TNT, в формат newick.
Хотел исправить старый конвертер, взятый с сайта TNT, но в нем оказалось столько проблем, что проще переписать заново.
В FigTree, по прежнему наблюдаются проблемы при сохранении некоторых деревьев. Связаны с некорректными символами в именах таксонов. Эти символы не удалось найти (около трех тысяч таксонов в тестовом файле). Так что... найду - добавлю правило, а пока для ньюика можно пользовать дендроскоп.
#!/usr/bin/python
__author__ = 'Semargl'

import re, sys, os
def tntfile2newick(fn):
print fn
fh = open(fn, 'r')
treeslist = []
for line in fh:
if line.startswith("("):
pass
else:
continue
tntstr = line
tntstr2 = tntstr2newick(tntstr)
treeslist.append(tntstr2)
outfn = fn + ".newick"
outfh = open(outfn, 'w')
for newickstr in treeslist:
outfh.write(newickstr + "\n")
outfh.close()
fh.close()
print outfn

def tntstr2newick(tntstr):
    tntstr = re.sub(r'\s', ',', tntstr)
    tntstr = re.sub(r'\)\(', '),(', tntstr)
    tntstr = re.sub(r',\)', ')', tntstr)
    tntstr = re.sub(r'=', '', tntstr)
    tntstr = re.sub(r'__', '_', tntstr)
    tntstr = re.sub(r'/', '_', tntstr)
    tntstr = re.sub(r'\*', '', tntstr)
    tntstr = re.sub(r',,$', ';', tntstr)
    r1=re.compile(r',(?P<r1>\d+)(?P<r2>,|\))')
    tntstr = r1.sub(' \g<r1>\g<r2>', tntstr)
    return tntstr
file_name = sys.argv[1]
tntfile2newick(file_name)

« Последнее редактирование: 16 Декабрь 2011, 08:14:30 от Тунец »

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 669
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: J2b
Re: Программа TNT.
« Ответ #333 : 17 Декабрь 2011, 16:09:01 »
Возможно, очистка буфера командой из меню меняет некоторые параметры вида и размера шрифтов, устанавливаемые при первом запуске программы.
 
Вы можете попытаться восстановить желаемый вид распечатки командами изменения размера и вида шрифта.
 
Кстати, у меня такого эффекта не наблюдается. Вероятно, у нас в системе установлены разные шрифты. Авторы ТНТ для стандартизации вывода рекомендуют установить в системе и использовать в программе их фирменный  вариант шрифта TRED, который есть в дистрибутиве ТНТ.
По-видимому, объяснение другое. Попробовал на трёх компьютерах, с Тредом и Терминалом - эффект один и тот же. Кстати, сам шрифт не изменяется, изменяются только длины горизонтальных линий. И только не сразу понял, что съёживание линий по горизонтали происходит после запуска скрипта Ро-возрастов! Если скриптом не пользоваться, то очищать веником-загружать снова можно без проблем. Но я в конце построения обычно запускаю скрипт. И после этого, даже, если не очищать буфер, новая загрузка-поиск-отображение идёт с сужением. Както на длину линий влияет именно скрипт...
На рис. - пример кусочка дерева после скрипта и начало нового загруженного по-новой.

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2158
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: Программа TNT.
« Ответ #334 : 17 Декабрь 2011, 18:27:11 »
Ясно. Скрипт делает дерево более компактным, чтобы информация, наносимая им на ветки не увеличивала чрезмерно их длину.
 
Вставьте перед последней строкой скрита" proc /;" команду:
 
naked [;
 
и она вернёт вам дерево в прежний, широкий формат.
« Последнее редактирование: 17 Декабрь 2011, 18:38:38 от Овод »

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 669
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: J2b
Re: Программа TNT.
« Ответ #335 : 17 Декабрь 2011, 22:18:58 »
Ясно. Скрипт делает дерево более компактным, чтобы информация, наносимая им на ветки не увеличивала чрезмерно их длину.Вставьте перед последней строкой скрита" proc /;" команду:
naked [;   и она вернёт вам дерево в прежний, широкий формат.
Супер! Благодарю, Овод.+
Ещё и надпись появляется: "Drawing trees in default (wide) format "...

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 669
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: J2b
Re: Программа TNT.
« Ответ #336 : 18 Декабрь 2011, 11:47:13 »
Вставьте перед последней строкой скрита" proc /;" команду:
naked [;
Кнопка naked есть еще в меню Windows и может быть ON  или OFF.
В режиме OFF на ветках дерева появляются числа, которые не соответствуют ни возрастам срипта, ни мутациям Branches length. В режиме ON дерево "голое", без чисел, только с ветками.
В имеющихся у меня описаниях не смог найти функции Naked. Подскажите - что за числа?
В скачанной версии 1.1 имеется Quick Tutorial ppt и tnt.htm, есть ли ещё более приличное описание, хотя бы функций меню?

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5239
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2506/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Программа TNT.
« Ответ #337 : 18 Декабрь 2011, 12:30:52 »
Цитировать
naked
  =   show tree diagrams with out numbers (default)
   -   with
   ]   draw trees in narrow format
   [   in default (=wide) format
Example: show trees with numbers.
naked =;

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2158
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: Программа TNT.
« Ответ #338 : 18 Декабрь 2011, 12:43:04 »
Вставьте перед последней строкой скрита" proc /;" команду:
naked [;
Кнопка naked есть еще в меню Windows и может быть ON  или OFF.
В режиме OFF на ветках дерева появляются числа, которые не соответствуют ни возрастам срипта, ни мутациям Branches length. В режиме ON дерево "голое", без чисел, только с ветками.
В имеющихся у меня описаниях не смог найти функции Naked. Подскажите - что за числа?
В скачанной версии 1.1 имеется Quick Tutorial ppt и tnt.htm, есть ли ещё более приличное описание, хотя бы функций меню?

Числа - это номера узлов дерева. Нумеруются сначала терминальные вершины (таксоны), затем - внутренние (предковые) узлы, начиная от корня.
 
Краткое описание всех команд и макрофункций можно получить командой "help".

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 669
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: J2b
Re: Программа TNT.
« Ответ #339 : 18 Декабрь 2011, 17:42:44 »
naked
  =   show tree diagrams with out numbers (default)
   -   with
   ]   draw trees in narrow format
   [   in default (=wide) format
Тунец и Овод, спасибо. Я совсем забыл, что вы уже давали ссылку на сайт с полным перечнем команд ТНТ.  Действительно, там всё есть, мог бы и сам сообразить.
Команда help вызывает всё тот же tnt.htm, описание неплохое, но нет практически ничего, что относится к меню. В Quick Tutorial ppt и то побольше, но и там многого недостаёт...

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Программа TNT.
« Ответ #340 : 13 Январь 2012, 19:38:12 »
Мои результаты по обработке гаплотипов N1 в программе TNT: http://forum.molgen.org/index.php/topic,284.msg118477.html#msg118477

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Программа TNT.
« Ответ #341 : 02 Февраль 2012, 17:13:02 »
Господа, кто-нибудь сталкивался в TNT, когда хочешь экспортировать единственное дерево в Nexus, а тебе пишут:

"Can't export date sets with more than 10 states"

Что в таком случае ломать, кроме своей головы?

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5239
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2506/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Программа TNT.
« Ответ #342 : 02 Февраль 2012, 18:11:56 »
Господа, кто-нибудь сталкивался в TNT, когда хочешь экспортировать единственное дерево в Nexus, а тебе пишут:

"Can't export date sets with more than 10 states"

Что в таком случае ломать, кроме своей головы?
Сталкивался. И с этим ничего нельзя сделать. Экспорт предусмотрен только для максимального значения состояния не более десяти. На больших выборках мы используем nstate 32, так штаа.
Поэтому у меня готов свой алгоритм выгрузки в нексус формат (пара скриптов на Пайтоне). Если интересно - поделюсь, но чуть позднее.
Александр, пользовался моим скриптом для конвертирования формата деревьев из TNT в NEXUS, может будет у него время, написать небольшой ФАК?
Сейчас скрипты переработаны и из них удалены баги, мешавшие сохранению в один файл, более одного дерева.

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 669
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: J2b
Re: Программа TNT.
« Ответ #343 : 11 Февраль 2012, 22:30:56 »
Александр, пользовался моим скриптом для конвертирования формата деревьев из TNT в NEXUS, может будет у него время, написать небольшой ФАК?
Сейчас скрипты переработаны и из них удалены баги, мешавшие сохранению в один файл, более одного дерева.
Я пользовался Вашим руководством ТУТ-несколькими страницами ранее. Но потом перешёл на прямой экспорт из ТНТ в Нексус, с подобной надписью не сталкивался.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5239
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2506/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Программа TNT.
« Ответ #344 : 11 Февраль 2012, 22:46:50 »
Цитата: Alexander
с подобной надписью не сталкивался.
Эта ошибка появляется только в том случае, если разница между максимальным и минимальным значением маркёра превышает 10. То есть на малых, не сильно разнящихся выборках, ошибки не будет.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100