АвторТема: Программа TNT.  (Прочитано 71862 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Программа TNT.
« Ответ #15 : 21 Сентябрь 2009, 00:34:47 »
Можно из ych или rdf.

Благодаря конвертеру Саши Лифанова -PhyloConv (за что еще раз огромное спасибо автору). Он где-то ссылку давал на сайте, сейчас не вспомню где.
Да... я помню где это. Конвертировать нужно из ych, или из другого формата?

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Программа TNT.
« Ответ #16 : 21 Сентябрь 2009, 00:36:13 »
Странно, в моей версии TNT нет опции экспорта в NEWICK или NEXUS

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10080
  • Страна: ru
  • Рейтинг +566/-2
Re: Программа TNT.
« Ответ #17 : 21 Сентябрь 2009, 00:36:19 »
Цитировать
Мега отстает от TNT многократно (и даже от Мурки).
Зато АКадемия только ею и пользуется.

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Программа TNT.
« Ответ #18 : 21 Сентябрь 2009, 00:38:40 »
Цитировать
Мега отстает от TNT многократно (и даже от Мурки).
Зато АКадемия только ею и пользуется.

Академия юзает Фитч из Меги, а я сейчас про Мегу МП. До этой строки меню они не дошли.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Программа TNT.
« Ответ #19 : 21 Сентябрь 2009, 00:38:43 »
Разобрался. спасибо. В меню Data/Export.

Странно, в моей версии TNT нет опции экспорта в NEWICK или NEXUS

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Программа TNT.
« Ответ #20 : 21 Сентябрь 2009, 00:44:13 »
Кстати заметил что виндовый порт ТриВью просто ужасен. Он не может читать многие типы ньюиков которые оригинальный (линуксовый) читает на ура.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10080
  • Страна: ru
  • Рейтинг +566/-2
Re: Программа TNT.
« Ответ #21 : 21 Сентябрь 2009, 00:50:42 »
Я не совсем понял как работать с ТНТ.

Она жрет инпуты (tre dat tnt)
Она жрет оутпуты (out)

Как ей скормить ych или nex?

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Программа TNT.
« Ответ #22 : 21 Сентябрь 2009, 00:53:45 »
Я не совсем понял как работать с ТНТ.

Она жрет инпуты (tre dat tnt)
Она жрет оутпуты (out)

Как ей скормить ych или nex?


Настраиваешь появившееся окно эксплорера чтобы показывались все файлы и суешь ей нексус. Что называется "Там узнают своих" :)

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10080
  • Страна: ru
  • Рейтинг +566/-2
Re: Программа TNT.
« Ответ #23 : 21 Сентябрь 2009, 00:56:30 »
Настраиваешь появившееся окно эксплорера чтобы показывались все файлы и суешь ей нексус. Что называется "Там узнают своих" :)
Кстати, tre сгенеренные phylip-ком она не переварила.

Оффлайн ValeryАвтор темы

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Программа TNT.
« Ответ #24 : 21 Сентябрь 2009, 00:57:30 »
Настраиваешь появившееся окно эксплорера чтобы показывались все файлы и суешь ей нексус. Что называется "Там узнают своих" :)
Кстати, tre сгенеренные phylip-ком она не переварила.


конкуренцыя :)

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Программа TNT.
« Ответ #25 : 21 Сентябрь 2009, 01:03:09 »
Ну вот. ТрьюВью не пользуюсь, так как даже SplitsTree лучше визуализирует деревья.
Вытащил графику из TNT и открыл ее Мего-вьювером :D.
« Последнее редактирование: 21 Сентябрь 2009, 01:08:26 от Centurion »

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7909
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Программа TNT.
« Ответ #26 : 05 Октябрь 2009, 12:06:05 »
Настало время поговорить о программе TNT.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7909
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Программа TNT.
« Ответ #27 : 05 Октябрь 2009, 12:12:17 »
Прозвучали несколько отзывав о программе:
Беседа Valery и Vadim Verenich.
Беседа Valery и Vadim Verenich.

Думаю, можно перенести их в эту тему.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Программа TNT.
« Ответ #28 : 05 Октябрь 2009, 12:21:44 »
Прозвучали несколько отзывав о программе:
Беседа Valery и Vadim Verenich.
Беседа Valery и Vadim Verenich.

Думаю, можно перенести их в эту тему.

Ответ -можно.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7909
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Программа TNT.
« Ответ #29 : 05 Октябрь 2009, 12:29:32 »
Содержимое файлов NEXUS, использованных для построения древа в предыдущем сообщении

Файл TNT (получен из файла .ych путем бинаризации Валериной утилитой prepare, поскольку NEXUS поддерживает запись неполных гаплотипов, то в неполных гаплотипах кн.Четвертинского, Можаривского, Варзабу и Гвождецкого отсутвующие маркеры заменены на "?")

xread
'33 benchmark'
66 33
Latosky     001001011100111001110011011111010110110100111110101000001100111101
Ogrisseg    011001010100111001111011011111010101110100101110101000011000111101
Post        001001110100110001111010011111010110110100101110101000001100111101
Radej       001101010100111101111010011111010100110101101000101000001100111101
Rant        001001110000111001100011011111010110110100101110101100000000111101
Susnik      000001011110111101111011011111111101110110101111101000001100111101
Verenich    001001010000111111110011111111010100110100101110101001001110111101
Vlah        011001010100110001111011011111010100110100101100101000011000111101
Bukvich     001001010100111001111010011111010100111101101110101000001100111101
Kulenich    001000010000111001111010011111010100110100101111101000001100111101
Mirenkov    001001010110111011110010011111010100110100101110101000001100111101
Savov       001001010000111001111011111111010100110100101110101000001100111101
Zagwoski    001001010000111001110010011111010110111100001110101000001100111101
Toplizsek   000001010000111001111011011111010100110100101110101000001100101101
Topolski    001001010110111001111110011111010100110100101110101010101100111101
Tyczka      001001010100111001111000011111010110110000101110101000001100111101
Cartwrig    000001010110111001110011011111010110110110101110101000001111111001
Hauber      000001010110111001110011011111010110110110101110101000001111111001
Herbert     101000010100111001110011011111010100110101101110101000001110111001
Lewitzke    000001010100111001100011011111010100100100101110101000011111111111
Masek       000001010111111001111011011111010110110100101110001000001110111101
Mehmet      001000010100111001110011011110010110110100101110101000001110111101
Piehler     000001010100110001000010011111000100110100101110101000001110111101
Zimmerman   001001011100110011100011011111010000110100101110101000001110111101
Renz        000001010110111001110011011111010110110110101110111000001110111101
Medved     001001110110111001110011011111010100110100101110101000001110111101
Zepp        001111000110110001110011011111010100110100101110101000011110111101
Hulewicz    001001010100110001111111111111010100100110101110101000001100111101
Mozharivski 01100101010011110111001101111101000011010010011010????????????????
Gwozdecky   00100101010011100111111101111101010000000010111010????????????????
Warzabu     00100101010011100111001101111101011000000010111010????????????????
Czetwertyn  00100101010011000111101101111001000011010010111010????????????????
;
Беру несколько гаплотипов-67.
После prepare получаю:
d@Nanc   100011001100000100111001011000011001100110000101010000011111110001010110000110011001100110010111000011011100011100110000111100000111110000010001010001100110011100111001001110001100100110100110000011001111110011100000110010001000010 01
N25315   100000001100000100111001011000011101100111100101000000011111110001010110000100010001000100010111000010011100011100111110111110000111110000010001010001100110111110111101001110001000100110100110000011001111110011100000111000001000010 01
93467    100011001100000110110001010010011001100111000101010100011111111101010110000100011001100110000111000010011100011100111000111000000111111111110001010001100100011100100001001100001110000110100111000011001110010011100000110010001000010 01
93482    100011001100000110110001010000011001000111000101010100011111111101010100000110011001110111000111000010011100011110111000111110000111110000010001010001100100011100110001001100001110000110100111000000001110010011100000110010001000010 01
104256   000011001000100100100001010000000001110100000101010100011111111101000000000100010001000100010111000010011100011000100000100000000111111100010001010001100100011100110001101111101110000110100111000011001110010011100000110010001000010 01
Видно отличие от Ваших данных:
в моём случае в конце строки стоит пробел и двузначное количество гаплотипов. В основном, 01.
Что делать с последними знаками? Слить из с основным массивом или удалить.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100