Если принять, что гаплотип с частотой 74 является базовым, то получится, что у предков 172 якутов случилось сразу 36 однотипных мутаций по маркеру DYS389II и 17 однотипных и согласованных – по маркерам DYS389II и DYS392

Антюр, если принять #1 за базовый то мутаций всего 2. Минимальное дерево выглядит так:

#1 <-> #2 <-> #3

Ровно столько же мутаций будет если выбрать #2 или #3 за базовый. Стоимость дерева от выбора корня не меняется

Цитата: Mich Glitch от 07 Октября 2009, 19:49:01

Поэтому не стесняйтесь и предоставляйте свои варианты расчетов (не конечный результат, а именно описание всех пошаговых действий).

Пошаговые действия при генохронологическом датировании или технология датирования (на примере датирования общего предка якутов).

Имеем некую выборку гаплотипов.

Первый шаг. Анализ структуры выборки.

Мой вариант.
В выборке ДНК-данных [Pakendorf B., 2006] характеризующей гаплотипы линии N1c1 по частоте доминируют 3 гаплотипа. Их частоты 74, 36 и 17. Гаплотипы с частотами 74 и 36 отличаются на 1 шаг (по маркеру DYS389II). Гаплотип с частотами 17 отличается от гаплотипа с частотами 74 на 2 шага (по маркерам DYS389II и DYS392).

Второй шаг. Принятие решения о наличии единого прародителя или нескольких прародителей .

Имеется 3 варианта решений.

1. В выборке имеется 1 базовый гаплотип (частота 74), связанный с одним прародителем. Гаплотипы с частотами 36 и 17 образовались за счет мутаций гаплотипа прародителя. Этот вариант приняли [Адамов Д.С., 2008; Харьков В.Н., 2008; Pakendorf B., 2006].
Недостатки варианта. Гаплотипы с частотами 74 и 36 отличаются на 1 шаг (по маркеру DYS389II). Гаплотип с частотами 17 отличается от гаплотипа с частотами 74 на 2 шага (по маркерам DYS389II и DYS392). Если принять, что гаплотип с частотой 74 является базовым, то получится, что у предков 172 якутов случилось сразу 36 однотипных мутаций по маркеру DYS389II и 17 однотипных и согласованных – по маркерам DYS389II и DYS392. В соответствии с теорией вероятностей такое положение дел практически исключается.

2. В выборке имеется 3 базовых гаплотипа, связанных с 3 прародителями.
Недостатков не вижу.

3. «Хитрый» вариант. Признать, что в выборке имеется 3 базовых гаплотипа, связанных с 3 прародителями, но датировать ее так, как по варианту 1. Этот вариант озвучил в этой ветке Nimissin.

Третий шаг. Изучение возможности датирования прародителя (прародителей) исходя из принятого решения на Втором шаге.

Вариант решения 1. Никаких проблем с датированием не имеется.

Вариант решения 2. Датировать 3 прародителей проблематично. По хорошему, нужно попытаться построить 3 филогенетических схемы для каждого прародителя и определить их кластеры (базовый гаплотип и гаплотипы, отличные от него на 1-2 шага). Но я поступил просто: выполнил оценку сверху. «Грубый расчет времени жизни трех прародителей (при отнесении к гаплотипу с частотами 74 всех 10 гаплотипов, отличных от него на 1 шаг) дает 6,9 поколений или 170 лет назад. То есть трех прародителей якутов линии N1c1 следует датировать периодом не ранее 100-200 лет назад.»
Возможно, имеются аккуратные решения задачи ограничения кластеров 3 прародителей. Возможно, удастся получить более точные цифры жизни их прародителей: например, для прародителя с частотой 74 – 155,3 года, с частотой 34 – 216,8 лет, с частотой 17 – 81,2 года назад. Но для главной цели статьи – показать некорректность датирования авторов публикаций [Адамов Д.С., 2008; Харьков В.Н., 2008; Pakendorf B., 2006], точности «не ранее 100-200 лет назад.» вполне достаточно.

Обсуждение моего текста должно вестись по этой же схеме.

Второй шаг. Принятие решения о наличии единого прародителя или нескольких прародителей .

Имеется 3 варианта решений.
…

Даже не знаю, как относитья к такому невежеству.

Эти два гаплотипа - модальные или предковые, поэтому их так много. Время из возникновения - больше 1500 лет и в течение этого времени 9-маркерный гаплотип может и не меняться. Т.е. надо отсчитывать эту одну мутацию не от современности, а от времени появления именно такого гаплотипа. А чтобы вычислить это времянужно сравнивать все гаплотипы, выделившиеся в одну группу.
И мы имеем от главного базового на самый удаленный - 2 мутации.
Т.е. если в одну сторону произошло две мутации, то и в другую то же две. Итого 4 мутации. Тем более такие гаплотипы есть.

Цитировать

Если принять, что гаплотип с частотой 74 является базовым, то получится, что у предков 172 якутов случилось сразу 36 однотипных мутаций по маркеру DYS389II и 17 однотипных и согласованных – по маркерам DYS389II и DYS392

Антюр, если принять #1 за базовый то мутаций всего 2. Минимальное дерево выглядит так:

#1 <-> #2 <-> #3

Ровно столько же мутаций будет если выбрать #2 или #3 за базовый. Стоимость дерева от выбора корня не меняется

Это Вы с Адамовым разбирайтесь. Он принял за базовый гаплотип "частота 74". Для гаплотипов семейства "частота36"  у него получилось 36 мутаций, для гаплотипов семейства "частота 17" - 34 мутации. Когда Вы ему сможете объяснить в чем он не прав, я объясню Вам, в чем не правы Вы.

Эти два гаплотипа - модальные или предковые, поэтому их так много. Время из возникновения - больше 1500 лет и в течение этого времени 9-маркерный гаплотип может и не меняться. Т.е. надо отсчитывать эту одну мутацию не от современности, а от времени появления именно такого гаплотипа. А чтобы вычислить это времянужно сравнивать все гаплотипы, выделившиеся в одну группу.
И мы имеем от главного базового на самый удаленный - 2 мутации.
Т.е. если в одну сторону произошло две мутации, то и в другую то же две. Итого 4 мутации. Тем более такие гаплотипы есть.

То есть Вы категорически не желаете принимать решение о наличии единого прародителя или нескольких прародителей в КОНКРЕТНОЙ выборке? Вместо этого общие рассуждения.

Это Вы с Адамовым разбирайтесь. Он принял за базовый гаплотип "частота 74". Для гаплотипов семейства "частота36"  у него получилось 36 мутаций, для гаплотипов семейства "частота 17" - 34 мутации. Когда Вы ему сможете объяснить в чем он не прав, я объясню Вам, в чем не правы Вы.

Вы уверены что говоря "мутация" он имеет в виду независимое мутационное событие как его понимают в филогенетике? Я не уверен.

Цитата: Yurgan от 08 Октября 2009, 14:56:08

Эти два гаплотипа - модальные или предковые, поэтому их так много. Время из возникновения - больше 1500 лет и в течение этого времени 9-маркерный гаплотип может и не меняться. Т.е. надо отсчитывать эту одну мутацию не от современности, а от времени появления именно такого гаплотипа. А чтобы вычислить это времянужно сравнивать все гаплотипы, выделившиеся в одну группу.
И мы имеем от главного базового на самый удаленный - 2 мутации.
Т.е. если в одну сторону произошло две мутации, то и в другую то же две. Итого 4 мутации. Тем более такие гаплотипы есть.

То есть Вы категорически не желаете принимать решение о наличии единого прародителя или нескольких прародителей в КОНКРЕТНОЙ выборке? Вместо этого общие рассуждения.

А вы всерьез считаете, что за 100 лет могло произойти на 9-маркерном гаплотипе 4 мутации?
Вы сначала поработайте с генеалогическим материалом, а потом возьмите гаплотипы представителей одной генеалогической семьи, тех же Макдональдов например. И найдите у них такие примеры. Думаю, что за 700 лет вряд ли больше одной мутации произошло.

Цитата: АнТюр от 08 Октября 2009, 15:50:56

Цитата: Yurgan от 08 Октября 2009, 14:56:08

Эти два гаплотипа - модальные или предковые, поэтому их так много. Время из возникновения - больше 1500 лет и в течение этого времени 9-маркерный гаплотип может и не меняться. Т.е. надо отсчитывать эту одну мутацию не от современности, а от времени появления именно такого гаплотипа. А чтобы вычислить это времянужно сравнивать все гаплотипы, выделившиеся в одну группу.
И мы имеем от главного базового на самый удаленный - 2 мутации.
Т.е. если в одну сторону произошло две мутации, то и в другую то же две. Итого 4 мутации. Тем более такие гаплотипы есть.

То есть Вы категорически не желаете принимать решение о наличии единого прародителя или нескольких прародителей в КОНКРЕТНОЙ выборке? Вместо этого общие рассуждения.

А вы всерьез считаете, что за 100 лет могло произойти на 9-маркерном гаплотипе 4 мутации?
Вы сначала поработайте с генеалогическим материалом, а потом возьмите гаплотипы представителей одной генеалогической семьи, тех же Макдональдов например. И найдите у них такие примеры. Думаю, что за 700 лет вряд ли больше одной мутации произошло.

То есть Вы категорически не желаете принимать решение о наличии единого прародителя или нескольких прародителей в КОНКРЕТНОЙ выборке?

Цитата: Yurgan от 08 Октября 2009, 16:04:05

Цитата: АнТюр от 08 Октября 2009, 15:50:56

Цитата: Yurgan от 08 Октября 2009, 14:56:08

Эти два гаплотипа - модальные или предковые, поэтому их так много. Время из возникновения - больше 1500 лет и в течение этого времени 9-маркерный гаплотип может и не меняться. Т.е. надо отсчитывать эту одну мутацию не от современности, а от времени появления именно такого гаплотипа. А чтобы вычислить это времянужно сравнивать все гаплотипы, выделившиеся в одну группу.
И мы имеем от главного базового на самый удаленный - 2 мутации.
Т.е. если в одну сторону произошло две мутации, то и в другую то же две. Итого 4 мутации. Тем более такие гаплотипы есть.

То есть Вы категорически не желаете принимать решение о наличии единого прародителя или нескольких прародителей в КОНКРЕТНОЙ выборке? Вместо этого общие рассуждения.

А вы всерьез считаете, что за 100 лет могло произойти на 9-маркерном гаплотипе 4 мутации?
Вы сначала поработайте с генеалогическим материалом, а потом возьмите гаплотипы представителей одной генеалогической семьи, тех же Макдональдов например. И найдите у них такие примеры. Думаю, что за 700 лет вряд ли больше одной мутации произошло.

То есть Вы категорически не желаете принимать решение о наличии единого прародителя или нескольких прародителей в КОНКРЕТНОЙ выборке?

Да у всех N1c один прародитель, причем тут это.
Я говорю, что прародитель всех этих трех указанных Вам групп жил 2000 лет назад с гаком.

Да у всех N1c один прародитель, причем тут это.
Я говорю, что прародитель всех этих трех указанных Вам групп жил 2000 лет назад с гаком.

Мы датируем по КОНКРЕТНОЙ выборке самого недавнего прародителя или прародителей гаплогруппы N1c. При этом кото жил 200 лет назад нас не интересует. Вы не желаете говорить о КОНКРЕТНОЙ выборке и уводите разговор в сторону. Македонцы здесь не причем. Не при чем и прародители гаплогруппы N1c, которые не относятся к самого недавним ее прародителям.

То есть Вы категорически не желаете принимать решение о наличии единого САМОГО НЕДАВНЕГО прародителя или нескольких прародителей в КОНКРЕТНОЙ выборке?

Цитата: Yurgan от 08 Октября 2009, 16:26:37

Да у всех N1c один прародитель, причем тут это.
Я говорю, что прародитель всех этих трех указанных Вам групп жил 2000 лет назад с гаком.

Мы датируем по КОНКРЕТНОЙ выборке самого недавнего прародителя или прародителей гаплогруппы N1c. При этом кото жил 200 лет назад нас не интересует. Вы не желаете говорить о КОНКРЕТНОЙ выборке и уводите разговор в сторону. Македонцы здесь не причем. Не при чем и прародители гаплогруппы N1c, которые не относятся к самого недавним ее прародителям.

То есть Вы категорически не желаете принимать решение о наличии единого САМОГО НЕДАВНЕГО прародителя или нескольких прародителей в КОНКРЕТНОЙ выборке?

Вы снова говорите ерунду.
Нет здесь таких прародителей, которые бы жили 100 лет назад. Даже если бы все 9-маркерные гаплотипы были идентичны, и тогда этого нельзя было сказать. Не вводите людей в заблуждение.

Цитата: АнТюр от 08 Октября 2009, 15:43:49

Это Вы с Адамовым разбирайтесь. Он принял за базовый гаплотип "частота 74". Для гаплотипов семейства "частота36"  у него получилось 36 мутаций, для гаплотипов семейства "частота 17" - 34 мутации. Когда Вы ему сможете объяснить в чем он не прав, я объясню Вам, в чем не правы Вы.

Вы уверены что говоря "мутация" он имеет в виду независимое мутационное событие как его понимают в филогенетике? Я не уверен.

Так спросите у Адамова, как он получил цифру "В 172 гаплотипах, включенных в кластер прародителя, выявлено 169 мутаций.". Кто мешает? Я проверял. Ее можно получить, только учетом числа 36+34 = 70. 

Цитата: АнТюр от 08 Октября 2009, 16:23:56

Цитата: Yurgan от 08 Октября 2009, 16:04:05

Цитата: АнТюр от 08 Октября 2009, 15:50:56

Цитата: Yurgan от 08 Октября 2009, 14:56:08

Эти два гаплотипа - модальные или предковые, поэтому их так много. Время из возникновения - больше 1500 лет и в течение этого времени 9-маркерный гаплотип может и не меняться. Т.е. надо отсчитывать эту одну мутацию не от современности, а от времени появления именно такого гаплотипа. А чтобы вычислить это времянужно сравнивать все гаплотипы, выделившиеся в одну группу.
И мы имеем от главного базового на самый удаленный - 2 мутации.
Т.е. если в одну сторону произошло две мутации, то и в другую то же две. Итого 4 мутации. Тем более такие гаплотипы есть.

Как я понял, по КОНКРЕТНОМУ вопросу Вам нечего сказать.

То есть Вы категорически не желаете принимать решение о наличии единого прародителя или нескольких прародителей в КОНКРЕТНОЙ выборке? Вместо этого общие рассуждения.

А вы всерьез считаете, что за 100 лет могло произойти на 9-маркерном гаплотипе 4 мутации?
Вы сначала поработайте с генеалогическим материалом, а потом возьмите гаплотипы представителей одной генеалогической семьи, тех же Макдональдов например. И найдите у них такие примеры. Думаю, что за 700 лет вряд ли больше одной мутации произошло.

То есть Вы категорически не желаете принимать решение о наличии единого прародителя или нескольких прародителей в КОНКРЕТНОЙ выборке?

Да у всех N1c один прародитель, причем тут это.
Я говорю, что прародитель всех этих трех указанных Вам групп жил 2000 лет назад с гаком.

Может быть и так. Но похоже Вы зациклились на этой цифре и не вребитесь в тему. Речь идет о принципах датирования. Это к вопросу о невежестве.
Как я понял, по конкретному вопросу Вам нечего сказать.

Так спросите у Адамова, как он получил цифру "В 172 гаплотипах, включенных в кластер прародителя, выявлено 169 мутаций.". Кто мешает? Я проверял. Ее можно получить, только учетом числа 36+34 = 70.

А спросить у ДА? Вы уверены что речь о мутациях? Может он имел в виду различия гаплотипов, а не мутационные события.

Цитата: АнТюр от 08 Октября 2009, 16:39:59

Так спросите у Адамова, как он получил цифру "В 172 гаплотипах, включенных в кластер прародителя, выявлено 169 мутаций.". Кто мешает? Я проверял. Ее можно получить, только учетом числа 36+34 = 70.

А спросить у ДА? Вы уверены что речь о мутациях? Может он имел в виду различия гаплотипов, а не мутационные события.

Не хотите сами спросить, ну и ладно. Если я не прав, то меня Адамов поправит. Но пока не поправил.

Если я не прав, то меня Адамов поправит. Но пока не поправил.

Не у всех есть желание снисходить до новичков и заниматься их образованием.
Вы же не удивитесь, если Нобелевский лаурет проигнорирует Вашу критику?
Адамов конечно же не учёный мирового масштаба, но мысль, я надеюсь, Вы уловили?