Слишком наседаете на различия, которые могут быть несущественны для филогении, нивелируя сходства.
Хм, ну вот какие различия есть например:
В балтийских используется суффикс -mo в порядковых числительных, тогда как в славянских используется суффикс -wo (как в индо-иранских и тохарских).
Суффикс -es, используемый при образовании названий частей тела в хеттском и праславянском, не используется в балтийских языках.
Славянский перфект *vĕdĕ, восходящий к праи.-е. перфекту *u̯oi̯da(i̯), представляет собой архаизм без балтийского соответствия[102].
Славянский императив *jьdi продолжает праи.-е. *i-dhí, что не известно в балтийском[102].
Славянский суффикс отглагольных существительных -telь- (близкий к хеттскому -talla) не используется в балтийских языках.
Славянские причастия на -lъ, имеющие соответствующие параллели в армянском и тохарском, не известны балтийским языкам[102].
Суффикс балтийских глаголов 1 л. ед. ч. наст. в. -mai, в то время как в славянских это не так.
В балтийских часто используется инфикс -sto-, в то время как в славянских он отсутствует.
Балтийский суффикс прилагательных -inga не используется в славянских языках.
Балтийский уменьшительный суффикс -l- не используется в славянских языках.
В прабалтийском не различались формы ед. ч. и мн. ч. в глаголах 3 л., в то время как в праславянском это различие сохранялось.
Флексии 3-го л. ед. — мн. ч. в славянском хорошо отражает форманты праи.-е. -t: -nt, отсутствующие в балтийском[102].
Праславянский суффикс причастий -no- не используется в балтийских языках.
Славянские языки сохранили праи.-е. аорист на -s- (сигматический аорист), тогда как в балтийских языках его следов не обнаружено.
Праславянские количественные числительные большого квантитатива (пять, шесть,… и т. д.) имеют суффикс -tь, в то время как в балтийских языках его следов не обнаружено.