Вот и АК считает, что "научились". Поправки на возвратные мутации, расчёт по ветвям и проч....
Мне бы Ваш оптимизм, Клавис. А параллельные мутации, а гомоплазия, зависимость скорости от длины аллеля и мотива повтора а главное -пресловутый "популяционный эффект" из-за которого половина исследователей для определения возраста использует одни скорости, а другая - в три раза более медленные?
Согласен, что и в снип-филогении проблемы найдутся. Главная - какая часть тела Y-хромосомы пригодна для выявления снипов? Ведь там всего-то 50 млн нуклеотидов. А при такой медленной скорости мутаций для достоверного определения возраста ветвей на каждом ребре надо иметь хотя бы минимум десяток снипов. Для этого придётся исследовать миллионные сиквенсы, если мы хотим иметь точность определения длины ребра хотя бы в тысячу лет.
У-хромосома может оказаться для этого слишком "тесной". Но, не испекши пирог, не узнаешь его вкус. Посмотрим...
Такие возражения кажется мне искусственными. Что такое гомоплазия, или обратные мутации? Они "обратные" смотря с какой стороны посмотреть, так же как "лево" и "право" зависят от точки зрения. Прямые вкупе с обратными ложатся в одну вероятностную модель и считаются вместе (поправки - это для тех, у кого с арифметикой туго). А что такое параллельные мутации?
Что касается зависимости скорости от длины, то это "ловля блох" там, где есть место более эффективным приемам сократить погрешность.
Особенно на фоне двух скоростей: отец-сын и "скорость Животовского".
Вот уж создали проблему на пустом месте!
На самом деле существует две объективно разных величины: возраст человеческой колонии на новом месте по прямой мужской линии (например, сколько лет назад заселен остров) и возраст точки коалесценции современного мужского населения этой колонии, посчитанный грубо, без учета структуры данной ветви (генеалогического древа данной колонии). У Животовского в трех примерах они соотнеслись как три к одному, хотя могло получиться и десять к одному и один к одному. Дело случая.
Но если поменяете STR на SNP, получите ту же проблему несходства двух возрастов. Надо просто понять, что это не один возраст, а два.