АвторТема: Возраст субклада G2a  (Прочитано 10311 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Clavis

  • Сообщений: 1544
  • Страна: ru
  • Рейтинг +103/-0
  • y+mito-search: RK448
    • Семёнов Михаил Юрьевич домашняя страничка
  • Y-ДНК: G2a2b2a1a1a2a (L1264+)
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: Возраст субклада G2a
« Ответ #15 : 05 Октябрь 2009, 16:22:56 »
Совершенно справедливое уточнение, уважаемый Сергей. Поэтому и написал - "с калибровкой - проблемы". Так, как возраст ни одного из "Адамов" - африканского, евразийского, или "арийского" или любого другого с достаточной точностью независимыми методами не определяется - привязка к любому из них будет давать систематическое смещение в абюсолютном датировании.
 
Но и относительные возраста у Карафэ подвержены, если не систематической ошибке, то большому статразбросу. Причина - редкость снипов и отсюда - малое их количество в ветвях. Также - ничтожность выборки.
 
Тем не менее, считаю такой подход наиболее перспективным из существующих. Стоимость подробного секвентирования Y-хромосомы стремительно уменьшается, количество обследованных - растёт. Возможно, что уже в ближайшие год-два по этому методу будет возможность посчитать не только возраст самых корневых и попсовых кладов, но и значительно более глубоких.
 
Об STR-филогиении для установления возраста гаплогрупп тогда можно будет забыть, как о страшном сне.
Вообще-то SNP обладает недостатками, или проблемностью, характерной для STR. Вот, допустим, 90% наших современников, принадлежащих к гаплогруппе, имеют общего предка с возрастом в 10 раз моложе чем сама гаплогруппа. Это вполне жизненный пример. Какой возраст мы насчитаем?
Далее, частота мутаций в STR низковата, она лимитирует точность расчета, что же говорить о чудовищной редкости мутаций SNP ?
Наконец, поскольку внутри R1a1 никак не найдут мутаций в SNP (обнаруженные затрагивают ничтожную часть клада), то видимо этот клад - новорожденный? Вы этого Клесову только не скажите...

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10074
  • Страна: ru
  • Рейтинг +566/-2
Re: Возраст субклада G2a
« Ответ #16 : 05 Октябрь 2009, 16:31:32 »
Цитировать
Наконец, поскольку внутри R1a1 никак не найдут мутаций в SNP (обнаруженные затрагивают ничтожную часть клада), то видимо этот клад - новорожденный?
Уже давно нашли. R1a1f, R1a1f1

Оффлайн Clavis

  • Сообщений: 1544
  • Страна: ru
  • Рейтинг +103/-0
  • y+mito-search: RK448
    • Семёнов Михаил Юрьевич домашняя страничка
  • Y-ДНК: G2a2b2a1a1a2a (L1264+)
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: Возраст субклада G2a
« Ответ #17 : 05 Октябрь 2009, 16:32:06 »
Длинных нет, но по Ближнему Востоку(Сирия, Ливан, Иордания) было не менее 12 маркеров (точно не помню), я оттуда I  отбирал.
Siria не нашел, Lebanon нашел 15  штук все G2a. Но если субклад определяли по предиктору, то при наличии 12 маркеров просто не рискнули гадать глубже. Или определяли SNP, но не очень глубоко?

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Возраст субклада G2a
« Ответ #18 : 05 Октябрь 2009, 16:32:08 »
Наконец, поскольку внутри R1a1 никак не найдут мутаций в SNP (обнаруженные затрагивают ничтожную часть клада), то видимо этот клад - новорожденный? Вы этого Клесову только не скажите...

На конференции ВОГиС  был доклад, где описывались SNP-мутации, четко разделяющие гаплогруппу R1a1 на несколько устойчивых географических групп "европейскую" и "индийскую". Или я что-то неправильно понял?

PS.Пока набирал ответ, Центурион уже ответил.
« Последнее редактирование: 05 Октябрь 2009, 16:44:05 от Vadim Verenich »

Оффлайн Clavis

  • Сообщений: 1544
  • Страна: ru
  • Рейтинг +103/-0
  • y+mito-search: RK448
    • Семёнов Михаил Юрьевич домашняя страничка
  • Y-ДНК: G2a2b2a1a1a2a (L1264+)
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: Возраст субклада G2a
« Ответ #19 : 05 Октябрь 2009, 16:37:20 »
хорошо, пусть имеется две мутации, создающие R1a1f, R1a1f1, пусть еще несколько, озвученные на конференции ВОГиС, но это несколько уникальных фактов. С какой точностью можно посчитать по нескольким мутациям?

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10074
  • Страна: ru
  • Рейтинг +566/-2
Re: Возраст субклада G2a
« Ответ #20 : 05 Октябрь 2009, 17:09:18 »
Я даже слышал, что в работе (!) снип, который отделит русские R1a1 от европейских. Где-то что-то слышал. Никакой конкретики :)

Кстати, алтайские от всех прочих уже можно отделить STR-снипом DYS485=8.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10074
  • Страна: ru
  • Рейтинг +566/-2
Re: Возраст субклада G2a
« Ответ #21 : 05 Октябрь 2009, 17:13:11 »
Клавис, отсутствие на данный момент малой дробности линий какой-то гаплогруппы говорит не в пользу того, что она молодая. а о том, что на эту ГГ просто не выделили времени и средств чтобы искать новые снипы.

Простой пример с R1b1b2 европейской... ее уже так раздербанили на мелкие субклады, что возраста их доходят до 2000 лет и моложе.

Снипов масса... вплоть до генеалогических. Только ищи :)

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1404
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
Re: Возраст субклада G2a
« Ответ #22 : 05 Октябрь 2009, 17:20:22 »
Так, как возраст ни одного из "Адамов" - африканского, евразийского, или "арийского" или любого другого с достаточной точностью независимыми методами не определяется - привязка к любому из них будет давать систематическое смещение в абюсолютном датировании.
 
Я думаю, что достоверно можно говорить о датировании по предку индейцев. Точнее, о датировании "бутылочного горлышка" при переходе предков индейцев из Азии в Америку и ответвлении их ветви (нескольких ветвей?) Q1a3a.
Кстати... интересно, если посчитать по методу Карафет, какой возраст получится для Q1a3a? :)

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10074
  • Страна: ru
  • Рейтинг +566/-2
Re: Возраст субклада G2a
« Ответ #23 : 05 Октябрь 2009, 17:23:06 »
Кстати... интересно, если посчитать по методу Карафет, какой возраст получится для Q1a3a? :)
Да. Пока что самый достоверный (по дДНК) и древний возраст для снипа это Q1a3a* - уже не меньше 10 тыс лет.

Оффлайн Sergey Lutak

  • Сообщений: 1024
  • Страна: 00
  • Рейтинг +62/-0
  • Carpatho-Rusyn-E1b1b1a1b1a and East.Galindian-H1b*
  • Y-ДНК: E1b1b1a1b1a10 (L142.1+, L539+, L542+, L544+, L618+, L930+, M78+, V13+, V36+, FGC11451+, CTS1489-, L17-, L99-, L143-, L241-, L250-, L540-, P65-, V12-, V22-, V27-, FGC11450-)
  • мтДНК: H1b* (16189C, 16356C, 16519C, 263G, 315.1C)
Re: Возраст субклада G2a
« Ответ #24 : 05 Октябрь 2009, 17:57:20 »
Кстати... интересно, если посчитать по методу Карафет, какой возраст получится для Q1a3a? :)
Да. Пока что самый достоверный (по дДНК) и древний возраст для снипа это Q1a3a* - уже не меньше 10 тыс лет.

К сожалению, Вадим, в статье возраста Q-M3 (Q1a3a) нет.
Есть лишь возраст предкового гаплогруппы P - 34,000.
С учётом информации Романа, время появления Q1a3a от 10000 до 34000 лет.

Если не ошибаюсь, основной поток переселенцев из Азии в Америку был где-то 16000-18000 лет назад.
 
Вобщем, всё таки желательно по-точнее посчитать, когда же появился M3...  :)

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2158
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: Возраст субклада G2a
« Ответ #25 : 05 Октябрь 2009, 18:01:44 »
Наконец, поскольку внутри R1a1 никак не найдут мутаций в SNP (обнаруженные затрагивают ничтожную часть клада), то видимо этот клад - новорожденный? Вы этого Клесову только не скажите...

Такой поверхностной глупости я ни Клёсову, ни Павлу не решился бы высказать. Кстати, обсуждение этой оригинальной статьи Т.Карафе было ещё год назад вынесено мною в отдельную тему на Родстве. ПШ отнёссяя к идее весьма положительно, тут же призвав всех R1a поголовно сниповаться. АК же был скептичен и высказался в том смысле, что не стоит сидеть и ждать дешевого массового снипования, пока  и STR-методы дают возможность вычислять возраст кладов на приемлемую глубину.
 
Разветвлённость субкладов (а это -  совсем не искомое количество снипов на рёбрах) свидетельствует отнюдь не о возрасте клады, а о внимании к ней со стороны исследователей. Точнее - от тех кто платит деньги. Снипование для этого производится прицельно, с тщательным отбором кандидатов по субветвям и исследованием перспективных участков по всему игреку. Для этого нужны огромные средства.
 
Карафэ же искала не перспективные для филогении снипы , а случайные, скорее - дублирующие, чем новые. Это также очень дорого. Возможно именно поэтому её работа до сих пор продолжения не получила - дорого и долго.
« Последнее редактирование: 05 Октябрь 2009, 18:21:03 от Овод »

Оффлайн Clavis

  • Сообщений: 1544
  • Страна: ru
  • Рейтинг +103/-0
  • y+mito-search: RK448
    • Семёнов Михаил Юрьевич домашняя страничка
  • Y-ДНК: G2a2b2a1a1a2a (L1264+)
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: Возраст субклада G2a
« Ответ #26 : 05 Октябрь 2009, 19:03:02 »
И всё-таки, почему
Цитировать
об STR-филогиении для установления возраста гаплогрупп тогда можно будет забыть, как о страшном сне
?
Как-никак, справляться с этой стихией научились? А для снипов еще все минные поля впереди?

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2158
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: Возраст субклада G2a
« Ответ #27 : 05 Октябрь 2009, 19:31:25 »
Вот и АК считает, что "научились". Поправки на возвратные мутации, расчёт по ветвям и проч....
 
Мне бы Ваш оптимизм, Клавис. А параллельные мутации, а гомоплазия, зависимость скорости от длины аллеля и мотива повтора а главное -пресловутый "популяционный эффект" из-за которого половина исследователей для определения возраста использует одни скорости, а другая - в три раза более медленные?
 
Согласен, что и в снип-филогении проблемы найдутся. Главная - какая часть тела Y-хромосомы пригодна для выявления снипов? Ведь там всего-то 50 млн нуклеотидов. А при такой медленной скорости мутаций для достоверного определения возраста ветвей на каждом ребре надо иметь хотя бы минимум десяток снипов. Для этого придётся исследовать миллионные сиквенсы, если мы хотим иметь точность определения длины ребра хотя бы в тысячу лет.
 
У-хромосома может оказаться для этого слишком "тесной". Но, не испекши пирог, не узнаешь его вкус. Посмотрим...
« Последнее редактирование: 05 Октябрь 2009, 19:43:06 от Овод »

Оффлайн Clavis

  • Сообщений: 1544
  • Страна: ru
  • Рейтинг +103/-0
  • y+mito-search: RK448
    • Семёнов Михаил Юрьевич домашняя страничка
  • Y-ДНК: G2a2b2a1a1a2a (L1264+)
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: Возраст субклада G2a
« Ответ #28 : 06 Октябрь 2009, 03:38:01 »
Вот и АК считает, что "научились". Поправки на возвратные мутации, расчёт по ветвям и проч....
 
Мне бы Ваш оптимизм, Клавис. А параллельные мутации, а гомоплазия, зависимость скорости от длины аллеля и мотива повтора а главное -пресловутый "популяционный эффект" из-за которого половина исследователей для определения возраста использует одни скорости, а другая - в три раза более медленные?
 
Согласен, что и в снип-филогении проблемы найдутся. Главная - какая часть тела Y-хромосомы пригодна для выявления снипов? Ведь там всего-то 50 млн нуклеотидов. А при такой медленной скорости мутаций для достоверного определения возраста ветвей на каждом ребре надо иметь хотя бы минимум десяток снипов. Для этого придётся исследовать миллионные сиквенсы, если мы хотим иметь точность определения длины ребра хотя бы в тысячу лет.
 
У-хромосома может оказаться для этого слишком "тесной". Но, не испекши пирог, не узнаешь его вкус. Посмотрим...
Такие возражения кажется мне искусственными. Что такое гомоплазия, или обратные мутации? Они "обратные" смотря с какой стороны посмотреть, так же как "лево" и "право" зависят от точки зрения. Прямые вкупе с обратными ложатся в одну вероятностную модель и считаются вместе (поправки - это для тех, у кого с арифметикой туго). А что такое параллельные мутации?
Что касается зависимости скорости от длины, то это "ловля блох" там, где есть место более эффективным приемам сократить погрешность.
Особенно на фоне двух скоростей: отец-сын и "скорость Животовского".
Вот уж создали проблему на пустом месте!
На самом деле существует две объективно разных величины: возраст человеческой колонии на новом месте по прямой мужской линии (например, сколько лет назад заселен остров) и возраст точки коалесценции современного мужского населения этой колонии, посчитанный грубо, без учета структуры данной ветви (генеалогического древа данной колонии). У Животовского в трех примерах они соотнеслись как три к одному, хотя могло получиться и десять к одному и один к одному. Дело случая.
Но если поменяете STR на SNP, получите ту же проблему несходства двух возрастов. Надо просто понять, что это не один возраст, а два.

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2158
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: Возраст субклада G2a
« Ответ #29 : 06 Октябрь 2009, 11:27:13 »
Уважаемый Клавис,
 
Говоря о том, что вскоре "можно будет забыть про СТР", я имел в виду вовсе не генеалогические или популяционные исследования. Только - определение возрастов гаплогрупп, о чём было ясно написано:
Цитировать
об STR-филогении для установления возраста гаплогрупп тогда можно будет забыть, как о страшном сне

А с большинством сказанного Вами я согласен. Даже добавлю - вряд когда либо снипы позволят нам точно датировать какие-либо события исторического периода: уж больно они редки, а Y-хромосома тесна.
 
Так что никто не призывал выбросить СТР на помойку. Всему своё место. Вы просто меня неправильно поняли.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100