АвторТема: FF и 23&me: в чём разница в принципе секвенирования?  (Прочитано 4037 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 17098
  • Страна: az
  • Рейтинг +5909/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
1) FF выдаёт некие абстрактные аутосомные снипы, чего-то там кодирующие в моём внешнем и внутреннем облике.

2) 23&me также выдаёт некие абстрактные аутосомные снипы, чего-то там кодирующие плюс ещё и дефектные участки, из-за которых может возникать склонность ко всяким бякам и болячкам.

3) Ну, есть ещё и секвенс экзома, где есть все значимые для различения персон снипы.

Вопрос к тем, кто делал аутосомию в обоих конторах - насколько релевантны снипы FF и 23&me? FF - это что? Просто ужатый вариант 23?

Оффлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6777
  • Страна: th
  • Рейтинг +1081/-41
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-BY32524
  • мтДНК: U-C1341T
1) FF выдаёт некие абстрактные аутосомные снипы, чего-то там кодирующие в моём внешнем и внутреннем облике.

2) 23&me также выдаёт некие абстрактные аутосомные снипы, чего-то там кодирующие плюс ещё и дефектные участки, из-за которых может возникать склонность ко всяким бякам и болячкам.

3) Ну, есть ещё и секвенс экзома, где есть все значимые для различения персон снипы.

Вопрос к тем, кто делал аутосомию в обоих конторах - насколько релевантны снипы FF и 23&me? FF - это что? Просто ужатый вариант 23?
1) Все снипы в каком-то плане абстрактные.
Аутосомные снипы такие как и на Y. Каждый снип Вы можете изучать, найти приватные, влияющие на какие-либо особенности и т.д.
3) Да, FF это чуть более ужатый вариант 23.
Но данные по аутосомным компонентам у них совпадают. Различие могут быть но менее 1%

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8462
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4813/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Евгений уже ответил, я чуть-чуть дополню. С 2014 года уже 23andMe выдают более ужатый вариант http://forum.molgen.org/index.php/topic,6394.msg213456.html#msg213456. По области пересечения прочтение снипов почти полностью совпадает, в отдельных случаях может быть различие в названии снипа или ориентации.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 17098
  • Страна: az
  • Рейтинг +5909/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Интересна техническая сторона вопроса. Секвенирование проводится, скажем так, выборочно что ли? Ведь на аутосомных хромосомах находятся тысячи снипов, но нам выдают только их некоторую часть.

Оффлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6777
  • Страна: th
  • Рейтинг +1081/-41
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-BY32524
  • мтДНК: U-C1341T
но нам выдают только их некоторую часть.
Именно так.
Производители чипов старались подобрать релевантные снипы и интересные участки, видимо. Но конечно это только малая часть генома. С другой стороны 99,9% генома у всех людей одинаково ...
Но даже эти 0,1% покрыть не так дешево.

Оффлайн Gregor

  • Сообщений: 63
  • Страна: am
  • Рейтинг +22/-0
  • мтДНК: H4a1a1a
Интересна техническая сторона вопроса. Секвенирование проводится, скажем так, выборочно что ли? Ведь на аутосомных хромосомах находятся тысячи снипов, но нам выдают только их некоторую часть.

FTDNA работает на чипах фирмы Иллюмина. Сиквенс тут не используется.  Для детекции снипов  применяется метод гибридизации ДНК. Работает это следующим образом: на поверхность  чипа пришиваются кусочки однонитевой ДНК. Каждый кусочек служит "ловушкой" для одного из снипов. Если у ДНК испытуемого есть данный снип он "прилипает" к "ловушке", если нет - плывет мимо.) Факт прилипания регистрируется по вспышке света. Сколько снипов детектировать - дело хозяйское.  Чипы есть и на 5 млн снипов, но и стоят они дороже. По поводу разных снипов - они различаются только по расположению: в интроне, в экзоне, в межгенном промежутке или в "мусорной ДНК". Для установления родства не важно в экзоне расположен снип или в межгенном промежутке. Экзонные снипы важны для медицинских целей.
« Последнее редактирование: 20 Декабрь 2014, 16:48:46 от Gregor »

Оффлайн Lidiya K.

  • Сообщений: 97
  • Страна: 00
  • Рейтинг +5/-4
  • мтДНК: J1c
То есть на данный момент разницы между 23ия и фтдна особой нет в плане тестирования аутосом? Или все же 23ия даст больше информации в плане здоровья, раз они этим изначально занимались?

Оффлайн Julietta

  • Сообщений: 31
  • Рейтинг +1/-0
  • мтДНК: U4a1a
Добрый день!
Присоединюсь к вопросу Лидии.

Нужен генетический тест для анализа параметров здоровья - посоветуйте, что лучше - FF или 23andMe?

И также прошу посоветовать базу в интернете, куда можно закачать полученные данные для более полного определения проблем по здоровью, т.к. на 23andMe интерпретацию параметров здоровья урезали почти до 0, а в FF ее и не было.

Спасибо!

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2258
  • Страна: ru
  • Рейтинг +551/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Добрый день!
Присоединюсь к вопросу Лидии.

Нужен генетический тест для анализа параметров здоровья - посоветуйте, что лучше - FF или 23andMe?

И также прошу посоветовать базу в интернете, куда можно закачать полученные данные для более полного определения проблем по здоровью, т.к. на 23andMe интерпретацию параметров здоровья урезали почти до 0, а в FF ее и не было.

Спасибо!
https://www.snpedia.com/index.php/Promethease

Оффлайн rLin

  • Сообщений: 769
  • Страна: ru
  • Рейтинг +269/-0
  • Калуга
  • Y-ДНК: R1a1a-Z92 (Y569+)
  • мтДНК: T2b2-С16304T!
 Сначала надо понять, какие именно аспекты здоровья интересуют.
1. Если это простое любопытство, то подойдёт любой аутосомный тест, который принимает Promethease или другие сервисы. И 23andMe, и FTDNA. Любой.
2. Если интересует что-то конкретное, то надо определить какие именно мутации вызывают проблему, это можно найти в примерах Promethease или на SNPedia.com, и там же, в SNPedia, выяснить, каким тестом покрываются указанные мутации. И только потом! выбирать между двумя тестами покрывающими данные мутации и заказывать.
3. Если хочется как можно больше и без конкретной цели, то тесты от FTDNA и 23andMe не подходят, нужен полный сиквенс генома, по нынешним временам от $1000.

Оффлайн Julietta

  • Сообщений: 31
  • Рейтинг +1/-0
  • мтДНК: U4a1a
Сначала надо понять, какие именно аспекты здоровья интересуют.
1. Если это простое любопытство, то подойдёт любой аутосомный тест, который принимает Promethease или другие сервисы. И 23andMe, и FTDNA. Любой.
2. Если интересует что-то конкретное, то надо определить какие именно мутации вызывают проблему, это можно найти в примерах Promethease или на SNPedia.com, и там же, в SNPedia, выяснить, каким тестом покрываются указанные мутации. И только потом! выбирать между двумя тестами покрывающими данные мутации и заказывать.
3. Если хочется как можно больше и без конкретной цели, то тесты от FTDNA и 23andMe не подходят, нужен полный сиквенс генома, по нынешним временам от $1000.

Спасибо огромное!
Пункт 3 было бы идеально, но свободных 2000$ у меня нет, поэтому остановлюсь на пункте 2 - проверила SNPedia - написано, что искомая мутация есть "on chip 23andMe v3, on chip 23andMe v4" - насколько я понимаю - если заказать анализ сейчас - это будет как раз "chip 23andMe v4" - правильно?

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2258
  • Страна: ru
  • Рейтинг +551/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Сначала надо понять, какие именно аспекты здоровья интересуют.
1. Если это простое любопытство, то подойдёт любой аутосомный тест, который принимает Promethease или другие сервисы. И 23andMe, и FTDNA. Любой.
2. Если интересует что-то конкретное, то надо определить какие именно мутации вызывают проблему, это можно найти в примерах Promethease или на SNPedia.com, и там же, в SNPedia, выяснить, каким тестом покрываются указанные мутации. И только потом! выбирать между двумя тестами покрывающими данные мутации и заказывать.
3. Если хочется как можно больше и без конкретной цели, то тесты от FTDNA и 23andMe не подходят, нужен полный сиквенс генома, по нынешним временам от $1000.

Спасибо огромное!
Пункт 3 было бы идеально, но свободных 2000$ у меня нет, поэтому остановлюсь на пункте 2 - проверила SNPedia - написано, что искомая мутация есть "on chip 23andMe v3, on chip 23andMe v4" - насколько я понимаю - если заказать анализ сейчас - это будет как раз "chip 23andMe v4" - правильно?
Немаловажно где вы будете покупать тестовый комплект. Для США например можно заказать наборы за 99$ без здоровья или за 199$ Health + Ancestry Service. https://www.23andme.com/
Для Канады, Британии и Европы (Denmark (EN), Finland (EN), Ireland, Sweden (EN),The Netherlands (EN)) отчет будет содержать  on over 100 health conditions and traits.
Для всех остальных в том числе и для России здоровье в отчеты не включают.

Оффлайн Julietta

  • Сообщений: 31
  • Рейтинг +1/-0
  • мтДНК: U4a1a
Немаловажно где вы будете покупать тестовый комплект. Для США например можно заказать наборы за 99$ без здоровья или за 199$ Health + Ancestry Service. https://www.23andme.com/
Для Канады, Британии и Европы (Denmark (EN), Finland (EN), Ireland, Sweden (EN),The Netherlands (EN)) отчет будет содержать  on over 100 health conditions and traits.
Для всех остальных в том числе и для России здоровье в отчеты не включают.

Спасибо!
Я планирую заказывать как и в прошлый раз - со здоровьем за 199 через Шипито на почтовый адрес США - этот вариант сейчас возможен? Или они не примут посылку если я обратно ее пошлю не из США?
А если заказывать на другие указанные Вами страны, то чип будет другой или интерпретация результатов?
В любом случае я потом залью результаты на Прометеас.

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2258
  • Страна: ru
  • Рейтинг +551/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Цитировать
Или они не примут посылку если я обратно ее пошлю не из США?

Могут быть проблемы.
Intended for sale and use in the US only. The resale of our kits is prohibited. 23andMe can only guarantee services and provide support for kits purchased directly through our website, www.23andme.com, or through one of our authorized resellers.
Kits purchased on any external website, such as Craigslist, or eBay, among others, may not be authentic or functional. To protect our customers and prevent privacy and billing issues, 23andMe routinely deactivates the barcode and genotyping chips for kits that are attempted to be resold by unauthorized resellers.

Оффлайн Julietta

  • Сообщений: 31
  • Рейтинг +1/-0
  • мтДНК: U4a1a
Грустно - в прошлый раз через Шипито получилось. Это же вроде не сторонний сервис, а просто почтовая контора по пересылке.

Я вдруг подумала - а одинаковые ли Чипы у 23andMe для Ancestry и Health+Ancestry?
Если одинаковые, то "зачем платить больше" - дешевле заказать просто Ancestry, а результат залить на Прометеас, который и покажет риски по здоровью. Кто-то так уже делал?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.