АвторТема: Танзания (выборка по Y-хромосоме)  (Прочитано 3107 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6335
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1333/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Танзания (выборка по Y-хромосоме)
« : 08 Сентябрь 2014, 17:38:52 »
Благодаря товарищам Xu et al. наши знания пополнились сведениями о десятках экзотических гаплотипов из самых экзотических мест.
Иногда применение к ним прдиктора Урасина ставит в тупик.
Например: Q1a из Танзании (SK1471). По предиктору вероятность 100%.
http://www.semargl.me/ru/dna/ydna/nearest-neighbors/65780/

Для понимания всех гаплотипов публикую их с предикцией. ID Population DYS456 DYS389I DYS390 DYS389II DYS458 DYS19 DYS385a DYS393 DYS391 DYS439 DYS635 DYS392 YGATAH4 DYS437 DYS438 DYS448

SK1433 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] 16 13 21 30 16 17 17,17 14 10 13 21 11 11 14 11 21
SK1434 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] 15 12 23 27 15 17 14,14 13 10 11 19 11 12 15 10 21
SK1435 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] 15 10 24 27 16 13 16,16 14 11 11 22 11 11 14 10 21
SK1436 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] 15 10 24 27 16 13 16,16 14 11 11 22 13 11 14 10 21
SK1437 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] 16 13 21 30 16 17 17,18 14 10 13 21 11 11 14 11 21
SK1438 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] 15 10 24 27 16 13 16,16 14 11 11 22 13 11 14 10 21
SK1439 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] 15 10 24 27 16 13 16,16 14 11 11 22 13 11 14 10 21
SK1443 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] 17 13 21 31 17 17 17,17 15 10 12 21 11 11 14 11 21
SK1444 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] 15 12 23 27 15 17 14,14 13 10 13 19 11 11 15 10 21
SK1446 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] 15 14 21 31 17 15 12,12 13 9 11 19 11 11 16 10 21
SK1447 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] 15 12 23 27 15 17 14,14 13 11 12 19 11 11 15 10 21
SK1449 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] 16 13 21 30 16 17 17,17 14 10 13 21 11 11 14 11 21
SK1450 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] 15 14 20 28 15 16 13,14 13 9 12 25 11 11 16 10 21
SK1451 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] 15 14 20 28 15 16 13,14 13 9 12 25 11 11 16 10 21
SK1452 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] 15 15 21 33 17 16 12,12 13 9 11 20 11 11 16 10 21
SK1453 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] 14 13 21 30 16 17 17,17 14 10 13 21 11 11 14 11 21
SK1454 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] 15 10 24 27 16 13 16,16 14 10 11 22 13 11 14 10 21
SK1457 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] 15 13 21 32 16 15 16,18 13 10 13 21 11 12 14 11 21
SK1460 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] 15 14 20 28 14 16 13,14 13 9 12 25 11 11 16 10 21
SK1465 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] 15 12 25 28 17 15 15,19 13 11 11 24 11 11 14 11 19
SK1467 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] 16 10 24 27 16 14 17,17 14 11 12 23 11 11 14 10 20
SK1469 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] 15 12 23 27 15 17 14,14 13 10 13 19 11 11 15 10 21
SK1471 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] 15 13 23 31 17 13 14,18 13 10 12 22 14 12 14 11 20
SK1475 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] 15 13 24 29 15 14 17,17 13 10 14 22 15 13 14 11 20
SK1476 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] 15 14 23 30 17 13 15,18 13 10 14 22 16 12 14 11 20

SK1435 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] _DE-M1 100%
SK1467 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] _DE-M1 99%
SK1446 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] A3-M32 100%
SK1452 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] A3-M32 93%
SK1433 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] E1b1a1f-M191 100%
SK1437 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] E1b1a1f-M191 100%
SK1443 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] E1b1a1f-M191 100%
SK1449 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] E1b1a1f-M191 100%
SK1453 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] E1b1a1f-M191 89%
SK1457 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] E1b1a1g-U175 100%
SK1465 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] E2-M75 100%
SK1447 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] F-M89 50%
SK1454 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] F-M89 50%
SK1434 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] I2a-P37.2 75%
SK1444 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] I2a-P37.2 65%
SK1450 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] I2a-P37.2 95%
SK1451 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] I2a-P37.2 95%
SK1460 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] I2a-P37.2 90%
SK1469 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] I2a-P37.2 65%
SK1436 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] Q1a-MEH2 65%
SK1438 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] Q1a-MEH2 65%
SK1439 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] Q1a-MEH2 65%
SK1471 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] Q1a-MEH2 100%
SK1475 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] Q1a-MEH2 100%
SK1476 Dodoma Region, Kondoa District, Tanzania [Sandawe] Q1a-MEH2 97%

Оффлайн alan

  • учу матчасть...
  • Сообщений: 1260
  • Страна: ru
  • Рейтинг +85/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1b (R1a+Z2123)
Re: Танзания (выборка по Y-хромосоме)
« Ответ #1 : 08 Сентябрь 2014, 17:44:40 »
В Танзании есть Q??? Неисповедимы пути Господни...

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1332
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
Re: Танзания (выборка по Y-хромосоме)
« Ответ #2 : 08 Сентябрь 2014, 18:28:26 »
В экзотических выборках можно использовать этот предиктор только для дополнительной проверки. Он очень неустойчивый (при выходе за пределы обучающей выборки ошибки нарастают гораздо быстрее, чем хотелось бы).

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6335
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1333/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Танзания (выборка по Y-хромосоме)
« Ответ #3 : 08 Сентябрь 2014, 19:24:11 »
В Танзании есть Q??? Неисповедимы пути Господни...

А I2a откуда в Танзании?
Скорее всего это какая-то гомоплазия от местных гаплогрупп.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 17187
  • Страна: az
  • Рейтинг +5965/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Танзания (выборка по Y-хромосоме)
« Ответ #4 : 08 Сентябрь 2014, 19:34:26 »
Цитировать
I2a откуда в Танзании
Это на самом деле B2b

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6335
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1333/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Танзания (выборка по Y-хромосоме)
« Ответ #5 : 08 Сентябрь 2014, 20:18:12 »
Цитировать
I2a откуда в Танзании
Это на самом деле B2b

Алгоритм для получения правильного результата:
I -> B
a ->b
;)

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2456
  • Страна: ua
  • Рейтинг +618/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Танзания (выборка по Y-хромосоме)
« Ответ #6 : 08 Сентябрь 2014, 20:45:08 »
Алгоритм я вывел. Восточноафриканские 17м I2a-P37(по предиктору) это B2a.  См. тему по Уганде. Она(Уганда) рядом с Танзанией. Тема здесь
Проверял, сверяя с результатами африканцев в Ysearch. С Q1b сейчас попробую разобраться.

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2456
  • Страна: ua
  • Рейтинг +618/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Танзания (выборка по Y-хромосоме)
« Ответ #7 : 08 Сентябрь 2014, 21:01:04 »
Кстати, GATA_H4 в каком формате?

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2456
  • Страна: ua
  • Рейтинг +618/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Танзания (выборка по Y-хромосоме)
« Ответ #8 : 08 Сентябрь 2014, 21:56:44 »
1454, определённый как F и первые 3 "Q1b"(36,38,39) явно принадлежат к одной гг.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6335
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1333/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Танзания (выборка по Y-хромосоме)
« Ответ #9 : 08 Сентябрь 2014, 22:55:21 »
Кстати, GATA_H4 в каком формате?

Y-Filer
При внесении в базу Семаргла я вычитал единицу

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2456
  • Страна: ua
  • Рейтинг +618/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Танзания (выборка по Y-хромосоме)
« Ответ #10 : 09 Сентябрь 2014, 12:12:12 »
По гаплотипам 36,38,39,75 я уверен, что это E1b1b. Какой субклад не могу сказать. Возможно, какой-то редкий, не попавший в коммерческое тестирование. Без маркеров DYS392 и DYS389, так практически однозначно E1b1b, хотя Q и Т тоже теоретически возможны. Вместе с тем DYS392=13  у E1b1b встречается(в базе С. более десятка), а значение DYS389 не характерно ни для одной гг, поэтому здесь можно предположить 3-х шаговую делецию в DYS389I, а DYS389II вполне обычный - 17). Собственно, эти две мутации и сбивают предикцию.
Сложнее с гт 71,75,76. Безусловно, они больше всего похожи на Q, но вероятность Т и E1b тоже не исключена. Больше всего перетягивают к Q маркеры DYS385 и DYS392. Причём, если такие значения DYS385 вполне возможны и для Т и для E1b, то DYS392 c такими значениями у E1b не встречались. У Т такие значения нечасто, но есть.  И Е и Т вполне характерны  для  этого региона. Однозначный вывод делать не берусь. Больше склоняюсь к Т.
Ещё сложнее с гт 47. Почему я кроме Q обратил внимание на предикцию F? Потому что предикция 50% это практически ни о чём. Здесь очень похоже на E2, но несколько смущают маркеры DYS19 и DYS635. Такой DYS635 характерен для А, но остальные маркеры к А не очень подходят. Я думаю, что Е2, но уверенно утверждать не буду.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6335
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1333/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Танзания (выборка по Y-хромосоме)
« Ответ #11 : 09 Сентябрь 2014, 12:49:32 »
Да, страны третьего мира нам ещё много сюрпризов преподнесут...

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.