RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015

[Nimissin]

Людмила, просто по ссылке таблица не открывается. Надо по приведенной мною ссылке зайти на форум Антрогеники, и оттуда кликнуть на ссылку. Затем скопировать файл xlsx на свой компьютер. Удачи!
 http://www.anthrogenica.com/showthread.php?4067-Age-of-Z251-Based-on-YFull-SNP-Rate-Constants&p=76468&viewfull=1

[Людмила]

Табл. нашла. В колонку В ввела интересующие меня снипы. Ничего не происходит. Что дальше нужно было сделать?

[Nimissin]

В столбце B надо обязательно проставлять какие-нибудь обозначения. В столбце С - внести координаты снипа в hg19 (Build37). Тогда в столбце D появится 0 или 1. 0 - координаты снипа не попали в область combBED, 1 - попали в область combBED и будут учтены при расчете возраста ветви.

[Людмила]

Спасибо, попробую. Но что дает эта утилита - только то, попадает снип в нужную область? Это я сейчас за несколько минут проверила. в ручную. Я думала, важно определить свой индивид. combBED - это требует огромного времени, если вручную.
У меня на руках данные по 177722 Ja2. Персональные снипы 37 штук, 8 не попадают в нужную обл. Получается, время отделения  ветви L589 это 160 х (37-8) =4640 лет. Если считать исходя из всех снипов, 118 х 37 = 4366 лет.  Так? Т.е. более точно 4640? А зачем тогда считать свой индивид. combBED? Было бы еще точнее?

[Людмила]

В столбце B надо обязательно проставлять какие-нибудь обозначения. В столбце С - внести координаты снипа в hg19 (Build37). Тогда в столбце D появится 0 или 1. 0 - координаты снипа не попали в область combBED, 1 - попали в область combBED и будут учтены при расчете возраста ветви.

У меня, конечно, напряженные отношения с компьютером, что-то ничего само не появляется. В утилите написано -  Cut and paste the list of SNPs into the POS-REF-ALT column (column B) in the SNP List tab of this worksheet.   
Вставляю, ничего не происходит.
Делаю, как Вы написали - в В вставляю 1,2,3..., в С позиции снипов. В Д ничего не появляется.    Извините уж мою глупость, наверно нужно на что-то там еще нажать...                                 

[Nimissin]

Уже сложно что-то подсказать. У меня программа работает.

[Людмила]

Все-таки нужно определять индивидуальный combBED? С ним получается более точный расчет? Или достаточно 160 х на количество SNP в области combBED от Pozdnik? Основная проблема (затраты времени) в определении индивидуального combBED.

[Людмила]

http://forum.molgen.org/index.php/topic,2609.90.html
Здесь представила свои расчеты с использованием метода, предложенного  Д.Адамовым с соавторами.

[kaa76]

Clarification of Y-DNA Haplogroup Q1b Phylogenetic Structure Based on Y-Chromosome Full Sequencing
Vladimir Gurianov, Dmitry Adamov, Vladimir Tagankin, Leon Kull

The recent growth of the Y-chromosome full sequencing data sets made it possible to arrange a full-scale update of Q1b haplogroup phylogenetic structure (Q-L275). The article contains a detailed description of Q-Y2200 and Q-YP745 branches aswell as a number of other subclades downstream to Q-L275 including their dating as per the method described in the article of Adamov et al. 2015. We also made an effort of inter-discipline review of data from the field of population genetics, archaeology, and comparative linguistics; formalized major problems arisen upon delivering this analysis, and offered a few hypotheses on migration paths of the groups comprising representatives of different Q1b subclades.

http://rjgg.molgen.org/index.php/RJGGRE/article/view/153

Благодарю всех за отличную работу!

[пенелопа]

Номер закрыт. На днях соберу его целиком.
Новая тема: http://forum.molgen.org/index.php/topic,8019.0.html

[asan-kaygy]

Отлично.

[Mich Glitch]

Разместил печатную версию номера.
Теперь он, кстати, и внутри цветной за ту же самую цену, что и предыдущие ч/б версии.   


Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия). Том 6, №2 (2014)/Том 7, №1 (2015)

[пенелопа]

Разместил печатную версию номера.
Теперь он, кстати, и внутри цветной за ту же самую цену, что и предыдущие ч/б версии.   

Хорошо-то как Внутри не только ведь картинки цветные, но и некоторые таблицы с цветными блоками...
Номер также будет размещен на сайте РЖГГ, сейчас отправлю техреду и попрошу это сделать.

[asan-kaygy]

Разместил печатную версию номера.
Теперь он, кстати, и внутри цветной за ту же самую цену, что и предыдущие ч/б версии.   


Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия). Том 6, №2 (2014)/Том 7, №1 (2015)

Спасибо.

[kaa76]

Номер Vol 6, No 2 (2014)/Vol 7, No 1 (2015) целиком можно скачать с сайта журнала.