АвторТема: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015  (Прочитано 19074 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Людмила

  • Сообщений: 1007
  • Рейтинг +151/-1
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #75 : 23 Март 2015, 11:05:47 »
Вопрос к авторам статьи-
В своей работе вы расчитывали скорость мутаций на определенных участках У хромосомы - в X-degenerate области. Зная количество мутации по тесту BigY или FGC, как оценивать возраст, учитывая мутации только в этих районах?  BigY прочитывает 10,31 Mbp, но наверно это не только X-degenerate область?

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2401
  • Рейтинг +759/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #76 : 23 Март 2015, 12:42:30 »
Вопрос к авторам статьи-
В своей работе вы расчитывали скорость мутаций на определенных участках У хромосомы - в X-degenerate области. Зная количество мутации по тесту BigY или FGC, как оценивать возраст, учитывая мутации только в этих районах?  BigY прочитывает 10,31 Mbp, но наверно это не только X-degenerate область?
Мы рекомендуем считать мутации в участках нуклеотидной последовательности, попадающей в пределы области "combBED". Координаты начала и конца каждого сегмента даны в конце статьи. Также надо оценить размер этой области для интересующего Вас образца. Дело в том, что его общая длина немного отличается для каждого образца. Как это сделать? Советую поступить следующим образом: найти общие пересечения границ индивидуального BED файла (только для Big Y!) и BED файла, опубликованного в статье Poznik et al. (2013). В результате и образуется индивидуальная область combBED.

Оффлайн Людмила

  • Сообщений: 1007
  • Рейтинг +151/-1
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #77 : 23 Март 2015, 13:02:23 »
Спасибо за ответ. Получается, не очень просто - каждый снип надо проверить, лежит ли он в области "combBED"? Сам "combBED" взять из статьи Poznik et al. (2013), надо сравнить какую часть от него занимает прочитанный BigY и ввести какой-то коэффициент?

Оффлайн Людмила

  • Сообщений: 1007
  • Рейтинг +151/-1
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #78 : 23 Март 2015, 13:34:40 »
BED файл файл - что это такое? Вроде не вижу такого названия у Poznik et al. (2013). Здесь дана карта У и разные районы на ней.
X-degenerate много,больше 10, прерываются другими областями, точные координаты границ не обозначены (или я не вижу).

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9548
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #79 : 23 Март 2015, 14:12:38 »
Спасибо за ответ. Получается, не очень просто - каждый снип надо проверить, лежит ли он в области "combBED"? Сам "combBED" взять из статьи Poznik et al. (2013), надо сравнить какую часть от него занимает прочитанный BigY и ввести какой-то коэффициент?
в yfull все расчеты делаются автоматически. возможно будут какие то доп. тулзы по этой теме. чтобы было видно сколько и какие снипы лежат в каких областях и тд.

Оффлайн Людмила

  • Сообщений: 1007
  • Рейтинг +151/-1
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #80 : 23 Март 2015, 14:28:49 »
Centurion, не поняла,вы меня спрашиваете? Посмотрела, что значит - тулзы. Утилиты. Т.е. наверно Вы спрашиваете авторов, есть ли доп.утилиты?

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9548
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #81 : 23 Март 2015, 14:36:21 »
Centurion, не поняла,вы меня спрашиваете? Посмотрела, что значит - тулзы. Утилиты. Т.е. наверно Вы спрашиваете авторов, есть ли доп.утилиты?
мне казалось в моем сообщение не было вопроса. я не спрашивал, я отвечал.

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2401
  • Рейтинг +759/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #82 : 23 Март 2015, 14:44:30 »
Спасибо за ответ. Получается, не очень просто - каждый снип надо проверить, лежит ли он в области "combBED"? Сам "combBED" взять из статьи Poznik et al. (2013), надо сравнить какую часть от него занимает прочитанный BigY и ввести какой-то коэффициент?
Да, придется проверять координаты каждого приватного снипа. В статье Poznik et al (2013) область "combBED" отсутствует. "combBED" - это "изобретение" авторов работы Адамов и др. (2015).
В приложении к статье Poznik et al (2013) есть файл "S1b.chrY.callable.hg19.bed". В нем координаты границ "хороших областей" общей длиной 10.45 Mbp.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #83 : 23 Март 2015, 16:06:58 »
BED файл файл - что это такое? Вроде не вижу такого названия у Poznik et al. (2013). Здесь дана карта У и разные районы на ней.
X-degenerate много,больше 10, прерываются другими областями, точные координаты границ не обозначены (или я не вижу).

Формат BED - это формат файла с аннотацией геномных регионов.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #84 : 23 Март 2015, 16:08:04 »
Здесь техническое описание спецификации формата

Оффлайн Людмила

  • Сообщений: 1007
  • Рейтинг +151/-1
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #85 : 23 Март 2015, 16:17:33 »
Nimissin , спасибо, нашла этот файл S1b.chrY.callable.hg19.bed . 39 районов.

Оффлайн Eiport

  • Сообщений: 434
  • Страна: pl
  • Рейтинг +59/-2
  • Y-ДНК: R1a-YP380
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #86 : 23 Март 2015, 23:40:34 »
Жаль, об оценке возраста Y-Адама(и оценками других авторов) не написали.
Когда в YFull появятся образцы A00, тогда можно будет и возраст параотца оценить..
Сегодня, в данных эстонского биоцентра:
Цитировать
The data for Mbo samples belonging to haplogroup A00 are downloadable as bam-files:
GRC13292545.chrY.bam
and GRC13292546.chrY.bam
А ещё был какой-то выходец из Камеруна с самой древней y хромосомой, чуть ли не 300000 лет.
http://news.rambler.ru/18092352/
Так он и есть А00.
GRC13292545/6
http://genome.cshlp.org/content/suppl/2015/02/18/gr.186684.114.DC1/Supplemental_Figures.pdf     Figure S14.

А вы не  думаете, что по-прежнему только эти два камерунцы, А. Перри и его родственник,
которыx  уже Томаш Крагн  тестировал  программe WTY,
а теперь остались тестировать глубже чем WTY?
В данный момент эщэ один камерунец по тому же самому племени тестирован (программ Y-PRIME), но не известно, ли будет он тоже А00.

 

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2401
  • Рейтинг +759/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #87 : 29 Март 2015, 02:49:05 »
Статью Adamov et al (2015) по калибровке скорости SNP мутаций начали применять. Даю ссылку на программу Excel, написанную Dave-V, которая определяет, попал ли анализируемый снип в область combBED:
http://www.anthrogenica.com/showthread.php?4067-Age-of-Z251-Based-on-YFull-SNP-Rate-Constants&p=76468&viewfull=1
Может, кому пригодится.

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 9609
  • Страна: kz
  • Рейтинг +945/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #88 : 29 Март 2015, 06:24:04 »
Статью Adamov et al (2015) по калибровке скорости SNP мутаций начали применять. Даю ссылку на программу Excel, написанную Dave-V, которая определяет, попал ли анализируемый снип в область combBED:
http://www.anthrogenica.com/showthread.php?4067-Age-of-Z251-Based-on-YFull-SNP-Rate-Constants&p=76468&viewfull=1
Поздравляю!!!!

Оффлайн Людмила

  • Сообщений: 1007
  • Рейтинг +151/-1
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #89 : 29 Март 2015, 08:46:40 »
Мне бы пригодилось, но по ссылке у меня открывается только указание к действию, а самой Табл.нет.
The Excel file is at https://dl.dropboxusercontent.com/u/...Estimator.xlsx.
В ручную это занятие очень длительное. Вчерашний день ушел на определение, входит ли каждый фрагмент в границу фрагментов от Pozdnik. И нахожусь все еще в начале списка.
В этом усовершенствование, которое предлагается, будет определено попадает ли снип в область combBED и размер индивид.combBED тоже?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.