АвторТема: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015  (Прочитано 19076 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2401
  • Рейтинг +759/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #60 : 28 Февраль 2015, 01:20:26 »
Статья хорошая. Но сразу же вопрос - скорость "мутации снипов"  1 -1.5*10-9 предполагает модель т.н. нейтральной эволюции*. Вопрос: предпринимались ли авторами попытки оценить влияние естественного отбора на константу скорости?
Не задумывались над этим.

Второй вопрос - технического плана. Используемые в методе критерии отбра "кандидатных" вариантов в основной своей части соответствуют стандартным фильтрам обработки bam файлов и, соответственно, полям в VCF файле. Я, правда, не нашел аналога критерию REG. Представляется ли уважаемыми возможным имплементировать подобный функционал при работе с более традиционными инструментами как samtools, vcftools и GATK.

Если говорить о VCF файле, то я описанные в статье критерии применяю. Но без использования полей VCF файла. Сначала копирую данные в Excel. Затем применяю фильтры. Правда, часть операций делаю вручную.
Что касается samtools, vcftools, GATK - думаю, что лучше должны знать Урасин, Таганкин и Сычев.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #61 : 28 Февраль 2015, 14:04:41 »
К сожалению, не Вы одни не задумывались над этим вопросом.
Тем не менее, вопрос важный.
Описанные в Вашей замечательной статье особенности Y-хромосомы, полезные с точки зрения эволюционных исследований, имеют и обратную сторону.
Y-хромосома, являясь по сути одним локусом (из-за почти полного cцепленного наследования), подвергается отбору как единое целое. Тем самым даже нейтральные сами по себе генетические маркеры, применяемые для филогенетических реконструкций, находятся под селективным прессом, даже если он действует на другой функционально значимый маркер или локус.
В случае позитивной селекции (преимущества в приспособленности новой мутации) нельзя исключить вариант,в котором селекция сотрет все предыдущие «записи», поскольку иные гаплотипы будут элиминированы из популяции отбором. Болшая часть мутаций снижает приспособленность и подвергается негативной селекции, крайний случай которой – полная элиминация мутантного варианта – можно проиллюстрировать примером азооспермии.
Я внимательно прочитал литературу, в которой предлагаются различные методики и варианты оценок динамики образования новых снипов на Y-хромосомы. Безусловно, авторы многих работ упоминают мимоходом о проблеме влияния отбора на эволюционную скорость мутации Y-хромосомы, но никто не пытается предложить хотя бы грубую оценку влияния отбора на скорость мутирования Y-хромосомы.
Наиболее близко к описанию этой проблемы подошeл в своей полемике с Элхайком et al. коллектив авторов статьи Mendes et al. 2014. Согласно одному из пунктов обвинения, вмененного Элхайком авторам вышеупомянутой статьи, Элхаик с соавторами выражают озабоченность возможностью того, что темпы образования мутаций типа субституций (самых важных мутаций в плане долгосрочный эволюции сиквенвсов) значительно ниже нижнего порога скоростей мутаций в статье Mendes et al. 2014.
Отвечая на эту претензию, авторы статьи Mendes et al. 2014 допускают в принципе возможность того, что несколько последовательных мутаций одного и и того же нуклеотидного сайтка, а также очищающий отбор могут повлиять на эволюционную скорость мутации Несмотря на точ что в статье анализировалась только некодирующая часть X-вырожденной области Y-хромосомы (что предполагает менее вероятным вариант допускающий значительное влияние селективного пресса).
Вопреки утверждениям Элхаика, авторами статьи нигде не предполагалось полное отсутствие механизмов положительного или очищающего отбора на Y-хромосоме, хотя, как показано ниже, и считали, что что предположение о значительной роли отбора не выдерживает никакой критики. Элхайк же, в свою очередь утверждал, что число вредных мутаций на Y-хромосоме напрямую влияет на типологию разнообразия и темпов нуклеотидных замещений в Y-хромосоме. Из этого постулата Элхайка вытекает следующее: "Если отбор действует в сторону уменьшения генетического разнообразия Y, то оценка TMRCA в работе Mendes et 2014 будеи неизбежно занижена, так как отбор в сцепленных сайтах и генетический дрейф будут влиять на скорость эволюции так называемых нейтральных сайтов".
Авторы статьи Mendes et al.2014 так и не смогли дать внятное опровержение этого заключения Элхайка. Вместо этого они почли за лучшее сослаться на с статью 25-летней давности, авторы которой (Бирки и Уолш) утверждали что "фиксация вероятности, и, следовательно, скорость эволюции нейтральных аллелей не изменяется возникновения мутации, связанной условиях селекции". Я прочитал эту старую статью. Авторы этой работы действительно приходят к вышеуказанному выводу, однако замечают при этом, что этот вывод справедлив только для идеализированных случаев в рекомбинантных локусах. Что касается локусов с полным сцеплением, например, в случае упомянутого ими митохондриального генома или Y-хромосомы. то в их отношении Бирки и Уолш более осторожны, указывая на необходимость дальнейших исследований. К сожалению, прошло уже 25 лет, а подобных исследований так и не появилось.
Вот я и подумал, что вдруг в Вашей статье приводятся веские аргументы в пользу одной из двух версий.
« Последнее редактирование: 28 Февраль 2015, 18:35:45 от Шад »

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2401
  • Рейтинг +759/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #62 : 28 Февраль 2015, 14:16:11 »
Спасибо за очень хороший комментарий.

Оффлайн митохондрия

  • Сообщений: 1152
  • Страна: 00
  • Рейтинг +155/-1
  • Y-ДНК: супруг:J1, отец: I2a 'Dinaric-N' (I-S17250)
  • мтДНК: H8c- (T152C!) G13711A , T2e1b и HV0a1*
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #63 : 28 Февраль 2015, 14:56:45 »
Да, было бы замечательно, если кто-то провёл исследования на таком богатом материале (который использован для написания обсуждаемой статьи) о роли естественного отбора в формировании гаплотипов.
В той же мито ДНК, в в собственном генном материале, я обнаружила ряд значимых мутаций. Было бы интересно узнать корреляцию с распространённостью тех или иных подгрупп.(моя подгруппа оказалась не слишком распространенной))
« Последнее редактирование: 28 Февраль 2015, 15:13:23 от митохондрия »

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2456
  • Страна: ua
  • Рейтинг +618/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #64 : 01 Март 2015, 11:44:02 »
в статье анализировалась только некодирующая часть X-вырожденной области Y-хромосомы (что предполагает менее вероятным вариант допускающий значительное влияние селективного пресса).

"...отбор в сцепленных сайтах и генетический дрейф будут влиять на скорость эволюции так называемых нейтральных сайтов".

Занижение скорости скорости будет, если в элиминированных линиях за одинаковый промежуток времени (до элиминации) произошло больше мутаций, чем в сохранившихся линиях.
Если на участке возможны полезные и вредные мутации (учитывая, что вероятность вредных больше), то в элиминированных линиях на таких участках действительно будет больше мутаций(вредные мутации и будут увеличивать вероятность элиминации) и соответственно будет занижение.
Как я понимаю, в статье анализировались и калибровались участки, на которых возможны(пока так предполагается) только нейтральные мутации.
В элиминированных линиях и сохранившихся линиях за равные промежутки времени на равных участках, на которых возможны только нейтральные мутации,  количество нейтральных мутаций будет одинаковое.

Где ошибка в рассуждениях? Откуда возьмётся, как утверждает Элхаик,  влияние "на скорость эволюции так называемых нейтральных сайтов"?
Остаётся только вопрос, действительно ли на некодирующей части X-вырожденной области Y-хромосомы, которая анализировалась в статье,  возможны только нейтральные мутации

Оффлайн митохондрия

  • Сообщений: 1152
  • Страна: 00
  • Рейтинг +155/-1
  • Y-ДНК: супруг:J1, отец: I2a 'Dinaric-N' (I-S17250)
  • мтДНК: H8c- (T152C!) G13711A , T2e1b и HV0a1*
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #65 : 01 Март 2015, 17:59:39 »
А в значимых регионах возможны еще синонимичные замены, т.е. замены нуклеотидов, не влияющие на функцию гена. Они отлично передаются по наследству и могли бы быть задействованы в расчетах скорости мутирования.

Оффлайн митохондрия

  • Сообщений: 1152
  • Страна: 00
  • Рейтинг +155/-1
  • Y-ДНК: супруг:J1, отец: I2a 'Dinaric-N' (I-S17250)
  • мтДНК: H8c- (T152C!) G13711A , T2e1b и HV0a1*
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #66 : 01 Март 2015, 18:07:39 »
Остаётся только вопрос, действительно ли на некодирующей части X-вырожденной области Y-хромосомы, которая анализировалась в статье,  возможны только нейтральные мутации

И не так все однозначно с некодирующей ДНК:

Некодирующая или "мусорная" ДНК
https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9C%D1%83%D1%81%D0%BE%D1%80%D0%BD%D0%B0%D1%8F_%D0%94%D0%9D%D0%9A

Цитировать
Мусорная ДНК (англ. junk DNA) — последовательности геномной ДНК, функции которых пока не установлены. Термин был впервые предложен Сусуми Оно в 1972 году[1]. Ранее считалось, что около 95 % последовательностей ДНК генома человека можно отнести к мусорной ДНК. Такие последовательности включают в себя последовательности интронов и участки ДНК между генами, а также повторенные участки. Однако в 2012 году в публикациях проекта «Энциклопедия элементов ДНК» (ENCODE) было показано, что доля мусорной ДНК сильно завышена, и до 80 % генома имеет биохимические функции[2][3]. 

Цитировать
Некодирующая ДНК
Существует также альтернативное название «некодирующая» ДНК. Однако оно не совсем верно, так как в «мусорной» ДНК присутствуют транспозоны, кодирующие белки, функция которых пока не установлена, а также некоторые регуляторные элементы.

По одной из версий, некодирующая белок ДНК, по крайней мере частично, используется при производстве различных видов РНК, а именно тРНК, рРНК, микроРНК, малые ядерные РНК, малые ядрышковые РНК. Все эти РНК участвуют в критически важных процессах жизнедеятельности клеток и даже многоклеточных организмов (см. РНК-интерференция). 


Цитировать
Значение некодирующей ДНК
Существует мнение, что наличие большого количества некодирующей ДНК стабилизировало геном в плане мутаций (снизилась частота «попадания» мутации на действующий ген). Это явилось условием для возникновения многоклеточных организмов[4]. 

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #67 : 02 Март 2015, 11:35:57 »
Сегодняшний Диенек!

http://dienekes.blogspot.ru/2015/03/y-chromosome-mutation-rate-082x10-9.html

Цитировать
Y chromosome mutation rate: 0.82x10-9
This is in Russian, but seems to be using Anzick-1, Ust-Ishim, K14 to get the mutation rate. Fu et al. who just used Ust Ishim got 0.7-0.9 for this which seems very similar, and also identical to the 0.82x10-9 value of Poznik et al. So, for the time being this seems like the value to use, although tighter confidence intervals would be welcome.

The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия), Vol 6, No 2 (2014)/Vol 7, No 1 (2015)

Константа скорости SNP мутаций Y-хромосомы по данным полного секвенирования

Дмитрий Адамов, Владимир Гурьянов, Сергей Каржавин, Владимир Таганкин, Вадим Урасин

Abstract

Накопление данных тестирования BigY, FGC, с одной стороны, публикация сиквенсов Y-хромосомы древних образцов Anzick-1, Ust-Ishim, K14, с другой, дает возможность оценить среднюю скорость однонуклеотидных (SNP) мутаций. Авторы разработали собственный метод отбора истинных мутаций в современных и древних образцах и несколькими способами определили с высокой точностью константу скорости SNP мутаций - 0.82·10-9 в год на п.н.о. (95% CI: (0.70-0.94) ·10-9).

Оффлайн пенелопаАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6486
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2714/-13
  • мтДНК: H1b
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #68 : 02 Март 2015, 11:42:23 »
Сегодняшний Диенек!
Он подписался, давно уже, на Молген-Твиттер, ссылки на новые статьи я или техред помещаем незамедлительно, сразу после публикации... :)

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9548
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #69 : 02 Март 2015, 12:51:54 »
а что он не смог дождаться анг версии?

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19888
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1818/-60
  • Y-ДНК: I1-SHTR7+
  • мтДНК: H16-a1-T152C!
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #70 : 02 Март 2015, 12:53:53 »
Зато быстрее Поляко))

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #71 : 02 Март 2015, 15:38:00 »
а что он не смог дождаться анг версии?

Желающие уже читают на русском.  :)
Цитировать
Да будь я хоть негром преклонных годов,
И то б, без унынья и лени,
Я русский бы выучил только за то,
Что им разговаривал Ленин!
(В. Маяковский)

Оффлайн German Dziebel

  • Сообщений: 50
  • Рейтинг +5/-0
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #72 : 03 Март 2015, 01:56:04 »
К сожалению, не Вы одни не задумывались над этим вопросом.
Тем не менее, вопрос важный.
Описанные в Вашей замечательной статье особенности Y-хромосомы, полезные с точки зрения эволюционных исследований, имеют и обратную сторону.
Y-хромосома, являясь по сути одним локусом (из-за почти полного cцепленного наследования), подвергается отбору как единое целое. Тем самым даже нейтральные сами по себе генетические маркеры, применяемые для филогенетических реконструкций, находятся под селективным прессом, даже если он действует на другой функционально значимый маркер или локус.
В случае позитивной селекции (преимущества в приспособленности новой мутации) нельзя исключить вариант,в котором селекция сотрет все предыдущие «записи», поскольку иные гаплотипы будут элиминированы из популяции отбором. Болшая часть мутаций снижает приспособленность и подвергается негативной селекции, крайний случай которой – полная элиминация мутантного варианта – можно проиллюстрировать примером азооспермии.

Может Вам будет полезно следующее наблюдение: у американских индейцев присутствуют только 2 Y-DNA гаплогруппы. Обе обнаруживаются как в Южной, так и в Северной Америке. Но одна из них очень апстримная (С), а другая очень даунстримная (Q). Промежуточных гаплогрупп (К и пр.) нет. Если не рассматривать возможность 2 миграций в Америку, то надо предполагать, что дрейф или селекция привели к исчезновению всех промежуточных линиджей в Америке. Американские популяции обладают самым низким эфф размером популяции в мире ( из всех современных популяций они по этому и другим показателям наиболее близки неандертальцам и денисовцам), что способствует сильному дрейфу. В то же время эффективность позитивной селекции в мелких популяциях низкая. Еще надо, как кажется, рассматривать возможность того, что сильно дивергентные африканские гаплогруппы А00 и А (или даже А00, А и В) попали к ним из досапиенсного гоминидного субстрата, а хомо сапиенс сапиенс принес в Африку только гаплогруппу Е. Сам факт того, что эти древние гаплогруппы сохранились, а не выдрейфовали, свидетельствует о том, что смешение генов в Африке произошло сравнительно недавно (лет 50-40,000 назад). Смешение двух дивергентных популяций приводит к увеличению аллельного разнообразия и усилению селективного пресса в популяции реципиента.

Оффлайн пенелопаАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6486
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2714/-13
  • мтДНК: H1b
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #73 : 06 Март 2015, 08:01:27 »
Получена статья уважаемого asan-kaygy "Субклады гаплогруппы R1a среди кыргызов". На рецензии.

Оффлайн kaa76

  • Сообщений: 631
  • Страна: ru
  • Рейтинг +214/-0
  • Y-ДНК: R-L1029
  • мтДНК: U5a2a2
Re: RJGG Vol 6, No 2 2014/Vol 7, No 1 2015
« Ответ #74 : 20 Март 2015, 20:05:41 »
Defining a New Rate Constant for Y-Chromosome SNPs based on Full Sequencing Data

Dmitry Adamov, Vladimir Guryanov, Sergey Karzhavin, Vladimir Tagankin, Vadim Urasin

Цитировать
Two important advances: 1) the accumulation of BigY and FGC test data, and 2) the publication of Y-chromosome sequences for three ancient samples (Anzick-1, Ust-Ishim, and K14), have made it possible to estimate the average rate of basesubstitutions (SNPs). The authors of this study have developed a new method of selecting true mutations in modern and ancient samples, and have defined with high accuracy the rate constant of SNP mutations: 0.82 · 10-9 per year per bp (95% CI: (0.70 - 0.94) · 10-9).

http://rjgg.molgen.org/index.php/RJGGRE/article/view/151

Всем спасибо за работу по переводу очень интересной статьи на английский язык.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.