https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.10.12.336628v1The genomic formation of First American ancestors in East and Northeast Asia
Chao Ning, Daniel Fernandes, Piya Changmai, Olga Flegontova, Eren Yuncu, Robert Maier, Nefize Ezgi Altinisik, Alexei S. Kassian, Johannes Krause, Carles Lalueza-Fox, Andrea Manica, Ben A. Potter, Martine Robbeets, Kendra Sirak, Veronika Siska, Edward J. Vajda, Leonid A. Vyazov, Ke Wang, Lixin Wang, Xiyan Wu, Xiaoming Xiao, Fan Zhang, David Reich, Stephan Schiffels, Ron Pinhasi, Yinqiu Cui, Pavel Flegontov
doi:
https://doi.org/10.1101/2020.10.12.336628Abstract
Upward Sun River 1, an individual from a unique burial of the Denali tradition in Alaska (11500 calBP), is considered a type representative of Ancient Beringians who split from other First Americans 22000-18000 calBP in Beringia. Using a new admixture graph model-comparison approach resistant to overfitting, we show that Ancient Beringians do not form the deepest American lineage, but instead harbor ancestry from a lineage more closely related to northern North Americans than to southern North Americans. Ancient Beringians also harbor substantial admixture from a lineage that did not contribute to other Native Americans: Amur River Basin populations represented by a newly reported site in northeastern China. Relying on these results, we propose a new model for the genomic formation of First American ancestors in Asia.
Аннотация
USR1, человек из уникального захоронения традиции Денали на Аляске (11500 лет тому назад), считается типовым представителем древних берингийцев, которые откололись от других первых американцев 22000-18000 лет тому назад в Берингии. Используя новый граф модель-сравнение примесей, устойчивый к переподгонке, мы показываем, что древние берингийцы не формируют самую глубокую американскую родословную, а вместо этого вынашивают родословную из родословной, более тесно связанной с северными североамериканцами, чем с южными североамериканцами. Древние берингийцы также укрывают существенную примесь от родословной, которая не внесла свой вклад в других коренных американцев: Популяции бассейна реки Амур, представленные недавно зарегистрированным объектом на северо-востоке Китая. Опираясь на эти результаты, мы предлагаем новую модель геномного образования первых американских предков в Азии.
Переведено с помощью
www.DeepL.com/Translator (бесплатная версия)
Sample ID Date (BP) Location Biological Sex mtDNA haplogroup Y-haplogorup
M45 11000-13000 Houtaomuga,Jilin, China F D4h1 -
M54A 7430-7320 Houtaomuga,Jilin, China M B4c1a2 N1b1
M80 5460-5370 Houtaomuga,Jilin, China F D4e5 -
M89 5940-5870 Houtaomuga,Jilin, China M A -
M94 5550-5470 Houtaomuga,Jilin, China M D4 C2b_448del
M91 5590-5460 Houtaomuga,Jilin, China F Y1 -
M25B 2720-2430 Houtaomuga,Jilin, China M D4c2b C2b_448del
M69A ~2300 Houtaomuga,Jilin, China F B4c1a2 -
M69B ~2300 Houtaomuga,Jilin, China F G2a1 -
M69C ~2300 Houtaomuga,Jilin, China F F1b -
M74A ~2300 Houtaomuga,Jilin, China M C4a2 C2b_448del
M74B ~2300 Houtaomuga,Jilin, China M G2a1 C2b_448del
Sample ID Y-haplogorup Y chromosomal SNPs
M54A N1b1 F1052:G->T(2), M2256:G->A(2), L391:G->C(2), M2117:G->A(2), F1753:T->G(1)
M94 C2b_448del F1044:A->G(1), Y2798:G->T(1), Z7798:G->T(1), V1354:A->G(1), F2067:A->C(1), F2258:C->T(1), F2485:C->T(1), CTS10720:C->T(1), F3388:A->T(1), F1090:A->G(2), Z1432:G->C(1), F1597:A->G(1), F1646:T->A(1), F3581:A->C(1), F3738:C->A(1), Z18167:T->G(1), FGC16362:T->C(1), Z18162:T->C(1), Z30400:C->G(1), Z30401:C->T(1), F3985:G->T(1)
M25B C2b_448del F1307:A->G(1x), M3716:T->C(1x),F2858:T->C(1x), F2909:C->T(1x), CTS10271:G->A(1x), Y2799:T->C(1x), V2258:A->G(1x), Z3974:A->G(1x), Z3981:C->A(1x), PF2639:C->T(1x), Z4014:T->A(1x), CTS4686:C->T(1x), Y6691:A->G(1x), CTS4934:C->T(1x), F2067:A->C(1x), F3703:C->A(1x), CTS5813:G->A(1x), CTS6266:G->A(1x), CTS6898:A->T(2x), F2434:A->C(2x), PF2705:T->C(1x), F2485:C->T(1x), CTS7752:C->A(1x), CTS7930:T->C(1x), V3533:T->C(1x), V3643:C->T(1x), F2969:C->G(2x), CTS10256:G->A(1x), V4042:G->A(1x), CTS10442:A->G(1x), CTS10509:G->A(1x), Z4073:C->T(1x), Z4082:T->A(1x), Z4083:G->A(1x), Z7648:T->C(2x), Z4095:A->G(1x), Z4099:A->G(1x), F3719:C->A(1x), CTS11544:C->G(1x), F3462:C->T(1x), F3537:A->G(1x), Y4462:T->C(1x), F3862:G->A(1x), F1219:G->A(1x), Y6687:G->T(1x), F1677:C->A(1x), F2146:A->T(1x), CTS93:C->T(1x), F894:G->A(1x), Z16217:T->C(1x), Z1436:G->A(1x), Z1437:G->A(1x), Z12162:G->T(1x), Z1439:C->A(1x), Z1445:A->T(1x), CTS6865:C->T(1x), F2664:T->C(1x), F3068:A->G(1x), Z4094:G->C(2x), F3914:C->A(1x), F3954:A->T(1x), Z18153:C->T(1x), F3787:C->A(1x), F4032:G->T(1x), F1699:C->T(1x), F3927:C->T(1x), F3825:A->G(1x), Z30396:T->C(1x), Z30398:G->T(1x), Z30400:C->G(1x), F3868:T->C(1x), Z30404:C->T(1x), Z30405:A->G(1x), Z30413:C->T(2x), F3937:T->C(2x), Z30418:C->G(1x), F3830:T->C(2x)
M74A C2b_448del V1075:C->T(1), V1580:G->C(1), Y4496:A->G(1), F1217:T->C(1), F1241:G->C(1), F1288:G->A(1), P255:G->A(1), V1234:G->C(1), F1865:G->T(2), F1871:C->T(1), Y2798:G->T(1), F2869:C->T(1), F2909:C->T(1), F2858:T->C(1), Z3950:G->C(1), Z7798:G->T(1), CTS5151:T->G(1), CTS6266:G->A(2), V3533:T->C(1), Z4081:G->A(1), Z4082:T->A(1), Y1763:C->T(1), F909:C->T(1), F917:G->A(2), CTS1384:G->A(1), Z3965:G->C(1), Z7169:A->G(1), V2015:T->C(1), V2099:G->C(1), V2200:G->A(1), Z3974:A->G(1), Z7177:C->T(1), P325:G->A(1), F3877:G->A(1), Z3981:C->A(1), Z3983:G->A(1), Z7785:C->T(2), CTS1606:C->T(1), CTS2416:G->C(1), CTS2941:T->C(1), CTS2955:T->C(1), CTS3151:C->T(1), CTS3223:C->T(1), Page85:G->T(2), V2710:C->T(1), CTS3658:G->A(2), CTS4686:C->T(1), F3703:C->A(1), F2211:C->T(1), F2253:C->T(1), CTS6378:C->A(1), P324:A->C(1), F2449:G->T(2), F3712:T->C(1), F2678:C->T(2), CTS8572:G->A(1), F2774:T->C(1), V3554:C->T(1), V3643:C->T(1), F2969:C->G(2), CTS10083:T->A(1), CTS10116:A->T(1), CTS10165:C->A(1), Z4091:T->C(2), Z4095:A->G(1), F3319:A->G(1), CTS10720:C->T(1), CTS11149:T->G(1), CTS12472:G->T(1), Y4462:T->C(3), F3862:G->A(1), F1219:G->A(2), F2111:C->T(2), F2146:A->T(1), F2670:T->C(1), Z1458:A->G(1), CTS93:C->T(1), Z16217:T->C(3), Z1436:G->A(1), Z1437:G->A(2), F1245:G->T(2), F1622:T->C(1), F1646:T->A(2), Z12163:A->T(1), F1688:T->A(2), CTS3430:C->A(1), F1963:T->C(1), F1996:C->G(1), Z1444:C->T(2), F3702:A->T(1), Z1445:A->T(1), Z1452:T->C(1), F2695:A->T(1), F2951:T->C(1), F3068:A->G(1), F3174:G->A(1), Z1460:A->G(1), F3581:A->C(1), Y4656:A->G(1), Z18167:T->G(1), F3954:A->T(1), F2386:C->T(2), F3787:C->A(2), F3972:G->A(2), F3980:A->C(2), F3986:T->A(2), F3805:C->T(1), Z16759:G->A(1), Z18159:A->G(1), CTS117:C->T(1), M386:C->T(1), FGC16362:T->C(1), Z18162:T->C(1), F4032:G->T(1), F1699:C->T(1), F1788:C->T(1), Z22209:C->G(2), Y10441:G->A(1), F3918:A->T(1), Z18160:T->C(1), Z18155:G->A(1), Y10439:G->C(1), Z30398:G->T(1), Z30400:C->G(1), Z30411:G->A(3), Z30412:C->T(3), F3955:T->G(1), Z30420:C->T(1), F3971:C->T(1), Z30423:T->C(1), Z30424:C->A(1), Z30427:G->C(2), Z30429:G->C(1)
M74B C2b_448del Y1788:C->T(1), V1234:G->C(1), Y2798:G->T(1), F2858:T->C(1), Y2799:T->C(1), Z3945:C->T(1), Z3950:G->C(1), Z7798:G->T(1), CTS2377:G->A(1), M216:C->T(1), Y6691:A->G(1), CTS5151:T->G(1), CTS6266:G->A(1), V77:C->T(1), CTS8566:C->T(1), V3533:T->C(1), CTS10534:C->T(1), Z4081:G->A(1), Z4082:T->A(1), Z7648:T->C(1), F3719:C->A(1), F3718:G->A(1), F882:A->G(1), F1090:A->G(1), Z1457:G->A(1), Z1458:A->G(2), Z18169:C->T(1), F3927:C->T(1), Z18161:A->T(1), Z30413:C->T(1), Z30428:C->T(1)