АвторТема: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)  (Прочитано 295007 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1221
  • Страна: kg
  • Рейтинг +1449/-0
  • Y-ДНК: C-ZQ31
  • мтДНК: M8a
https://www.nature.com/articles/s41467-020-14523-6

Article
Open Access
Published: 24 February 2020

Genetic history from the Middle Neolithic to present on the Mediterranean island of Sardinia

Joseph H. Marcus, Cosimo Posth, Harald Ringbauer, Luca Lai, Robin Skeates, Carlo Sidore, Jessica Beckett, Anja Furtwängler, Anna Olivieri, Charleston W. K. Chiang, Hussein Al-Asadi, Kushal Dey, Tyler A. Joseph, Chi-Chun Liu, Clio Der Sarkissian, Rita Radzevičiūtė, Megan Michel, Maria Giuseppina Gradoli, Patrizia Marongiu, Salvatore Rubino, Vittorio Mazzarello, Daniela Rovina, Alessandra La Fragola, Rita Maria Serra, Pasquale Bandiera, Raffaella Bianucci, Elisa Pompianu, Clizia Murgia, Michele Guirguis, Rosana Pla Orquin, Noreen Tuross, Peter van Dommelen, Wolfgang Haak, David Reich, David Schlessinger, Francesco Cucca, Johannes Krause & John Novembre

Nature Communications volume 11, Article number: 939 (2020) Cite this article
Abstract

The island of Sardinia has been of particular interest to geneticists for decades. The current model for Sardinia’s genetic history describes the island as harboring a founder population that was established largely from the Neolithic peoples of southern Europe and remained isolated from later Bronze Age expansions on the mainland. To evaluate this model, we generate genome-wide ancient DNA data for 70 individuals from 21 Sardinian archaeological sites spanning the Middle Neolithic through the Medieval period. The earliest individuals show a strong affinity to western Mediterranean Neolithic populations, followed by an extended period of genetic continuity on the island through the Nuragic period (second millennium BCE). Beginning with individuals from Phoenician/Punic sites (first millennium BCE), we observe spatially-varying signals of admixture with sources principally from the eastern and northern Mediterranean. Overall, our analysis sheds light on the genetic history of Sardinia, revealing how relationships to mainland populations shifted over time.

Остров Сардиния на протяжении десятилетий представляет особый интерес для генетиков. Современная модель генетической истории Сардинии описывает остров как место, где проживает население, происходящее в основном из неолитических народов южной Европы и оставшееся изолированным от более поздних экспансий бронзового века на материке. Для оценки этой модели мы генерируем данные древней ДНК по всему геному для 70 человек из 21 археологического памятника Сардинии, охватывающих период от среднего неолита вплоть до средневековья. Самые ранние особи демонстрируют сильное сродство с неолитическими популяциями западного Средиземноморья, за которым следует длительный период генетической непрерывности на острове до нурагического периода (второе тысячелетие до нашей эры). Начиная с особей из финикийских/пунических поселений (первое тысячелетие до н.э.), мы наблюдаем пространственно-изменяющиеся сигналы примеси с источниками, главным образом, из восточного и северного Средиземноморья. В целом, наш анализ проливает свет на генетическую историю Сардинии, выявляя, как со временем менялись взаимоотношения с материковыми популяциями.

Оффлайн Yaroslav

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 13488
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2733/-10
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084 > Y39893, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a-FT40739
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2101 : 24 Февраль 2020, 23:24:29 »
Full ID   Archeological Site   Region   Y Haplogroup (ISOGG 2018)   mtDNA Haplogroup

AMC001 Aho M. Carru Alghero, SS - U6a7a

AMC005 Aho M. Carru Alghero, SS - L2a1

AMC014 Aho M. Carru Alghero, SS G2a2a1a2a1a T2b

COR001 Corona Moltana/ Zarau Bonnanaro, SAS - K1b1a1

COR002 Corona Moltana/ Zarau Bonnanaro, SAS I2a1a2 K1b1a1

FIL004 Filigosa, t.1 Macomer, NUO - H1

I0206 Su Grutta ’e is Bittuleris Seulo, CA R1b1-? (xM269) K1a4a1

I0207 Su Grutta ’e is Bittuleris Seulo, CA R1? (single marker on R) T2b3

I0209 Su Grutta ’e is Bittuleris Seulo, CA R1b1b X2b3

I0210 Su Grutta ’e is Bittuleris Seulo, CA R? (single marker on R) V

ISB001_ISB002 Su Grutta ’e is Bittuleris Seulo, CA I2a1a1a H1

ISC001 S’Iscia ‘e sas Piras Usini, SS I2a1b1 T2b3

LON001 Grutta I de Longu Fresu Seulo, CA - J2b1a8

LON003_LON004 Grutta I de Longu Fresu Seulo, CA G2a2b2a K1a2a

MA110.INM001 Ingurtosu Mannu Donori, CA R1b1b2a T2b3

MA112.ISR001 Is Arutas Cabras, OR G2a2b2b1a1 V

MA138.ISR002 Is Arutas Cabras, OR R1b1b H5a

MA78.SUA008 Riparo sotto roccia Su Asedazzu Seulo, CA R1b1b H3u

MA79.LON002 Grutta I de Longu Fresu Seulo, CA - U5b2b3

MA82.SCA002_SCA003 Riparo sotto roccia Su Cannisoni 1 Seulo, CA - H1

MA85.STE001 Su Stampu Erdi Seulo, CA - H1e1a

MA87.SUA009 Riparo sotto roccia Su Asedazzu Seulo, CA R1b1b J2b1a

MA88.SUA004 Riparo sotto roccia Su Asedazzu Seulo, CA - U5b2b5

MA89.CDS001 Cannas di Sotto, t. 12 Carbonia, CI R1b1b2 K1b1a1

MSR002 Monte Sirai Carbonia, CI G2a2a1a H13b1

MSR003 Monte Sirai Carbonia, CI - J1c3

NOE001 Noeddale Ossi, SS G2a2a1a2a1 H1

NOE002 Noeddale Ossi, SS ? HV0a

ORC001 S’Orcu ‘e Tueri Perdasdefogu, NUO - J1c3

ORC002 S’Orcu ‘e Tueri Perdasdefogu, NUO I2a1a1a1a1a1a1e5~ HV0j

ORC003 S’Orcu ‘e Tueri Perdasdefogu, NUO J2b2a1 K1a4a1

ORC004 S’Orcu ‘e Tueri Perdasdefogu, NUO I2a1b1 H3

ORC005 S’Orcu ‘e Tueri Perdasdefogu, NUO - J1c3

ORC006 S’Orcu ‘e Tueri Perdasdefogu, NUO G2a2b2b1a1a H1

ORC007 S’Orcu ‘e Tueri Perdasdefogu, NUO J2b2a1 H1e1a

ORC008 S’Orcu ‘e Tueri Perdasdefogu, NUO J2b2a1 H1

ORC009 S’Orcu ‘e Tueri Perdasdefogu, NUO - T2b3

PJU002 Padru Jossu Seneghe, OR - U5b2b5

SEC001 Serra Crabiles, t.3 Sennori, SS G2a2a1a2a1a J2b1a

SEC002 Serra Crabiles, t.3 Sennori, SS G2a2a1a2a1a J1c3

SEC004 Serra Crabiles, t.3 Sennori, SS - K2b1a

SEC005 Serra Crabiles, t.3 Sennori, SS - J1c3n'o'p

SEC006 Serra Crabiles, t.3 Sennori, SS - J2b1a

SID005 S'isteridolzu Ossi, SS I2? K1a

SID006 S'isteridolzu Ossi, SS I2a1b1 J1c1

SNN001 San Nicola Necropoli Esterna Sassari, SAS E1b1b1a1b1 U5a1d2a

SNN002 San Nicola Necropoli Esterna Sassari, SAS R1b1a1b H1j2a

SNN003 San Nicola Necropoli Esterna Sassari, SAS - H3f1

SNN004 San Nicola Necropoli Esterna Sassari, SAS R1b1a1b J2b1a7

SUA001 Riparo sotto roccia Su Asedazzu Seulo, CA R1b1b T2b3a

SUA002 Riparo sotto roccia Su Asedazzu Seulo, CA R1b1b H3

SUA003 Riparo sotto roccia Su Asedazzu Seulo, CA R1b1b H1

SUA005 Riparo sotto roccia Su Asedazzu Seulo, CA - H1

SUA006 Riparo sotto roccia Su Asedazzu Seulo, CA - H3ay

SUA007 Riparo sotto roccia Su Asedazzu Seulo, CA R1b1b T2c1d

SUC001 Su Crucifissu Mannu, t.16 Porto Torres, SAS - U5b3

SUC002 Su Crucifissu Mannu, t.16 Porto Torres, SAS - J1c3

SUC003 Su Crucifissu Mannu, t.16 Porto Torres, SAS I2a1b1 J1c3

SUC004 Su Crucifissu Mannu, t.16 Porto Torres, SAS - K1a

SUC005 Su Crucifissu Mannu, t.16 Porto Torres, SAS I2a1b1 K1a4a1

SUC006 Su Crucifissu Mannu, t.16 Porto Torres, SAS I2a1b1 H1av

SUC007 Su Crucifissu Mannu, t.16 Porto Torres, SAS I2a1b1 J2a1a1

SUC008 Su Crucifissu Mannu, t.22 Porto Torres, SAS - H4a1a

SUC009 Su Crucifissu Mannu, t.22 Porto Torres, SAS I2a1b J2a1a1

VIL004 Villamar Villamar, VS - I
VIL006 Villamar Villamar, VS - L2a1c3b1

VIL007 Villamar Villamar, VS J1a2a1a2d2b2 K1a3a

VIL009 Villamar Villamar, VS - V

VIL010 Villamar Villamar, VS - H3

VIL011 Villamar Villamar, VS R1b1a1b1 K1a3a


Оффлайн Arame

  • Сообщений: 747
  • Страна: am
  • Рейтинг +269/-1
  • J1-Z1842
Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2103 : 25 Февраль 2020, 13:56:22 »
Это работа Фернандеса интересна тем что в Сицилии в бронзовом веке появляется J2 из Греции по аутосомам минойцы.

Было бы интересно узнать более детально про эти J2.

https://www.nature.com/articles/s41559-020-1102-0

Article
Published: 24 February 2020
The spread of steppe and Iranian-related ancestry in the islands of the western Mediterranean
« Последнее редактирование: 25 Февраль 2020, 14:03:06 от Arame »

Оффлайн mikhail a.

  • Сообщений: 1284
  • Страна: ru
  • Рейтинг +346/-0
  • Y-ДНК: J2a-PF5252
  • мтДНК: T2b
Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2104 : 25 Февраль 2020, 16:21:57 »
Это работа Фернандеса интересна тем что в Сицилии в бронзовом веке появляется J2 из Греции по аутосомам минойцы.

Было бы интересно узнать более детально про эти J2.

https://www.nature.com/articles/s41559-020-1102-0

Article
Published: 24 February 2020
The spread of steppe and Iranian-related ancestry in the islands of the western Mediterranean
Ссылка на сырые данные в статье имеется, так что вскоре узнаем.

Оффлайн mikhail a.

  • Сообщений: 1284
  • Страна: ru
  • Рейтинг +346/-0
  • Y-ДНК: J2a-PF5252
  • мтДНК: T2b
Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2105 : 25 Февраль 2020, 17:19:03 »
Можно где-нибудь увидеть статью в открытом доступе?

Оффлайн Andvari

  • Сообщений: 195
  • Страна: ru
  • Рейтинг +72/-0
  • Y-ДНК: R1a - Y10802 (predicted)

Оффлайн mikhail a.

  • Сообщений: 1284
  • Страна: ru
  • Рейтинг +346/-0
  • Y-ДНК: J2a-PF5252
  • мтДНК: T2b

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1221
  • Страна: kg
  • Рейтинг +1449/-0
  • Y-ДНК: C-ZQ31
  • мтДНК: M8a
Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2108 : 26 Февраль 2020, 09:29:56 »
Это работа Фернандеса интересна тем что в Сицилии в бронзовом веке появляется J2 из Греции по аутосомам минойцы.

Было бы интересно узнать более детально про эти J2.

https://www.nature.com/articles/s41559-020-1102-0

Article
Published: 24 February 2020
The spread of steppe and Iranian-related ancestry in the islands of the western Mediterranean

Генетический компонент, связанный со степными скотоводами, достиг Центральной Европы не позже чем в 2500 г. до н.э., в то время как компонент, связанный с иранскими земледельцами, присутствовал в Эгейской Европе, по меньшей мере, в 1900 г. до н.э. Однако распространение этих компонентов в западном Средиземноморье, где они внесли свой вклад во многие современные популяции, остается плохо изученным. Здесь мы сгенерировали геномные данные о древней ДНК с Балеарских островов, Сицилии и Сардинии, увеличив число особей, по которым имеются данные, с 5 до 66. Древнейший индивидуум с Балеарских островов (~2400 г. до н. э.) имел генетический компонент степных скотоводов, который, вероятно, произошел от миграции с запада на восток из Иберии, хотя два более поздних балеарских индивидуумов имели меньший компонент степных скотоводов. На Сицилию генетический компонент степных скотоводов прибыл к 2200 г. до н.э., частично из Иберии; генетический компонент, связанный с Ираном, появился в середине второго тысячелетия до н.э., одновременно с его ранее задокументированным распространением в Эгейском регионе; а после бронзового века произошло крупномасштабное замещение населения. На Сардинии вплоть до первого тысячелетия до нашей эры почти всё население происходило напрямую от ранних земледельцев острова, за исключением отличающегося индивидуума из третьего тысячелетия до н.э., который имел преимущественно североафриканское происхождение и который - наряду с приблизительно современным ему иберийцем - документирует обширный поток генов из Африки в Европу в эпоху халколита. Массивная иммиграция в Сардинию началась в первом тысячелетии до нашей эры, и в настоящее время сардинцы происходит от первых земледельцев острова не более чем на 56–62%. Это значение ниже, чем предыдущие оценки, что указывает на то, что Сардиния, как и все другие регионы Европы, была сценой для крупных перемещений и смешивания людей.

Оффлайн Andvari

  • Сообщений: 195
  • Страна: ru
  • Рейтинг +72/-0
  • Y-ДНК: R1a - Y10802 (predicted)
Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2109 : 26 Февраль 2020, 11:36:44 »
https://www.nature.c...1559-020-1106-9

Автоперевод
Высказано предположение, что переход неолита к сельскохозяйственной и скотоводческой экономике способствовал появлению адаптированных к человеку патогенов. Здесь мы обнаружили восемь Salmonella enterica subsp. геномы кишечника из скелетов человека переходных фуражиров, скотоводов и агропасторалистов в Западной Евразии, которым было до 6500 лет. Несмотря на высокое генетическое разнообразие S. enterica, все древние бактериальные геномы сгруппированы в одну ранее нехарактерную ветвь, которая содержит S. enterica, адаптированную к множеству видов млекопитающих. Все древние бактериальные геномы от доисторических (агро) скотоводов попадают в часть этой ветви, которая также включает специфичный для человека S. enterica Paratyphi C, иллюстрирующий эволюцию человеческого патогена за период в 5000 лет. Сравнение геномов бактерий позволяет предположить, что ранние древние штаммы не были специфичными для хозяина, различались по патогенному потенциалу и испытывали конвергентную псевдогенизацию, которая сопровождала их последующую адаптацию к хозяину. Эти наблюдения подтверждают концепцию, что появление адаптированного к человеку S. enterica связано с культурными трансформациями человека.

И кое-что по сэмплам
MUR009 Murzikhinsky II Russia 6,500–6,350 783,054 2.8 8.8 88.9
MUR019 Murzikhinsky II Russia 6,490–6,320 1,405,983 7.8 16.5 90.1
IV3002 Ipatovo 3 Russia 5,580–5,080 761,643 8.9 7.0 88.9
OBP001 Oberbipp Switzerland 5,320–5,070 138,083 0.5 1.2 59.3
IKI003 Ikiztepe Turkey 5,290–5,050 840,560 2.7 8.3 90.0
SUA004 Su Asedazzu Italy 4,300–4,010 2,517,870 11.5 24.0 93.2
MK3001 Marinskaja 3 Russia 2,990–2,870 79,534 0.8 0.7 37.8
ETR001 Chiusi Italy 1,810–1,620 1,977,148 24.5 17.8 93.7
 

We were
able to generate human nuclear and/or mitochondrial DNA data for all S. enterica-positive
individuals except OBP001 (Supplementary Table 1). Their genetic profiles were then compared
against a set of available ancient and modern human genomes. Principal component (PCA;
Extended Data Fig. 1A) and admixture (Extended Data Fig. 1B) analyses showed MUR009 is most
closely represented by Eastern hunter-gatherer (EHG) and lacks any Anatolian farmer genetic
ancestry. While MUR019, from the same Eneolithic archaeological site, did not yield sufficient
nuclear DNA for analysis, its mitochondrial haplogroup U5a1d2, a common EHG haplogroup18, is
8
shared with MUR009 and suggests a (maternal) relationship. Both Bronze Age samples IV3002 and
IKI003 are closely positioned in the PCA and both harbour Iranian and Anatolian farmer ancestry
commonly associated with domesticated animals (pastoralism). The Sardinian Early Bronze Age
individual SUA004 exhibits a similar genetic profile to other European Neolithic farmers. The
remaining samples, MK3001 and ETR001, are younger and represent European genetic ancestry
established after major prehistoric migrations, with MK3001 falling isolated in the PCA due to an
unaccounted East Asian component (Extended Data Fig. 2).
Notably, some individuals that provided high coverage S. enterica genomes poorly performed in
human nuclear DNA recovery while still providing enough mitochondrial DNA fragments. We
hypothesise that this observation is based on the higher copy number of bacterial genomes (when
pathogen load is high) and mitochondrial genomes compared to nuclear human genomes.

Оффлайн falcon16

  • Сообщений: 226
  • Рейтинг +586/-5
Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2110 : 27 Февраль 2020, 02:09:47 »
MUR009; 4550-4404 BC; Murzikhinsky II, Tatarstan, Russia; Eneolithic (Ust-Kama type); Q-L472>F1096>F746*
MK3001; 1044-923 BC; Marinskaya 3, Russia; Iron Age; Q-L56>L53>L54>L330
https://anthrogenica.com/showthread.php?8066-Genetic-Genealogy-amp-Ancient-DNA-in-the-News-(DISCUSSION-ONLY)&p=649184&viewfull=1#post649184

Оффлайн kardes

  • Сообщений: 524
  • Страна: ru
  • Рейтинг +565/-3
  • Y-ДНК: G2a1
Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2111 : 27 Февраль 2020, 03:01:10 »
MUR009; 4550-4404 BC; Murzikhinsky II, Tatarstan, Russia; Eneolithic (Ust-Kama type); Q-L472>F1096>F746*
MK3001; 1044-923 BC; Marinskaya 3, Russia; Iron Age; Q-L56>L53>L54>L330
https://anthrogenica.com/showthread.php?8066-Genetic-Genealogy-amp-Ancient-DNA-in-the-News-(DISCUSSION-ONLY)&p=649184&viewfull=1#post649184
наверно про это ?
http://forum.molgen.org/index.php/topic,70.msg474532.html#msg474532
http://old.kpfu.ru/amku/eneol.htm
валерьянку закупать? :)
в этом деле, значение валерьянки сложно переоценить))
Ну.... давайте же инсайды :)
Davidski уже написал
Цитировать
Davidski said...
@Arza  I don't have all the details, but, as far as I know, the Y-haplogroups will include R1b, R1a, I2, and Q1a, more or less in that order.
Apparently, some of the foragers from Sakhtysh belong to R1b-M269.
December 12, 2019 at 10:35 PM
однако, насколько мне известно, субклады этих гаплогрупп были определены несколько точнее ;)

Оффлайн G-Man

  • Сообщений: 355
  • Страна: ru
  • Рейтинг +197/-1
  • Y-ДНК: G-Z6653
Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2112 : 29 Февраль 2020, 10:22:01 »
MK3001 был похоронен в кургане рядом со станицей Марьинской (Ставропольский край).

Цитировать
MK3001, Marinskaya 3, Russia
Dating: 2994 – 2873 calBP (2831±20BP, MAMS29808)
N 43.905354°, E 43.521883°


The excavated mound 1, near the village of Marinskaya, was part of a cemetery of then three visible and several ploughed-over burial mounds on the high terrace of the river Kura. The site is situated in an herb-grass steppe environment, which was formerly intersected by forests. The barrow was more than 4 m high and about 40 m in diameter and surrounded by a circular ditch about 2.5 m deep, which was visible on aerial and satellite images and later partly excavated. The excavation of the mound revealed several phases of construction going back until the Maykop culture. MK3001, sampled from a molar, belongs to the Iron Age and the grave was without any inventory and severely damaged by later intrusion. While absent from the archaeological record, the economic system at that time comprised of intensive farming and a combined mountain agricultural system including animal husbandry and transhumance.

Цитировать
MK3001 falling isolated in the PCA due to an unaccounted East Asian component

Цитировать
MK3001 shows Asian genetic ancestry components represented by Nganasan, Kankanaey, Atayal, and Ami

Как видно, не только Y-DNA указывает на восточные корни.

Оффлайн Andvari

  • Сообщений: 195
  • Страна: ru
  • Рейтинг +72/-0
  • Y-ДНК: R1a - Y10802 (predicted)
Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2113 : 29 Февраль 2020, 19:23:54 »
Нашел вот такой инсайд.
Исследованы образцы из погребений КШК и культуры ямочной керамики (охотники Скандинавии) на Готланде - 25 штук. При этом все сэмплы относятся к популяции, связанной с КЯК, но не КШК. В этом случае конкретном случае на Готланде  имеем дело с культурной диффузией.
Интересно, какой там набор гаплогрупп у КЯК? Судя по датам, защита уже состоялась, но текста так и не нашел.
http://uu.diva-portal.org/smash/record.jsf?pid=diva2%3A1370702&dswid=-9990


ЗЫ/ Хотя вот что-то нарыл
https://pdfs.semanticscholar.org/aa13/f8e011cdf946e262e5bbe8e60e7229d84fd0.pdf

Оффлайн Andvari

  • Сообщений: 195
  • Страна: ru
  • Рейтинг +72/-0
  • Y-ДНК: R1a - Y10802 (predicted)
Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2114 : 29 Февраль 2020, 19:32:38 »
Аутосомы там есть. Все исследованные по большей части WHG. А вот гаплогрупп не увидел при беглом просмотре.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100