АвторТема: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)  (Прочитано 625942 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1570
  • Страна: kg
  • Рейтинг +2073/-0
  • Y-ДНК: C-ZQ31
  • мтДНК: M8a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1755 : 27 Январь 2019, 00:43:34 »
https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0210718

Medieval mummies of Zeleny Yar burial ground in the Arctic Zone of Western Siberia

    Sergey Mikhailovich Slepchenko ,    Alexander Vasilyevich Gusev,    Evgenia Olegovna Svyatova,    Jong Ha Hong,    Chang Seok Oh,    Do Seon Lim,    Dong Hoon Shin

PLOS
    Published: January 25, 2019
    https://doi.org/10.1371/journal.pone.0210718

Abstract

Notwithstanding the pioneering achievements of studies on arctic mummies in Siberia, there are insufficient data for any comprehensive understanding of the bio-cultural details of medieval people living in the region. In the Western Siberian arctic, permafrost mummies have been found in 12th to 13th century graves located in the Zeleny Yar (Z-Y) burial ground (66°19'4.54"С; 67°21'13.54"В). In 2013–2016, we were fortunate to be able to excavate that cemetery, locating a total of 47 burials, including cases of mummification. Some of these mummies had been wrapped in a multi-layered birch-bark cocoon. After removal of the cocoon, we conducted interdisciplinary studies using various scientific techniques. Gross anatomical examination and CT radiography showed that the internal organs were still well preserved inside the body cavities. Under light and electron microscopy, the histological findings were very similar to those for naturally mummified specimens discovered in other countries. Ancient DNA analysis showed that the Z-Y mummies’ mtDNA haplotypes belong to five different haplogroups, namely U5a (#34), H3ao (#53), D (#67–1), U4b1b1 (#67–2), and D4j8 (#68), which distinguish them for their unique combination of Western- and Eastern Siberia-specific mtDNA haplogroups. Our interdisciplinary study obtained fundamental information that will form the foundation of successful future investigations on medieval mummies found in the Western Siberian arctic.

Несмотря на новаторские достижения в изучении арктических мумий в Сибири, данных для всестороннего понимания биокультурных особенностей средневековых людей, проживавщих в регионе, недостаточно. В Западно-Сибирской Арктике мумии в вечной мерзлоте были обнаружены в могилах XII-XIII веков, расположенных в могильнике Зеленый Яр (Z-Y) (66 ° 19'4.54 "с.ш.; 67 ° 21'13.54" в.д.). В 2013-2016 годах нам посчастливилось раскопать это кладбище, в общей сложности 47 захоронений, включая случаи мумификации. Некоторые из этих мумий были завернуты в многослойный берестяной кокон. После удаления кокона мы провели междисциплинарные исследования с использованием различных научных методов. Общий анатомический осмотр и компьютерная томография показали, что внутренние органы все еще хорошо сохранились внутри полостей тела. При световой и электронной микроскопии гистологические результаты были очень похожи на те, которые были получены для естественно мумифицированных образцов в других странах. Анализ древней ДНК показал, что гаплотипы мтДНК мумий из Зелёного Яра принадлежат к пяти различным гаплогруппам, а именно: U5a (# 34), H3ao (# 53), D (# 67–1), U4b1b1 (# 67–2) и D4j8 (# 68), которые отличают их уникальной комбинацией гаплогрупп мтДНК, специфичных для Западной и Восточной Сибири. Наше междисциплинарное исследование получило фундаментальную информацию, которая послужит основой для будущих успешных исследований средневековых мумий, обнаруженных в Западно-Сибирской Арктике.


Оффлайн zastrug

  • ...
  • Сообщений: 11273
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2848/-49
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a= I2a1b1a2a1a1( I-FT413656)
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1756 : 27 Январь 2019, 01:17:38 »
Опять только мито.  :( Как же это.....Чисто для галочки отрабатывают?

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1570
  • Страна: kg
  • Рейтинг +2073/-0
  • Y-ДНК: C-ZQ31
  • мтДНК: M8a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1757 : 27 Январь 2019, 01:25:16 »
Опять только мито.  :( Как же это.....Чисто для галочки отрабатывают?

Ну, анализ делали корейцы, а у них пока нет лабораторий уровня Гарварда или Копенгагена. Да и в России таких нету. На всём постсоветском пространстве только в Эстонии есть продвинутая лаборатория.

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1570
  • Страна: kg
  • Рейтинг +2073/-0
  • Y-ДНК: C-ZQ31
  • мтДНК: M8a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1758 : 27 Январь 2019, 01:28:07 »
https://trv-science.ru/2019/01/15/markina-zoomuzeum-msu/

15.01.2019 / № 270 / с. 8 /  Надежда Маркина / 

Экспонаты Зоомузея МГУ заговорили на языке генов

ДНК, выделенная из экспонатов Зоологического музея МГУ, помогает биологам находить ответы на загадки систематики и эволюции животного мира.

Коллекции животных и растений естественнонаучных музеев знакомят посетителей с бесконечным разнообразием живого мира, а для науки хранят это разнообразие экземпляров, собранных натуралистами в течение веков. Причем в музейных экспонатах, заспиртованных, заформалиненных и высушенных в виде тушек и чучел, сохранен не только внешний облик живущих или уже не живущих на планете существ. В них законсервирована информация, которая может рассказать о родственных связях с другими организмами и, следовательно, об их эволюции. Носитель этой информации — ДНК. Нужно только уметь ее прочитать. Сегодня, когда молекулярно-генетические методы прочно вошли в практику полевых зоологов, они используются и в музеях. При всех крупных музеях естественной истории в мире имеются лаборатории генетического анализа, и в них исследуется богатейший материал, за которым и ходить-то никуда не надо — вот он, под рукой. С помощью молекулярной генетики музейные экспонаты в информационном смысле «оживают». И музеи выходят на новый уровень научных исследований — возможность обращения к генетике радикально расширяет использование их коллекций как источника получения новых знаний.

Такая лаборатория теперь есть и в Зоологическом музее МГУ на Большой Никитской. Она начала работать в 2016 году, когда музей отметил свое 225-летие. Называется она Лабораторией исторической ДНК. Слово «исторической» не должно вводить в заблуждение — здесь работают с ДНК животных, живших в исторический период, образцы которых собраны специалистами. Это название подчеркивает возраст музейных экспонатов — им от десятков до пары сотен лет, но не тысячи лет (тогда речь идет уже о палеоДНК, или древней ДНК). Но из образцов «исторического» возраста выделить ДНК гораздо труднее, чем из свежих. Прежде всего нужно обеспечить высокую степень стерильности, чтобы избежать контаминации, проще говоря— загрязнения.

Оффлайн zastrug

  • ...
  • Сообщений: 11273
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2848/-49
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a= I2a1b1a2a1a1( I-FT413656)
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1759 : 27 Январь 2019, 21:51:40 »
Да и в России таких нету. На всём постсоветском пространстве только в Эстонии есть продвинутая лаборатория.
А как же так что при Курчатовском? Ее ж так пиарили, так пиарили.... Или просто бюджет осваивали?

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1570
  • Страна: kg
  • Рейтинг +2073/-0
  • Y-ДНК: C-ZQ31
  • мтДНК: M8a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1760 : 28 Январь 2019, 07:46:21 »
Они пока ничего выдающегося не опубликовали. Ждём-с.

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1570
  • Страна: kg
  • Рейтинг +2073/-0
  • Y-ДНК: C-ZQ31
  • мтДНК: M8a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1761 : 30 Январь 2019, 20:53:37 »
https://www.nature.com/articles/s41467-018-08018-8

Article | Open | Published: 30 January 2019

Compound-specific radiocarbon dating and mitochondrial DNA analysis of the Pleistocene hominin from Salkhit Mongolia

Thibaut Devièse, Diyendo Massilani, Seonbok Yi, Daniel Comeskey, Sarah Nagel, Birgit Nickel, Erika Ribechini, Jungeun Lee, Damdinsuren Tseveendorj, Byambaa Gunchinsuren, Matthias Meyer, Svante Pääbo & Tom Higham

Nature Communicationsvolume 10, Article number: 274 (2019)

Abstract

A skullcap found in the Salkhit Valley in northeast Mongolia is, to our knowledge, the only Pleistocene hominin fossil found in the country. It was initially described as an individual with possible archaic affinities, but its ancestry has been debated since the discovery. Here, we determine the age of the Salkhit skull by compound-specific radiocarbon dating of hydroxyproline to 34,950–33,900 Cal. BP (at 95% probability), placing the Salkhit individual in the Early Upper Paleolithic period. We reconstruct the complete mitochondrial genome (mtDNA) of the specimen. It falls within a group of modern human mtDNAs (haplogroup N) that is widespread in Eurasia today. The results now place the specimen into its proper chronometric and biological context and allow us to begin integrating it with other evidence for the human occupation of this region during the Paleolithic, as well as wider Pleistocene sequences across Eurasia.


https://naked-science.ru/article/sci/uchenye-iz-oksforda-tochnee-opredelili

Ученые из Оксфорда точнее определили возраст черепа самого раннего человека, найденного в Монголии

Эти кости, найденные в северо-восточной части Монголии, в долине Салхит, на сегодня считаются единственным ископаемым гоминина эпохи плейстоцена, обнаруженным на территории страны.

... Оксфордская команда повторно изучила череп и пришла к выводу, что его владелец жил 34 950-33 900 лет назад. ... Кроме того, из костей были извлечены анализы ДНК, с помощью чего ученым удалось реконструировать полный митохондриальный геном образца, что также подтвердило мнение о том, что череп действительно принадлежит современному человеку. Сейчас продолжается работа по созданию ядерной ДНК, чтобы узнать больше о генетике черепа. ...

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1570
  • Страна: kg
  • Рейтинг +2073/-0
  • Y-ДНК: C-ZQ31
  • мтДНК: M8a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1762 : 31 Январь 2019, 03:09:54 »
мтДНК из средневековой Румынии:

http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0193578

Maternal DNA lineages at the gate of Europe in the 10th century AD

    Ioana Rusu ,    Alessandra Modi ,    Stefania Vai,    Elena Pilli,    Cristina Mircea,    Claudia Radu,    Claudia Urduzia,    Zeno Karl Pinter,    Vitalie Bodolică,    Cătălin Dobrinescu,    Montserrat Hervella,    Octavian Popescu,    Martina Lari,    David Caramelli,    Beatrice Kelemen

    Published: March 14, 2018
    https://doi.org/10.1371/journal.pone.0193578

Abstract

Given the paucity of archaeogenetic data available for medieval European populations in comparison to other historical periods, the genetic landscape of this age appears as a puzzle of dispersed, small, known pieces. In particular, Southeastern Europe has been scarcely investigated to date. In this paper, we report the study of mitochondrial DNA in 10th century AD human samples from Capidava necropolis, located in Dobruja (Southeastern Romania, Southeastern Europe). This geographical region is particularly interesting because of the extensive population flux following diverse migration routes, and the complex interactions between distinct population groups during the medieval period. We successfully amplified and typed the mitochondrial control region of 10 individuals. For five of them, we also reconstructed the complete mitochondrial genomes using hybridization-based DNA capture combined with Next Generation Sequencing. We have portrayed the genetic structure of the Capidava medieval population, represented by 10 individuals displaying 8 haplotypes (U5a1c2a, V1a, R0a2’3, H1, U3a, N9a9, H5e1a1, and H13a1a3). Remarkable for this site is the presence of both Central Asiatic (N9a) and common European mtDNA haplotypes, establishing Capidava as a point of convergence between East and West. The distribution of mtDNA lineages in the necropolis highlighted the existence of two groups of two individuals with close maternal relationships as they share the same haplotypes. We also sketch, using comparative statistical and population genetic analyses, the genetic relationships between the investigated dataset and other medieval and modern Eurasian populations.

Учитывая малочисленность археогенетических данных, доступных для средневековых европейских популяций по сравнению с другими историческими периодами, генетический ландшафт этого возраста кажется головоломкой рассеянных, мелких, известных частей. В частности, Юго-Восточная Европа до сих пор практически не изучалась. В этой статье мы сообщаем об исследовании митохондриальной ДНК в останках людей 10-го века н. э. из некрополя Капидава, расположенного в Добрудже (Юго-Восточная Румыния, Юго-Восточная Европа). Этот географический регион особенно интересен из-за большого потока населения, следующего по различным миграционным маршрутам, и сложного взаимодействия между отдельными группами населения в средневековый период. Мы успешно обогатили и типировали контрольный регион  мтДНК у 10 особей. Для пяти из них мы также реконструировали полные митохондриальные геномы с использованием гибридизационного ДНК-захвата в сочетании с секвенированием следующего поколения. Мы получили картину генетической структуры средневековой популяции Капидавы, представленную 10 индивидуумами с 8 гаплотипами (U5a1c2a, V1a, R0a2'3, H1, U3a, N9a9, H5e1a1 и H13a1a3). Примечательным для этого участка является наличие как Центральноазиатских (N9a), так и общеевропейских гаплотипов мтДНК, устанавливающих Капидаву в качестве точки конвергенции между Востоком и Западом. Распределение линий мтДНК в некрополе высветило  существование двух групп из двух лиц с близкими материнскими отношениями, поскольку они имеют одни и те же гаплотипы. С помощью сравнительного статистического и популяционно-генетического анализа мы также очерчиваем генетические связи между исследуемым набором данных и другими средневековыми и современными евразийскими популяциями.

Продолжение: ещё 6 митогеномов из этого места:

https://www.nature.com/articles/s41598-018-37760-8

Article | Open | Published: 30 January 2019

Mitochondrial ancestry of medieval individuals carelessly interred in a multiple burial from southeastern Romania


    Ioana Rusu, Alessandra Modi, Claudia Radu, Cristina Mircea, Adriana Vulpoi, Cătălin Dobrinescu, Vitalie Bodolică, Tiberiu Potârniche, Octavian Popescu, David Caramelli & Beatrice Kelemen

Scientific Reportsvolume 9, Article number: 961 (2019) | Download Citation
Abstract

The historical province of Dobruja, located in southeastern Romania, has experienced intense human population movement, invasions, and conflictual episodes during the Middle Ages, being an important intersection point between Asia and Europe. The most informative source of maternal population histories is the complete mitochondrial genome of archaeological specimens, but currently, there is insufficient ancient DNA data available for the medieval period in this geographical region to complement the archaeological findings. In this study, we reconstructed, by using Next Generation Sequencing, the entire mitochondrial genomes (mitogenomes) of six medieval individuals neglectfully buried in a multiple burial from Capidava necropolis (Dobruja), some presenting signs of a violent death. Six distinct maternal lineages (H11a1, U4d2, J1c15, U6a1a1, T2b, and N1a3a) with different phylogenetic background were identified, pointing out the heterogeneous genetic aspect of the analyzed medieval group. Using population genetic analysis based on high-resolution mitochondrial data, we inferred the genetic affinities of the available medieval dataset from Capidava to other ancient Eurasian populations. The genetic data were integrated with the archaeological and anthropological information in order to sketch a small, local piece of the mosaic that is the image of medieval European population history.

Оффлайн Arthwr

  • Сообщений: 1331
  • Страна: ua
  • Рейтинг +787/-6
    • http://r1b-pf7562.blogspot.com/
  • Y-ДНК: R1b-PF7563
  • мтДНК: K1c1e
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1763 : 03 Февраль 2019, 00:14:37 »
На Антрогенике выложили результаты всех мужчин культуры шаровидных амфор из https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB28451:

RISE1160: I2a2a1b-CTS10057
RISE1162: I2a2a1b2a-L801
RISE1163: I2a2a1b2a-L801
RISE1165: I2a2a1b2-Z161
RISE1168: I2a2a1b2a-L801
RISE1169: I2a2a1b2a-L801
RISE1171: I2a2a1b2a-L801
RISE1173: I2a2a1b2a-L801
RISE1241: I2a2a1b2a-L801
RISE1250: I2a2a-L59
RISE1252: I2a2a1-CTS616
RISE1254: I2a2a1b2a-L801

https://anthrogenica.com/showthread.php?97-Genetic-Genealogy-and-Ancient-DNA-in-the-News&p=544003&viewfull=1#post544003

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1570
  • Страна: kg
  • Рейтинг +2073/-0
  • Y-ДНК: C-ZQ31
  • мтДНК: M8a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1764 : 03 Февраль 2019, 01:04:24 »
На Антрогенике выложили результаты всех мужчин культуры шаровидных амфор из https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB28451:

RISE1160: I2a2a1b-CTS10057
RISE1162: I2a2a1b2a-L801
RISE1163: I2a2a1b2a-L801
RISE1165: I2a2a1b2-Z161
RISE1168: I2a2a1b2a-L801
RISE1169: I2a2a1b2a-L801
RISE1171: I2a2a1b2a-L801
RISE1173: I2a2a1b2a-L801
RISE1241: I2a2a1b2a-L801
RISE1250: I2a2a-L59
RISE1252: I2a2a1-CTS616
RISE1254: I2a2a1b2a-L801

https://anthrogenica.com/showthread.php?97-Genetic-Genealogy-and-Ancient-DNA-in-the-News&p=544003&viewfull=1#post544003

Если я правильно понял там многие погребённые - родственники.

Оффлайн Andvari

  • Сообщений: 346
  • Страна: ru
  • Рейтинг +185/-1
  • Y-ДНК: R1a -YP582 - R-YP1080
  • мтДНК: H1a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1765 : 04 Февраль 2019, 22:20:04 »
Такой вопрос:

В  работе "Genome diversity in the Neolithic Globular Amphorae culture and the spread of Indo-European languages"
http://public-files.prbb.org/publicacions/141b7a60-b57a-0135-7280-00155df14f0e.pdf

утверждается, что один из образцов КША содержал 15% степного компонента. В Figure 3 есть два диаграмма Admixture c K=3 и K=4.

В К=3 эту примесь можно увидеть в одном образце. В К=4 ее уже нет. Образцы КША те же, что использовались в The Genomic History of Southeastern Europe.
Там делали анализ и с большем количеством предковых популяций, но степной примеси не обнаружили. Тем не менее, авторы "Genome diversity..." посчитали возможным говорить о следе ограниченной миграции. В чем причина разночтений? Авторы "Genome diversity..." допустили ошибку из-за маленького расширения? К их выводам не стоит серьезно относиться? Или есть какой-то подвох? Авторы вроде указывают, что расширение было в этом случае оптимальным

"The optimal value of K was evaluated
through a cross-validation procedure, thus identifying the
number of ancestral populations for which the model had
the best predictive accuracy"

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1766 : 09 Февраль 2019, 20:50:46 »
Это уже было?

Archaeogenetic studies have described the formation of Eurasian ‘steppe ancestry’ as a mixture of Eastern and Caucasus hunter-gatherers. However, it remains unclear when and where this ancestry arose and whether it was related to a horizon of cultural innovations in the 4th millennium BCE that subsequently facilitated the advance of pastoral societies in Eurasia. Here we generated genome-wide SNP data from 45 prehistoric individuals along a 3000-year temporal transect in the North Caucasus. We observe a genetic separation between the groups of the Caucasus and those of the adjacent steppe. The northern Caucasus groups are genetically similar to contemporaneous populations south of it, suggesting human movement across the mountain range during the Bronze Age. The steppe groups from Yamnaya and subsequent pastoralist cultures show evidence for previously undetected farmer-related ancestry from different contact zones, while Steppe Maykop individuals harbour additional Upper Palaeolithic Siberian and Native American related ancestry.

https://www.nature.com/articles/s41467-018-08220-8


Если было, модераторы, удалите этот пост, пожалуйста

Да, было! Обсуждение еще началось с препринта
http://forum.molgen.org/index.php/topic,10905.msg419923.html#msg419923

Оффлайн Tambio

  • Сообщений: 395
  • Страна: ru
  • Рейтинг +84/-0
  • Y-ДНК: R-L1280 (FGC11555)
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1767 : 10 Февраль 2019, 11:35:32 »
Большой исторический экскурс от "Нью-Йорк Таймс" - Является ли древнее исследование ДНК открытием новых истин или попаданием в старые ловушки?

Is Ancient DNA Research Revealing New Truths — or Falling Into Old Traps?
Geneticists have begun using old bones to make sweeping claims about the distant past. But their revisions to the human story are making some scholars of prehistory uneasy.

Оффлайн Tambio

  • Сообщений: 395
  • Страна: ru
  • Рейтинг +84/-0
  • Y-ДНК: R-L1280 (FGC11555)
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1768 : 10 Февраль 2019, 23:13:36 »
Индусы наносят ответный удар: на основании изучения не очень качественной ДНК из трёх индийских скелетов делается вывод, что "нет степного вклада в ДНК долины Инда".

Indus Valley people did not have genetic contribution from the steppes: Head of Ancient DNA Lab testing Rakhigarhi samples

Оффлайн istov

  • Сообщений: 105
  • Страна: sk
  • Рейтинг +9/-8
  • Y-ДНК: .....
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1769 : 10 Февраль 2019, 23:29:33 »
Индусы наносят ответный удар: на основании изучения не очень качественной ДНК из трёх индийских скелетов делается вывод, что "нет степного вклада в ДНК долины Инда".

Indus Valley people did not have genetic contribution from the steppes: Head of Ancient DNA Lab testing Rakhigarhi samples

Так Раи об том и говорит - нет в Хараппе степных компонентов, и поэтому правда то что написано Райхом в препринте от марта 2018г.. Раи уже не первый раз в статьях об этом заявляет.
Это не ответный удар, а хет-трик ;)


 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.