АвторТема: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)  (Прочитано 265291 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1155
  • Страна: kg
  • Рейтинг +1287/-0
  • Y-ДНК: C-F5481
  • мтДНК: M8a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1755 : 19 Декабрь 2018, 23:58:18 »
дДНК из Австралии:

http://advances.sciencemag.org/content/4/12/eaau5064

Ancient nuclear genomes enable repatriation of Indigenous human remains

Joanne L. Wright1, Sally Wasef1, Tim H. Heupink1,2, Michael C. Westaway1, Simon Rasmussen3, Colin Pardoe4, Gudju Gudju Fourmile5, Michael Young6, Trish Johnson7, Joan Slade8, Roy Kennedy9, Patsy Winch10, Mary Pappin Sr.11, Tapij Wales12,*, William “Badger” Bates13, Sharnie Hamilton14, Neville Whyman14, Sheila van Holst Pellekaan15,16, Peter J. McAllister17, Paul S.C. Taçon1, Darren Curnoe18, Ruiqiang Li19, Craig Millar20,†, Sankar Subramanian1,21,†, Eske Willerslev22,23,24,†, Anna-Sapfo Malaspinas25,26,†, Martin Sikora22,‡ and David M. Lambert1,‡

Science Advances 19 Dec 2018: Vol. 4, no. 12, eaau5064

DOI: 10.1126/sciadv.aau5064

Abstract

After European colonization, the ancestral remains of Indigenous people were often collected for scientific research or display in museum collections. For many decades, Indigenous people, including Native Americans and Aboriginal Australians, have fought for their return. However, many of these remains have no recorded provenance, making their repatriation very difficult or impossible. To determine whether DNA-based methods could resolve this important problem, we sequenced 10 nuclear genomes and 27 mitogenomes from ancient pre-European Aboriginal Australians (up to 1540 years before the present) of known provenance and compared them to 100 high-coverage contemporary Aboriginal Australian genomes, also of known provenance. We report substantial ancient population structure showing strong genetic affinities between ancient and contemporary Aboriginal Australian individuals from the same geographic location. Our findings demonstrate the feasibility of successfully identifying the origins of unprovenanced ancestral remains using genomic methods.

Аннотация
   
После европейской колонизации останки предков коренных народов часто собирались для научных исследований или экспонировались в музейных коллекциях. В течение многих десятилетий коренные жители, включая коренных американцев и аборигенов Австралии, боролись за их возвращение. Однако многие из этих останков не имеют надёжно установленное происхождение, что делает их репатриацию очень трудной или невозможной. Чтобы определить, могут ли методы на основе ДНК решить эту важную проблему, мы секвенировали 10 ядерных геномов и 27 митогеномов древних доевропейских аборигенов Австралии (возрастом до 1540 лет) известного происхождения и сравнили их со 100 геномами высокого покрытия современных австралийских аборигенов, также известного происхождения. Мы сообщаем о существенной древней структуре населения, показывающей сильную генетическую связь между древними и современными австралийскими аборигенами из одного и того же географического местоположения. Наши результаты демонстрируют возможность успешной идентификации происхождения непроверенных останков аборигенных с использованием геномных методов.

Образец Место Возраст мтДНК Y-ДНК Покрытие Пол
BK1 Bourke, NSW 700 M42a3 - 0.03 XY
FLI2 Flinders Island, QLD 335-504 P5b1 - 0.30 XY
KP1 Barham, NSW ~ 1600 S2a1a S1a 6.90 XY
KP2 Barham, NSW ~ 1400 S2a1a - 0.40 XX
MH1 Mapoon, QLD 98-126 P5a1a - 0.04 XX
MH2 Mapoon, QLD 98-126 Q1+16223 - 0.03 XY
MH3 Mapoon, QLD 98-126 N13 - 0.01 XX
MH4 Mapoon, QLD 98-126 P12a1 - 0.03 XX
MH5 Mapoon, QLD 98-126 P3a - 0.01 XX
MH6 Mapoon, QLD 98-126 P5a1a - 0.80 XX
MH7 Mapoon, QLD 98-126 P12a1 - 0.28 XY
MH8 Mapoon, QLD 98-126 P5a1a S1c 6.80 XY
MH9 Mapoon, QLD 98-126 P12a1 - 0.00 XX
MH10 Mapoon, QLD 98-126 Q1+16223 - 0.00 XY
MH11 Mapoon, QLD 98-126 P3a - 0.01 XX
PA86 Cairns, QLD unknown P12b S1a 2.80 XY
PA109 Cairns, QLD unknown M42a1b2 - 0.30 XY
PA409.1 Cairns, QLD 214-270 P5a1a - 0.04 Unassigned
PA409.3 Cairns, QLD unknown S1a - 0.03 Unassigned
STI Stanley Island, QLD 350-400 P5b1 - 0.00 XY
WLH4 Willandra Lakes, NSW ~ 4000 S2a1a S1a 0.30 XY
WPAH1 Weipa, QLD 98-126 M42a1a - 0.01 XX
WPAH2 Weipa, QLD 98-126 M42a1a - 0.03 XX
WPAH3 Weipa, QLD 98-126 M42a1a - 0.01 XX
WPAH4 Weipa, QLD 98-126 P5a1a - 0.90 XX
WPAH5 Weipa, QLD 98-126 P7 - 0.03 XX
WPAH6 Weipa, QLD 98-126 M42a1a - 0.01 XX
WPAH7 Weipa, QLD 98-126 P5a1a - 0.02 XX

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1155
  • Страна: kg
  • Рейтинг +1287/-0
  • Y-ДНК: C-F5481
  • мтДНК: M8a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1756 : 20 Декабрь 2018, 02:54:51 »
http://archaeology.nsc.ru/journarticleru/76/1171

Уникальное захоронение воина гунно-сарматского времени в Западно-Сибирской лесостепи: результаты палеогенетического анализа

А.С. Пилипенко1–3, С.В. Черданцев1, 2, Р.О. Трапезов1, 2, Т.А. Чикишева2, Д.В. Поздняков1, 2, В.И. Молодин2, 3

1Институт цитологии и генетики СО РАН пр. Академика Лаврентьева, 10, Новосибирск, 630090, Россия

2Институт археологии и этнографии СО РАН пр. Академика Лаврентьева, 17, Новосибирск, 630090, Россия

3Новосибирский государственный университет ул. Пирогова, 1, Новосибирск, 630090, Россия

В статье представлены результаты палеогенетического исследования останков мужчины из погр. 688 памятника Сопка-2 в Барабинской лесостепи. Особенности материальной культуры и погребальной обрядности, а также монголоидный центрально-азиатский антропологический тип погребенного однозначно свидетельствуют о его инотерриториальном происхождении. Были исследованы маркеры с однородительским наследованием: митохондриальная ДНК (последовательность ГВС I и информативные позиции в кодирующей части мтДНК) и Y-хромосома (аллельный профиль 17 STR-локусов Y-хромосомы). Установлена принадлежность мтДНК исследуемого индивида к восточно-евразийской гаплогруппе D4b1, а Y-хромосомы – к восточно-евразийской гаплогруппе Q (Q1a). Таким образом, выявлен восточный вектор его глубоких генетических корней, что согласуется с палеоантропологическими данными. Результаты филогеографического анализа с использованием данных по древним и современным популяциям Евразии свидетельствуют о широком распространении выявленного нами варианта восточно-евразийской по происхождению гаплогруппы мтДНК в восточных и западных районах степного пояса. В частности, показано его присутствие в скифское время далеко за пределами Восточной Евразии – у классических скифов Северного Причерноморья. Таким образом, генетические данные не позволяют однозначно локализовать регион, из которого исследуемый индивид прибыл на территорию Барабинской лесостепи. Предложен сценарий, объясняющий противоречивость данных палеогенетики и палеоантропологии о восточных генетических корнях погребенного и преимущественно западный (сармато-аланский) круг аналогий для сопроводительного инвентаря из этого погребения. Обсуждаются возможности и ограничения использования палеогенетических методов для реконструкции различных аспектов происхождения представителей древнего населения.

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 8249
  • Страна: kz
  • Рейтинг +743/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1757 : 20 Декабрь 2018, 06:04:39 »
Спасибо за ссылку

Оффлайн vvw1717

  • Сообщений: 111
  • Страна: ru
  • Рейтинг +111/-0
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1758 : 20 Декабрь 2018, 10:09:21 »
https://scfh.ru/papers/stranstvuyushchiy-rytsar-zagadochnyy-voin-slozhil-golovu-na-territorii-baraby-/
Находки из захоронения № 688 были изготовлены в разных, сильно удаленных друг от друга, точках Евразии, свидетельствуя о том, что их хозяином явно владела охота к перемене мест.
Но и на этом загадки погребения не закончились. Сам погребальный обряд оказался по своей сути достаточно синкретичным. Судите сами. По конструкции и ориентации он сопоставим с гуннским некрополем близ Иволгинского городища в Восточной Сибири, да и вышеупомянутое Тугозвонское захоронение равнинного Алтая вполне аналогично Барабинскому. С другой стороны, ярусное помещение в могилу умершего человека и лошади напоминает захоронения гуннского времени, но уже Горного Алтая! Наконец, удила местного, западносибирского, производства идентичны найденным в могильнике VI века н. э. в Прииртышье.

Оффлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5675
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1814/-12
  • мтДНК: H1b
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1759 : 26 Декабрь 2018, 21:23:05 »
Соседняя тема - для помечтать  ;D http://forum.molgen.org/index.php/topic,11533.0.html
« Последнее редактирование: 26 Декабрь 2018, 21:36:05 от пенелопа »

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1155
  • Страна: kg
  • Рейтинг +1287/-0
  • Y-ДНК: C-F5481
  • мтДНК: M8a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1760 : 28 Декабрь 2018, 20:56:17 »
http://archaeology.nsc.ru/journarticleru/76/1171

Уникальное захоронение воина гунно-сарматского времени в Западно-Сибирской лесостепи: результаты палеогенетического анализа

Статья появилась в открытом доступе:

https://www.researchgate.net/publication/329886912_An_Unusual_Burial_of_a_Xiongnu-Sarmatian_Era_Warrior_in_the_Western_Siberian_Forest-Steppe_Results_of_a_Paleogenetic_Analysis_in_Russian

STR-маркеры:

DYS456 16
DYS389I 13
DYS390 24
DYS389II 28
DYS458 18
DYS19 13
DYS385a/b 13/16
DYS393 13
DYS391 10
DYS439 12
DYS635 24
DYS392 16
Y GATA H4  11
DYS437 14
DYS438 11
DYS448 23
Предсказанная гаплогруппа Q (Q1a)


Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 1957
  • Страна: 00
  • Рейтинг +502/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1762 : 05 Январь 2019, 21:30:44 »
Поляко пишет, что в новой версии статьи по Южной/Центральной Азии ожидается 110(!) образцов из долины реки Сват Железного века, причем среди них будет два генетических аутлайера, предположительно, с 50% адмиксом средней степной Бронзы:

Цитировать
...
There will be 110 samples from the Iron Age Swat Valley in the Central/South Asian paper, including two outliers that probably have around 50% Steppe_MLBA ancestry. I have a hunch that the story of South Asian R1a-L657 will soon be much better known.
...

Оффлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5675
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1814/-12
  • мтДНК: H1b
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1763 : 12 Январь 2019, 20:59:13 »
Часть сообщений - в соседней теме http://forum.molgen.org/index.php/topic,9518.0.html
Продолжение дискуссии наверняка будет...

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1155
  • Страна: kg
  • Рейтинг +1287/-0
  • Y-ДНК: C-F5481
  • мтДНК: M8a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1764 : 14 Январь 2019, 05:11:44 »
В комментариях у Davidski пользователь Arza дал ссылки на ENA, там выкладывают геномы из двух, ещё не опубликованных исследований:

https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB29189
Study: PRJEB29189
This study includes mitogenomes and whole nuclear genomes from prehistoric Iberian remains
Name
Ancient Iberian genomes
Submitting Centre
Universita degli studi di Ferrara
Secondary accession(s)
ERP111469
Description
We used a combination of shotgun and whole genome capture strategies to generate whole genome data from 4 ancient human remains from the Iberian Peninsula (coverage from 0.4-4.8x) dated around 4500-3500 yB. Also, we used target DNA capture on array to reconstruct complete nuclear genomes from 13 additional ancient human remains from North and South of the Iberian Peninsula, also dated around to the Copper Age

Исследование: PRJEB29189
Это исследование включает в себя митогеномы и целые ядерные геномы из доисторических иберийских останков.
Древние иберийские геномы
Университет дельи Студия ди Феррара
Описание
Мы использовали комбинацию стратегий для получения данных полного генома из 4 древних человеческих останков с Пиренейского полуострова (покрытие 0,4-4,8х), датированных около 4500-3500 лет назад. Кроме того, мы использовали целевой ДНК-захват на массиве для реконструкции полных ядерных геномов из 13 дополнительных древних человеческих останков с севера и юга Пиренейского полуострова, также датированных медным веком.


Study: PRJEB28451
Blood ties: Unraveling ancestry and kinship in a Stone Age mass burial
Name
Blood ties in Koszice burial site
Submitting Centre
CENTRE FOR GEOGENETICS
Secondary accession(s)
ERP110657
Description
In 2011 archaeological excavations near the village of Koszyce, Poland, uncovered a 5000-year-old mass burial with the remains of 15 men, women and children belonging to the Globular Amphora culture. All had suffered violent deaths but had been buried with great care. To shed new light on this apparent tragedy we conducted a detailed interdisciplinary investigation of the skeletons. Genome-wide kinship analyses revealed an extended family with several first- and second-degree relationships. The bodies had been carefully arranged according to these relationships by someone who knew the deceased. Strontium isotope measurements of tooth enamel indicate a semi-settled lifestyle. The analyses provide an unprecedented level of insight into social behavior, group structure, and violent intergroup conflict at the end of the Neolithic period in Europe.

Исследование: PRJEB28451
Узы крови: распутывание родословной и родство в массовом захоронении в каменном веке
Кровные узы в могильнике Кошице
ЦЕНТР ГЕОГЕНЕТИКИ
Описание
В 2011 году в результате археологических раскопок вблизи деревни Кошице, Польша, было обнаружено 5000-летнее массовое захоронение с останками 15 мужчин, женщин и детей, принадлежащих культуре шаровидных амфор. Все перенесли насильственные смерти, но были похоронены с большой заботой. Чтобы пролить новый свет на эту очевидную трагедию, мы провели подробное междисциплинарное исследование скелетов. Геномный анализ родства выявил расширенную семью с несколькими родственниками первой и второй степени. Тела были аккуратно разложены в соответствии с этими отношениями кем-то, кто знал покойных. Измерения изотопа стронция зубной эмали указывают на полуоседлый образ жизни. Анализ обеспечивает беспрецедентный уровень понимания социального поведения, групповой структуры и насильственных межгрупповых конфликтов в конце периода неолита в Европе.

На anthrogenice'е уже успели скачать и исследовать Y-хромосомы из первой статьи, про иберийцев: https://anthrogenica.com/showthread.php?16234-Bell-Beaker-Archaeology-and-Ancient-DNA&p=537571&viewfull=1#post537571

Three of the four ancient samples from Iberia that were uploaded to the European Nucelotide Archive today were males. As expected, all three lack R-M269 and belong to lineages that are uncommon or flat out non-existent in modern Iberians:

COV20126 - Bronze age individual from Spain (Cueva del Angel):
Y-chromosome haplogroup: I2a2-L181

LU339 - Chalcolithic individual from Spain (Cueva del Angel):
Y-chromosome haplogroup: I2a1b1-L161.1

LD270 - Chalcolithic individual from Portugal (Lorga de Dinel):
Y-chromosome haplogroup: H2a1a2-SK1193

Оффлайн hgv

  • Сообщений: 533
  • Страна: ua
  • Рейтинг +113/-0
  • Y-ДНК: N1c1
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1765 : 22 Январь 2019, 09:57:49 »
Генетические корни трипольцев.

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1155
  • Страна: kg
  • Рейтинг +1287/-0
  • Y-ДНК: C-F5481
  • мтДНК: M8a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1766 : 23 Январь 2019, 08:44:09 »
https://www.asu.ru/news/events/31738/

Археологи опорного АлтГУ намерены разгадать загадку андроновской культуры бронзового века

22 января 2019 Управление информации и медиакоммуникаций

Российский фонд фундаментальных исследований поддержал проект опорного Алтайского государственного университета, посвященный социокультурной адаптации древнего населения Алтая – андроновской культуры периода бронзового века.

 В работе над проектом также примет участие Институт цитологии и генетики СО РАН (г.Новосибирск) и, в частности, один из ведущих российских специалистов в области палеогенетики, кандидат биологических наук Александр Сергеевич Пилипенко.

    «С помощью генетики мы надеемся верифицировать полученные нами результаты. То есть определить, является ли андроновская культуры пришлой для территории Алтая, или это ее родина. Сейчас генетика обладает значительным банком биологических данных, который позволяет определять, где прародина того, или иного народа. Таким образом, сопоставив данные трех направлений проекта, мы определим, как они соотносятся с традиционными археологическими данными, и в итоге сформируем модель древнего общества андроновской культуры», - подытожил Дмитрий Папин.




Что-то поздно они спохватились, как бы уже понятно что андроновцы пришлые.

Оффлайн hyper

  • Сообщений: 24
  • Страна: 00
  • Рейтинг +14/-2
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1767 : 23 Январь 2019, 14:11:09 »
Археологи опорного АлтГУ намерены разгадать загадку андроновской культуры бронзового века

 В работе над проектом также примет участие Институт цитологии и генетики СО РАН (г.Новосибирск) и, в частности, один из ведущих российских специалистов в области палеогенетики, кандидат биологических наук Александр Сергеевич Пилипенко.

пришлой для территории Алтая, или это ее родина

Что-то поздно они спохватились, как бы уже понятно что андроновцы пришлые.

Если всё это опять сведется к митоДНК и 17 маркерам, как обычно у Пилипенко, то всё это вообще будет бессмысленно. Понятно, что эти исследования это отдаленное будущее, в то время как никакой тайны андроновской культуры откуда она появилась уже нет, андроновская культура пришлая на территории Алтая. Есть запрос на глубокое тестирование по глубокому набору снипов и аутосомному анализу со всей территории андроновской культуры, чтобы определить место происхождения всех индоиранских народов.

Оффлайн сармат

  • Сообщений: 5443
  • Страна: ru
  • Рейтинг +418/-48
  • Y-ДНК: J2a1 Z6049 DYS438=7, DYS450=7.
  • мтДНК: U5a1d2b.
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1768 : 23 Январь 2019, 15:06:38 »
Цитировать
пришлой для территории Алтая, или это ее родина

Генетически, вполне вероятно что местные ребята были, в общем будем смотреть.

Оффлайн hyper

  • Сообщений: 24
  • Страна: 00
  • Рейтинг +14/-2
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1769 : 23 Январь 2019, 16:26:03 »
Цитировать
пришлой для территории Алтая, или это ее родина

Генетически, вполне вероятно что местные ребята были, в общем будем смотреть.

Практически невероятно. Местные ребята это окуневцы, которые были Q1a..., NO(?), а перед этим там были афанасьевцы R1b-Z2103. От них ничего не осталось, физический облик окуневцев, афансьевцев. алтайских андроновцев отличался так, что они выглядели как представители разных рас и малых рас, очень сильно отличались друг от друга.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100