АвторТема: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)  (Прочитано 275633 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 8270
  • Страна: kz
  • Рейтинг +751/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #1635 : 25 Апрель 2018, 15:37:15 »
Радиуглеродная датировка указывает на 585-650 годы, явно не жужани.
Тюркский каганат?
В статье опубликованы две датировки:
Peking University, China (cal. AD 590–655) and the University of Cologne, Germany (cal. AD 335–535).
Это радиоуглеродные датировки. Авторы указывают, что абсолютная датировка соответствует периоду Жужаньского каганата:
The absolute chronology of the tomb ranges from
the fourth to sixth centuries AD, which is a time period coinciding with
the Rouran Khan Kingdom on the Mongolian Plateau.
Кроме того, археологи, открывшие погребение, считают его жужаньским на основании раскопанных артефактов.
вторую датировку пропустил, Значит Жужани скорее всего

Оффлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5706
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1844/-12
  • мтДНК: H1b
Про вирус тут запощу.

Ancient hepatitis B viruses from the Bronze Age to the Medieval period.


https://www.nature.com/articles/s41586-018-0097-z

Abstract
Hepatitis B virus (HBV) is a major cause of human hepatitis. There is considerable uncertainty about the timescale of its evolution and its association with humans. Here we present 12 full or partial ancient HBV genomes that are between approximately 0.8 and 4.5 thousand years old. The ancient sequences group either within or in a sister relationship with extant human or other ape HBV clades. Generally, the genome properties follow those of modern HBV. The root of the HBV tree is projected to between 8.6 and 20.9 thousand years ago, and we estimate a substitution rate of 8.04 × 10−6–1.51 × 10−5 nucleotide substitutions per site per year. In several cases, the geographical locations of the ancient genotypes do not match present-day distributions. Genotypes that today are typical of Africa and Asia, and a subgenotype from India, are shown to have an early Eurasian presence. The geographical and temporal patterns that we observe in ancient and modern HBV genotypes are compatible with well-documented human migrations during the Bronze and Iron Ages1,2. We provide evidence for the creation of HBV genotype A via recombination, and for a long-term association of modern HBV genotypes with humans, including the discovery of a human genotype that is now extinct. These data expose a complexity of HBV evolution that is not evident when considering modern sequences alone.

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 8270
  • Страна: kz
  • Рейтинг +751/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
три шикарных статьи в один день 9 мая. Удивительно

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 8270
  • Страна: kz
  • Рейтинг +751/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Афанасьев Г. Некоторые дополнения к исторической интерпретации новых генетических исследований сармато-аланских образцов // Кавказ в системе культурных связей Евразии в древности и Средневековье. XXX "Крупновские чтения". Карачаевск. 2018. С. 284-289.

https://www.academia.edu/36600821/Афанасьев_Г._Некоторые_дополнения_к_исторической_интерпретации_новых_генетических_исследований_сармато-аланских_образцов_Кавказ_в_системе_культурных_связей_Евразии_в_древности_и_Средневековье._XXX_Крупновские_чтения_._Карачаевск._2018._С._284-289

Оффлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5706
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1844/-12
  • мтДНК: H1b
Дискуссия, наверное, будет Выделила в отдельную тему: http://forum.molgen.org/index.php/topic,10931.0.html

Оффлайн Maks

  • Сообщений: 260
  • Страна: kz
  • Рейтинг +8/-0
Ну и причем тут тюрки 7 века и монголы во главе с чингисанидами 13? Мамлюки как раз таки и наваляли монголам. Возможно у них и будут попадаться какие то минорные линии C2 . И все таки, на мой взгляд это влияние позднего  монголо-татарского времени. Даже если не ошибаюсь ваши антропологи говорят об увеличении монголоидных признаков ,с приходом монголов..Исторические источники никак не противоречат антропологическим,да и генетическим в том числе. Из всех тюрков только у тех кто живет рядом с монолоязычными народами достаточно сильно представлена гг c2.
ПЭН ДА-Я, СЮЙ ТИН

КРАТКИЕ СВЕДЕНИЯ О ЧЕРНЫХ ТАТАРАХ

Государство черных татар (т. е. северного шаньюя ) называется Великой Монголией . В пустыне имеется гора Мэнгушань , а в татарском языке серебро называется мэнгу . Чжурчжэни называли свое государство “Великой золотой династией” , а потому и татары называют свое государство “Великой серебряной династией”

http://www.vostlit.info/Texts/Dokumenty/China/XIII/1220-1240/Pen_Da_ja_Suj_Tin/frametext.htm

Оффлайн Maks

  • Сообщений: 260
  • Страна: kz
  • Рейтинг +8/-0
Вы путаете прототюрков и разного рода огузов и других народов, которые стали тюрками только из-за того, что присоединились к ним. То, что разные хунны и тюрки были огромными государствами смешанного состава не означает, что каждая гаплогруппа является родной для них, есть простое человеческое правило, что отцов не меняют, и, например, никогда славянин не станет прототюрком, даже если будет с самого начала среди них с самого их основания, он все равно останется славянином, поэтому зачем галпогруппы других народов присутствующие среди тюкров и хуннов относить к проторюркам, если известно, что они сыны других народов, а у прототюрков есть свои легенды происхождения... Надо смотреть конкретной Ашина и Алтайские коренные народы и близлежащие территории и смотреть именно на тех кто не входил другие древние народы (которые присоединились к тюркам), а самоопределился как тюрки. Поэтому главные кандидаты на прототюрков идут некоторые ветки из C-M217 и R1-Z94
Для алтайцев и характерны R1a
А-ши-на = a(o)-si-na. Первые известия китайцев о племени а-ши-на были получены ими через монголоязычных жуань-жуаней - аваров в V в. н. э. Согласно этой информации, а-ши-на - племя гуннского происхождения, достигшее могущества в горах на северо-западе от Гао-чана, но происходящее из страны на озере, где-то на востоке. В VII в. один из родов этого племени а-ши-на хэ-лу стал во главе союза десяти тюркских племен (он ок) Семиречья (См. Бичурин. Указ. соч., т. I, стр. 263). В это же время а-ши-на имели высокое политическое и генеалогическое положение в восточно-тюркском каганате (там же, стр. 289).

Идентификация названия а-ши-на с данными этнонимики и письменных источников пока не произведена. Между тем кажется почти невероятным, чтобы большое племя, бывшее родоначальником тюркских этнических коллективов на западе от Ордоса, исчезло бесследно, не оставив даже своего самоназвания. Попытки исследователей найти эквивалент этого тюркского термина в тюркской лексике ни к чему не привели. Нам представляется более правильным искать его в той же монголоязычной среде, через которую в глубокой древности прошел термин а-ши-на. Таким эквивалентом должен быть термин аошин (ausin, кит. ао-шэнь ) - один из монголизированных вариантов этнонима уйсун. Так назван один из «усуньских» родов ордосских монголов в Мэнгу юаньлю цяньчжэн (цз. 6, стр. 5а, б; P. Pelliot et L. Hambis. Указ. соч., 1, стр. 72).

События, связанные с древней этнической историей усуньского племенного союза в Семиречье, изучены слабо. Китайский посланник Дун Дин, посетивший столицу усуней «Город Красной долины» в 435 г., был последним путешественником, привезшим информацию об усунях в Китай. Он отмечал, что Семиречье в это время подвергалось натиску аваров. Вскоре оно попало в сферу аварского нашествия, и сведения о нем перестали поступать.

Кроме краткого изложения событий в усуньском племенном союзе на протяжении около двухсот лет, сохранилась небольшая легенда о происхождении усуней (в двух вариантах), записанная со слов Чжан Цяня в «Исторических записках» и «Истории Старшей Ханьской династии».

Ниже мы даем сводный текст этой легенды по Цянь Ханьшу (цз. 61, стр. 886, по изданию в серии Сыбу бэйяо) и Шицзи (цз. 123, стр. 3а, б): «Покорный слуга (т. е. Чжан Цянь), живя среди сюнну (гуннов Монголии), слышал, что усуньский князь называется кунь-мо (кун-баг, «князь над племенем»). Отец кунь-мо по имени Нань-доу-ми проживал вместе с [племенем] Больших юе-ди (аты, асы) между Ци-лянь и Дунь-хуан, будучи малым княжеством. (По тексту Шицзи буквально: Отец кунь-мо был малым княжеством западной границы сюнну). Большие юе-ди, напав, убили Нань-доу-ми и захватили его земли, а народ бежал к сюнну. (По тексту Шицзи: Сюнну, напав, убили его отца...).

Опекун новорожденного кунь-мо - сына Бу-цзю си-хоу, запеленал младенца и оставил его в траве, а сам ушел в поисках пищи. А когда он вернулся, то увидел, что волчица кормит его своей грудью, а ворон парит над ним, держа в клюве мясо. [Он] счел его духом и, взяв на руки, унес к сюнну. Шаньюй полюбил и воспитал его. А когда кунь-мо достиг зрелости, он вернул ему народ его отца и послал возглавлять войско. (По тексту Шицзи:... и приказал вечно править в Си-чэне ). [Кунь-мо] несколько раз отличился в походах. (По тексту Шицзи: Кунь-мо собрал свой народ и заботился о нем. Он нападал на соседние мелкие уделы с несколькими десятками тысяч воинов, опытных в сражениях). В это время юе-ди, уже разбитые сюнну, напали на западе на сэ’ского князя. Сэ’ский князь бежал на юг и далеко переселился, а юе-ди стали жить на его землях. Кунь-мо окреп. Испросив разрешения шаньюя отомстить за смерть своего отца, он на западе напал и разбил Больших юе-ди». Далее говорится, что молодой княжич повел свое племя в Семиречье. Ко времени приезда Чжан Цяня в «Город Красной долины» у него было «около десяти сыновей» (ср. Цзычжи тунцзянь, т. 1, цз. 20, стр. 656; Шофан бэйчэн, цз. 30, стр. 2а; Бичурин. Указ. соч., т. II, стр. 155-156).

В этом предании о происхождении усуней явлениями мифического характера можно назвать лишь появление волчицы и ворона, которое связано с представлением о родовых усуньских тотемах. Реальность других деталей предания, как мы пытаемся показать в другом месте, не вызывает сомнения.

Через несколько столетий эту же легенду встречаем в других китайских источниках - в связи с происхождением племени а-ши-на. Здесь мы приведем ее сводный текст по трем вариантам - в Цзычжи тунцзянь (цз. 159, стр. 4926), Тундянь (цз. 197, стр. 5а-б) и Чжоу-шу (по фотокопии издания 16 г. Дао-гуан, цз. 50, стр. 1а, б): «Предки ту-цюэ (тюрков) жили справа [на западе] от Си-хай и одни составляли племя. Видимо, это обособившаяся ветвь сюнну из рода а-ши-на. [Они] обособленно жили племенем, а впоследствии были разбиты соседним княжеством, которое совершенно уничтожило этот род. В живых остался один мальчик десяти лет. Воины [соседнего княжества], видя, что он мал, пожалели убить его, поэтому отрубили ему ноги, поранили руки и оставили в озере, поросшем травой. [Поблизости] была волчица, которая стала ежедневно носить мясо к месту, где находился мальчик. Мальчик питался мясом и поэтому не умер. Когда он вырос, то вступил в связь с волчицей, и она забеременела. А тот князь, услышав, что мальчик жив, вторично послал людей убить его. Посланные, увидев рядом с ним и волчицу, хотели убить и ее. В это время будто бы появился небесный дух, который перенес волчицу на восток от Си-хай и опустил в горах к северо-западу от Гао-чан. В горах есть ущелье, а в ущелье есть равнина, поросшая травой на двести ли в окружности. С четырех сторон она окружена горами. Поселившись там, волчица родила десятерых сыновей, которые все поженились и имели потомство. Впоследствии каждый из них составил род. [Род] а-ши-на был одним из них».

Сопоставляя первое сказание со вторым, где историческая реальность облечена в форму древнего тотемического мифа, с трудом увязывающегося с действительными событиями V в., нельзя не обратить внимания на выступающую в них общность черт по всем основным деталям. Вот эти детали:

1. Летопись определяет древнее местонахождение усуней «между Цилянем и Дуньхуаном».

1а. А-ши-на находилась на западе от Сихай - Шара-нора, т. е. в этом же районе.

2. Усуни представляли собой «малое княжество западной границы сюнну».

2а. Во всех вариантах легенды а-ши-на являются обособившейся ветвью сюнну.
3. Усуни были разбиты соседним племенем юе-ди, и на их землях остался лишь новорожденный княжич.

3а. А-ши-на были разбиты тоже своими соседями, после чего в живых остался один мальчик.

4. На помощь младенцу пришли родовые тотемы усуней - волчица и ворон, которые спасли его от смерти.

4а. Здесь мальчика спасает волчица. В самом предании ворон отсутствует, но этот пробел восполняется списком тамг, где приведена ашинская тамга - ворон.

5. Мальчик был унесен на восток, в ставку гуннского шаньюя, и воспитывался там.

5а. Мальчик и волчица, которую переносит дух, оказывается на востоке от Шара-нора, во Внутренней Монголии. В Усуньском предании духом является сам мальчик.

6. По прошествии нескольких лет между усунями и юе-ди снова вспыхивает борьба, окончившаяся поражением последних.

6а. Узнав, что мальчик жив, враждебный князь снова посылает войско уничтожить его и вместе с ним тотем-племя. Однако его замысел не удается.

7. Усуни перекочевывают на северо-запад от прежнего местожительства, в Семиречье.

7а. Этот же путь проделывают а-ши-на. Ставка А-ши-на-хэлу находилась на Таласе.

8. Здесь племя усуней обрело могущество и расширило свои территории. У первого усуньского князя было десять сыновей.

8а. Это же произошло с племенем а-ши-на. Но здесь версия о десяти сыновьях искусственно привязана к факту существования десяти племен (он ок) западнотюркского каганата.

В дополнение к сказанному напомним еще два факта. По китайским источникам, местом первоначального жительства усуней - у-ши (до их переселения на Цилянь-шань) были современные уезды Пинлян и Гуюань в Ордосе (Шицзи, цз. 110, стр. 2а - 1755; Цянь Хань-шу, цз. 94а, стр. 1232). Достоверность этого известия подтверждается древнейшей ашинской легендой, по которой предки а-ши-на произошли от смешанных гуннских родов, прежде кочевавших в Пинляне (Цзычжи тунцзянь, цз. 159, стр. 4926). Этот район является южной границей ушинского знамени во Внутренней Монголии (см. карту «Китай». Составлена и подготовлена Новосибирской картфабрикой. Ответ, редакторы Ляпидус и Кример).

Изложенное выше позволяет вернуться к вопросу сближения терминов усунь и а-ши-на и считать их иноязычной (во втором случае монголо-китайской) передачей термина уйсун.

В настоящем комментарии мы неоднократно отмечаем, что китайские летописцы сохраняли за иноземными племенами старые передачи их названий даже в тех случаях, когда они уже не соответствовали действительности. Известно, например, что после образования царства Великих Кушан китайцы продолжали называть их юе-ди, а транскрипция тэ-лэ (вместе тэ-цинь ) так и осталась общепринятой формой передачи древнетюркского «тегин». Результатом этого было «исчезновение» некоторых племен и неоправданное «появление» других. Как в цзе-гу хронисты долго не узнавали цзянь-кунь (киркунов), так и в а-ши-на они не увидели у-сунь - уйсунов. Весьма характерны в этом смысле одинаковые по времени китайские известия об области Бэй-тин - Беш-балыке. В Цзычжи тунзямь сообщается, что этой областью владеет господствующее племя басмалов а-ши-на (цз. 212, стр. 6472). Соответствующий текст в Танхуйяо гласит, что Бэйтинское наместничество - «сунь границы усуньского князя» (цз 78, стр. 1429).

Оффлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5706
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1844/-12
  • мтДНК: H1b
Cultural hitchhiking and competition between patrilineal kin groups explain the post-Neolithic Y-chromosome bottleneck

Abstract

In human populations, changes in genetic variation are driven not only by genetic processes, but can also arise from cultural or social changes. An abrupt population bottleneck specific to human males has been inferred across several Old World (Africa, Europe, Asia) populations 5000–7000 BP. Here, bringing together anthropological theory, recent population genomic studies and mathematical models, we propose a sociocultural hypothesis, involving the formation of patrilineal kin groups and intergroup competition among these groups. Our analysis shows that this sociocultural hypothesis can explain the inference of a population bottleneck. We also show that our hypothesis is consistent with current findings from the archaeogenetics of Old World Eurasia, and is important for conceptions of cultural and social evolution in prehistory.

https://www.nature.com/articles/s41467-018-04375-6

Американские исследователи объяснили резкое падение численности мужчин, которое произошло в нескольких популяциях Старого Света 5-7 тысяч лет назад. Как пишут ученые в Nature Communications, причиной этому могло стать формирование патрилинейных кланов (в которых родство считается по мужской линии) и войны между ними.

Несколько независимых исследований показывают, что 5-7 тысяч лет назад генетическое разнообразие Y-хромосомы (которая передается по отцовской линии) в некоторых популяциях в Европе, на Ближнем Востоке, Сибири, Южной и Центральной Азии резко упало. При этом разнообразие митохондриальной ДНК, передающейся по материнской линии, не изменилось. Соотношение мужчин и женщин в это время составляло 1:17 и это «бутылочное горлышко» существовало примерно полтора тысячелетия.
« Последнее редактирование: 30 Май 2018, 16:58:39 от пенелопа »

Оффлайн zastrug

  • ...
  • Сообщений: 10405
  • Страна: tt
  • Рейтинг +1783/-45
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
 
Цитировать
Цитировать
причиной этому могло стать формирование патрилинейных кланов (в которых родство считается по мужской линии) и войны между ними
.
Цитировать
Цитировать
Соотношение мужчин и женщин в это время составляло 1:17 и это «бутылочное горлышко» существовало примерно полтора тысячелетия.
Это кто-нибудь прокомментирует? Я один в а.. удивлен или еще кто есть?

Оффлайн Sylvester

  • Сообщений: 1603
  • Страна: ru
  • Рейтинг +542/-0
  • FTDNA:290147 YFull:YF64174 GEDmatch:T532939
  • Y-ДНК: I1-Y16803 Varangians (SWE>RUS)
  • мтДНК: N1a1a1a1a2 (RUS,KAZ,BGR,HUN)
Цитировать
Цитировать
причиной этому могло стать формирование патрилинейных кланов (в которых родство считается по мужской линии) и войны между ними
.
Цитировать
Цитировать
Соотношение мужчин и женщин в это время составляло 1:17 и это «бутылочное горлышко» существовало примерно полтора тысячелетия.
Это кто-нибудь прокомментирует? Я один в а.. удивлен или еще кто есть?
Если не ошибаюсь, ранее на эту же тему была статья и обсуждение, тут http://forum.molgen.org/index.php/topic,337.msg318634.html#msg318634

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1173
  • Страна: kg
  • Рейтинг +1342/-0
  • Y-ДНК: C-F5481
  • мтДНК: M8a
Древняя ДНК индейцев Калифорнии и Онтарио:

http://science.sciencemag.org/content/360/6392/1024

Ancient human parallel lineages within North America contributed to a coastal expansion

C. L. Scheib1,2,*, Hongjie Li3, Tariq Desai4, Vivian Link5, Christopher Kendall6, Genevieve Dewar6, Peter William Griffith1, Alexander Mörseburg1, John R. Johnson7, Amiee Potter8,9, Susan L. Kerr10, Phillip Endicott11, John Lindo12, Marc Haber13, Yali Xue13, Chris Tyler-Smith13, Manjinder S. Sandhu13, Joseph G. Lorenz14, Tori D. Randall15, Zuzana Faltyskova1, Luca Pagani2,16, Petr Danecek13, Tamsin C. O’Connell1, Patricia Martz17, Alan S. Boraas18, Brian F. Byrd19, Alan Leventhal20,21, Rosemary Cambra20, Ronald Williamson22, Louis Lesage23, Brian Holguin24, Ernestine Ygnacio-De Soto25, JohnTommy Rosas26, Mait Metspalu2, Jay T. Stock1,27, Andrea Manica28, Aylwyn Scally4, Daniel Wegmann5, Ripan S. Malhi3,*, Toomas Kivisild1,2,*

Science 01 Jun 2018:
Vol. 360, Issue 6392, pp. 1024-1027
DOI: 10.1126/science.aar6851

Abstract

Little is known regarding the first people to enter the Americas and their genetic legacy. Genomic analysis of the oldest human remains from the Americas showed a direct relationship between a Clovis-related ancestral population and all modern Central and South Americans as well as a deep split separating them from North Americans in Canada. We present 91 ancient human genomes from California and Southwestern Ontario and demonstrate the existence of two distinct ancestries in North America, which possibly split south of the ice sheets. A contribution from both of these ancestral populations is found in all modern Central and South Americans. The proportions of these two ancestries in ancient and modern populations are consistent with a coastal dispersal and multiple admixture events.

Мало что известно о первых людях, которые вошли в Америку и про их генетическое наследие. Геномный анализ древнейших человеческих останков из Северной и Южной Америки показал прямую связь между популяцией, связанной с культурой кловис, и всеми современными центральными и южноамериканцами, а также глубокий раскол, отделяющий их от североамериканцев в Канаде. Мы представляем 91 древний человеческий геном из Калифорнии и Юго-Западного Онтарио и демонстрируем существование двух различных генетических компонентов в Северной Америке, которые, возможно, разделились к югу от ледниковых щитов. Вклад обоих этих популяций встречается во всех современных индейцах Центральной и Южной Америки. Пропорции этих двух генетических компонентов в древних и современных популяциях согласуются с прибрежным расселением и множественными смешиваниями.

Оффлайн Teresh

  • Сообщений: 391
  • Страна: ru
  • Рейтинг +155/-0
  • Y-ДНК: R1a [YP237+ YP578+]
  • мтДНК: U5a1f
Древняя ДНК индейцев Калифорнии и Онтарио:
http://science.sciencemag.org/content/360/6392/1024

Supplementary Materials: http://science.sciencemag.org/content/suppl/2018/05/30/360.6392.1024.DC1
Mito и Y присутствуют.

Оффлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5706
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1844/-12
  • мтДНК: H1b
Outstanding questions in the study of archaic hominin admixture

Abstract
The complete sequencing of archaic and modern human genomes has revolutionized the study of human history and evolution. The application of paleogenomics has answered questions that were beyond the scope of archaeology alone—definitively proving admixture between archaic and modern humans. Despite the remarkable progress made in the study of archaic–modern human admixture, many outstanding questions remain. Here, we review some of these questions, which include how frequent archaic–modern human admixture was in history, to what degree drift and selection are responsible for the loss and retention of introgressed sequences in modern human genomes, and how surviving archaic sequences affect human phenotypes.

http://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1007349


Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1173
  • Страна: kg
  • Рейтинг +1342/-0
  • Y-ДНК: C-F5481
  • мтДНК: M8a
У срубников обнаружили предка бубонной чумы:

https://www.nature.com/articles/s41467-018-04550-9

Article | Open

Analysis of 3800-year-old Yersinia pestis genomes suggests Bronze Age origin for bubonic plague

Maria A. Spyrou, Rezeda I. Tukhbatova, Chuan-Chao Wang, Aida Andrades Valtueña, Aditya K. Lankapalli, Vitaly V. Kondrashin, Victor A. Tsybin, Aleksandr Khokhlov, Denise Kühnert, Alexander Herbig, Kirsten I. Bos & Johannes Krause

Nature Communicationsvolume 9, Article number: 2234 (2018)
doi:10.1038/s41467-018-04550-9

Received: 30 September 2017
Accepted: 27 April 2018
Published: 08 June 2018

Abstract

The origin of Yersinia pestis and the early stages of its evolution are fundamental subjects of investigation given its high virulence and mortality that resulted from past pandemics. Although the earliest evidence of Y. pestis infections in humans has been identified in Late Neolithic/Bronze Age Eurasia (LNBA 5000–3500y BP), these strains lack key genetic components required for flea adaptation, thus making their mode of transmission and disease presentation in humans unclear. Here, we reconstruct ancient Y. pestis genomes from individuals associated with the Late Bronze Age period (~3800 BP) in the Samara region of modern-day Russia. We show clear distinctions between our new strains and the LNBA lineage, and suggest that the full ability for flea-mediated transmission causing bubonic plague evolved more than 1000 years earlier than previously suggested. Finally, we propose that several Y. pestis lineages were established during the Bronze Age, some of which persist to the present day.

Происхождение Yersinia pestis(микроба вызывающего чуму) и ранние этапы её эволюции являются фундаментальными предметами исследований, учитывая её высокую вирулентность и смертность, которая явилась результатом прошлых пандемий. Хотя самые ранние свидетельства заражения Y. pestis у людей были идентифицированы в позднем неолите / бронзовом веке Евразии (LNBA 5000-3500 лет назад), эти штаммы не содержат ключевых генетических компонентов, необходимых для адаптации к блохам, что делает их способ распространения и проявления болезни в людях неясными. Здесь мы реконструируем древние геномы Y. pestis у людей, ассоциированных с периодом позднего бронзового века(~3800 лет назад) в Самарской области современной России. Мы показываем четкие различия между нашими новыми штаммами и другими штаммами позднего неолита/бронзового века и предполагаем, что полная способность к распространению через блох, вызывающей бубонную чуму, эволюционировала более чем на 1000 лет раньше, чем предполагалось ранее. Наконец, мы предлагаем, чтобы в эпоху бронзы появилось несколько линий Y. pestis, некоторые из которых сохраняются до наших дней.

Попутно они и самого человека просеквенировали:

Human uniparental and genomic analyses

Shotgun sequencing of RT5 resulted in 1.14 billion raw reads and a 4.2-fold average human genomic coverage (Supplementary Table 3). Genetic sex identification assigned RT5 to a male, which is in line with the anthropological assignment (Fig. 1a, Supplementary Methods). Nuclear contamination estimates based on X-chromosomal heterozygosity were low in RT5, estimated at an average of 0.5% (Supplementary Table 4), which permitted the usage of all generated human data. Y-chromosomal and mitochondrial assignment revealed the individual carrying R1a1a1b and U2e2a haplogroups, respectively (Supplementary Methods, and Supplementary Table 5). To gain insight into the ancestry of RT5, we performed principal component analysis (PCA)28,29,30 and ADMIXTURE31 analysis, where previously published ancient Eurasian populations32,33,34,35 were used as comparative datasets (Fig. 1 b, c). Our PCA (Fig. 1b) and ADMIXTURE (Fig. 1b, c) plots show RT5 to have close genetic affinity to ancient populations from EBA Europe and the MLBA steppe, which are genetically distinct from EBA populations from the Central Asian steppe, as they encompass early European farmer-related ancestry as part of their genetic composition (Fig. 1c). Examples of such groups include the European “Corded Ware”-associated populations, the “Andronovo” from the Altai region and the Samara-region “Srubnaya” culture with which RT5 has been archaeologically associated.

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1173
  • Страна: kg
  • Рейтинг +1342/-0
  • Y-ДНК: C-F5481
  • мтДНК: M8a
Древние митогеномы из Восточной Сибири:

https://www.nature.com/articles/s41598-018-27325-0

 Article | Open | Published: 12 June 2018

Investigating Holocene human population history in North Asia using ancient mitogenomes

    Gülşah Merve Kılınç, Natalija Kashuba, Reyhan Yaka, Arev Pelin Sümer, Eren Yüncü, Dmitrij Shergin, Grigorij Leonidovich Ivanov, Dmitrii Kichigin, Kjunnej Pestereva, Denis Volkov, Pavel Mandryka, Artur Kharinskii, Alexey Tishkin, Evgenij Ineshin, Evgeniy Kovychev, Aleksandr Stepanov, Aanatolij Alekseev, Svetlana Aleksandrovna Fedoseeva, Mehmet Somel, Mattias Jakobsson, Maja Krzewińska, Jan Storå & Anders Götherström

Abstract

Archaeogenomic studies have largely elucidated human population history in West Eurasia during the Stone Age. However, despite being a broad geographical region of significant cultural and linguistic diversity, little is known about the population history in North Asia. We present complete mitochondrial genome sequences together with stable isotope data for 41 serially sampled ancient individuals from North Asia, dated between c.13,790 BP and c.1,380 BP extending from the Palaeolithic to the Iron Age. Analyses of mitochondrial DNA sequences and haplogroup data of these individuals revealed the highest genetic affinity to present-day North Asian populations of the same geographical region suggesting a possible long-term maternal genetic continuity in the region. We observed a decrease in genetic diversity over time and a reduction of maternal effective population size (Ne) approximately seven thousand years before present. Coalescent simulations were consistent with genetic continuity between present day individuals and individuals dating to 7,000 BP, 4,800 BP or 3,000 BP. Meanwhile, genetic differences observed between 7,000 BP and 3,000 BP as well as between 4,800 BP and 3,000 BP were inconsistent with genetic drift alone, suggesting gene flow into the region from distant gene pools or structure within the population. These results indicate that despite some level of continuity between ancient groups and present-day populations, the region exhibits a complex demographic history during the Holocene.

Палеогенетические исследования в значительной степени прояснили популяционную историю Западной Евразии в каменном веке. Однако мало что известно об истории народонаселения в Северной Азии, несмотря на то, что это обширный географический регион со значительным культурным и языковым разнообразием. Мы представляем полные последовательности митохондриальных геномов вместе с данными по стабильным изотопам для 41 серийно отобранных индивидуумов из Северной Азии, датированных между 13,790 лет назад и 1,380 лет назад, простирающимися от палеолита до железного века. Анализ митохондриальных последовательностей ДНК и данных гаплогрупп этих индивидуумов показал наибольшую генетическую близость к современным североазиатским популяциям того же географического региона, что свидетельствует о возможной долгосрочной генетической преемственности по материнским линиям в регионе. Мы наблюдали снижение генетического разнообразия с течением времени и сокращение эффективной численности популяции матерей (Ne) примерно за семь тысяч лет до настоящего времени. Коалесцентное моделирование соответствовало генетической непрерывности между современными людьми и индивидуумами, жившими 7 000, 4800 или 3000 лет назад. Между тем, генетические различия, наблюдавшиеся между людьми 7 000 и 3000 лет назад, а также между 4800 и 3000 лет назад не могли объясняться одним только генетическим дрейфом, что свидетельствует о поступлении генов в регион из отдаленных генофондов или наличии генетической структурированности внутри популяции. Эти результаты показывают, что, несмотря на некоторый уровень преемственности между древними группами и современными популяциями, регион демонстрирует сложную демографическую историю во время голоцена.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100