https://lenta.ru/articles/2016/12/06/malaria/Кровавая жатва
Как загадочный паразит жестоко и мучительно убивал древних римлян
Анализ человеческих останков возрастом две тысячи лет, обнаруженных в археологических раскопках на Апеннинском полуострове, подтвердил, что малярия существовала еще во времена Римской империи. Своим открытием канадские ученые из Макмастерского университета приоткрыли завесу тайны над распространением этого опасного заболевания в древности.
Исследователям удалось изучить митохондриальный геном малярийного плазмодия, который сохранился в зубах скелетов, захороненных на трех итальянских кладбищах в I-III веках нашей эры. По словам эволюционного генетика Хендрика Пойнара (Hendrik Poinar), малярия, вероятно, многих погубила в Древнем Риме и была таким же бичом для человека античной эпохи, как и в современном мире.
Оригинальная статья:
Plasmodium falciparum malaria in 1st–2nd century CE southern Italy
Stephanie Marciniak, Tracy L. Prowse, D. Ann Herring, Jennifer Klunk, Melanie Kuch, Ana T. Duggan, Luca Bondioli, Edward C. Holmes, Hendrik N. Poinar
DOI:
http://dx.doi.org/10.1016/j.cub.2016.10.016Summary
The historical record attests to the devastation malaria exacted on ancient civilizations, particularly the Roman Empire [1]. However, evidence for the presence of malaria during the Imperial period in Italy (1st–5th century CE) is based on indirect sources, such as historical, epigraphic, or skeletal evidence. Although these sources are crucial for revealing the context of this disease, they cannot establish the causative species of Plasmodium. Importantly, definitive evidence for the presence of malaria is now possible through the implementation of ancient DNA technology. As malaria is presumed to have been at its zenith during the Imperial period [1], we selected first or second molars from 58 adults from three cemeteries from this time: Isola Sacra (associated with Portus Romae, 1st–3rd century CE), Velia (1st–2nd century CE), and Vagnari (1st–4th century CE). We performed hybridization capture using baits designed from the mitochondrial (mtDNA) genomes of Plasmodium spp. on a prioritized subset of 11 adults (informed by metagenomic sequencing). The mtDNA sequences generated provided compelling phylogenetic evidence for the presence of P. falciparum in two individuals. This is the first genomic data directly implicating P. falciparum in Imperial period southern Italy in adults.
Исторические источники свидетельствуют об ущербе нанесённом малярией древним цивилизациям, в частности, Римской империи[1]. Однако свидетельства присутствия малярии во время имперского периода в Италии (1-5 век н.э.) основываются на косвенных источников, таких как исторические, эпиграфические, или скелетные доказательства. Хотя эти источники имеют решающее значение для выявления контекста этого заболевания, они не могут точно указать какой именно вид плазмодия вызывал малярию. Важно, что окончательное доказательство присутствия малярии стало возможным за счет реализации технологии анализа древней ДНК. Так как малярия, как предполагается, была особенно распространена в имперский период [1], мы выбрали первый или второй моляры(зубы) из 58 взрослых из трех кладбищ с этого времени: Isola Sacra (связанный с Portus Romae, 1-3 века н.э.), Велия (1-й-2-й век н.э.), и Vagnari (1-й-4-й век н.э.). Мы провели гибридизационный захват с использованием приманок, сконструированных из митохондриальной ДНК плазмодия. Полученные последовательности мтДНК дали убедительные филогенетические доказательства присутствия малярийного плазмодия у двух индивидов. Это первые геномные данные непосредственно свидетельствующие о наличии малярийного плазмодия в имперский период южной Италии у взрослых.
Примечание: Это не упоминается в статье, но в приложении они также секвенировали человеческую митохондриальную ДНК двух скелетов, у которых нашли малярию:
We also evaluated SNPs in our reconstructed human mitochondrial genomes. All SNPs were called by Geneious (v. 7.1.2) (
http://www.geneious.com)[S41] at 5X coverage and 90% minimum variant frequency and also interpreted via HaploGrep2 [S53], with mutations indicated(absent, expected, private). The haplogroup of each individual was determined using HaploGrep2 [S53] from a consensus fasta file generated from the mitochondrial alignments, with the resultant SNP calls compared between HaploGrep2 [S53] and PhyloTree Build 17 [S54]:
the haplogroup for sample LG20 is consistent with T2c1e (88.16% quality score) and
LV13 is consistent with haplogroup T2b29 (62.17% quality score). The rCRS metrics are as follows: 17LG20 has a combined 2,811 reads (minimum 30 bp, MQ 30), mean coverage 10.6X, average fragment length 62.6 bp, and 99.4% of the reference covered; while LV13 has 922 reads (minimum 30 bp, MQ 30), mean coverage 3X, average fragment length 53.5 bp, and 85.3% of the reference covered.
Using a local human mitochondrial database (updated from GenBank 2016-02-05), we recovered additional published mtDNA genomes that shared the same haplogroups as LV13 and LG20 (using rCRS data from references [S55–S58]) and
found them to originate from individuals in Europe and the Mediterranean.