АвторТема: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)  (Прочитано 274245 раз)

0 Пользователей и 2 Гостей просматривают эту тему.

Оффлайн пёСТРый

  • Сообщений: 6
  • Страна: zw
  • Рейтинг +3/-0
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #780 : 03 Декабрь 2016, 14:42:52 »
Другой, более древний хазарский гаплотип, похож на Z93>Z94>Z2124>Z2122>Y57>Y52.
Опять таки параллельная ветвь от Z2122 разошедшаяся от Азии до Британии. Можно предположить, что и на Дону и прежде они проживали совместно с правящей ветвью.

Оффлайн Tamu

  • Сообщений: 533
  • Рейтинг +83/-0
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #781 : 03 Декабрь 2016, 16:28:33 »
откуда инфа про Ростов?

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1171
  • Страна: kg
  • Рейтинг +1332/-0
  • Y-ДНК: C-F5481
  • мтДНК: M8a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #782 : 06 Декабрь 2016, 06:21:03 »
https://lenta.ru/articles/2016/12/06/malaria/

Кровавая жатва
Как загадочный паразит жестоко и мучительно убивал древних римлян

Анализ человеческих останков возрастом две тысячи лет, обнаруженных в археологических раскопках на Апеннинском полуострове, подтвердил, что малярия существовала еще во времена Римской империи. Своим открытием канадские ученые из Макмастерского университета приоткрыли завесу тайны над распространением этого опасного заболевания в древности.

Исследователям удалось изучить митохондриальный геном малярийного плазмодия, который сохранился в зубах скелетов, захороненных на трех итальянских кладбищах в I-III веках нашей эры. По словам эволюционного генетика Хендрика Пойнара (Hendrik Poinar), малярия, вероятно, многих погубила в Древнем Риме и была таким же бичом для человека античной эпохи, как и в современном мире.

Оригинальная статья:

Plasmodium falciparum malaria in 1st–2nd century CE southern Italy

Stephanie Marciniak, Tracy L. Prowse, D. Ann Herring, Jennifer Klunk, Melanie Kuch, Ana T. Duggan, Luca Bondioli, Edward C. Holmes, Hendrik N. Poinar

DOI: http://dx.doi.org/10.1016/j.cub.2016.10.016

Summary

The historical record attests to the devastation malaria exacted on ancient civilizations, particularly the Roman Empire [1]. However, evidence for the presence of malaria during the Imperial period in Italy (1st–5th century CE) is based on indirect sources, such as historical, epigraphic, or skeletal evidence. Although these sources are crucial for revealing the context of this disease, they cannot establish the causative species of Plasmodium. Importantly, definitive evidence for the presence of malaria is now possible through the implementation of ancient DNA technology. As malaria is presumed to have been at its zenith during the Imperial period [1], we selected first or second molars from 58 adults from three cemeteries from this time: Isola Sacra (associated with Portus Romae, 1st–3rd century CE), Velia (1st–2nd century CE), and Vagnari (1st–4th century CE). We performed hybridization capture using baits designed from the mitochondrial (mtDNA) genomes of Plasmodium spp. on a prioritized subset of 11 adults (informed by metagenomic sequencing). The mtDNA sequences generated provided compelling phylogenetic evidence for the presence of P. falciparum in two individuals. This is the first genomic data directly implicating P. falciparum in Imperial period southern Italy in adults.

Исторические источники свидетельствуют об ущербе нанесённом малярией древним цивилизациям, в частности, Римской империи[1]. Однако свидетельства присутствия малярии во время имперского периода в Италии (1-5 век н.э.) основываются на косвенных источников, таких как исторические, эпиграфические, или скелетные доказательства. Хотя эти источники имеют решающее значение для выявления контекста этого заболевания, они не могут точно указать какой именно вид плазмодия вызывал малярию. Важно, что окончательное доказательство присутствия малярии стало возможным за счет реализации технологии анализа древней ДНК. Так как малярия, как предполагается, была особенно распространена в имперский период [1], мы выбрали первый или второй моляры(зубы) из 58 взрослых из трех кладбищ с этого времени: Isola Sacra (связанный с Portus Romae, 1-3 века н.э.), Велия (1-й-2-й век н.э.), и Vagnari (1-й-4-й век н.э.). Мы провели гибридизационный захват  с использованием приманок, сконструированных из митохондриальной ДНК плазмодия. Полученные последовательности мтДНК дали убедительные филогенетические доказательства присутствия  малярийного плазмодия у двух индивидов. Это первые геномные данные непосредственно свидетельствующие о наличии малярийного плазмодия в имперский период южной Италии у взрослых.

Примечание: Это не упоминается в статье, но в приложении они также секвенировали человеческую митохондриальную ДНК двух скелетов, у которых нашли малярию:

We also evaluated SNPs in our reconstructed human mitochondrial genomes. All SNPs were called by Geneious (v. 7.1.2) (http://www.geneious.com)[S41] at 5X coverage and 90% minimum variant frequency and also interpreted via HaploGrep2 [S53], with mutations indicated(absent, expected, private). The haplogroup of each individual was determined using HaploGrep2 [S53] from a consensus fasta file generated from the mitochondrial alignments, with the resultant SNP calls compared between HaploGrep2 [S53] and PhyloTree Build 17 [S54]: the haplogroup for sample LG20 is consistent with T2c1e (88.16% quality score) and LV13 is consistent with haplogroup T2b29 (62.17% quality score). The rCRS metrics are as follows: 17LG20 has a combined 2,811 reads (minimum 30 bp, MQ 30), mean coverage 10.6X, average fragment length 62.6 bp, and 99.4% of the reference covered; while LV13 has 922 reads (minimum 30 bp, MQ 30), mean coverage 3X, average fragment length 53.5 bp, and 85.3% of the reference covered.

Using a local human mitochondrial database (updated from GenBank 2016-02-05), we recovered additional published mtDNA genomes that shared the same haplogroups as LV13 and LG20 (using rCRS data from references [S55–S58]) and found them to originate from individuals in Europe and the Mediterranean.

Оффлайн нн

  • Сообщений: 256
  • Рейтинг +148/-72
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #783 : 07 Декабрь 2016, 15:51:37 »
В преддверии большой работы по Bell Beaker дДНК, опубликовано  исследование по митохондриальной дДНК Иберийского полуострова.
Roth, Christina, Once upon a time in the West : paleogenetic analyses on Mesolithic to Early Bronze Age individuals from the Iberian Peninsula, Dissertation, Mainz : Univ. 236 Seiten, 2016
Интересно, что у Bell Beaker есть мтДНК много U5a, и есть L1b, которых не было у других обитателей Иберийского полуострова.



L1b связывает их с Северной Африкой.
Цитировать
The only new haplogroup found in the Bell Beaker dataset was the sub-Saharan lineage of haplogroup L1b in the Southern Meseta. All other haplogroups have already been detected in previous periods. To date, the evidence of a typical African lineage (L1b) on the Iberian Peninsula and not even on the coast but right in the heart of the research area is the first securely proven clue for African influence on Spain or Portugal in early prehistory. To find African influence in a Bell Beaker individual is of particular interest due to the fact that some models have emphasized the importance of North Africa on the genesis of the Bell Beaker phenomenon (TUREK 2012). In this model, the Bell Beaker phenomenon would have arisen out of cultural communications between Northwest Africa and the Portuguese Estremadura (TUREK 2012). Two sites in the coastal area of Northern Morocco exhibit pottery in Maritime Bell Beaker style, Kahf-Taht-el-Gar and Gar-Kahal, suggesting relations to the Tagus region in Portugal (TUREK 2012). However, insufficient radio carbon dating in Morocco (BOKBOT 2005; TUREK 2012) together with the lack of Bell Beaker findings in the southern Portuguese Algarve region that would form the natural bridge between Estremadura and Western Andalusia/Gibraltar make this theory hard to prove (TUREK 2012).

U5a появился на Иберийском полуострове видимо еще до появления Bell Beaker
Portugal    Monte Canelas [MCI 386.37 ] 3000 BC    U5a1        Afonso 2010 http://www.ancestraljourneys.org/copperbronzeagedna.shtml
Но почему-то эти данные не включены в это исследование.

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1171
  • Страна: kg
  • Рейтинг +1332/-0
  • Y-ДНК: C-F5481
  • мтДНК: M8a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #784 : 09 Декабрь 2016, 17:20:31 »
http://archaeology.nsc.ru/journarticleru/68/1038

Молекулярно-генетический анализ останков людей из погребального комплекса эпохи бронзы Бертек-56 (II тыс. до н.э., Республика Алтай, Россия)

А.С. Пилипенко1–3, В.И. Молодин2, 3, Р.О. Трапезов1, 2, С.В. Черданцев1, А.А. Журавлев1, 2

1Институт цитологии и генетики СО РАН пр. Академика Лаврентьева, 10, Новосибирск, 630090, Россия

2Институт археологии и этнографии СО РАН пр. Академика Лаврентьева, 17, Новосибирск, 630090, Россия

3Новосибирский государственный университет ул. Пирогова, 2, Новосибирск, 630090, Россия

В статье представлены результаты палеогенетического исследования останков двух индивидов (взрослого и ребенка), представляющих население Горного Алтая эпохи развитой бронзы, из погребального памятника Бертек-56 (плато Укок, Республика Алтай, Россия) и их интерпретация с учетом археологического и палеоантропологического контекста. Были исследованы четыре системы генетических маркеров: митохондриальная ДНК, полиморфный фрагмент гена амелогенина, аутосомные STR-локусы и STR-локусы Y-хромосомы. Для взрослого индивида получен полный объем данных по этим системам, а для ребенка – по структуре мтДНК, гену амелогенина и частичные профили аутосомных STR-локусов и STR-локусов Y-хромосомы. Генетические данные позволили определить мужской пол обоих погребенных. Установлено отсутствие прямого родства между индивидами. Филогенетический анализ показал принадлежность митохондриальной ДНК ребенка к западно-евразийской гаплогруппе K (подгруппа K1a24a), взрослого – к восточно-евразийской гаплогруппе C. С помощью программы-предиктора было установлено, что исследованный гаплотип Y-хромосомы мужчины (17 STR-локусов Y-хромосомы) относится к гаплогруппе Q, которая является характерной для популяций Восточной Евразии. Филогенетический и филогеографический анализ полученных палеогенетических данных свидетельствует в пользу происхождения исследуемой популяции Горного Алтая эпохи развитой бронзы в результате смешения двух генетически контрастных групп (с восточно-евразийскими и западно-евразийскими генетическими характеристиками), что согласуется с выводами археологов и антропологов об участии в формировании группы, оставившей памятник Бертек-56, как автохтонного населения региона, так и пришлой популяции из Западной Евразии.

Ключевые слова: палеогенетика, древняя ДНК, митохондриальная ДНК, маркеры половой принадлежности, STR-маркеры, Y-хромосома, Горный Алтай, плато Укок, эпоха бронзы

DOI: 10.17746/1563-0102.2016.44.4.141-149

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6257
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1134/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #785 : 09 Декабрь 2016, 19:59:18 »
Инсайд от авторитетного источника:
Цитировать
"Две ожидаемые статьи по дДНК культуры колоколовидных кубков были отложены по наилучшим причинам. Две команды, одна из Гарварда и другая из Копенгагена, договорились объединить свои результаты в одну огромную статью, который даст результаты более 200 образцов. Она должна быть опубликована в течении двух месяцев. А пока все результаты под эмбарго.

Онлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5706
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1844/-12
  • мтДНК: H1b
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #786 : 21 Декабрь 2016, 08:42:47 »
https://youtu.be/wKn05BbEMcs
Профессор Кристиансен об ожидаемой статье. Неолитические фермеры перебили семью в Елау (мнение).

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1171
  • Страна: kg
  • Рейтинг +1332/-0
  • Y-ДНК: C-F5481
  • мтДНК: M8a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #787 : 21 Декабрь 2016, 18:22:56 »
http://tass.ru/nauka/3892362

Российские и южнокорейские ученые впервые расшифруют геном древних животных
Наука
21 декабря, 4:57 UTC+3
Молекулы ДНК из ядра клетки были взяты из костей мамонта, бизона, лошади, носорога, лося, оленя и волка. Первые результаты исследований станут известны летом 2017 года

Журналисты забыли упомянуть что вообще-то геномы мамонта, древней лошади и вроде бы бизона уже были расшифрованы европейскими и американскими исследователями.

Оффлайн LM1979

  • Сообщений: 698
  • Страна: fr
  • Рейтинг +133/-4
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #788 : 24 Декабрь 2016, 17:47:00 »
10 дек. 2016 г.
Академия наук Чеченской республики переговоры о предоставлении материалов для днк анализов 2016.
Ученые из центра Геогенетики Копенгагенского университета Дании.
https://www.youtube.com/watch?v=7ws9iVePH-M
https://www.youtube.com/watch?v=RROnd4sa4Js
« Последнее редактирование: 24 Декабрь 2016, 17:53:02 от LM1979 »

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19621
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1483/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #789 : 27 Декабрь 2016, 10:43:53 »
Какие опубликованные данные отсутствуют в этой таблице, может кто заметил?

http://www.ancestraljourneys.org/palaeolithicdna.shtml


Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 34886
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3030/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #790 : 27 Декабрь 2016, 17:24:06 »
Какие опубликованные данные отсутствуют в этой таблице, может кто заметил?

http://www.ancestraljourneys.org/palaeolithicdna.shtml

Спасибо за ссылку на сайт.    :)

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19621
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1483/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #791 : 27 Декабрь 2016, 17:51:49 »
Какие опубликованные данные отсутствуют в этой таблице, может кто заметил?

http://www.ancestraljourneys.org/palaeolithicdna.shtml

Спасибо за ссылку на сайт.    :)

Пожалуйста. Часто общаюсь с создателем сайта и кидаю ему ссылки на публикации, но могу и сам что-то упустить.

Оффлайн Arthwr

  • Сообщений: 1027
  • Страна: ua
  • Рейтинг +505/-5
    • Ancient DNA relatives
  • Y-ДНК: R1b-PF7563
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #792 : 27 Декабрь 2016, 18:20:13 »
Какие опубликованные данные отсутствуют в этой таблице, может кто заметил?

http://www.ancestraljourneys.org/palaeolithicdna.shtml

Спасибо за ссылку на сайт.    :)

Пожалуйста. Часто общаюсь с создателем сайта и кидаю ему ссылки на публикации, но могу и сам что-то упустить.
У неё на сайте нет Америки и многих данных из Азии.

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19621
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1483/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #793 : 27 Декабрь 2016, 19:20:27 »
С Европой бы разобраться))

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1171
  • Страна: kg
  • Рейтинг +1332/-0
  • Y-ДНК: C-F5481
  • мтДНК: M8a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #794 : 29 Декабрь 2016, 18:16:24 »
На Anthrogenica нашли два абстракта с конференции молодых исследователей в Гарварде:

http://sohp.fas.harvard.edu/files/shp/files/young_investigator_symposium_abstracts_10.29.16.pdf

Ancient Genomics of the Levant Chalcolithic

The ancient Levant has experienced dramatic changes in population structure since the development of agriculture. Prior to and during the early Neolithic, the Levant was inhabited by populations that were highly differentiated from the rest of the Near East. By the Bronze Age, this high level of genetic differentiation had decreased dramatically, with an influx of Iran-like ancestry observed in Levantine populations. However, little is known about genetic changes in this region in the ~4,000-year interval between the Neolithic and Bronze Age periods. This study reports on genome-wide ancient DNA collected from 23 individuals from the Chalcolithic period in the Levant. This dataset approximately doubles the amount of genome-wide ancient human DNA available from the Levant. Preliminary results
suggest that the Levant Chalcolithic population possessed ancestry derived from Levant Neolithic (58.2%), Iran Chalcolithic (17.0%), and Anatolia Neolithic (24.8%) populations. Additionally, analysis of Levant Bronze Age populations suggest that this Levant Chalcolithic population may represent a genetic dead end that did not contribute broadly to later groups.


Ancient DNA on the Silk Road: Sampling, Processing, and Prospects

Yersinia pestis, the bacterial agent of the plague, has been responsible for three historically recognized pandemics, including the Justinianic Plague (6th - 8thcenturies AD). On a trip to Kazakhstan and Uzbekistan, I obtained human bone samples from six 6th-8th century Silk Road archaeological sites, which are being processed for ancient DNA analysis in a clean lab facility at Harvard Medical School. As part of my future PhD, I hope to screen both these samples and Mediterranean specimens for Y. pestis DNA using array-based technology or shotgun sequencing. Phylogenetic analysis of this data will be used to address two key questions in Y. pestisevolution: where did the Justinianic Plague originate, and what genetic and environmental factors contributed to the exceptional virulence of the Justinianic outbreak? Based on previous phylogenetic analyses of Justinianic Y. pestis, I hypothesize that this outbreak emerged in East Asia and was transmitted to the Mediterranean via Silk Road trade routes. I further anticipate that this study will reveal significant pathogen transmission along the Silk Road, making pathogen co-infection a possible explanation for the high virulence and mortality associated with the Justinianic epidemic.


Сокращённый перевод:


Древние геномы медного века Леванта

Древний Левант пережил драматические изменения в структуре народонаселения с развитием сельского хозяйства. До и во время раннего неолита, Левант был заселен населением, которое сильно отличалось от населений остальной части Ближнего Востока. К бронзовому веку, этот высокий уровень генетической дифференциации резко уменьшился, с притоком населения ираноподобного происхождения наблюдающегося в популяциях Леванта. Тем не менее, мало что известно о генетических изменениях в этой области в ~ 4000-летний интервал между периодами неолита и бронзового века. Данное исследование представляет полногеномную древнюю ДНК 23 индивидуумов из медного века Леванта. Этот набор данных примерно удваивает количество полных древних человеческих геномов из Леванта. Предварительные результаты позволяют предположить, что население бронзового века Леванте Энеолита население обладало происхождением, полученным от населения неолита Леванта (58.2%), медного века Ирана (17.0%), и неолита Анатолии (24.8%). Кроме того, анализ населения Леванта бронзового века свидетельствуют о том, что данное население Леванта медного века может представлять собой генетический тупик, не давшим значительный вклад в последующее население.

Древняя ДНК с Великого шёлкового пути: отбор образцов, обработка и перспективы
Yersinia pestis, чумная палочка, бактерия вызывающаю чуму, явилась причиной трёх исторически зафиксированных пандемий, включая Юстинианову чуму(6-8 века н.э.). Во время поездки в Казахстан и Узбекистан, я получила шесть образцов, 6-8 веков н.э. с археологических памятников расположенных на Великом шёлковым пути, которые обрабатываются в палеогенетической лаборатории в Гарварде. Как часть своей будущей кандидатской, я надеюсь протестировать эти образцы и образцы из Средиземноморья на наличие чумной палочки путём генетического анализа. Филогенетический анализ этих данных будет использован чтобы ответить на два ключевых вопроса об эволюции чумной палочки: откуда начала распространяться Юстинианова чума и какие генетические и иные факторы способствовали её чрезвычайной заразности? Основываясь на предыдущих филогенетических анализах юстиниановой чумной палочки, я предполагаю что эта пандемия зародилась в Восточной Азии и распространилась в Средиземноморье через Великий шёлковый путь.


Касательно второго доклада - я надеюсь что они там и человеческую ДНК исследуют.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100