АвторТема: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)  (Прочитано 347840 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6290
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1221/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #615 : 01 Апрель 2016, 09:22:21 »
Прошу прощения, просто сам пытаюсь для себя уяснить. Здесь же ведь, если не ошибаюсь, де факто нет таких "точечных возрастов", без учёта доверительного интервала. Т.е. в реале тогда получается formed 47500-39700 ybp, TMRCA 45300-37100 ybp, насколько я понимаю?

Разумеется.
Я имел ввиду попадание в доверительный интервал. Относительно нюансов "formed/TMRCA" я, как соавтор той статьи, осведомлён:)

Кстати, совпадение, в принципе, интересно еще и тем, что усть-ишимец использовался в статье Adamov et al., 2015 для калибровки.
А сейчас, получается, что есть второй образец с датировкой от археологов, которая попадает в тот же доверительный интервал с тем же терминальным снипом. Что, вообще говоря, уже хорошо.

Оффлайн Yaroslav

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 15039
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3193/-11
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084 > Y39893 > ZS3067, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a-FT40739
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #616 : 01 Апрель 2016, 09:32:54 »
Разумеется.
Я имел ввиду попадание в доверительный интервал. Относительно нюансов "formed/TMRCA" я, как соавтор той статьи, осведомлён:)

Нет, что Вы, я не в плане корректировки кого-либо в этой теме, конечно же! Просто, давно обратил внимание и здесь на Молгене, и вообще в сети, когда дают только "точечный возраст" вне его интервала, и потом на этом базируют какой-то свой вывод. Что всегда меня смущало. Вот и решил окончательно решить для себя этот вопрос :)

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1368
  • Страна: kg
  • Рейтинг +1701/-0
  • Y-ДНК: C-ZQ31
  • мтДНК: M8a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #617 : 01 Апрель 2016, 10:12:00 »
"Первый европеец" из той же ветки, что и сибиряк из Усть-Ишима 45.000
Ted Kandell утверждает основываясь на проверке BAM файла, что "палео-румын" из Pestera cu Oase 41.500 ybp   K2a1-M2335 (M2308+)
https://scontent.xx.fbcdn.net/hphotos-xtf1/t31.0-8/s960x960/10634026_10154143017341802_1296034366885241460_o.jpg

Интересно, что возраст этой ветви на YFull оценивается в 41200 ybp
https://yfull.com/tree/K-M2335/
То есть прямо "остановившиеся молекулярные часы"...

А BAM качественный? 30x есть?

Я посмотрел статью, судя по всему там довольно низкое покрытие, по крайней мере так сами авторы статьи считают. Вот pdf статьи с дополнительными материалами: http://www.eva.mpg.de/fileadmin/content_files/staff/paabo/pdf/Fu_Early_Nature_2015.pdf

На последней странице написано что их геном(Oase1) имеет низкое покрытие, но цифра не дана.

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2213
  • Рейтинг +649/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #618 : 01 Апрель 2016, 12:04:04 »
Нет покрытия 30x. Как я понял, покрытие около единицы.

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1368
  • Страна: kg
  • Рейтинг +1701/-0
  • Y-ДНК: C-ZQ31
  • мтДНК: M8a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #619 : 01 Апрель 2016, 22:21:18 »
Опять древние митогеномы, теперь из Латинской Америки(зато много, 92 образца):

http://advances.sciencemag.org/content/2/4/e1501385.full

Ancient mitochondrial DNA provides high-resolution time scale of the peopling of the Americas

    Bastien Llamas1,*,†, Lars Fehren-Schmitz2,†, Guido Valverde1, Julien Soubrier1, Swapan Mallick3,4,5, Nadin Rohland3,4,5, Susanne Nordenfelt3,4,5, Cristina Valdiosera6, Stephen M. Richards1, Adam Rohrlach7, Maria Inés Barreto Romero8, Isabel Flores Espinoza8, Elsa Tomasto Cagigao9, Lucía Watson Jiménez9,10, Krzysztof Makowski9, Ilán Santiago Leboreiro Reyna11, Josefina Mansilla Lory11, Julio Alejandro Ballivián Torrez12, Mario A. Rivera13, Richard L. Burger14, Maria Constanza Ceruti15,16, Johan Reinhard17, R. Spencer Wells17,‡, Gustavo Politis18, Calogero M. Santoro19, Vivien G. Standen19, Colin Smith6, David Reich3,4,5, Simon Y. W. Ho20, Alan Cooper1,*,§ and Wolfgang Haak1,*,§,

Abstract

The exact timing, route, and process of the initial peopling of the Americas remains uncertain despite much research. Archaeological evidence indicates the presence of humans as far as southern Chile by 14.6 thousand years ago (ka), shortly after the Pleistocene ice sheets blocking access from eastern Beringia began to retreat. Genetic estimates of the timing and route of entry have been constrained by the lack of suitable calibration points and low genetic diversity of Native Americans. We sequenced 92 whole mitochondrial genomes from pre-Columbian South American skeletons dating from 8.6 to 0.5 ka, allowing a detailed, temporally calibrated reconstruction of the peopling of the Americas in a Bayesian coalescent analysis. The data suggest that a small population entered the Americas via a coastal route around 16.0 ka, following previous isolation in eastern Beringia for ~2.4 to 9 thousand years after separation from eastern Siberian populations. Following a rapid movement throughout the Americas, limited gene flow in South America resulted in a marked phylogeographic structure of populations, which persisted through time. All of the ancient mitochondrial lineages detected in this study were absent from modern data sets, suggesting a high extinction rate. To investigate this further, we applied a novel principal components multiple logistic regression test to Bayesian serial coalescent simulations. The analysis supported a scenario in which European colonization caused a substantial loss of pre-Columbian lineages.

Интересная особенность: ни одна из 84 древних мтДНК не обнаружена пока что у современных индейцев. Математическое моделирование показало, что наиболее вероятный сценарий, объясняющий такое - вымирание значительного количества индейцев после контакта с европейцами.

Популярный пересказ:

http://www.sciencemag.org/news/2016/04/mummy-genomes-reveal-just-how-catastrophic-european-contact-was-new-world

Mummy genomes reveal just how catastrophic European contact was for New World

Интересная фраза оттуда:  Cooper and Llamas already have some whole genomes in hand and expect to continue sequencing their unique set of samples.

Т.е. у них уже есть полные геномы из доколумбовой Америки, но они пока неопубликованы.


Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2003
  • Страна: 00
  • Рейтинг +526/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #620 : 13 Апрель 2016, 16:09:57 »
вероятно, скоро будет что-то интересное=)

http://nextgenseek.com/2016/04/2016-biology-of-genomes-accepted-talks-and-posters-announced/
Цитировать
Bose, A. Genetic variation reveals the history of invasions in the Indian subcontinent and its influences on its demographics
Pääbo, S. Population genomics of Upper Paleolithic Europe

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1368
  • Страна: kg
  • Рейтинг +1701/-0
  • Y-ДНК: C-ZQ31
  • мтДНК: M8a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #621 : 15 Апрель 2016, 19:28:00 »
http://www.sciencemag.org/news/2016/04/vikings-may-have-first-taken-seas-find-women-slaves

Шведским археологам дали грант в 6 миллонов долларов, на то чтобы выяснить как скандинавы вендельского периода(6-8 веки н.э.) перешли от торговли с соседями к периодическим набегам и превратились в викингов. Вместо новых раскопок, усилия будут сосредоточены на исследовании уже собранных ранее образцов. В частности подчёркивается важность изотопного анализа, позволяющего установить происхождение останков. Одним из важных вопросов, на которые предстоит ответить учёным - масштабы рабства и происхождение рабов в тогдашнем скандинавском обществе. В частности насколько был массовыс поток рабов из Восточной Европы. Последние находки в Эстонии показывают что скандинавы совершали набеги на восточные земли уже за сто лет до официально принятой даты начала эпохи викингов - 793 год, когда скандинавы впервые совершили поход в Англию. Насколько я понял планируется и анализ дДНК: Researchers hope to understand more by pulling together DNA and other data to determine relations and origins among Viking dead. К сожаление, результаты не стоит ждать скоро: Price adds that much more work is required to understand the emergence of the Vikings’ raiding society. “This is just the start of a decade of research,” he says.

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2003
  • Страна: 00
  • Рейтинг +526/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #622 : 15 Апрель 2016, 21:10:49 »
да я, вроде как, и не спорю.
но пленников, "как говорят", было очень много - известны ли хотя бы примерные оценки?
может быть, какой-то вклад они и сделали.

Исследование потомков бывшей османской элиты я бы тоже с интересом посмотрел)

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1368
  • Страна: kg
  • Рейтинг +1701/-0
  • Y-ДНК: C-ZQ31
  • мтДНК: M8a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #623 : 15 Апрель 2016, 21:59:18 »
да я, вроде как, и не спорю.
но пленников, "как говорят", было очень много - известны ли хотя бы примерные оценки?
может быть, какой-то вклад они и сделали.

Ну по той ссылке, которую я приводил приводится такая цитата: "Historical sources make it clear that the “Vikings were taking, transporting, and selling slaves,” Raffield said in his talk. He estimates that slaves comprised as much as 25% of Scandinavia’s population.", т.е. рабы составляли до четверти населения Скандинавии по оценке учёного. С одной стороны многовато, с другой стороны вот что писал Сергей Козлов про образец из Южной Швеции:

https://verenich.wordpress.com/2015/06/23/%D0%BE%D0%B1%D0%B7%D0%BE%D1%80-%D1%80%D0%B0%D0%B1%D0%BE%D1%82%D1%8B-allentoft-et-al-%D0%BF%D0%BE%D0%BF%D1%83%D0%BB%D1%8F%D1%86%D0%B8%D0%BE%D0%BD%D0%BD%D0%B0%D1%8F-%D0%B3%D0%B5%D0%BD%D0%BE%D0%BC/

И наконец, RISE174. Как я уже упоминал, по сравнению с другими образцами это практически наш современник — согласно калиброванной радиоуглеродной датировке его возраст — рубеж VI и VII веков нашей эры. Наиболее родственны ему из наших современников представители германских народов, все жители Британских островов, некоторые циркумбалтийцы, а также мы видим тянущуюся на восток через Венгрию красную полосу.



Однако интересно, что в аутосомных калькуляторах он демонстрирует более высокий уровень «охотничье-собирательских» и более низкий — «земледельческих» компонентов, чем современные шведы. Значит, изменения генетической картины продолжались и в более поздние эпохи.

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2003
  • Страна: 00
  • Рейтинг +526/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #624 : 15 Апрель 2016, 22:18:06 »
ЗЫ кстати, о других образцах Железного века из северо-западной Европы:
Martiniano, R. et al, Genomic signals of migration and continuity in Britain before the Anglo-Saxons (2016)


http://eurogenes.blogspot.de/2016/01/the-enigmatic-headless-romans-from-york.html
Цитировать
The rest of the headless Romans were, in all likelihood, born and raised in or near Britain. However, two of the individuals, 3DRIF-16 and 6DRIF-3, show elevated IBS affinity to Lithuanians and Poles. At the same time, they both belong to Y-chromosome haplogroup R1b-U106 (aka M405), which is a marker generally thought to have arrived in Britain with Anglo-Saxons and Scandinavians. This might be a coincidence, but probably not.
D-stats confirm that they do show elevated Northeastern European affinity relative to the other three Romans. Only one of the Z-scores is statistically significant (>3), but most of the others would probably also reach significance with more SNPs and higher quality sequences.
My guess is that 3DRIF-16 and 6DRIF-3 were Britons of mixed origin, with recent ancestry from Scandinavia and/or East Central Europe. Indeed, they can be modeled with qpAdm as part Swedish and Polish.
« Последнее редактирование: 18 Апрель 2016, 23:29:46 от Lesla »

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1368
  • Страна: kg
  • Рейтинг +1701/-0
  • Y-ДНК: C-ZQ31
  • мтДНК: M8a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #625 : 22 Апрель 2016, 15:45:10 »
http://www.voxpopuli.kz/history/udivitelnye-tayny-zolotogo-cheloveka-12980.html

Цитировать
Удивительные тайны «Золотого человека»

«Золотой человек» — самое известное археологическое открытие в истории Казахстана, ставшее неотъемлемой частью символики нашей страны, — на протяжении последних 45 лет продолжает будоражить умы ученых и обывателей. Мы раскроем вам некоторые загадки и малоизвестные подробности находки «казахстанского Тутанхамона».

Более 45 лет назад в 50 километрах от Алматы на окраине города Иссык была сделана находка века. Единственное на территории Казахстана нетронутое погребение сакского вождя с полностью сохранившимся церемониальным золотым облачением. Он стал известен широкой общественности под именем «Иссыкский золотой человек» или «Алтын адам». История этого открытия и последующей судьбы золотого костюма и самих останков сакского царевича связана со множеством мифов и домыслов. Мифами в этой истории обросло все, начиная с самого обнаружения знаменитого погребения. В обществе до сих пор ходят легенды о том, что «Золотого человека» случайно нашли местные жители или даже рабочие-бульдозеристы. На самом деле заслуга эта целиком принадлежит отечественным ученым, однако находка действительно была сделана практически случайно.
...

Одним из важных направлений исследований работников музея стала история открытия и изучения «Золотого человека». После обнаружения костных останков погребенного в кургане «Иссык» их образцы были направлены для палеогенетических исследований в Данию. Возможно, уже скоро будут получены результаты этих исследований, и тайны пола и этнической принадлежности «Золотого человека» будут раскрыты.

Скорее бы уже новые публикации. Ни одного полного древнего генома с середины января не опубликовано, зато куча анонсов и слухов.

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 8748
  • Страна: kz
  • Рейтинг +845/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #626 : 22 Апрель 2016, 17:49:33 »
Он уже сделан и проанализирован вроде, просто ждут публикации

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1368
  • Страна: kg
  • Рейтинг +1701/-0
  • Y-ДНК: C-ZQ31
  • мтДНК: M8a
Так, вроде скоро должна выйти такая статья:

Qiaomei Fu et al., May 2016 · Nature 05/2016; DOI:10.1038/nature17993 : The genetic history of Ice Age Europe

https://www.researchgate.net/publication/301742169_The_genetic_history_of_Ice_Age_Europe

Но файл пока недоступен.

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2003
  • Страна: 00
  • Рейтинг +526/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Pinhasi в соавторах,
ожидаю, как минимум, образцы из Сунгиря=)
https://sites.google.com/site/pinhasierc/home/samples

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2003
  • Страна: 00
  • Рейтинг +526/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100