Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)

[FenriR]

Поляко опубликовал еще один пост по образцу
http://eurogenes.blogspot.de/2017/02/first-look-at-polish-early-bronze-age.html

...
Note that modern-day Poles are shifted west-northwest of PL_N17 on both of the West Eurasia-specific plots above. This perhaps suggests that at some point after 2000 BC there was an influx of Early European farmer (EEF) and Western Hunter-Gatherer (WHG) related gene flow into what is now Poland. But it's also possible that Corded Ware-derived groups lived alongside EEF-like farmers with inflated WHG ancestry in the South Baltic without mixing with them to any significant degree until the later stages of the Bronze Age, or even until the Iron Age.

However, these speculations are based on the assumption that modern-day Poles are direct descendants of PL_N17, which is probably true, but not guaranteed. So my next goal is to pinpoint the most closely and directly related modern-day ethnic groups to PL_N17. This is probably best done with some type of haplotype or rare alleles test (rather than, say, overall shared drift or ADMIXTURE output). Need to think about this a bit.

Собственно, этот вариант я и считаю, пока, наиболее вероятным. Только, чтобы дать современных балто-славян, PL_N17 получил, имхо, не только дополнительный WHG-адмикс, но и несколько иной "ямно-подобный" - видимо, от других групп КШК.

[Srkz]

Собственно, этот вариант я и считаю, пока, наиболее вероятным. Только, чтобы дать современных балто-славян, PL_N17 получил, имхо, не только дополнительный WHG-адмикс, но и несколько иной "ямно-подобный" - видимо, от других групп КШК.

Судя по Admixture, он больше похож на предков немцев, чем славян, как и германские шнуровики. У славян мало "ямного" адмикса и добавлен "земледельческий" (как и у немцев, но у них "ямного" больше).

[FenriR]

Судя по Admixture, он больше похож на предков немцев, чем славян, как и германские шнуровики. У славян мало "ямного" адмикса и добавлен "земледельческий" (как и у немцев, но у них "ямного" больше).

он и по nmonte больше подхдодит немцам, чем тем же полякам.
Однако, я не вижу, почему PL_N17 не мог быть, как минимум, частью генетической основы современных балто-славянских популяций? Просто им картина сложения явно не заканчивается, но родственная ему группа вполне могла дать какой-то значительный поток генов.
Разумеется, есть вариант, при котором и PL_N17 и непосредственные предки восточных "циркумбалтийцев" происходят от одной древней популяции и поэтому близки, но географическое положение польского бронзовика говорит, имхо, о том, что они могли смешиваться уже после "разделения".

[Pre Slav]

...
Note that modern-day Poles are shifted west-northwest of PL_N17 on both of the West Eurasia-specific plots above. This perhaps suggests that at some point after 2000 BC there was an influx of Early European farmer (EEF) and Western Hunter-Gatherer (WHG) related gene flow into what is now Poland. But it's also possible that Corded Ware-derived groups lived alongside EEF-like farmers with inflated WHG ancestry in the South Baltic without mixing with them to any significant degree until the later stages of the Bronze Age, or even until the Iron Age.

However, these speculations are based on the assumption that modern-day Poles are direct descendants of PL_N17, which is probably true, but not guaranteed. So my next goal is to pinpoint the most closely and directly related modern-day ethnic groups to PL_N17. This is probably best done with some type of haplotype or rare alleles test (rather than, say, overall shared drift or ADMIXTURE output). Need to think about this a bit.

Собственно, этот вариант я и считаю, пока, наиболее вероятным. Только, чтобы дать современных балто-славян, PL_N17 получил, имхо, не только дополнительный WHG-адмикс, но и несколько иной "ямно-подобный" - видимо, от других групп КШК.

непонимаю... зачем строить гипотезы, когда надо прямо воспринимать археологический контекст, который почему-то все игнорируют... надо просто прямо сравнить с бикерами по аутосомам, но почему-то это никто не делает, что уникально, а не выискивать какие-то дальние связи - гипотетические, в то время как археологические связи с поздними бикерами в данной местности на лицо, а субклад распространен в бикерских областях...
вот внимательно смотрите, бикеры в ивенской культуре, как раз в области этого захоронения...

[FenriR]

непонимаю... зачем строить гипотезы, когда надо прямо воспринимать археологический контекст, который почему-то все игнорируют... надо просто прямо сравнить с бикерами по аутосомам, но почему-то это никто не делает, что уникально, а не выискивать какие-то дальние связи - гипотетические, в то время как археологические связи с поздними бикерами в данной местности на лицо, а субклад распространен в бикерских областях...
вот внимательно смотрите, бикеры в ивенской культуре, как раз в области этого захоронения...

Поляко и сравнил, по ссылке выше)
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1awjALcEnfJBHh1gaqLx6vTmpUNH9FMmCtmR-Akme7hg/edit#gid=490915915
немецкий бикер на 13-ом месте

[Pre Slav]

непонимаю... зачем строить гипотезы, когда надо прямо воспринимать археологический контекст, который почему-то все игнорируют... надо просто прямо сравнить с бикерами по аутосомам, но почему-то это никто не делает, что уникально, а не выискивать какие-то дальние связи - гипотетические, в то время как археологические связи с поздними бикерами в данной местности на лицо, а субклад распространен в бикерских областях...
вот внимательно смотрите, бикеры в ивенской культуре, как раз в области этого захоронения...

Поляко и сравнил, по ссылке выше)
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1awjALcEnfJBHh1gaqLx6vTmpUNH9FMmCtmR-Akme7hg/edit#gid=490915915
немецкий бикер на 13-ом месте

по ф3??? для ф3 это очень хорошо, ведь это не немецкие бикеры, а балтийские, выше него только архаика, поскольку речь идет не о собственно бикерах, а об их примеси... то есть, в собственном смысле это не бикер, а люди которые с ними породнялись, их культура не бикерская, а имеющие некоторые черты белбикеров... но ф3 в данном случае плохой метод, нужно по атосомным компонентам разложить...

[Srkz]

Я в печали - столько старался для Преслава, и все зря

Western_Hunter-Gatherers 20% + Afanasyevo 30% + Unetice 50% @ 4,11
Western_Hunter-Gatherers 35% + Afanasyevo 35% + Bell-Beaker 30% @ 4,87
Ну и предположения о влиянии "бикеров" вроде как хорошо ложатся в результат.

upd А нет, не зря

[Pre Slav]

вот нашел http://www.anthrogenica.com/showthread.php?8066-DISCUSSION-THREAD-FOR-quot-Genetic-Genealogy-and-Ancient-DNA-in-the-News-quot&p=211224&viewfull=1#post211224
# Population (source) Distance
1 Bell_Beaker_Germany_I1549 3.47
2 BenzigerodeHeimburg_LN_I0059 4.34
3 Unetice_EBA_I0117 5.78
4 Corded_Ware_Estonia_RISE00 5.99
5 Halberstadt_LBA_I0099 6
6 Potapovka_I0419 6.07
7 Nordic_LN_SG_RISE97 6.5
8 Bell_Beaker_Czech_RISE569 7.2
9 Alberstedt_LN_I0118 8.5
10 Srubnaya_I0232 8.86
...
если кто сообщит номер на гедматче, поэксперементирую сам...

[Srkz]

Однако, я не вижу, почему PL_N17 не мог быть, как минимум, частью генетической основы современных балто-славянских популяций? Просто им картина сложения явно не заканчивается, но родственная ему группа вполне могла дать какой-то значительный поток генов.
Разумеется, есть вариант, при котором и PL_N17 и непосредственные предки восточных "циркумбалтийцев" происходят от одной древней популяции и поэтому близки, но географическое положение польского бронзовика говорит, имхо, о том, что они могли смешиваться уже после "разделения".

Ну понятно, что наши предки где-то рядом. Но популяции вроде этой не могли внести основной вклад, все же второй вариант мне ближе.

[FenriR]

вот нашел http://www.anthrogenica.com/showthread.php?8066-DISCUSSION-THREAD-FOR-quot-Genetic-Genealogy-and-Ancient-DNA-in-the-News-quot&p=211224&viewfull=1#post211224
# Population (source) Distance
1 Bell_Beaker_Germany_I1549 3.47
2 BenzigerodeHeimburg_LN_I0059 4.34
3 Unetice_EBA_I0117 5.78
4 Corded_Ware_Estonia_RISE00 5.99
5 Halberstadt_LBA_I0099 6
6 Potapovka_I0419 6.07
7 Nordic_LN_SG_RISE97 6.5
8 Bell_Beaker_Czech_RISE569 7.2
9 Alberstedt_LN_I0118 8.5
10 Srubnaya_I0232 8.86
...
если кто сообщит номер на гедматче, поэксперементирую сам...

Оракул по Basal-rich_K7, Eurogenes
K7 PL_N17
Ancient_North_Eurasian 26.36
Basal-rich 18.26
East_Eurasian 0
Oceanian 0
Southeast_Asian 0
Sub-Saharan 0.22
Villabruna-related 55.14

Код: [Выделить]

Least-squares method.

Using 1 population approximation:
1 Poltavka_I0432 @ 2,963039
2 Corded_Ware_RISE00 @ 3,518647
3 Sintashta_RISE394 @ 3,661562
4 Sintashta_RISE395 @ 3,925679
5 Srubnaya_I0423 @ 4,307842
6 Bell_Beaker_I1549 @ 4,659803
7 Srubnaya_I0359 @ 4,746917
8 Sintashta_RISE392 @ 4,870808
9 Corded_Ware_I1532 @ 5,149357
10 Unetice_I0116 @ 6,006146
11 Nordic_LNRISE98 @ 6,307014
12 Srubnaya_I0430 @ 6,788157
13 Sintashta_RISE386 @ 7,067286
14 Srubnaya__I0235 @ 7,53095
15 Bell_Beaker_I0112 @ 7,83916
16 Unetice_I0047 @ 8,578477
17 Srubnaya_I0232 @ 8,65328
18 BattleAxe_RISE94 @ 8,768494
19 Unetice_I0117 @ 8,922497
20 Andronovo_RISE503 @ 9,409746
115 iterations.

Using 2 populations approximation:
1 Bell_Beaker_I1549+Poltavka_I0432 @ 2,1283
2 Srubnaya_I0359+Nordic_LNRISE98 @ 2,293081
3 Poltavka_I0432+Nordic_LNRISE98 @ 2,362229
4 Sintashta_RISE394+Nordic_LNRISE98 @ 2,431048
5 Corded_Ware_RISE00+Poltavka_I0432 @ 2,438726
6 Bell_Beaker_I1549+Sintashta_RISE394 @ 2,473439
7 Srubnaya_I0232+Nordic_LNRISE98 @ 2,606278
8 Bell_Beaker_I1549+Srubnaya_I0359 @ 2,660488
9 Sintashta_RISE392+Nordic_LNRISE98 @ 2,663021
10 Poltavka_I0432+Unetice_I0116 @ 2,739531
11 Srubnaya__I0235+Nordic_LNRISE98 @ 2,784806
12 Srubnaya_I0234+Nordic_LNRISE98 @ 2,801066
13 Corded_Ware_RISE00+Sintashta_RISE394 @ 2,804159
14 Srubnaya_I0361+Nordic_LNRISE98 @ 2,874835
15 Bell_Beaker_I1549+Sintashta_RISE392 @ 2,875669
16 Corded_Ware_I0103+Nordic_LNRISE98 @ 2,880658
17 Poltavka_I0432+Poltavka_I0432 @ 2,963039
18 Srubnaya_I0430+Nordic_LNRISE98 @ 3,030869
19 Sintashta_RISE394+Unetice_I0116 @ 3,09356
20 Poltavka_I0432+Sintashta_RISE395 @ 3,124277
6670 iterations.

Using 3 populations approximation:
1 50% Poltavka_I0432 +25% Poltavka_I0432 +25% Nordic_LNRISE98 @ 1,582763
2 50% Poltavka_I0440 +25% Loschbour +25% Sweden_MN_Gokhem4 @ 1,687842
3 50% Bell_Beaker_I0112 +25% Hungary_BA_I1502 +25% Karelia_HG_I0061 @ 1,703055
4 50% Poltavka_I0432 +25% Sintashta_RISE394 +25% Nordic_LNRISE98 @ 1,703819
5 50% Hungary_BA_I1502 +25% Srubnaya_I0430 +25% Karelia_HG_I0061 @ 1,774631
6 50% Unetice_I0117 +25% Hungary_BA_I1502 +25% Karelia_HG_I0061 @ 1,792688
7 50% Yamnaya_RISE546 +25% Loschbour +25% Iberia_EN_I0413 @ 1,793915
8 50% Poltavka_I0432 +25% Bell_Beaker_I0112 +25% Poltavka_I0432 @ 1,795212
9 50% Nordic_LNRISE98 +25% Yamnaya_I0429 +25% Hungary_BA_I1502 @ 1,79872
10 50% Hungary_BA_I1502 +25% Srubnaya__I0235 +25% Karelia_HG_I0061 @ 1,802469
11 50% Hungary_BA_I1502 +25% Srubnaya_I0359 +25% Karelia_HG_I0061 @ 1,818914
12 50% Yamnaya_RISE552 +25% Loschbour +25% Iberia_I1281 @ 1,856698
13 50% Nordic_LNRISE98 +25% Poltavka_I0432 +25% Srubnaya_I0361 @ 1,858762
14 50% Poltavka_I0432 +25% Srubnaya_I0359 +25% Nordic_LNRISE98 @ 1,863441
15 50% Hungary_BA_I1502 +25% Corded_Ware_I1532 +25% Karelia_HG_I0061 @ 1,871293
16 50% Poltavka_I0440 +25% Baalberge_MN_I0560 +25% Loschbour @ 1,883928
17 50% Sintashta_RISE394 +25% Poltavka_I0432 +25% Nordic_LNRISE98 @ 1,887828
18 50% Nordic_LNRISE98 +25% Corded_Ware_I0103 +25% Poltavka_I0432 @ 1,889605
19 50% Afanasievo_RISE508 +25% Loschbour +25% Iberia_EN_I0413 @ 1,892904
20 50% Unetice_I0047 +25% Hungary_BA_I1502 +25% Karelia_HG_I0061 @ 1,897699
760380 iterations.

Using 4 populations approximation:
1 Bell_Beaker_I0112+Unetice_I0047+Hungary_BA_I1502+Karelia_HG_I0061 @ 1,568522
2 Poltavka_I0432+Poltavka_I0432+Poltavka_I0432+Nordic_LNRISE98 @ 1,582763
3 Unetice_I0047+Unetice_I0117+Hungary_BA_I1502+Karelia_HG_I0061 @ 1,632952
4 Poltavka_I0440+Yamnaya_RISE546+Baalberge_MN_I0560+Loschbour @ 1,671476
5 Poltavka_I0440+Poltavka_I0440+Loschbour+Sweden_MN_Gokhem4 @ 1,687842
6 Yamnaya_RISE552+Yamnaya_RISE548+Loschbour+Sweden_MN_Gokhem4 @ 1,695609
7 Yamnaya_I0441+Yamnaya_RISE552+Loschbour+Sweden_MN_Gokhem4 @ 1,696713
8 Bell_Beaker_I0112+Bell_Beaker_I0112+Hungary_BA_I1502+Karelia_HG_I0061 @ 1,703055
9 Poltavka_I0432+Poltavka_I0432+Sintashta_RISE394+Nordic_LNRISE98 @ 1,703819
10 Poltavka_I0440+Yamnaya_RISE546+Loschbour+Sweden_MN_Gokhem4 @ 1,713493
11 Yamnaya_RISE546+Yamnaya_RISE548+Loschbour+Iberia_EN_I0413 @ 1,716267
12 Bell_Beaker_I0112+Unetice_I0117+Hungary_BA_I1502+Karelia_HG_I0061 @ 1,72239
13 Yamnaya_I0439+Yamnaya_RISE546+Loschbour+Sweden_MN_Gokhem4 @ 1,730172
14 Poltavka_I0440+Yamnaya_RISE548+Loschbour+Sweden_MN_Gokhem4 @ 1,73165
15 Yamnaya_I0441+Yamnaya_RISE546+Loschbour+Iberia_EN_I0413 @ 1,735138
16 Poltavka_I0440+Yamnaya_I0441+Loschbour+Sweden_MN_Gokhem4 @ 1,756941
17 Poltavka_I0440+Afanasievo_RISE508+Loschbour+Sweden_MN_Gokhem4 @ 1,762964
18 Bell_Beaker_RISE569+Bell_Beaker_I0112+Hungary_BA_I1502+Karelia_HG_I0061 @ 1,765385
19 Yamnaya_I0429+Yamnaya_RISE546+Hungary_I1498+Loschbour @ 1,766353
20 Srubnaya_I0430+Hungary_BA_I1502+Hungary_BA_I1502+Karelia_HG_I0061 @ 1,774631
21 Yamnaya_RISE546+Afanasievo_RISE507+Loschbour+Iberia_EN_I0413 @ 1,779554
22 Yamnaya_RISE546+Afanasievo_RISE508+Loschbour+Iberia_EN_I0413 @ 1,787466
23 Yamnaya_RISE552+Yamnaya_RISE548+Baalberge_MN_I0560+Loschbour @ 1,788334
24 Yamnaya_RISE546+Afanasievo_RISE507+Loschbour+Iberia_EN_CB13 @ 1,788437
25 Yamnaya_I0429+Yamnaya_RISE546+Hungary_I1495+Loschbour @ 1,79049
26 Unetice_I0117+Unetice_I0117+Hungary_BA_I1502+Karelia_HG_I0061 @ 1,792688
27 Yamnaya_RISE546+Yamnaya_RISE546+Loschbour+Iberia_EN_I0413 @ 1,793915
28 Bell_Beaker_I0112+Poltavka_I0432+Poltavka_I0432+Poltavka_I0432 @ 1,795212
29 Yamnaya_I0439+Yamnaya_RISE552+Loschbour+Sweden_MN_Gokhem4 @ 1,795432
30 Yamnaya_I0429+Hungary_BA_I1502+Nordic_LNRISE98+Nordic_LNRISE98 @ 1,79872
31 Yamnaya_RISE546+Afanasievo_RISE507+Hungary_CA_I1497+Loschbour @ 1,799327
32 Yamnaya_RISE552+Yamnaya_RISE546+Baalberge_MN_I0560+Loschbour @ 1,8006
33 Yamnaya_I0429+Yamnaya_RISE546+LBK_EN_I0100+Loschbour @ 1,801334
34 Srubnaya__I0235+Hungary_BA_I1502+Hungary_BA_I1502+Karelia_HG_I0061 @ 1,802469
35 Yamnaya_I0429+Yamnaya_RISE552+Loschbour+Iberia_EN_I0413 @ 1,802765
36 Yamnaya_I0429+Yamnaya_RISE546+Boncuklu_Bon001+Loschbour @ 1,80506
37 Yamnaya_I0429+Yamnaya_RISE546+Loschbour+Iberia_EN_CB13 @ 1,806605
38 Yamnaya_I0429+Yamnaya_RISE546+Loschbour+Iberia_EN_I0412 @ 1,809669
39 Yamnaya_I0429+Yamnaya_RISE546+Hungary_CA_I1497+Loschbour @ 1,810375
40 Yamnaya_RISE546+Afanasievo_RISE507+Loschbour+Remedello_BA_RISE489 @ 1,812913
7673835 iterations.


Gaussian method.
Noise dispersion set to 0,77434

Using 1 population approximation:
1 Srubnaya_I0359 @ 2,708795
2 Sintashta_RISE394 @ 2,983994
3 Sintashta_RISE395 @ 3,080694
4 Srubnaya_I0423 @ 3,612829
5 Corded_Ware_I1532 @ 3,659719
6 Poltavka_I0432 @ 4,010548
7 Srubnaya_I0234 @ 4,031881
8 Srubnaya__I0235 @ 4,044084
9 Srubnaya_I0430 @ 4,212647
10 Corded_Ware_RISE00 @ 4,224668
11 Unetice_I0047 @ 4,234559
12 Bell_Beaker_I1549 @ 4,313712
13 Corded_Ware_I0103 @ 4,383723
14 Sintashta_RISE386 @ 4,453458
15 Bell_Beaker_I0112 @ 4,510937
16 Srubnaya_I0232 @ 4,524297
17 Corded_Ware_I0104 @ 4,761796
18 Unetice_I0116 @ 4,839727
19 BattleAxe_RISE94 @ 4,916592
20 Sintashta_RISE392 @ 4,9669
115 iterations.

Using 2 populations approximation:
1 Srubnaya_I0359+Srubnaya_I0359 @ 2,708795
2 Sintashta_RISE395+Srubnaya_I0359 @ 2,86627
3 Sintashta_RISE394+Srubnaya_I0359 @ 2,867274
4 Srubnaya_I0359+Unetice_I0047 @ 2,933876
5 Sintashta_RISE394+Sintashta_RISE394 @ 2,983994
6 Sintashta_RISE395+Sintashta_RISE394 @ 3,012122
7 Bell_Beaker_I0112+Srubnaya_I0359 @ 3,067377
8 Sintashta_RISE395+Sintashta_RISE395 @ 3,080694
9 Srubnaya_I0234+Unetice_I0047 @ 3,086934
10 Bell_Beaker_I0112+Srubnaya_I0234 @ 3,119736
11 Sintashta_RISE394+Unetice_I0047 @ 3,139347
12 Corded_Ware_I0103+Unetice_I0047 @ 3,199175
13 Srubnaya_I0423+Srubnaya_I0359 @ 3,225194
14 Corded_Ware_I0103+Bell_Beaker_I0112 @ 3,231882
15 Corded_Ware_I1532+Srubnaya_I0359 @ 3,246032
16 Bell_Beaker_I0112+Sintashta_RISE394 @ 3,291617
17 Sintashta_RISE394+Srubnaya_I0423 @ 3,316018
18 Corded_Ware_I1532+Sintashta_RISE394 @ 3,327473
19 Srubnaya_I0234+Srubnaya_I0359 @ 3,357236
20 Sintashta_RISE395+Srubnaya_I0234 @ 3,362387
6670 iterations.

Using 3 populations approximation:
1 50% Srubnaya_I0359 +25% Srubnaya_I0359 +25% Unetice_I0047 @ 2,638895
2 50% Srubnaya_I0359 +25% Bell_Beaker_I0112 +25% Srubnaya_I0359 @ 2,702043
3 50% Srubnaya_I0359 +25% Sintashta_RISE394 +25% Unetice_I0047 @ 2,744113
4 50% Srubnaya_I0359 +25% Sintashta_RISE395 +25% Srubnaya_I0359 @ 2,779981
5 50% Srubnaya_I0359 +25% Sintashta_RISE394 +25% Srubnaya_I0359 @ 2,795091
6 50% Srubnaya_I0359 +25% Sintashta_RISE395 +25% Unetice_I0047 @ 2,807422
7 50% Srubnaya_I0359 +25% Bell_Beaker_I0112 +25% Sintashta_RISE394 @ 2,812871
8 50% Sintashta_RISE394 +25% Srubnaya_I0359 +25% Unetice_I0047 @ 2,834788
9 50% Srubnaya_I0359 +25% Srubnaya_I0234 +25% Unetice_I0047 @ 2,84015
10 50% Srubnaya_I0359 +25% Bell_Beaker_I0112 +25% Sintashta_RISE395 @ 2,859829
11 50% Srubnaya_I0359 +25% Srubnaya_I0359 +25% Unetice_I0117 @ 2,860369
12 50% Srubnaya_I0359 +25% Sintashta_RISE395 +25% Sintashta_RISE394 @ 2,861869
13 50% Sintashta_RISE395 +25% Srubnaya_I0359 +25% Srubnaya_I0359 @ 2,86627
14 50% Sintashta_RISE394 +25% Srubnaya_I0359 +25% Srubnaya_I0359 @ 2,867274
15 50% Srubnaya_I0359 +25% Bell_Beaker_I0112 +25% Srubnaya_I0234 @ 2,8718
16 50% Sintashta_RISE394 +25% Bell_Beaker_I0112 +25% Srubnaya_I0359 @ 2,909383
17 50% Sintashta_RISE394 +25% Sintashta_RISE394 +25% Unetice_I0047 @ 2,915053
18 50% Srubnaya_I0359 +25% Corded_Ware_I0103 +25% Unetice_I0047 @ 2,924748
19 50% Sintashta_RISE394 +25% Sintashta_RISE394 +25% Srubnaya_I0359 @ 2,92932
20 50% Sintashta_RISE394 +25% Sintashta_RISE395 +25% Srubnaya_I0359 @ 2,931706
760380 iterations.

Using 4 populations approximation:
1 Srubnaya_I0359+Srubnaya_I0359+Srubnaya_I0359+Unetice_I0047 @ 2,638895
2 Bell_Beaker_I0112+Srubnaya_I0359+Srubnaya_I0359+Srubnaya_I0359 @ 2,702043
3 Srubnaya_I0359+Srubnaya_I0359+Srubnaya_I0359+Srubnaya_I0359 @ 2,708795
4 Sintashta_RISE394+Srubnaya_I0359+Srubnaya_I0359+Unetice_I0047 @ 2,744113
5 Sintashta_RISE395+Srubnaya_I0359+Srubnaya_I0359+Srubnaya_I0359 @ 2,779981
6 Sintashta_RISE394+Srubnaya_I0359+Srubnaya_I0359+Srubnaya_I0359 @ 2,795091
7 Sintashta_RISE395+Srubnaya_I0359+Srubnaya_I0359+Unetice_I0047 @ 2,807422
8 Bell_Beaker_I0112+Sintashta_RISE394+Srubnaya_I0359+Srubnaya_I0359 @ 2,812871
9 Sintashta_RISE394+Sintashta_RISE394+Srubnaya_I0359+Unetice_I0047 @ 2,834788
10 Srubnaya_I0234+Srubnaya_I0359+Srubnaya_I0359+Unetice_I0047 @ 2,84015
11 Bell_Beaker_I0112+Sintashta_RISE395+Srubnaya_I0359+Srubnaya_I0359 @ 2,859829
12 Srubnaya_I0359+Srubnaya_I0359+Srubnaya_I0359+Unetice_I0117 @ 2,860369
13 Sintashta_RISE395+Sintashta_RISE394+Srubnaya_I0359+Srubnaya_I0359 @ 2,861869
14 Sintashta_RISE395+Sintashta_RISE395+Srubnaya_I0359+Srubnaya_I0359 @ 2,86627
15 Sintashta_RISE394+Sintashta_RISE394+Srubnaya_I0359+Srubnaya_I0359 @ 2,867274
16 Bell_Beaker_I0112+Srubnaya_I0234+Srubnaya_I0359+Srubnaya_I0359 @ 2,8718
17 Sintashta_RISE395+Sintashta_RISE394+Srubnaya_I0359+Unetice_I0047 @ 2,904231
18 Bell_Beaker_I0112+Sintashta_RISE394+Sintashta_RISE394+Srubnaya_I0359 @ 2,909383
19 Sintashta_RISE394+Sintashta_RISE394+Sintashta_RISE394+Unetice_I0047 @ 2,915053
20 Sintashta_RISE394+Srubnaya_I0234+Srubnaya_I0359+Unetice_I0047 @ 2,916105
21 Corded_Ware_I0103+Srubnaya_I0359+Srubnaya_I0359+Unetice_I0047 @ 2,924748
22 Sintashta_RISE394+Sintashta_RISE394+Sintashta_RISE394+Srubnaya_I0359 @ 2,92932
23 Sintashta_RISE395+Sintashta_RISE394+Sintashta_RISE394+Srubnaya_I0359 @ 2,931706
24 Srubnaya_I0359+Srubnaya_I0359+Unetice_I0047+Unetice_I0047 @ 2,933876
25 Sintashta_RISE395+Sintashta_RISE395+Sintashta_RISE394+Srubnaya_I0359 @ 2,944307
26 Bell_Beaker_I0112+Sintashta_RISE394+Srubnaya_I0234+Srubnaya_I0359 @ 2,955078
27 Sintashta_RISE395+Srubnaya_I0234+Srubnaya_I0359+Unetice_I0047 @ 2,95529
28 Corded_Ware_I0103+Bell_Beaker_I0112+Srubnaya_I0359+Srubnaya_I0359 @ 2,955849
29 Bell_Beaker_I0112+Sintashta_RISE395+Sintashta_RISE394+Srubnaya_I0359 @ 2,962731
30 Sintashta_RISE395+Sintashta_RISE395+Sintashta_RISE395+Srubnaya_I0359 @ 2,966827
31 Sintashta_RISE394+Srubnaya_I0359+Srubnaya_I0359+Unetice_I0117 @ 2,96784
32 Srubnaya_I0234+Srubnaya_I0359+Unetice_I0047+Unetice_I0047 @ 2,976613
33 Bell_Beaker_I0112+Sintashta_RISE395+Srubnaya_I0234+Srubnaya_I0359 @ 2,979895
34 Sintashta_RISE395+Sintashta_RISE395+Srubnaya_I0359+Unetice_I0047 @ 2,981219
35 Sintashta_RISE394+Sintashta_RISE394+Srubnaya_I0234+Unetice_I0047 @ 2,981568
36 Srubnaya_I0423+Srubnaya_I0359+Srubnaya_I0359+Unetice_I0047 @ 2,982
37 Sintashta_RISE394+Sintashta_RISE394+Sintashta_RISE394+Sintashta_RISE394 @ 2,983994
38 Corded_Ware_I1532+Srubnaya_I0359+Srubnaya_I0359+Unetice_I0047 @ 2,984709
39 Sintashta_RISE395+Sintashta_RISE394+Sintashta_RISE394+Unetice_I0047 @ 2,989463
40 Bell_Beaker_I0112+Srubnaya_I0359+Srubnaya_I0359+Unetice_I0047 @ 2,990509
7673835 iterations.
Довольно неплохо сочетается с результатами f3 и выводами Поляко:

Davidski said...
This EBA dude from Gustorzyn is very similar to Estonian Corded Ware.
...

First look at Polish Early Bronze Age genome PL_N17

...
Obviously, PL_N17 packs a lot of Bronze Age steppe or Yamnaya-related ancestry. His overall genetic structure is similar to that of the Estonian and German Corded Ware individuals, suggesting that he's a direct offshoot of the steppe-derived circum-Baltic Corded Ware population.
Intriguingly, he shows inflated affinity to the Sintashta samples from the Trans-Ural steppe in the f3 outgroup shared drift stats. However, these Sintashta sequences appear to be affected by relatively strong post-mortem damage, so it's hard to say at this stage whether the result is meaningful. We really need more Sintashta genomes to be sure.
...

моделирование с помощью nMonte:
(скрипт для R можно скачать здесь)
бикеры

Код: [Выделить]

[1] "distance%=0.7313 / distance=0.007313"
        PL_N17
"Kotias:KK1"    29.1
"Bell_Beaker_Czech:RISE566"     25.95
"Villabruna:I9030"      23.6
"Karelia_HG:I0061"      13.25
"Hungary_N:I1495"       8.1
"Dai"   0
"Ulchi" 0

[1] "distance%=0.6699 / distance=0.006699"
         PL_N17
"Kotias:KK1"    29.55
"Bell_Beaker_Czech:RISE568"     19.1
"Karelia_HG:I0061"      19.05
"Villabruna:I9030"      18.95
"Hungary_N:I1495"       13.35
"Dai"   0
"Ulchi" 0

[1] "distance%=0.7212 / distance=0.007212"
         PL_N17
"Bell_Beaker_Czech:RISE569"     39.1
"Kotias:KK1"    29.9
"Villabruna:I9030"      24.1
"Karelia_HG:I0061"      6.9
"Hungary_N:I1495"       0
"Dai"   0
"Ulchi" 0



[1] "distance%=0.627 / distance=0.00627"
         PL_N17
"Bell_Beaker_Germany:I0060"     53.6
"Kotias:KK1"    21.25
"Villabruna:I9030"      13.6
"Karelia_HG:I0061"      11.55
"Hungary_N:I1495"       0
"Dai"   0
"Ulchi" 0

[1] "distance%=0.7646 / distance=0.007646"
         PL_N17
"Kotias:KK1"    33.3
"Villabruna:I9030"      25.9
"Bell_Beaker_Germany:I0108"     17.3
"Karelia_HG:I0061"      14.95
"Hungary_N:I1495"       8.55
"Dai"   0
"Ulchi" 0

[1] "distance%=0.7132 / distance=0.007132"
         PL_N17
"Bell_Beaker_Germany:I0111"     45.45
"Kotias:KK1"    24.85
"Villabruna:I9030"      18.9
"Karelia_HG:I0061"      10.8
"Hungary_N:I1495"       0
"Dai"   0
"Ulchi" 0



[1] "distance%=0.7654 / distance=0.007654"
         PL_N17
"Kotias:KK1"    32.05
"Villabruna:I9030"      24.9
"Bell_Beaker_Germany:I0112"     19.4
"Karelia_HG:I0061"      13.95
"Hungary_N:I1495"       9.7
"Dai"   0
"Ulchi" 0

[1] "distance%=0.7642 / distance=0.007642"
         PL_N17
"Kotias:KK1"    33.4
"Villabruna:I9030"      26.5
"Karelia_HG:I0061"      15.55
"Bell_Beaker_Germany:I0113"     14.35
"Hungary_N:I1495"       10.2
"Dai"   0
"Ulchi" 0

[1] "distance%=0.5991 / distance=0.005991"
         PL_N17
"Bell_Beaker_Germany:I0805"     56.1
"Kotias:KK1"    19.1
"Villabruna:I9030"      13.65
"Karelia_HG:I0061"      11.15
"Hungary_N:I1495"       0
"Dai"   0
"Ulchi" 0




[1] "distance%=0.6793 / distance=0.006793"
         PL_N17
"Bell_Beaker_Germany:I0806"     36.35
"Kotias:KK1"    27.1
"Villabruna:I9030"      24.6
"Karelia_HG:I0061"      8.25
"Hungary_N:I1495"       3.7
"Dai"   0
"Ulchi" 0

[1] "distance%=0.7688 / distance=0.007688"
         PL_N17
"Kotias:KK1"    36.3
"Villabruna:I9030"      29.85
"Karelia_HG:I0061"      17.5
"Hungary_N:I1495"       16.35
"Dai"   0
"Ulchi" 0
"Bell_Beaker_Germany:I1546"     0

[1] "distance%=0.7651 / distance=0.007651"
         PL_N17
"Kotias:KK1"    32.75
"Villabruna:I9030"      26.55
"Bell_Beaker_Germany:I1549"     15.15
"Karelia_HG:I0061"      14.05
"Hungary_N:I1495"       11.5
"Dai"   0
"Ulchi" 0

шнуровики

Код: [Выделить]

[1] "distance%=0.7688 / distance=0.007688"
         PL_N17
"Kotias:KK1"    36.25
"Villabruna:I9030"      29.8
"Karelia_HG:I0061"      17.55
"Hungary_N:I1495"       16.4
"Dai"   0
"Ulchi" 0
"Corded_Ware_Estonia:RISE00"    0

[1] "distance%=0.6152 / distance=0.006152"
         PL_N17
"Corded_Ware_Germany:I0049"     64.6
"Villabruna:I9030"      13.3
"Kotias:KK1"    12.9
"Hungary_N:I1495"       9.1
"Dai"   0.1
"Karelia_HG:I0061"      0
"Ulchi" 0

[1] "distance%=0.6666 / distance=0.006666"
         PL_N17
"Corded_Ware_Germany:I0103"     57.25
"Villabruna:I9030"      18.6
"Kotias:KK1"    16.35
"Hungary_N:I1495"       7.7
"Dai"   0.1
"Karelia_HG:I0061"      0
"Ulchi" 0



[1] "distance%=0.7306 / distance=0.007306"
         PL_N17
"Corded_Ware_Germany:I0104"     35.95
"Kotias:KK1"    24.9
"Villabruna:I9030"      23.75
"Hungary_N:I1495"       9.75
"Karelia_HG:I0061"      5.65
"Dai"   0
"Ulchi" 0

[1] "distance%=0.7688 / distance=0.007688"
         PL_N17
"Kotias:KK1"    36.25
"Villabruna:I9030"      29.8
"Karelia_HG:I0061"      17.55
"Hungary_N:I1495"       16.4
"Dai"   0
"Ulchi" 0
"Corded_Ware_Germany:I0106"     0

[1] "distance%=0.452 / distance=0.00452"
         PL_N17
"Corded_Ware_Germany:I1532"     95.6
"Villabruna:I9030"      2.35
"Hungary_N:I1495"       1.3
"Dai"   0.55
"Ulchi" 0.2
"Karelia_HG:I0061"      0
"Kotias:KK1"    0



[1] "distance%=0.4681 / distance=0.004681"
         PL_N17
"Corded_Ware_Germany:I1534"     65.35
"Villabruna:I9030"      14.35
"Kotias:KK1"    12.05
"Hungary_N:I1495"       8.15
"Dai"   0.1
"Karelia_HG:I0061"      0
"Ulchi" 0

[1] "distance%=0.7654 / distance=0.007654"
        PL_N17
"Kotias:KK1"    32.4
"Villabruna:I9030"      27.9
"Hungary_N:I1495"       15.55
"Karelia_HG:I0061"      14.2
"Corded_Ware_Germany:I1536"     9.95
"Dai"   0
"Ulchi" 0

[1] "distance%=0.3317 / distance=0.003317"
         PL_N17
"Corded_Ware_Germany:I1538"     67.25
"Hungary_N:I1495"       16.7
"Villabruna:I9030"      9.65
"Kotias:KK1"    5.5
"Dai"   0.9
"Karelia_HG:I0061"      0
"Ulchi" 0



[1] "distance%=0.6912 / distance=0.006912"
         PL_N17
"Corded_Ware_Germany:I1539"     48.3
"Kotias:KK1"    22.85
"Villabruna:I9030"      22.55
"Hungary_N:I1495"       5.75
"Dai"   0.55
"Karelia_HG:I0061"      0
"Ulchi" 0

[1] "distance%=0.7688 / distance=0.007688"
         PL_N17
"Kotias:KK1"    36.15
"Villabruna:I9030"      29.6
"Karelia_HG:I0061"      17.4
"Hungary_N:I1495"       16.2
"Corded_Ware_Germany:I1540"     0.65
"Dai"   0
"Ulchi" 0

[1] "distance%=0.583 / distance=0.00583"
        PL_N17
"Corded_Ware_Germany:I1542"     45.45
"Villabruna:I9030"      25.2
"Kotias:KK1"    25.1
"Hungary_N:I1495"       3.2
"Dai"   1.05
"Karelia_HG:I0061"      0
"Ulchi" 0



[1] "distance%=0.7295 / distance=0.007295"
         PL_N17
"Kotias:KK1"    28.35
"Corded_Ware_Germany:I1544"     23.7
"Villabruna:I9030"      22.45
"Hungary_N:I1495"       13.75
"Karelia_HG:I0061"      11.75
"Dai"   0
"Ulchi" 0

[1] "distance%=0.7578 / distance=0.007578"
         PL_N17
"Kotias:KK1"    31.2
"Villabruna:I9030"      26.25
"Corded_Ware_Germany:RISE446"   17.1
"Hungary_N:I1495"       13.25
"Karelia_HG:I0061"      12.2
"Dai"   0
"Ulchi" 0

минимальное расстояние для ККК: Bell_Beaker_Germany:I0805, distance=0.005991
для немецкой КШК: Corded_Ware_Germany:I1532, distance=0.00452; Corded_Ware_Germany:I1534, distance=0.004681; Corded_Ware_Germany:I1538, distance=0.003317
к "кордедам" он заметно ближе.


Если к шнуровикам добавить ближайшие образцы бикеров:

Код: [Выделить]

[1] "distance%=0.3315 / distance=0.003315"
         PL_N17
"Corded_Ware_Germany:I1538"     67.95
"Hungary_N:I1495"       16.8
"Villabruna:I9030"      9.25
"Kotias:KK1"    5.05
"Dai"   0.95
"Karelia_HG:I0061"      0
"Ulchi" 0
"Bell_Beaker_Germany:I0805"     0

[1] "distance%=0.4481 / distance=0.004481"
         PL_N17
"Corded_Ware_Germany:I1534"     53.95
"Bell_Beaker_Germany:I0805"     26.1
"Villabruna:I9030"      9.65
"Kotias:KK1"    8.3
"Hungary_N:I1495"       1.55
"Dai"   0.45
"Karelia_HG:I0061"      0
"Ulchi" 0

[1] "distance%=0.4202 / distance=0.004202"
         PL_N17
"Corded_Ware_Germany:I1532"     78.65
"Bell_Beaker_Germany:I0805"     17.5
"Karelia_HG:I0061"      2.45
"Villabruna:I9030"      0.75
"Dai"   0.65
"Hungary_N:I1495"       0
"Ulchi" 0
"Kotias:KK1"    0

[1] "distance%=0.452 / distance=0.00452"
         PL_N17
"Corded_Ware_Germany:I1532"     95.6
"Villabruna:I9030"      2.35
"Hungary_N:I1495"       1.3
"Dai"   0.55
"Ulchi" 0.2
"Karelia_HG:I0061"      0
"Kotias:KK1"    0
"Bell_Beaker_Germany:I1549"     0
[1] "distance%=0.3317 / distance=0.003317"
         PL_N17
"Corded_Ware_Germany:I1538"     67.25
"Hungary_N:I1495"       16.7
"Villabruna:I9030"      9.65
"Kotias:KK1"    5.5
"Dai"   0.9
"Karelia_HG:I0061"      0
"Ulchi" 0
"Bell_Beaker_Germany:I1549"     0

[1] "distance%=0.4677 / distance=0.004677"
         PL_N17
"Corded_Ware_Germany:I1534"     64.5
"Villabruna:I9030"      13.55
"Kotias:KK1"    11.45
"Hungary_N:I1495"       7.55
"Bell_Beaker_Germany:I1549"     2.8
"Dai"   0.15
"Karelia_HG:I0061"      0
"Ulchi" 0
Модель становится или немного лучше или не улучшается вовсе.

Пока что,  все это согласуется с f3-статистикой и положением образца на PCA
у Вас они то, бикеры:

непонимаю... зачем строить гипотезы, когда надо прямо воспринимать археологический контекст, который почему-то все игнорируют... надо просто прямо сравнить с бикерами по аутосомам, но почему-то это никто не делает, что уникально, а не выискивать какие-то дальние связи - гипотетические, в то время как археологические связи с поздними бикерами в данной местности на лицо, а субклад распространен в бикерских областях...
вот внимательно смотрите, бикеры в ивенской культуре, как раз в области этого захоронения...

то уже, вроде как, и не совсем)

по ф3??? для ф3 это очень хорошо, ведь это не немецкие бикеры, а балтийские, выше него только архаика, поскольку речь идет не о собственно бикерах, а об их примеси... то есть, в собственном смысле это не бикер, а люди которые с ними породнялись, их культура не бикерская, а имеющие некоторые черты белбикеров... но ф3 в данном случае плохой метод, нужно по атосомным компонентам разложить...

да и не архаика там.
Если пока там фиксируется только минимальная примесь бикеров, то какой смысл заострять на ней внимание? видимо, придется "выискивать какие-то дальние связи - гипотетические"=)
хотя, надо подождать еще результатов по IBS- и IBD-сегментам - возможно, там "бикерские связи" проявятся более явно

[FenriR]

Однако, я не вижу, почему PL_N17 не мог быть, как минимум, частью генетической основы современных балто-славянских популяций? Просто им картина сложения явно не заканчивается, но родственная ему группа вполне могла дать какой-то значительный поток генов.
Разумеется, есть вариант, при котором и PL_N17 и непосредственные предки восточных "циркумбалтийцев" происходят от одной древней популяции и поэтому близки, но географическое положение польского бронзовика говорит, имхо, о том, что они могли смешиваться уже после "разделения".

Ну понятно, что наши предки где-то рядом. Но популяции вроде этой не могли внести основной вклад, все же второй вариант мне ближе.

про "основной вклад" я сомневаюсь, но какую-то заметную часть - вполне, имхо

[Srkz]

Если пока там фиксируется только минимальная примесь бикеров, то какой смысл заострять на ней внимание? видимо, придется "выискивать какие-то дальние связи - гипотетические"=)
хотя, надо подождать еще результатов по IBS- и IBD-сегментам - возможно, там "бикерские связи" проявятся более явно

Пока вся разница между шнуровиками и бикерами - как между восточными белорусами и западными украинцами. Специфически бикерские связи поэтому обнаружить будет нелегко.
В одиночном режиме сравнения он таки да, ближе шнуровикам (кроме эстонского образца можно и шведских "боевых топоров" вспомнить).

про "основной вклад" я сомневаюсь, но какую-то заметную часть - вполне, имхо

Заметную да. Однако пока что складывается интересная картина - везде в Восточной Европе потомков шнуровиков со временем вытеснили. Может, все и изменится с новыми образцами.

[rozenblatt]

http://www.nature.com/jhg/journal/vaop/ncurrent/full/jhg201712a.html

Journal of Human Genetics , (2 February 2017) | doi:10.1038/jhg.2017.12

Subdivisions of haplogroups U and C encompass mitochondrial DNA lineages of Eneolithic–Early Bronze Age Kurgan populations of western North Pontic steppe

Alexey G Nikitin, Svetlana Ivanova, Dmytro Kiosak, Jessica Badgerow and Jeff Pashnick
Abstract

Prehistoric Europe experienced a marked cultural and economic shift around 4000 years ago, when the established Neolithic agriculture-based economy was replaced by herding-pastoralist industry. In recent years new data about the genetic structure of human communities living during this transition period began to emerge. At the same time, the genetic identities of the Eneolithic and Early Bronze Age (EBA) inhabitants from a prehistoric cultural crossroad in western North Pontic steppe region remain understudied. This report presents results of the investigation of maternal genetic lineages of individuals buried in kurgans constructed during the Eneolithic–EBA transition in the western part of the North Pontic Region (NPR). Mitochondrial DNA (mtDNA) lineages from the interments belonging to the Eneolithic as well as the EBA cultures such as Yamna (Pit Grave), Catacomb and Babino (Mnogovalikovaya or KMK) were examined. In the 12 successfully haplotyped specimens, 75% of mtDNA lineages consisted of west Eurasian haplogroup U and its U4 and U5 sublineages. Furthermore, we identified a subgroup of east Eurasian haplogroup C in two representatives of the Yamna culture in one of the studied kurgans. Our results indicate the persistence of Mesolithic hunter–gatherer mtDNA lineages in western NPR through the EBA, as well as suggesting a mtDNA lineage continuum connecting the western NPR inhabitants of the Early Metal Ages to the North Pontic Neolithic population groups.

Митохондриальные ДНК из Юго-Западной Украины:

PCR, HVR-I mtDNA:

Среднестоговская/послестоговская   U4
Послестоговская            U5
Ямная                  C4a2, C4a2, U5, U5a, U
Катакомбная               U5a1a1h, U5, U, U5
Культура многоваликовой керамики   HV1

[FenriR]

Пока вся разница между шнуровиками и бикерами - как между восточными белорусами и западными украинцами. Специфически бикерские связи поэтому обнаружить будет нелегко.
В одиночном режиме сравнения он таки да, ближе шнуровикам (кроме эстонского образца можно и шведских "боевых топоров" вспомнить).

он еще, видимо, близок тем бикерам, которые сами близки шнуровикам:
на PCA есть как раз два "аутлайера" от общего массива ККК, которые приходятся на, условно, КШК-кластер.
и то, не сказать, чтобы их включение сильно улучшало модель в nMonte. Хотя какую-то примесь, на данный момент, исключать нельзя

Заметную да. Однако пока что складывается интересная картина - везде в Восточной Европе потомков шнуровиков со временем вытеснили. Может, все и изменится с новыми образцами.

их "генетическое наследие" размыли последующие миграции и смешение:
у балто-славян - это, в основном, WHG-EHG и дополнительный неолит, плюс минорная азиатская примесь на востоке и севере ареала
примерно та же картина происходила и в Германии, только неолитическое влияние там было явно сильнее, чем в Восточной Европе, да и более южный адмикс докатился, видимо, даже до Скандинавии.

Но, с другой стороны, нельзя сказать, будто шнуровики исчезли - они все еще составляют генетическую основу населения севера Европы: от Волги до Ирландии

[rozenblatt]

Ну вот теперь хорошо бы чтобы майкопские образцы опубликовали.