Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)

[zastrug]

Вот смотрю на этого ямника/котокомбника - Ulan IV, kurgan 4, grave 8 (2849-2146 BC) :
I2a2a1b1b,
T2a1a
Потом на свои буковки в аве....
I2a2a1b1a
T2a1a

и совсем мне ничего непонятно

[Fire]

Вроде не было еще такой информации?
Готы из Kowalewko имеют следующие гаплогруппы:
I1a3a1, I2a1a1a и G2

А где можно почитать?

[FenriR]

А можно сделать такой же график, где PL_N17 сравнивается только с восточными европейцами? А то на таком графике все европейцы скучкованы.

Поляко опубликует более детальный пост по образцу в своем блоге.

Если интересно, вот мое положение на более раннем PCA, с несколько иной проекцией:


Относительно PL_N17 могу еще добавить, что моделирование современных популяций с этим образцом требует дополнительного вклада, как минимум, EHG даже у поляков и литовцев, т.е. он вряд ли мог принадлежать к популяции-основе будущих балто-славян, даже немецкие шнуровики в этом плане подходят лучше.

Код: [Выделить]

[1] "distance%=0.4422 / distance=0.004422"
         Polish
"PL_N17"        37.8
"Hungary_N:I1495"       25.55
"Villabruna:I9030"      18.9
"Karelia_HG:I0061"      10.1
"Kotias:KK1"    7.65
"Dai"   0
"Ulchi" 0



[1] "distance%=0.6664 / distance=0.006664"
         Lithuanian
"PL_N17"        64.05
"Villabruna:I9030"      19.9
"Hungary_N:I1495"       10.6
"Karelia_HG:I0061"      5.45
"Dai"   0
"Ulchi" 0
"Kotias:KK1"    0


[1] "distance%=0.5364 / distance=0.005364"
         Belarusian
"PL_N17"        51.8
"Villabruna:I9030"      18.2
"Hungary_N:I1495"       18.2
"Karelia_HG:I0061"      6
"Kotias:KK1"    5.8
"Dai"   0
"Ulchi" 0


[1] "distance%=0.3627 / distance=0.003627"
         Russian_Orel
"PL_N17"        56.55
"Hungary_N:I1495"       21.25
"Karelia_HG:I0061"      13.8
"Villabruna:I9030"      8.4
"Dai"   0
"Ulchi" 0
"Kotias:KK1"    0


[1] "distance%=0.3655 / distance=0.003655"
        Ukrainian_West
"Hungary_N:I1495"       33.6
"PL_N17"        20.95
"Villabruna:I9030"      16.25
"Karelia_HG:I0061"      16.25
"Kotias:KK1"    12.95
"Dai"   0
"Ulchi" 0


[1] "distance%=0.4076 / distance=0.004076"
         Ukrainian_East
"PL_N17"        36.3
"Hungary_N:I1495"       22.8
"Villabruna:I9030"      18.9
"Kotias:KK1"    11.4
"Karelia_HG:I0061"      10.6
"Dai"   0
"Ulchi" 0
Возможно, PL_N17 был "кузеном" более северо-восточной группы, впоследствии, давшей наибольший вклад для северных славян.
В любом случае, непосредственные  предки балто-славян, вероятно, смешивались с потомками PL_N17, даже, если там не было "прямого родства" и "генетического континуума". Мне было бы интересно сравнить его с Венгерской Бронзой (BR1/2), образцы которой демонстрировали нетривиальную связь с современными "циркумбалтийцами" по IBD-сегментам.
Думаю, и PL_N17 покажет связь с соседними популяциями по IBS/IBD

[Pre Slav]

Относительно PL_N17 могу еще добавить, что моделирование современных популяций с этим образцом требует дополнительного вклада, как минимум, EHG даже у поляков и литовцев, т.е. он вряд ли мог принадлежать к популяции-основе будущих балто-славян, даже немецкие шнуровики в этом плане подходят лучше.

так даже не понятно к какой культуре относится данный образец... для тшинецкой даты рановаты, она еще вряд ли тогда существовала, да и начало ее формировалания видимо в более южных областях, ближе к карпатам... фактически это захоронение находится на самой северной ее границе, если вообще входит в ее область... возможно, это ивеньская культура... вообще говоря, в этих местах существовали поселения "бикеров", которые должны были смешиваться с местными шнуровиками...

[GloomyGonzales]

Мне было бы интересно сравнить его с Венгерской Бронзой (BR1/2), образцы которой демонстрировали нетривиальную связь с современными "циркумбалтийцами" по IBD-сегментам.
Думаю, и PL_N17 покажет связь с соседними популяциями по IBS/IBD

Разносчиками "венгерской бронзы" явно были I2-DIN(хорошая корреляция). Соответственно, до миграции они или их предки жили где-то внутри Карпатских гор. А наличие у поляков Kotias 7.65 как бы намекает на тесные и весьма продолжительные контакты R1a-M458 с населением Балканского п-ва (у них было много G2), т.е. жили они, скорее всего, где-то на севере или северо-западе Румынии(вероятно, Трансильвания). 

[Eiport]

Относительно PL_N17 могу еще добавить, что моделирование современных популяций с этим образцом требует дополнительного вклада, как минимум, EHG даже у поляков и литовцев, т.е. он вряд ли мог принадлежать к популяции-основе будущих балто-славян, даже немецкие шнуровики в этом плане подходят лучше.

так даже не понятно к какой культуре относится данный образец... для тшинецкой даты рановаты, она еще вряд ли тогда существовала, да и начало ее формировалания видимо в более южных областях, ближе к карпатам... фактически это захоронение находится на самой северной ее границе, если вообще входит в ее область... возможно, это ивеньская культура... вообще говоря, в этих местах существовали поселения "бикеров", которые должны были смешиваться с местными шнуровиками...

[Pre Slav]

не всему, что рисуют в интернетах, можно доверять, на картинке даты просто фантастические, кто-то их явно выдумал и вписал в существующую картинку...ареал тоже явно на глазок приведен...для тшинецкой существует очень много дат, но подобных фантастических дат я еще никогда не видел... они еще фанатастические даже по логике, до тшинецкой на ее месте существовали другие культуры, для которых просто не остается времени если следовать этим датам, да для лужицкой не остается времени, поэтому, картинка явно фрическая...

[FenriR]

так даже не понятно к какой культуре относится данный образец... для тшинецкой даты рановаты, она еще вряд ли тогда существовала, да и начало ее формировалания видимо в более южных областях, ближе к карпатам... фактически это захоронение находится на самой северной ее границе, если вообще входит в ее область... возможно, это ивеньская культура... вообще говоря, в этих местах существовали поселения "бикеров", которые должны были смешиваться с местными шнуровиками...

PL_N17 вряд ли тштинетец, по крайней мере "чистый".
особенно, если учесть, что начало Тш(т)инецкой, как полагают некоторые исследователи, приходится на XV век до н.э., т.е. примерно на 300 лет позже древнего "поляка"
Тштинецкая культура, Клейн

Тштинецкая культура (польск. kultura trzciniecka) —  археологическая культура среднего бронзового века (XV — XIII вв. до н.э.) Восточной Европы, в частности территории нынешней Польши, Белоруссии и северной Украины, частично средней России. Названа по польскому городу Тштинец.

как бы там ни было, образец приходится на самую границу, как временного, так и географического ареалов культуры, даже если принять иллюстрацию Eiport

Разносчиками "венгерской бронзы" явно были I2-DIN(хорошая корреляция). Соответственно, до миграции они или их предки жили где-то внутри Карпатских гор. А наличие у поляков Kotias 7.65 как бы намекает на тесные и весьма продолжительные контакты R1a-M458 с населением Балканского п-ва (у них было много G2), т.е. жили они, скорее всего, где-то на севере или северо-западе Румынии(вероятно, Трансильвания).

если заменить Раннюю польскую бронзу, на немецких шнуровиков, фит модели становится чуть лучше, дополнительный вклад Kotias и Karelia_HG - меньше, в то время, как WHG и Hungary_N увеличивается:

Код: [Выделить]

[1] "distance%=0.367 / distance=0.00367"
         Polish
"Corded_Ware_Germany:I1538"     41.85
"Hungary_N:I1495"       31.35
"Villabruna:I9030"      19.15
"Karelia_HG:I0061"      4.15
"Kotias:KK1"    3.4
"Dai"   0.1
"Ulchi" 0

[1] "distance%=0.5798 / distance=0.005798"
         Lithuanian
"Corded_Ware_Germany:I1538"     54.8
"Villabruna:I9030"      24.8
"Hungary_N:I1495"       20.4
"Karelia_HG:I0061"      0
"Dai"   0
"Ulchi" 0
"Kotias:KK1"    0

[1] "distance%=0.444 / distance=0.00444"
         Belarusian
"Corded_Ware_Germany:I1538"     53.25
"Hungary_N:I1495"       26.15
"Villabruna:I9030"      18.75
"Dai"   0.95
"Kotias:KK1"    0.9
"Karelia_HG:I0061"      0
"Ulchi" 0

[1] "distance%=0.3334 / distance=0.003334"
         Russian_Orel
"Corded_Ware_Germany:I1538"     50.85
"Hungary_N:I1495"       28.25
"Villabruna:I9030"      14.1
"Karelia_HG:I0061"      5.95
"Ulchi" 0.85
"Dai"   0
"Kotias:KK1"    0

[1] "distance%=0.3394 / distance=0.003394"
         Ukrainian_West
"Hungary_N:I1495"       36.8
"Corded_Ware_Germany:I1538"     22.95
"Villabruna:I9030"      16.5
"Karelia_HG:I0061"      13
"Kotias:KK1"    10.75
"Dai"   0
"Ulchi" 0

[1] "distance%=0.3416 / distance=0.003416"
         Ukrainian_East
"Corded_Ware_Germany:I1538"     40.95
"Hungary_N:I1495"       28.15
"Villabruna:I9030"      18.75
"Kotias:KK1"    6.75
"Karelia_HG:I0061"      4.85
"Dai"   0.55
"Ulchi" 0

скорее всего, основой для балто-славян послужила более северо-восточная, "ямно-подобная" (схожая с немецкими КШК), популяция, нежели PL_N17,  с дополнительным адмиксом WHG.
Хотя, вполне возможно, что группы, родственные PL_N17, как минимум, повлияли на формирование этой "северо-восточной популяции", получив приток генов от местных WHG и других КШК.

В любом случае, связь балто-славян с Венгерской бронзой (BR1, BR2) достаточно очевидна, имхо
Slatkin et al, 2015

Comparison of Irish and Central European ancient genomes for haplotype-based affinity to modern populations. Interpolated heatmaps comparing relative haplotype donations by two Irish (Ballynahatty, Rathlin1) and two Hungarian (NE1, BR2) ancient genomes.

как получить балто-славяно-кельта, srkz



Total shared cM2, Eurogenes
первые 20 позиций относительно BR2

Hungary_BA_BR2   NA
Polish      22.40414
Lithuanian      22.017385
Russian      21.1237614
Russian      16.634874
Hungarian      16.1729037
Bosnian      15.56256
Lithuanian      15.370862
Russian_Kargopol      15.1047409
Ukrainian_Poltava      14.657398
Ukrainian_Kharkov      14.196833
Hungarian      13.92270618
Hungarian      13.899136
Belarusian      13.830207
Polish      13.528626
Scottish      13.342979
Ukrainian_Lviv      12.897609
Hungarian      12.818385
Russian_Kargopol      12.528363

Отличия в результатах, скорее всего, вызваны использованием разных выборок и длин сегментов

Думаю, эта связь наблюдается или через непосредственно PL_N17 и/или через дополнительный приток населения из Карпатского бассейна.
В общем, один из возможных вариантов мне видится так:
родственные PL_N17 (возможно связан с BR2?) группы + дополнительный WHG и "ямный компонент" = условные тштинетцы + более поздний приток генов из-за Карпат (скорее всего связан с BR2), который они получают, как в предгорьях, так и при продвижении в более западные районы Польши.  У восточных славян, напротив, этот более юго-западный адмикс несколько размывается при смешивании с балтами (в основном дополнительный WHG) и финно-уграми (в основном дополнительный EHG)

[Pre Slav]

PL_N17 вряд ли тштинетец, по крайней мере "чистый".

я думаю, что поэтому они и не написали что это тшинецкая культура потому что это не тшинецкая культура, а может даже не ивенская культура, хотя она в те времена явно была, но была ли столь северно?

особенно, если учесть, что начало Тш(т)инецкой, как полагают некоторые исследователи, приходится на XV век до н.э., т.е. примерно на 300 лет позже древнего "поляка"

эти данные уже точно устарели, она конечно началась гораздо раньше, но 20-век до н.э.!!! это уже слишком, может имеется в виду самое начало ее в какой либо местности, типа ядра тшинецкой культуры, к сожалению публикаций-то нет...

как бы там ни было, образец приходится на самую границу, как временного, так и географического ареалов культуры,

это точно...

да, если заменить Раннюю польскую бронзу, на немецких шнуровиков, фит модели становится чуть лучше, дополнительный вклад Kotias и Karelia_HG - меньше, в то время, как WHG и Hungary_N увеличивается:

нужны данные с прикарпатской зоны, восточной польши где и формировалась тшинецкая культура...

скорее всего, основой для балто-славян послужила более северо-восточная, "ямно-подобная" (схожая с немецкими КШК), популяция, нежели PL_N17,  с дополнительным адмиксом WHG.

у меня есть серьезное мнение, что дополнительный адмикс в  PL_N17 это белл бикеры...

[FenriR]

из тштинецкой точно будут=)

[FenriR]

Вышла работа по дальневосточным дДНК:

Genome-wide data from two early Neolithic East Asian individuals dating to 7700 years ago

Abstract
Ancient genomes have revolutionized our understanding of Holocene prehistory and, particularly, the Neolithic transition in western Eurasia. In contrast, East Asia has so far received little attention, despite representing a core region at which the Neolithic transition took place independently ~3 millennia after its onset in the Near East. We report genome-wide data from two hunter-gatherers from Devil’s Gate, an early Neolithic cave site (dated to ~7.7 thousand years ago) located in East Asia, on the border between Russia and Korea. Both of these individuals are genetically most similar to geographically close modern populations from the Amur Basin, all speaking Tungusic languages, and, in particular, to the Ulchi. The similarity to nearby modern populations and the low levels of additional genetic material in the Ulchi imply a high level of genetic continuity in this region during the Holocene, a pattern that markedly contrasts with that reported for Europe.

наблюдается генетическая преемственность от мезолита-неолита до сегодняшних дней.


будут .bam-файлы

Raw reads in FASTA format and aligned reads as bamfiles for all five ancient samples from Devil’s Gate are available from the European Nucleotide Archive accession code PRJEB14817

[Semargl]

из тштинецкой точно будут=)

они есть. В основном R1a, но не все.

[Аббат Бузони]

А остальные утр? G опять?

[FenriR]

из тштинецкой точно будут=)

они есть. В основном R1a, но не все.

я про аутосомы)
в принципе, по ним они выглядят вполне, как современные балто-славяне, но нужно дождаться публикации, чтобы уже знать наверняка.

[Srkz]

У меня для PL_N17 получилось так (первые 20 вариантов палеооракула по Admixture):

Western_Hunter-Gatherers 20% + Afanasyevo 30% + Unetice 50% @ 4,11
Western_Hunter-Gatherers 30% + Yamnaya-Poltavka 30% + Unetice 40% @ 4,47
Scandinavian_Hunter-Gatherers 10% + Afanasyevo 25% + Unetice 65% @ 4,55
Scandinavian_Hunter-Gatherers 15% + Yamnaya-Poltavka 20% + Unetice 65% @ 4,72
Western_Hunter-Gatherers 35% + Afanasyevo 35% + Bell-Beaker 30% @ 4,87
Scandinavian_Hunter-Gatherers 20% + Corded_Ware_Germany 40% + Unetice 40% @ 4,95
Scandinavian_Hunter-Gatherers 35% + Unetice 55% + Caucasus_Hunter-Gatherers 10% @ 5,12
Western_Hunter-Gatherers 45% + Yamnaya-Poltavka 35% + Bell-Beaker 20% @ 5,28
Western_Hunter-Gatherers 15% + Afanasyevo 30% + Corded_Ware_North_Baltic 55% @ 5,28
Scandinavian_Hunter-Gatherers 25% + Afanasyevo 25% + Bell-Beaker 50% @ 5,46
Scandinavian_Hunter-Gatherers 5% + Afanasyevo 30% + Corded_Ware_North_Baltic 65% @ 5,47
Western_Hunter-Gatherers 30% + Yamnaya-Poltavka 35% + Corded_Ware_North_Baltic 35% @ 5,47
Western_Hunter-Gatherers 35% + Yamnaya-Poltavka 25% + Sintashta 40% @ 5,5
Afanasyevo 30% + Corded_Ware_North_Baltic 25% + Unetice 45% @ 5,5
Afanasyevo 30% + Unetice 65% + Bronze_Age_Hungary 5% @ 5,57
Scandinavian_Hunter-Gatherers 30% + Corded_Ware_Germany 45% + Bell-Beaker 25% @ 5,6
Eastern_Hunter-Gatherers 5% + Afanasyevo 25% + Unetice 70% @ 5,61
Afanasyevo 30% + Unetice 70% @ 5,62
Scandinavian_Hunter-Gatherers 15% + Yamnaya-Poltavka 25% + Corded_Ware_North_Baltic 60% @ 5,66
Western_Hunter-Gatherers 40% + Afanasyevo 15% + Corded_Ware_Germany 45% @ 5,68

В общем, смесь WHG/SHG, степняков и немного земледельческого европейского компонента. Похоже на германских шнуровиков, но с большей долей компонента охотников-собирателей. Ну и предположения о влиянии "бикеров" вроде как хорошо ложатся в результат.

  0.00%  Nilotic-Omotic     
  0.00%  Ancestral-South-Ind.
 48.12%  North-European-Balt.
  1.32%  Uralic             
  0.00%  Australo-Melanesian
  0.00%  East-Siberian       
  0.00%  Ancestral-Yayoi     
  2.29%  Caucasian-Near-East.
  0.00%  Tibeto-Burman       
  0.00%  Austronesian       
  0.15%  Central-African-Pygm
  0.00%  Central-African-HG 
  0.00%  Nilo-Saharian       
  0.00%  North-African       
 14.23%  Gedrosia-Caucasian 
  0.00%  Cushitic           
  0.00%  Congo-Pygmean       
  0.00%  Bushmen             
  0.01%  South-Meso-Amerind.
 21.60%  South-West-European
  2.45%  North-Amerindian   
  0.00%  Arabic             
  0.00%  North-Circumpolar   
  1.07%  Kalash             
  0.00%  Papuan-Australian   
  8.76%  Baltic-Finnic       
  0.00%  Bantu