Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)

[FenriR]

Будут ругать немогу, там на PCA кстате и Гальштатцы и Кипчаки

понятно=)

[Fire]

Могу сказать так , для подсказки, результаты всех их по аутосомам мне понравились кроме результатов Средних Сарматов, даже Кипчакские результаты мне понравился больше чем Средне-Сарматские

[Yaroslav]

Уже видел компоненты аутосом Алан, и Средних Сарматов, готовы и Венгерские Скифы и Кангюйцы результаты компонентов которых ещё не видел но знаю их положение на PCA по сравнению с другими древними

Fire, я уже забыл напрочь. А по тем двум бесланским сарматам J1 какие-то дальнейшие исследования проводятся? И, если да, то когда ожидать результаты?

[Fire]

Могу сказать так , для подсказки, результаты всех их по аутосомам мне понравились кроме результатов Средних Сарматов, даже Кипчакские результаты мне понравился больше чем Средне-Сарматские

Восточной Азии слишком много  помимо аутосом Ydna в достаточном количестве ?

Y-DNA пока не показывали
У Осетин больше восточно-Азиатских аутосом чем у Алан и у Средних Сарматов

[Fire]

Уже видел компоненты аутосом Алан, и Средних Сарматов, готовы и Венгерские Скифы и Кангюйцы результаты компонентов которых ещё не видел но знаю их положение на PCA по сравнению с другими древними

Fire, я уже забыл напрочь. А по тем двум бесланским сарматам J1 какие-то дальнейшие исследования проводятся? И, если да, то когда ожидать результаты?

Бесланские(И другие) у Китайцев, статью почти приготовили и будет опубликована в Американском журнале
Аутосом не будет, только немного фенотипических(в среднем зеленоглазые)
Маркеры выдерживали ли Алкоголь и подобные
И еще  снипы опубликуют наверно результаты 10K чипа.

[Yaroslav]

Бесланские(И другие) у Китайцев, статью почти приготовили и будет опубликована в Американском журнале
Аутосом не будет, только немного фенотипических(в среднем зеленоглазые)
Маркеры выдерживали ли Алкоголь и подобные
И еще  снипы опубликуют наверно результаты 10K чипа.

О, значит, на снипы Y-хромосому проверят, отлично! Спасибо!

Известно ли, когда более-менее будет статья?

[Fire]

Бесланские(И другие) у Китайцев, статью почти приготовили и будет опубликована в Американском журнале
Аутосом не будет, только немного фенотипических(в среднем зеленоглазые)
Маркеры выдерживали ли Алкоголь и подобные
И еще  снипы опубликуют наверно результаты 10K чипа.

О, значит, на снипы Y-хромосому проверят, отлично! Спасибо!

Известно ли, когда более-менее будет статья?

Результат вы знаете и давно опубликован( если не считать негативные результаты на снипы которые пока не публиковались)
 снипы в том чипе в основном из O N1 D C

[Yaroslav]

Результат вы знаете и давно опубликован( если не считать негативные результаты на снипы которые пока не публиковались)
 снипы в том чипе в основном из O N1 D C

Понятно, то есть, кроме M267 и 6 маркеров ничего нового. Пичалька. А эти 6 маркеров хоть опубликуют? И когда ждать публикацию?

[rozenblatt]

http://генофонд.рф/?page_id=16965

 Путь чумной бациллы в Европу и обратно

Генетики секвенировали четыре генома Yersinia pestis  эпохи бронзового века. Их сравнение с другими древними и современными геномами этой бактерии привело к гипотезе, что чума в Европе появилась со степной миграцией ямной культуры, а затем вернулась обратно в Центральную Азию.

[Fire]

Результат вы знаете и давно опубликован( если не считать негативные результаты на снипы которые пока не публиковались)
 снипы в том чипе в основном из O N1 D C

Понятно, то есть, кроме M267 и 6 маркеров ничего нового. Пичалька. А эти 6 маркеров хоть опубликуют? И когда ждать публикацию?

Думаю скоро, статья либо почти готова, либо уже готова

[FenriR]

http://генофонд.рф/?page_id=16965

 Путь чумной бациллы в Европу и обратно

Генетики секвенировали четыре генома Yersinia pestis  эпохи бронзового века. Их сравнение с другими древними и современными геномами этой бактерии привело к гипотезе, что чума в Европе появилась со степной миграцией ямной культуры, а затем вернулась обратно в Центральную Азию.

что-то они припозднились с этой новостью.
на месяц

[rozenblatt]

https://elifesciences.org/content/6/e20983

A molecular portrait of maternal sepsis from Byzantine Troy

Alison M Devault Tatum D Mortimer Andrew Kitchen Henrike Kiesewetter Jacob M Enk G Brian Golding John Southon Melanie Kuch Ana T Duggan William Aylward Shea N Gardner Jonathan E Allen Andrew M King Gerard Wright Makoto Kuroda Kengo Kato Derek EG Briggs Gino Fornaciari Edward C Holmes Hendrik N Poinar Caitlin S Pepperell

DOI: http://dx.doi.org/10.7554/eLife.20983
Published January 10, 2017
Cite as eLife 2017;6:e20983

Abstract

Pregnancy complications are poorly represented in the archeological record, despite their importance in contemporary and ancient societies. While excavating a Byzantine cemetery in Troy, we discovered calcified abscesses among a woman’s remains. Scanning electron microscopy of the tissue revealed ‘ghost cells’, resulting from dystrophic calcification, which preserved ancient maternal, fetal and bacterial DNA of a severe infection, likely chorioamnionitis. Gardnerella vaginalis and Staphylococcus saprophyticus dominated the abscesses. Phylogenomic analyses of ancient, historical, and contemporary data showed that G. vaginalis Troy fell within contemporary genetic diversity, whereas S. saprophyticus Troy belongs to a lineage that does not appear to be commonly associated with human disease today. We speculate that the ecology of S. saprophyticus infection may have differed in the ancient world as a result of close contacts between humans and domesticated animals. These results highlight the complex and dynamic interactions with our microbial milieu that underlie severe maternal infections.

Палеогенетики исследовали останки женщины, захороненной 800 лет назад около Трои, тогда это была территория Византии. Судя по всему она была беременна и погибла в результате родовых осложнений. При анализе ДНК удалось обнаружить ДНК бактерий Gardnerella vaginalis(вызывает бактериальный вагиноз) и Staphylococcus saprophyticus(распространенный возбудитель инфекций мочевых путей). Удалось также опеределить мтДНК женщины - U3b3. Авторы пишут что данная мтДНК встречается в основном на Кавказе и Ближнем Востоке, однако судя по картинке самые близкие современные образцы обнаружены в России и Украине:

From these data, we reconstructed a human mitochondrial genome at 30.1x unique read depth, the consensus of which belongs to haplotype U3b3. In phylogenetic analyses of the mitogenome from Troy and modern mitogenomes, the Troy sample groups most closely with those from the Caucasus and Middle East, both of which were within the eastern limits of Late Byzantine influence (Figure 1—figure supplement 6).

[Lesla]

Перенес последнее сюда - http://forum.molgen.org/index.php/topic,4306.msg363575.html#msg363575

[Yaroslav]

Перенес последнее сюда - http://forum.molgen.org/index.php/topic,4306.msg363575.html#msg363575

Спасибо! Только вот уважаемый rozenblatt случайно со всеми в Беседку загремел: http://forum.molgen.org/index.php/topic,4306.msg363703.html#msg363703

[FenriR]

новая, "не-индоевропейская", статья Reich
working model of the deep relationships of diverse modern human genetic lineages outside of Africa

Abstract

A major topic of interest in human prehistory is how the large-scale genetic structure of modern populations outside of Africa was established. Demographic models have been developed that capture the relationships among small numbers of populations or within particular geographical regions, but constructing a phylogenetic tree with gene flow events for a wide diversity of non-Africans remains a difficult problem. Here, we report a model that provides a good statistical fit to allele-frequency correlation patterns among East Asians, Australasians, Native Americans, and ancient western and northern Eurasians, together with archaic human groups. The model features a primary eastern/western bifurcation dating to at least 45,000 years ago, with Australasians nested inside the eastern clade, and a parsimonious set of admixture events. While our results still represent a simplified picture, they provide a useful summary of deep Eurasian population history that can serve as a null model for future studies and a baseline for further discoveries.

кроме прочего, удалось показать денисовскую и восточноевразийскую примеси у MA1:

стр.8

In our model, K14 fits well as unadmixed (aside from archaic introgression), but MA1 receives,
in addition to its archaic admixture, a component of eastern Eurasian ancestry. The
latter gene flow explains the preliminary residual f4(MA1, K14; Ami, Ust’-Ishim), which is
of a similar form to several other relatively poorly fitting statistics from our initial graph, for
example f4(MA1, K14; Ami, New Guinea) = 2.00 (fitted 0.08; Z = 2.68) and f4(MA1, Ust’-
Ishim; Ami, New Guinea) = 1.73 (fitted 0.08; Z = 2.49). We added this admixture into our
model with its best-fitting source position (near the root of the East Asian lineage) and mixture
proportion (17.4% East Asian-related ancestry, 95% CI 7.7–27.4%). The graph score improved
by 7.0 (p < 0.001), indicating a significant improvement in the fit. We also attempted to fit
the full graph with west-to-east gene flow instead, and the overall score was significantly worse
(log-likelihood difference of 4.6 with the same number of free parameters).

тот же самый восточноевразийский сдвиг наблюдается и у WHG, CHG

We also repeated the computation with other western
Eurasian populations in place of MA1 and found the same signal of eastern Eurasian relatedness,
including the same preferred directionality, in WHG (defined as in Table 2; Z = 2.04 for the
difference), Caucasus hunter-gatherers (CHG (Jones et al., 2015); Z = 1.77), and Afontova Gora
3 (AG3, a ∼17 kya individual from Siberia closely related to MA1 (Fu et al., 2016); Z = 2.17).
We note that a recent study (Lazaridis et al., 2016) found a cline of MA1-relatedness among a
large number of present-day eastern Eurasian populations and argued for admixture from west
to east instead; while the present analysis supports the other direction, an important subject
for future work will be to reconcile these results.
...
Lastly, we also briefly studied two other ancient European lineages. First, we built a version
of our model with WHG in place of MA1 and found that it fit in a similar fashion (majority
component of WHG’s ancestry as a sister group to K14, plus eastern Eurasian gene flow).

возможно, родство MA1 с современными популяциями восточной части Евразии связано не с примесью Мальтинца у них, но наоборот - с примесью более восточных групп у MA1