АвторТема: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)  (Прочитано 625929 раз)

0 Пользователей и 4 Гостей просматривают эту тему.

Оффлайн Deus

  • Сообщений: 336
  • Страна: pl
  • Рейтинг +55/-8
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2400 : 14 Январь 2021, 23:03:03 »
R1a-M417 - Средний Стог. Дднк. Есть версия, что они одними из первых приручили лошадь.
Там вроде как поменяли атрибуцию

Оффлайн falcon16

  • Сообщений: 319
  • Рейтинг +844/-6
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2401 : 15 Январь 2021, 19:02:45 »
The genomic history of the Aegean palatial civilizations - https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/?study=ERP121113
https://anthrogenica.com/showthread.php?8066-Genetic-Genealogy-amp-Ancient-DNA-in-the-News-(DISCUSSION-ONLY)&p=737492&viewfull=1#post737492\
Фенотип  https://anthrogenica.com/showthread.php?8066-Genetic-Genealogy-amp-Ancient-DNA-in-the-News-(DISCUSSION-ONLY)&p=737710&viewfull=1#post737710

Pta08; 2849-2621 BC; Petras; Greece; Minoan_EBA;  G2a2b-L30> CTS574> CTS2488> P303> L140> PF3346> PF3345 * (xZ6779, CTS342, L497)

Kou01; 2464-2349 BC; Koufonisi; Greece; Cycladic_EBA; J2a1a-L26>Z6064>Z6055>Z6057>Y7013>Y7010>Y13128>Z36834

Mik15; 2890-2764 BC; Manika; Greece; Helladic_EBA; (female)

Log04; 2007-1915 BC; Logkas; Greece; Helladic_MBA; (female)

Log02; 1924-1831 BC; Logkas; Greece; Helladic_MBA; (female)

Kou03; 2832-2578 BC; Koufonisi; Greece; Cycladic_EBA; (female)

Фенотип  https://anthrogenica.com/showthread.php?8066-Genetic-Genealogy-amp-Ancient-DNA-in-the-News-(DISCUSSION-ONLY)&p=737710&viewfull=1#post737710
Аутосомный анализ https://anthrogenica.com/attachment.php?attachmentid=42594&d=1610760582
2й анализ  https://anthrogenica.com/showthread.php?8066-Genetic-Genealogy-amp-Ancient-DNA-in-the-News-(DISCUSSION-ONLY)&p=737759&viewfull=1#post737759
« Последнее редактирование: 16 Январь 2021, 11:46:08 от falcon16 »

Оффлайн Гордий

  • Сообщений: 164
  • Рейтинг +13/-0
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2402 : 19 Январь 2021, 01:33:55 »
Есть ли образцы эпохи мезолита-верхнего палеолита, которые аутосомно схожи с неолитическими западными средиземноморцами?

Оффлайн kardes

  • Сообщений: 1143
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1682/-11
  • Y-ДНК: G2a1
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2403 : 20 Январь 2021, 01:42:39 »
Genomic Steppe ancestry in skeletons from the Neolithic Single Grave Culture in Denmark - https://anthrogenica.com/showthread.php?97-Genetic-Genealogy-amp-Ancient-DNA-in-the-News-(TITLES-ABSTRACTS-ONLY)&p=737403&viewfull=1#post737403       R1b-V1636
Древние датчанин и 2 датчанки не выбиваются из ЕВА-евростандартов

но как R1b принесли  в ЕN-европу столько загрос+кавказа пока не ясно  ???


Оффлайн G-Man

  • Сообщений: 679
  • Страна: ru
  • Рейтинг +647/-1
  • Y-ДНК: G-Z6700
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2404 : 28 Январь 2021, 15:37:24 »
Нашёл в теме, где обсуждали публикацию Mathieson et al., откуда дуют ветры о Z93.

Обнаружил в исходниках очень интересные снипы у украинского энеолитчика I6561 из Александрийского могильника (Купянский район Харьковской области):

R1a-Z645:    Z650+,    Z651+
      
R1a-Z93:   Z2479+   
      
R1a-Z94:   Z95+   
      
R1a-Y3:    Y26+, Y2-
   
Субклад Y3 является родительским по отношению к L657, к которому относится большинство южноазиатских R1a.

На всякий случай попросил Семаргла перепроверить данные:  все нормально – результат непротиворечивый.

Датировка образца: 4045-3974 calBCE (5215±20BP, PSUAMS-2832)

Координаты: 49.71, 37.58

То есть, речь даже не о Z93, а об одном из его потомков - Y3.

Я ещё тогда сам обратил внимание на несоответствие с возрастами YFull:

Опять нестыковка в возрастах? Согласно YFull ветка Y3 formed 4800 ybp (5500<->4100 ybp).

Как вариант ещё наверно нужно быть внимательным к количеству прочтений. Я не знаю, сколько прочтений достаточно для принятия результата. Ну, и если оно было всего лишь одно, тогда вообще относиться крайне насторожено.

В публичной базе Reich Lab (файл .anno) этот образец сейчас проходит как Ukraine_Eneolithic_SredniStog_o4

Видимо, существует основной кластер Ukraine_Eneolithic_SredniStog (пока неопубликованный) и еще как минимум четыре аутлаера, одним из которых является I6561, который смахивает на MLBA степняков:



Гарвардский датасет обновился, а вместе с ним и информация по «александрийцу»:

I6561   Mos70, Skeleton 5, 88  knees up   tooth   2018   MathiesonNature2018   Pinhasi, Ron   

Context: Layer date based on 6 20-28 cM IBD individuals with Srubnaya/Alakul/Kazakhstan_MLBA individuals from 3900-3400
[based on these genetic results we ignore the direct date of 4153-3970 calBCE (5215В±20 BP, PSUAMS-2832) from same site calibrated as 95.4%...]

5600   144   3900-3400 BCE*   Ukraine_MBA   Alexandria   Ukraine   49.54067778   37.69799444   


* Очевидно, должно быть 1900-1400 BCE, раз они упоминают срубников и андроновцев


Оффлайн Andvari

  • Сообщений: 346
  • Страна: ru
  • Рейтинг +185/-1
  • Y-ДНК: R1a -YP582 - R-YP1080
  • мтДНК: H1a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2405 : 28 Январь 2021, 23:05:43 »
А что там с археологией? Как его так легко перенесли из энеолита в бронзу? Это что безынвентарное погребение? Почему тогда к Среднему Стогу причислили? Никто не в курсе?

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1570
  • Страна: kg
  • Рейтинг +2073/-0
  • Y-ДНК: C-ZQ31
  • мтДНК: M8a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2406 : 29 Январь 2021, 03:40:23 »
А что там с археологией? Как его так легко перенесли из энеолита в бронзу? Это что безынвентарное погребение? Почему тогда к Среднему Стогу причислили? Никто не в курсе?

В доп материалах к статье написано:

Ukraine
Alexandria (1 individual)
An Eneolithic cemetery of the Sredny Stog II culture was excavated by D. Telegin in 1955-1957 near the village of Alexandria, Kupyansk district, Kharkov region on the left bank of the river Oskol[105].A total of 33 individuals were recovered[106]. Based on craniometric analysis (I. Potekhina 1999) it was suggested that the Eneolithic inhabitants of Alexandria were not homogeneous and resulted from admixture of local Neolithic hunter-gatherers and early farmers, possibly Trypillian groups[107]. We report genetic data from one individual:
• I6561

Украина
Александрия (1 человек)
Энеолитическое кладбище культуры Средний Стог II было раскопано Д. Телегиным в 1955-1957 гг. возле села Александрия Купянского района Харьковской области на левом берегу реки Оскол[105]. Всего было выявлено 33 индивида[106].  На основании краниометрического анализа (И. Потехина 1999) было высказано предположение, что энеолитические жители Александрии не были однородны и явились результатом смешения местных неолитических охотников-собирателей и ранних земледельцев, возможно, трипольских групп[107]. Мы сообщаем генетические данные одного индивидуума:
- • I6561

Переведено с помощью www.DeepL.com/Translator (бесплатная версия)

Ссылки такие:

105 Telegin, D. Ya. Eneolithic settlement and cemetery near the village of Alexandria. (Энеолитическое поселение и могильник у хутора александрия). KSIA 9, 10-16 (1960).
106 Konduktorova, T. S. The ancient population of the Ukraine. Anthropologie (Brno) 12, 5-149 (1978).
107 Telegin, D. Ya., Nechitailo, A. L., Potekhina, I. D. & Panchenko, Y. V. Sredny Stog and Novodanilovka Eneolithic Cultures in the Azov-Black Sea Region (Среднестоговская и новоданиловская культуры энеолита Азово-Черноморского региона). (Shliakh, 2001).

Мне удалось найти 105 и 107:

http://vgosau.kiev.ua/load_period-sb/ksiau_09.pdf
https://vk.com/wall-35845991_5534

Наш образец это скелет номер 5, если я не ошибаюсь, так пишут в таблице в доп. материалах к статье:
I6561   Skeleton 5, 88   tooth   1   1240K.capture   ThisStudy   Dublin/Boston   5960   4045-3974 calBCE (5215±20BP, PSUAMS-2832)   Y   Ukraine_Eneolithic   Ukraine_Eneolithic   ..   Alexandria   ..   Ukraine   49.71   37.58   M   H2a1a   R1a1a1   

Кстати нашлась ещё одна статья про это поселение: https://www.academia.edu/1907694/

Оффлайн falcon16

  • Сообщений: 319
  • Рейтинг +844/-6
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2407 : 29 Январь 2021, 13:43:58 »
Гарвардский датасет обновился, а вместе с ним и информация по «александрийцу»:   
какими программами под windows можно прочитать эти файлы - с учётом того что база уже превысила 5000 дднк  ???
по ссылке "данные" уже недоступны  Reich Lab  (файл .anno)

Оффлайн Andvari

  • Сообщений: 346
  • Страна: ru
  • Рейтинг +185/-1
  • Y-ДНК: R1a -YP582 - R-YP1080
  • мтДНК: H1a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2408 : 29 Январь 2021, 14:13:24 »
А что там с археологией? Как его так легко перенесли из энеолита в бронзу? Это что безынвентарное погребение? Почему тогда к Среднему Стогу причислили? Никто не в курсе?
Мне удалось найти 105 и 107:

О, спасибо, это вы обстоятельно подошли. Как я понимаю, Котова сомневалась в энеолитической принадлежности, возлагая надежды на радиоуглеродное датирование. Скелет 5 - это часть коллективного погребения.  Из инвентаря лишь наконечники, торчащие из соседнего скелета 4 в той же яме.

В общем, Котова довольно осторожно относилась к соотнесению этих погребений со Средним Стогом



И не СС, ни Дереивкой она не считала эти погребения




С другой стороны, вот

Оффлайн G-Man

  • Сообщений: 679
  • Страна: ru
  • Рейтинг +647/-1
  • Y-ДНК: G-Z6700
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2409 : 30 Январь 2021, 02:31:46 »
Гарвардский датасет обновился, а вместе с ним и информация по «александрийцу»:   
какими программами под windows можно прочитать эти файлы - с учётом того что база уже превысила 5000 дднк  ???
по ссылке "данные" уже недоступны  Reich Lab  (файл .anno)

Поменяли адрес
https://reich.hms.harvard.edu/allen-ancient-dna-resource-aadr-downloadable-genotypes-present-day-and-ancient-dna-data

Открывать .anno  можно в Excel или WordPad

Оффлайн falcon16

  • Сообщений: 319
  • Рейтинг +844/-6
« Последнее редактирование: 01 Февраль 2021, 23:05:33 от falcon16 »

Оффлайн falcon16

  • Сообщений: 319
  • Рейтинг +844/-6
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2411 : 01 Февраль 2021, 23:04:17 »
https://haplotree.info/maps/ancient_dna/index.php?searchcolumn=Y_Haplotree_Variant&searchfor=G-&ybp=500000,0
All  https://haplotree.info/maps/ancient_dna/index.php?searchcolumn=Y_Haplotree_Variant&searchfor=&ybp=500000,0
по странам  https://haplotree.info/maps/ancient_dna/samples.php?searchcolumn=Y_Haplotree_Variant&searchfor=&ybp=500000,0

WD-WT1H16 - WaDian
Y-DNA: G-PF3252 (SNP Tracker)   mtDNA: N9a2 (SNP Tracker)
⏳Mean Age (ybp): 4086   Culture: LongShan

Луншань (культура)   
https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9B%D1%83%D0%BD%D1%88%D0%B0%D0%BD%D1%8C_(%D0%BA%D1%83%D0%BB%D1%8C%D1%82%D1%83%D1%80%D0%B0)

I1137 - Man Bac
Y-DNA: G-PF3252 (SNP Tracker)  mtDNA: M7b1a1 (SNP Tracker)
⏳Mean Age (ybp): 3813.5   Culture: Vietnam_Neolithic

G-PF3252  https://yfull.com/tree/G-PF3378/
« Последнее редактирование: 02 Февраль 2021, 01:09:34 от falcon16 »

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2400
  • Рейтинг +759/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2412 : 02 Февраль 2021, 00:05:32 »
https://haplotree.info/maps/ancient_dna/index.php?searchcolumn=Y_Haplotree_Variant&searchfor=&ybp=500000,0
https://haplotree.info/maps/ancient_dna/index.php?searchcolumn=Y_Haplotree_Variant&searchfor=G-&ybp=500000,0

WD-WT1H16 - WaDian
Y-DNA: G-PF3252 (SNP Tracker)   mtDNA: N9a2 (SNP Tracker)
⏳Mean Age (ybp): 4086   Culture: LongShan

I1137 - Man Bac
Y-DNA: G-PF3252 (SNP Tracker)  mtDNA: M7b1a1 (SNP Tracker)
⏳Mean Age (ybp): 3813.5   Culture: Vietnam_Neolithic

G-PF3252  https://yfull.com/tree/G-PF3378/
PF3252 - мутация C в T. Возможно, это постмортальная мутация.   

Оффлайн falcon16

  • Сообщений: 319
  • Рейтинг +844/-6
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2413 : 09 Февраль 2021, 18:01:14 »
Древнейший сапиенс – самый древнейший. Датировки людей из Бачо Киро

https://anthrogenica.com/showthread.php?20265-Initial-Upper-Palaeolithic-Homo-sapiens-from-Bacho-Kiro-Cave-Bulgaria&p=746078&viewfull=1#post746078
CC7-335 (A11201); 44840-42880 BC; Bacho Kiro Cave, Dryanovo; Bulgaria; EUP; pre-C-M130   https://www.yfull.com/tree/C/
C level: 27 derived SNPs, 4 ancestral SNPs   Negative for all downstream subclades.
BB7-240 (A11199); 44180-42450 BC; Bacho Kiro Cave, Dryanovo; Bulgaria; EUP; pre-C-M130   https://www.yfull.com/tree/C/ 
C level: 20 derived SNPs, 6 ancestral SNPs and 2 mixed calls SNPs   Negative for all downstream subclades.
F6-620; 42260-40860 BC*; Bacho Kiro Cave, Dryanovo; Bulgaria; EUP; pre-F-Y27277   https://yfull.com/tree/F-Y27277/
AA7-738; 42260-40860 BC; Bacho Kiro Cave, Dryanovo; Bulgaria; EUP; F-M89   https://www.yfull.com/tree/F/
CT+, C-, F+ (M3679/PF2656/CTS2220+ G>A (1A)), G-, I-, J-, L-, T-, NO-, K-Y28299-, M-, R1+ (FGC465+ G>A (1A))
BK-1653; 32870-32260 BC; Bacho Kiro Cave, Dryanovo; Bulgaria; EUP; pre-P-P226 or pre-R   https://www.yfull.com/tree/P-P226/

Список палео-днк   
Палео-днк на карте
« Последнее редактирование: 09 Февраль 2021, 18:47:44 от falcon16 »

Оффлайн G-Man

  • Сообщений: 679
  • Страна: ru
  • Рейтинг +647/-1
  • Y-ДНК: G-Z6700
Re: Re: Результаты исследований дДНК (обсуждение)
« Ответ #2414 : 17 Февраль 2021, 07:30:28 »
Pre-publication data release of high quality shotgun sequencing data from 216 ancient individuals

Median coverage: 4.9x
High coverage genomes (17-36x): 50


While the data for 212 of these 216 individuals are not previously published, the shotgun sequencing was in every case performed on ancient DNA data libraries for which there has been previously published in-solution enrichment data on 1.24 million SNPs. Many of these libraries were generated as collaboration with other ancient DNA laboratories including Ron Pinhasi (University of Vienna, Austria), Wolfgang Haak and Johannes Krause (Max Planck Institute, Germany), Lars Fehren-Schmitz (University of California, Santa Cruz, USA), and Bastien Llamas (University of Adelaide, Australia).

We are releasing the raw data including the bams as a resource to the community. However, please observe the Fort Lauderdale principles (here), which entitle the data producers to make the first presentation and publish the first genome-wide analysis of the data. The data can be used freely for studies of individual genes or other individual features of the genome, prior to any publication of a manuscript which we hope to have ready within the next year. If you plan to use some of these data in a publication, please cite the paper(s) in which the sequenced libraries were originally published (as specified in the metadata (here), along with this website as a reference for the shotgun sequence data (https://reich.hms.harvard.edu/ancient-genome-diversity-project).

Data pointers:
Complete bams may be downloaded via globus. Please email Michelle Lee, Swapan 'Shop' Mallick, David Reich to request instructions.


Reich Lab предоставляет доступ (по запросу, как я понял) к улучшенным сиквенсам ранее опубликованных образцов

список образцов

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.