https://www.nature.c...1559-020-1106-9
Автоперевод
Высказано предположение, что переход неолита к сельскохозяйственной и скотоводческой экономике способствовал появлению адаптированных к человеку патогенов. Здесь мы обнаружили восемь Salmonella enterica subsp. геномы кишечника из скелетов человека переходных фуражиров, скотоводов и агропасторалистов в Западной Евразии, которым было до 6500 лет. Несмотря на высокое генетическое разнообразие S. enterica, все древние бактериальные геномы сгруппированы в одну ранее нехарактерную ветвь, которая содержит S. enterica, адаптированную к множеству видов млекопитающих. Все древние бактериальные геномы от доисторических (агро) скотоводов попадают в часть этой ветви, которая также включает специфичный для человека S. enterica Paratyphi C, иллюстрирующий эволюцию человеческого патогена за период в 5000 лет. Сравнение геномов бактерий позволяет предположить, что ранние древние штаммы не были специфичными для хозяина, различались по патогенному потенциалу и испытывали конвергентную псевдогенизацию, которая сопровождала их последующую адаптацию к хозяину. Эти наблюдения подтверждают концепцию, что появление адаптированного к человеку S. enterica связано с культурными трансформациями человека.
И кое-что по сэмплам
MUR009 Murzikhinsky II Russia 6,500–6,350 783,054 2.8 8.8 88.9
MUR019 Murzikhinsky II Russia 6,490–6,320 1,405,983 7.8 16.5 90.1
IV3002 Ipatovo 3 Russia 5,580–5,080 761,643 8.9 7.0 88.9
OBP001 Oberbipp Switzerland 5,320–5,070 138,083 0.5 1.2 59.3
IKI003 Ikiztepe Turkey 5,290–5,050 840,560 2.7 8.3 90.0
SUA004 Su Asedazzu Italy 4,300–4,010 2,517,870 11.5 24.0 93.2
MK3001 Marinskaja 3 Russia 2,990–2,870 79,534 0.8 0.7 37.8
ETR001 Chiusi Italy 1,810–1,620 1,977,148 24.5 17.8 93.7
We were
able to generate human nuclear and/or mitochondrial DNA data for all S. enterica-positive
individuals except OBP001 (Supplementary Table 1). Their genetic profiles were then compared
against a set of available ancient and modern human genomes. Principal component (PCA;
Extended Data Fig. 1A) and admixture (Extended Data Fig. 1B) analyses showed MUR009 is most
closely represented by Eastern hunter-gatherer (EHG) and lacks any Anatolian farmer genetic
ancestry. While MUR019, from the same Eneolithic archaeological site, did not yield sufficient
nuclear DNA for analysis, its mitochondrial haplogroup U5a1d2, a common EHG haplogroup18, is
8
shared with MUR009 and suggests a (maternal) relationship. Both Bronze Age samples IV3002 and
IKI003 are closely positioned in the PCA and both harbour Iranian and Anatolian farmer ancestry
commonly associated with domesticated animals (pastoralism). The Sardinian Early Bronze Age
individual SUA004 exhibits a similar genetic profile to other European Neolithic farmers. The
remaining samples, MK3001 and ETR001, are younger and represent European genetic ancestry
established after major prehistoric migrations, with MK3001 falling isolated in the PCA due to an
unaccounted East Asian component (Extended Data Fig. 2).
Notably, some individuals that provided high coverage S. enterica genomes poorly performed in
human nuclear DNA recovery while still providing enough mitochondrial DNA fragments. We
hypothesise that this observation is based on the higher copy number of bacterial genomes (when
pathogen load is high) and mitochondrial genomes compared to nuclear human genomes.