Y-хромосома.

[Srkz]

5. Какая мутация произошла раньше, а значит принадлежит более древнему, можно только получив Y – хромосому древнего и оценить его возраст другими методами?

Это в основном выявляется сравнением между собой результатов наших современников - чем больше различий, тем древнее ближайший общий предок. На основании сравнений строится древо родства. Поскольку мутаций много, есть возможность отбраковать одиночные отклонения.

[Valery]

Возможна ли ситуация когда Y – хромосома клеток слюны, которые возьмут для анализа, не совпадать с Y – хромосомой половой клетки, которая передаст свой код потомку?

запросто

2. Новорождённый от отца получает абсолютно идентичную Y – хромосому отца. И только в процессе своей жизни может приобрести индивидуальную мутацию?

новорожденный получает ту У-хромосому которая развилась в длинной митотической (и только в самом конце - мейотической) цепочке делений отцовских клеток в организме отца. Относительно короткий период двух ядрышек первой зародышевой клетки можно проигнорировать.

3. Могут ли всё же существовать мужчины индивидуальная мутация которых изменила постоянную родовую мутацию? И есть ли такие выявленные?

так если мы говорим о герминальной (зародышевой) мутации то не суть важно где она приключилась - в организме отца или в первые часы жизни нового организма с одной копией генома. Сравните по времени или количеству делений (во втором случае это время/количество ничтожно) и получите очевидный ответ где она эта мутация отличающая отца и сына произошла - то есть еще в организме отца. Для отца это соматическая мутация, но мы называем ее герминальной из-за ее роли для генома сына.

4. Могут ли существовать потомки от одного отца с разной Y – хромосомой, если первый родился до мутации у отца, а второй после индивидуальной мутации отца?

у отца дохренища половых клеток (сейчас считаем для удобства их диплоидными), каждая со своей историей, консенсус геномов сперматозоидов должен быть равен первоначальному геному отца. У сыновей будут отличающиеся копии У, в какой последовательности возникли отличия восстановить нельзя.

5. Какая мутация произошла раньше, а значит принадлежит более древнему, можно только получив Y – хромосому древнего и оценить его возраст другими методами?

может уточните вопрос?

[Asmat headhunter]

Возможна ли ситуация когда Y – хромосома клеток слюны, которые возьмут для анализа, не совпадать с Y – хромосомой половой клетки, которая передаст свой код потомку?

запросто

Речь о чужой слюне или своей?

[Valery]

Возможна ли ситуация когда Y – хромосома клеток слюны, которые возьмут для анализа, не совпадать с Y – хромосомой половой клетки, которая передаст свой код потомку?

запросто

Речь о чужой слюне или своей?

евоной

[Valery]

Хромосома, как носитель информации представляет, из себя непрерывную цепочку нуклеотидов. Последовательное расположение разных нуклеотидов в различном сочетании и определяет конкретность информации. Надеюсь это так? Хотя может быть есть нюансы?

нюансов много, самый важный из них касается родительского метилирования CpG которое частично сохраняется у ребенка, несмотря на интенсивный процесс деметилирования гистонов и днк в первые часы жизни

[Valery]

...одна мутация за период его жизни...

Как то вы странно рассуждаете, во время жизни человека мутации возникают в отдельных его клетках (в любых), а не у всего человека как целого.

А разве это не так? Это же вроде бы такой защитный механизм даже. Наши внешние боевые клетки мутируют, каждая в отдельности и только очень навязчивая мутация может перейти в половую клетку. Не все же облучённые получают необратимые изменения и в передаваемые гены.
И наоборот если у вас после облучения нет видимых изменений, то это не гарантия того, что не пострадал ваш генетический материал который вы передадите. В каждой клетке своё ядро, свои хромосомы, который индивидуально чему то подвергаются. Рак например не все же клетки сразу поражает.

вы все правильно понимаете только путаетесь в выборе линии о которой речь.

Аналогия, весьма прозрачная. Имеем филогенетическое древо рода. Однородительская линия, У или мт. Или нерекомбинирующий кусок днк. Пусть известно что мутация на некотром участке рассматриваемого гена возникает раз в 10000 лет. Где в истории этой семьи отсчитывать эти 10000 лет? Ответ прост. Линеаризуйте семейное древо, превратив его в одну нить, в которую соберутся все истории членов рода. И в этой нити если дерево на несколько сот лет и при этом ветвистое, ну типа рюриковичей - 10000 лет их жизней запросто наберется в сумме. Значит, с большой вероятностью где-то одна мутация в этом локусе проскочит.

так же следует поступить, когда речь о тех половых клетках, которые дали потомство. Во всех клетках будет немыслимое количество мутаций которое можно оценить через изучение различия геномов набора клеток какой-то ткани. Но в генеалогическом плане нас интересуют лишь отдельные "клеточные линии", вот оценка скорости мутирования в них и достигается семейными исследованиями, например пар отец-сын.

[Ян Янов]

новорожденный получает ту У-хромосому которая развилась в длинной митотической (и только в самом конце - мейотической) цепочке делений отцовских клеток в организме отца. Относительно короткий период двух ядрышек первой зародышевой клетки можно проигнорировать.

УУУУУ как много случайностей.))) Значит по Y-хромосоме и отца то не сыскать, если каждая  половая клетка отца может иметь свою индивидуальность, да и ещё при первых делениях приобрести изменения?

3. Могут ли всё же существовать мужчины индивидуальная мутация которых изменила постоянную родовую мутацию? И есть ли такие выявленные?

так если мы говорим о герминальной (зародышевой) мутации то не суть важно где она приключилась - в организме отца или в первые часы жизни нового организма с одной копией генома. Сравните по времени или количеству делений (во втором случае это время/количество ничтожно) и получите очевидный ответ где она эта мутация отличающая отца и сына произошла - то есть еще в организме отца. Для отца это соматическая мутация, но мы называем ее герминальной из-за ее роли для генома сына.

Хотел просто уточнить такой случай. Мутация попала в нуклеотид который определяет ну скажем гаплогруппу,  означает это для конкретного человека и его Y-хромосомы невозможность его идентификации, с помощью анализа его Y-хромосомы

5. Какая мутация произошла раньше, а значит принадлежит более древнему, можно только получив Y – хромосому древнего и оценить его возраст другими методами?

может уточните вопрос?

По положению мутации в хроматиде мы не можем сказать какая произошла раньше, а какая позже. Мы можем только найти гарантированно  древнюю Y – хромосому и сравнить её с современной. В древнейшей не будет современных мутаций, так? Если нам археологи определят что эта Y – хромосома была взята из костей датируемых 1000 лет до нашей эры то, если будет найдена Y – хромосома где больше мутаций то можно говорить что носитель этой Y – хромосомы жил между древней и нынешней, если учесть продолжительность жизни человека то не позднее от древней на 100 лет. Такая логика?

[Valery]

УУУУУ как много случайностей.))) Значит по Y-хромосоме и отца то не сыскать, если каждая  половая клетка отца может иметь свою индивидуальность, да и ещё при первых делениях приобрести изменения?

если вам нужна У-хромосома отца, почему бы тогда не отсеквенировать его самого? Консенсус У-геномов клеток сына совпадет с У-геномом одной из зародышевых линий клеток отца - той из которой развился сынуля, и которая может отличаться от консенсуса всех половых и соматических клеток отца



Хотел просто уточнить такой случай. Мутация попала в нуклеотид который определяет ну скажем гаплогруппу,  означает это для конкретного человека и его Y-хромосомы невозможность его идентификации, с помощью анализа его Y-хромосомы

если терминальный снип не поддерживается другими - увы, будет невосстановимая потеря филогенетической информации. Для снипов более древних гаплогрупп это менее вероятно тк они поддерживаются другими снипами и микросателлитами



По положению мутации в хроматиде мы не можем сказать какая произошла раньше, а какая позже. Мы можем только найти гарантированно  древнюю Y – хромосому и сравнить её с современной. В древнейшей не будет современных мутаций, так? Если нам археологи определят что эта Y – хромосома была взята из костей датируемых 1000 лет до нашей эры то, если будет найдена Y – хромосома где больше мутаций то можно говорить что носитель этой Y – хромосомы жил между древней и нынешней, если учесть продолжительность жизни человека то не позднее от древней на 100 лет. Такая логика?

ну зачем обязательно брать древнюю ДНК. Есть и филогенетические методы работы с современными геномами. И вообще вот при аннотации больших геномов дикий и мутантный аллели различают тупо сравнением с консенсусом - это ненадежно но в массе работает

[Ян Янов]

Хромосома, как носитель информации представляет, из себя непрерывную цепочку нуклеотидов. Последовательное расположение разных нуклеотидов в различном сочетании и определяет конкретность информации. Надеюсь это так? Хотя может быть есть нюансы?

нюансов много, самый важный из них касается родительского метилирования CpG которое частично сохраняется у ребенка, несмотря на интенсивный процесс деметилирования гистонов и днк в первые часы жизни

Два яблока несут в себе гораздо больше информации чем число два.)) Гистоные дела это информация которая не влияет на принцип метода анализа Y хромосомы. А вот последовательность нуклеотидов это база для информации. А есть оценка того сколько уже места занято под старую информацию и сколько осталось, для того что бы старое отличать от нового. Ведь теоретически всё может быть так забито новыми мутациями что новейшая так или иначе будет затирать старейшую?)))

[Valery]

А есть оценка того сколько уже места занято под старую информацию и сколько осталось, для того что бы старое отличать от нового. Ведь теоретически всё может быть так забито новыми мутациями что новейшая так или иначе будет затирать старейшую?)))

в теории (вне зависимости от выбранной модели молек. эволюции) всегда можно установить столь высокую скорость мутирования что филогенетический сигнал будет утерян буквально за несколько поколений и истинное древо окажется нереконструируемым. В действительности это нигде не реализуется в живой природе, все родившиеся организмы (точнее их геномы) составляют комбинаторно малую часть от потенциально возможных.

[Valery]

плюс к тому, учтите что бывают очень консервативные гены, где на десятки близлежащих сайтов нет отличий у всех видов семейства

[Ян Янов]

  если вам нужна У-хромосома отца, почему бы тогда не отсеквенировать его самого? Консенсус У-геномов клеток сына совпадет с У-геномом одной из зародышевых линий клеток отца - той из которой развился сынуля, и которая может отличаться от консенсуса всех половых и соматических клеток отца

Мне бы по проще.))) Хотелось бы понять принципы, а то это всё похоже на шаманские заклинания во круг чёрного ящика.)))
Как тогда это всё понять? Возьмём современника, он в будущем станет патриархом миллиардного рода. Условно его семантические клетки имеют в его индивидуальной части код – 00000001 а половые 00000100 сыну вообще достанется 00001100. Как его потомков свяжут с ним?   

ну зачем обязательно брать древнюю ДНК. Есть и филогенетические методы работы с современными геномами. И вообще вот при аннотации больших геномов дикий и мутантный аллели различают тупо сравнением с консенсусом - это ненадежно но в массе работает

Впечатляет.))) Только вот боюсь что вот это всё получено, в любом случае как сравнение одного и другого и их возрастов в реальности. Если информационная база не даёт вам хронологии, то зацепиться за время вы можете только, сравнивая её состояние с чем то другим, где время можно выдернуть.)))

[Valery]

связать можно при помощи филогении

[Valery]

Вот отличная обзорная статья / лекция по герминальным клеточным линиям и скорости мутирования у мужчин и женщин, настоятельно рекомендую

http://ender.bu.edu/~tgardner/be209/lectures/12/articles/Crow.JF_NatRevGen_00.pdf

(via A Markov)

[Farroukh]

Валер, не распинайся, человек явно троллит. Потом будут вопросы про то как по игрекам отличить мужика от бегемота.